长非编码RNA

摘要： 长非编码RNA(lncRNA)是一类不编码蛋白、长度大于200 nt的非编码RNA.然而,最近研究表明,部分lncRNA中含有不超过300 nt的短开放阅读框(sORFs),具备编码小肽的能力.这一发现使得sORFs编码小肽(SEPs)这一崭新的研究领域引起人们的重视.目前,对SEPs的研究大多采用生物实验和传统机器学习方法.由于生物实验方法造价高、耗时长、传统机器学习涉及过多人工干预,提出一种结合多尺度卷积胶囊网络的深度学习模型,既能够充分提取序列特征,又通过胶囊间的连接进行特征聚类.采用五折交叉验证评估模型性能,在苔藓数据集上与单一深度学习模型和简单融合深度学习模型相比,取得较好的分类效果.另外,采用拟南芥、大豆两个物种的数据集进行独立测试,验证了模型具有良好的泛化能力.

摘要： 非编码RNA是一类RNA分子,不具有编码蛋白质的能力,但可在基因组中转录,并在染色质重塑、转录和信号传导等方面调节细胞过程。各种疾病(如心血管疾病、神经系统疾病、癌症等)与其密切相关。其中微小RNA(miRNA)和长非编码RNA(lncRNA)是非编码RNA的2个主要基因序列,其与癌症的发病机制一直是医学界的研究热点。近年来,这两大基因参与了女性常见恶性肿瘤——乳腺癌的文献报道也引起了一阵热潮,因此,该文就miRNA和lncRNA在乳腺癌中的最新研究进展进行了综述。

摘要： 目的基于高通量测序技术检测健康产妇与妊娠期高血压产妇子代胎盘组织中长非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,以探讨妊娠期高血压早期潜在生物学标志物及发病机制。方法选取在武警特色医学中心妇产科2018年1—6月收治的健康产妇(C组)及妊娠期高血压产妇(M组)。提取2组胎盘组织总RNA行高通量测序,数据评估与质控后,以差异倍数|Fold Change|>2且Q值40个的通路共有41条,包括12条代谢相关通路、10条有机体系统相关通路、8条人类疾病相关通路、4条细胞过程相关通路、4条遗传信息通路、3条环境信息相关通路。处于网络核心位置的基因主要包括PSMF1、DDX6、RPS27A、PSMB10、CASP10、GNB2L1、RELA、EIF4G1等。临床验证结果显示,妊娠期高血压产妇子代胎盘组织中ENST00000492363表达水平显著高于正常妊娠产妇子代胎盘组织(P<0.05)。结论胎盘组织中lncRNA的差异表达与妊娠期高血压相关,其中ENST00000492363表达上调且差异倍数最大;lncRNA靶基因可能主要通过调节物质代谢通路发挥作用,同时PSMF1、DDX6、RPS27A、PSMB10、CASP10、GNB2L1、RELA、EIF4G1等基因处于网络调控中心,可能与妊娠期高血压发生发展具有相关性。

摘要： 目的探讨lncRNAs在OSA诱导的心血管疾病中的作用。方法建立CIH小鼠模型及对照组,取其心脏标本提取通过RNA,采用Illumina测序平台进行lncRNAs和mRNAs表达谱分析;对CIH小鼠的mRNAs进行生物信息学分析;对差异表达的基因与另一基因的共表达情况进行分析。结果与对照组相比,CIH小鼠模型中13条lncRNAs和476条mRNAs表达上调,53条lncRNAs和1130条mRNAs表达下调;通路分析显示:37条通路参与上调转录,88条通路参与下调转录。结论本研究揭示了小鼠CIH模型中lncRNAs的表达谱,为探讨OSA诱导的心血管疾病的发病机制提出了新见解。

摘要： 乳腺癌严重威胁女性的生命健康,尽管免疫靶向治疗极大地提高了综合治疗效果,但是乳腺癌患者的整体预后仍然有待提高,这与乳腺癌复杂的免疫微环境密切相关。长非编码RNA(lncRNAs)广泛参与肿瘤微环境中各种免疫应答过程,对于乳腺癌的进展或者靶向治疗有着重要的作用。本综述总结了lncRNAs在乳腺癌免疫反应中的作用,以及应用lncRNAs作为乳腺癌临床免疫治疗的潜在生物标记物或治疗靶点的研究进展。

摘要： 目的 探究与Pin1蛋白结合的长非编码RNA lncPIL-1对乳腺癌细胞增殖、迁移和干性表型的影响。方法 采用RNA免疫沉淀联合深度测序(RIP-seq)得到与Pin1特异性结合的长非编码RNA,并通过RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)和紫外交联免疫沉淀(CLIP)进行验证筛选;利用小干扰RNA(siRNA)敲降乳腺癌细胞lncPIL-1的表达,利用慢病毒感染得到lncPIL-1过表达乳腺癌细胞株,并通过qRT-PCR实验检测敲降及过表达效率;采用平板克隆方法检测lncPIL-1对乳腺癌细胞增殖能力的影响;采用Transwell实验检测lncPIL-1对乳腺癌细胞迁移侵袭能力的影响;采用ALDEFLUOR法检测lncPIL-1对乳腺癌细胞干性表型的影响。结果 RIP-seq及验证实验显示,lncPIL-1在Pin1免疫沉淀复合物中富集。乳腺癌患者高表达lncPIL-1与总生存率低密切相关。平板克隆实验显示lncPIL-1不影响乳腺癌细胞生长。Transwell实验中过表达lncPIL-1会加强乳腺癌细胞的迁移能力,而敲降lncPIL-1会降低乳腺癌细胞的迁移能力;ALDEFLUOR检测结果显示敲降lncPIL-1明显抑制乳腺癌细胞干性表型。结论 lncPIL-1与Pin1特异性结合并与乳腺癌患者预后不良高度相关,具有促进乳腺癌细胞运动迁移及干性表型的能力,提示lncPIL-1有望成为新的乳腺癌治疗靶点。

摘要： 子宫内膜异位症(EMs)是临床常见严重危害女性生殖健康的疾病,其病因复杂未明,与肿瘤特性具有类似的细胞学行为是其重要致病因素。目前关于EMs病因学研究表明内分泌因素如类固醇激素和类固醇激素受体、血管生成因子、分子生物因子(细胞因子等)、炎症、遗传因素等改变均可影响其发病。随着基因检测技术的提高,EMs的病因鉴定迎来新的契机和挑战。EMs是雌激素依赖性疾病,越来越多的研究发现长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)、雌激素受体β(ERβ)在子宫内膜异位症发生、发展过程中发挥关键的调节作用,本研究为明确子宫内膜异位症的发病机制及疾病的治疗靶点提供依据。

摘要： 骨关节炎(OA)是一种慢性疼痛性关节炎,通常累及膝关节、颈部、下背部、臀部和手指关节。它是引起疼痛、残疾、关节功能障碍和生活质量下降的主要原因 [1,2] 。OA影响着全世界2.5亿人,约11%的男性和19%的60岁以上女性 [3] 。其特征是软骨退化、软骨下骨重塑和滑膜炎 [4] 。对其发病机制的深入研究表明,它是一种具有多种致病因素的复杂疾病,增加OA风险的因素包括年龄、性别、新陈代谢、遗传和环境 [5,6] 。这种疾病导致软骨、滑膜和软骨下骨的各种组织学损伤,这些损伤破坏了关节软骨的稳态,导致滑膜炎症、软骨降解和其他症状。OA患者遭受关节疼痛、僵硬和震颤,影响正常功能。OA是世界范围内非致命性关节紊乱的主要原因之一 [7] ,通常是根据临床检查和病史来诊断的。然而,由于其发病机制尚不清楚,临床上尚无有效的OA治疗方法 [8,9] 。因此,了解OA发病机制可为OA的诊断和治疗开辟新途径 [10,11] 。

摘要： 目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络并进行综合分析。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的RNA测序(RNA-seq)数据和miRNA测序(miRNA-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达的mRNAs(DEmRNAs)、lncRNAs(DElncRNAs)和miRNAs(DEmiRNAs)。对所有DEmRNAs进行功能和通路富集分析,以及蛋白互作网络(PPI)分析。根据这些差异RNAs之间的调控关系构建了COAD的ceRNA网络。用Kaplan-Meier曲线评估差异RNAs对COAD患者总生存率(OS)的影响,结合患者相关的临床信息分析差异基因的表达模式与其他临床特征之间的相关性。用c-bioportal和TIMER数据库分析DElncRNAs与免疫相关分子及浸润细胞的关系。结果:我们构建的ceRNA网络中有5个DElncRNAs(C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG)、2个DEmiRNAs(miR-145和miR-152)和6个DEmRNAs(FAM46C、FJX1、MACC1、SLC16A9、TPM2和ULBP2)与患者的OS显著相关。此外,预后相关lncRNAs中有4个被证实还与其它某些临床特征相关,KCNQ1OT1、MIR31HG和PD-L1表达之间也存在显著相关性。结论:本研究在COAD中构建了一个新的ceRNA调节网络,并确定了C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG可作为COAD潜在标志预后、靶向治疗以及免疫治疗反应的生物标志物。

摘要： 目的:研究LncRNA AWPPH在慢性根尖周炎中对骨修复的作用。方法:纳入慢性根尖周炎患者15例及牙周健康拔牙患者(对照组)10例,收集牙周组织样本,检测其中AWPPH的表达。对成骨细胞系MC3T3-E1转染AWPPH过表达载体,检测过表达AWPPH后细胞中BMP-2及RUNX-2的表达情况以及成骨细胞的增殖能力与分化能力。结果:AWPPH在慢性根尖周炎组织中表达低于对照组(P<0.05)。过表达AWPPH后BMP-2及RUNX-2的表达增高(P<0.05);过表达AWPPH后成骨细胞的增殖与分化能力增强(P<0.05)。结论:AWPPH在慢性根尖周炎中表达降低,过表达AWPPH可以促进成骨细胞增殖及分化。

摘要： 结核分枝杆菌引起的结核病仍然是全球危害最严重的疾病之一,由于结核分枝杆菌耐药性增强和艾滋病蔓延,结核病又有卷土重来之势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)具有基因调控作用.结核分枝杆菌相关的非编码RNA分为细菌体内的sRNA(small RNA)和宿主体内的非编码RNA两大类,其中现已发现结核分枝杆菌内有5'和3'端非编码RNA、反义转录产物、基因间sRNA等多种ncRNA,其多以与靶基因碱基互补影响靶基因表达.宿主细胞内有微小RNA和长非编码RNA,这两类非编码RNA功能与作用机制不尽相同.微小RNA作用机制与细菌内sRNA类似,其中例如miR-155等是研究的热点;长非编码RNA才刚刚兴起研究,其功能比微小RNA更加广泛,将会成为接下来的热门研究领域.研究这两大类非编码RNA对于理解结核分枝杆菌在宿主细胞中的存活机制及致病机理以帮助研发新型疫苗、药物诊断方法等有着非常重要的意义.

摘要： 结核分枝杆菌引起的结核病仍然是全球危害最严重的疾病之一,由于结核分枝杆菌耐药性增强和艾滋病蔓延,结核病又有卷土重来之势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)具有基因调控作用.结核分枝杆菌相关的非编码RNA分为细菌体内的sRNA(small RNA)和宿主体内的非编码RNA两大类,其中现已发现结核分枝杆菌内有5'和3'端非编码RNA、反义转录产物、基因间sRNA等多种ncRNA,其多以与靶基因碱基互补影响靶基因表达.宿主细胞内有微小RNA和长非编码RNA,这两类非编码RNA功能与作用机制不尽相同.微小RNA作用机制与细菌内sRNA类似,其中例如miR-155等是研究的热点;长非编码RNA才刚刚兴起研究,其功能比微小RNA更加广泛,将会成为接下来的热门研究领域.研究这两大类非编码RNA对于理解结核分枝杆菌在宿主细胞中的存活机制及致病机理以帮助研发新型疫苗、药物诊断方法等有着非常重要的意义.

摘要： 结核分枝杆菌引起的结核病仍然是全球危害最严重的疾病之一,由于结核分枝杆菌耐药性增强和艾滋病蔓延,结核病又有卷土重来之势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)具有基因调控作用.结核分枝杆菌相关的非编码RNA分为细菌体内的sRNA(small RNA)和宿主体内的非编码RNA两大类,其中现已发现结核分枝杆菌内有5'和3'端非编码RNA、反义转录产物、基因间sRNA等多种ncRNA,其多以与靶基因碱基互补影响靶基因表达.宿主细胞内有微小RNA和长非编码RNA,这两类非编码RNA功能与作用机制不尽相同.微小RNA作用机制与细菌内sRNA类似,其中例如miR-155等是研究的热点;长非编码RNA才刚刚兴起研究,其功能比微小RNA更加广泛,将会成为接下来的热门研究领域.研究这两大类非编码RNA对于理解结核分枝杆菌在宿主细胞中的存活机制及致病机理以帮助研发新型疫苗、药物诊断方法等有着非常重要的意义.

摘要： 结核分枝杆菌引起的结核病仍然是全球危害最严重的疾病之一,由于结核分枝杆菌耐药性增强和艾滋病蔓延,结核病又有卷土重来之势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)具有基因调控作用.结核分枝杆菌相关的非编码RNA分为细菌体内的sRNA(small RNA)和宿主体内的非编码RNA两大类,其中现已发现结核分枝杆菌内有5'和3'端非编码RNA、反义转录产物、基因间sRNA等多种ncRNA,其多以与靶基因碱基互补影响靶基因表达.宿主细胞内有微小RNA和长非编码RNA,这两类非编码RNA功能与作用机制不尽相同.微小RNA作用机制与细菌内sRNA类似,其中例如miR-155等是研究的热点;长非编码RNA才刚刚兴起研究,其功能比微小RNA更加广泛,将会成为接下来的热门研究领域.研究这两大类非编码RNA对于理解结核分枝杆菌在宿主细胞中的存活机制及致病机理以帮助研发新型疫苗、药物诊断方法等有着非常重要的意义.

摘要： 结核分枝杆菌引起的结核病仍然是全球危害最严重的疾病之一,由于结核分枝杆菌耐药性增强和艾滋病蔓延,结核病又有卷土重来之势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)具有基因调控作用.结核分枝杆菌相关的非编码RNA分为细菌体内的sRNA(small RNA)和宿主体内的非编码RNA两大类,其中现已发现结核分枝杆菌内有5'和3'端非编码RNA、反义转录产物、基因间sRNA等多种ncRNA,其多以与靶基因碱基互补影响靶基因表达.宿主细胞内有微小RNA和长非编码RNA,这两类非编码RNA功能与作用机制不尽相同.微小RNA作用机制与细菌内sRNA类似,其中例如miR-155等是研究的热点;长非编码RNA才刚刚兴起研究,其功能比微小RNA更加广泛,将会成为接下来的热门研究领域.研究这两大类非编码RNA对于理解结核分枝杆菌在宿主细胞中的存活机制及致病机理以帮助研发新型疫苗、药物诊断方法等有着非常重要的意义.

摘要： 本发明提供新的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)Lnc21q22.11序列、检测细胞和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次鉴定出LncRNALnc21q22.11全长共1202bp，并应用特异性引物通过半定量RT‑PCR首次在胃癌细胞及35对胃癌系及癌旁组织中以及结直肠癌细胞系和10对结直肠癌及癌旁组织中检测LncRNALnc21q22.11的表达水平，具有首创性。利用本发明所述试剂盒及特异性引物对胃癌组织中LncRNALnc21q22.11的表达的检测可作为胃癌及结直肠癌诊断、疗效观察、预后判断、病灶残留以及复发检测等的有效手段，而且操作简便、稳定性好、灵敏度高，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本发明提供一种新发现的长链非编码RNA(Long noncoding RNA)Lnc5q21.2、检测结肠癌细胞系和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次运用芯片技术发现长链非编码RNALnc5q21.2在结肠癌及癌旁组织中存在差异表达。通过5’‑RACE和3’‑RACE技术首次获得了Lnc5q21.2的全长序列。在结肠癌细胞系及20对结肠癌组织及配对癌旁组织和胃癌细胞系及20对胃癌组织及配对癌旁组织中，运用特异性引物通过半定量RT‑PCR技术检测长链非编码RNA Lnc5q21.2的表达水平，具有首创性。应用本发明试剂盒特异性检测结肠癌组织中长链非编码RNA Lnc5q21.2的表达，可以作为结肠癌及胃癌诊断、疗效观察、预后判断、残留病灶以及复发检测等的有力手段，并且操作简便、稳定性好、灵敏度高的特点，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本发明公开了一种人黑色素瘤细胞相关的长非编码RNA的RNA干扰靶点RNA及用途，具体提供了人黑色素瘤细胞相关的长非编码RNA的RNA干扰靶点RNA(RNA interference，RNAi)，干扰靶点的短发夹RNA(short-hairpin RNA，shRNA)、shRNA编码的小分子干扰RNA(small interference RNA，siRNA)、编码shRNA的正义链DNA及反义链DNA、编码shRNA的重组质粒，以及它们在制备治疗黑色素瘤疾病药物中的用途。

摘要： 本发明涉及医学检验技术领域，尤其涉及长链非编码RNA及特异性干扰长链非编码RNA表达的siRNA的应用，长链非编码RNA为LINC00601。肝癌组织高表达长链非编码RNA—LINC00601的患者对奥沙利铂治疗抵抗，预后较差；本发明在治疗前针对肝癌组织进行LINC00601基因检测，预测奥沙利铂治疗疗效，以填补临床空白，并建议潜在化疗抵抗的患者采用其他系统治疗方案如靶向或免疫治疗，更好地改善晚期肝癌患者的预后。

摘要： 本发明提供了一种转录本注释方法以及筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA的方法，属于生物信息学领域，为了提供精准和完整的转录本，得到表达量较低、重复序列来源的长非编码RNA，本发明提供了一种转录本的注释方法，RNA测序和小RNA测序数据结合注释转录本，得到完整精准的转录本信息，提供更精准的长链非编码RNA注释，准确获取长链非编码RNA的表达信息，本发明应用在筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA，筛选得到新预测长非编码RNA 2,711条，其中内源逆转录病毒来源长非编码RNA占59.3％。

摘要： 本发明提供新的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)Lnc21q22.11序列、检测细胞和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次鉴定出LncRNALnc21q22.11全长共1202bp，并应用特异性引物通过半定量RT-PCR首次在胃癌细胞及35对胃癌系及癌旁组织中以及结直肠癌细胞系和10对结直肠癌及癌旁组织中检测LncRNALnc21q22.11的表达水平，具有首创性。利用本发明所述试剂盒及特异性引物对胃癌组织中LncRNALnc21q22.11的表达的检测可作为胃癌及结直肠癌诊断、疗效观察、预后判断、病灶残留以及复发检测等的有效手段，而且操作简便、稳定性好、灵敏度高，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本发明提供一种新发现的长链非编码RNA(Long noncoding RNA)Lnc5q21.2、检测结肠癌细胞系和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次运用芯片技术发现长链非编码RNALnc5q21.2在结肠癌及癌旁组织中存在差异表达。通过5’-RACE和3’-RACE技术首次获得了Lnc5q21.2的全长序列。在结肠癌细胞系及20对结肠癌组织及配对癌旁组织和胃癌细胞系及20对胃癌组织及配对癌旁组织中，运用特异性引物通过半定量RT-PCR技术检测长链非编码RNA Lnc5q21.2的表达水平，具有首创性。应用本发明试剂盒特异性检测结肠癌组织中长链非编码RNA Lnc5q21.2的表达，可以作为结肠癌及胃癌诊断、疗效观察、预后判断、残留病灶以及复发检测等的有力手段，并且操作简便、稳定性好、灵敏度高的特点，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本发明公开了一种人黑色素瘤细胞相关的长非编码RNA的RNA干扰靶点RNA及用途，具体提供了人黑色素瘤细胞相关的长非编码RNA的RNA干扰靶点RNA(RNA interference，RNAi)，干扰靶点的短发夹RNA(short-hairpin RNA，shRNA)、shRNA编码的小分子干扰RNA(small interference RNA，siRNA)、编码shRNA的正义链DNA及反义链DNA、编码shRNA的重组质粒，以及它们在制备治疗黑色素瘤疾病药物中的用途。

摘要： 本发明公开了一种长链非编码RNA LRA‑1及其干扰RNA在治疗动脉粥样硬化中的应用，属于生物医药技术领域。所述长链非编码RNA LRA‑1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明首次发现LRA‑1与动脉粥样硬化疾病之间的关系，从RNA水平为动脉粥样硬化提供新的诊疗靶点，也为动脉粥样硬化的治疗提供了新的技术手段。

摘要： 本实用新型公开了长链非编码RNA的测序文库构建单元和对长链非编码RNA进行测序的系统。其中，该测序文库构建单元包括：去除rRNA装置、逆转录装置、第一扩增装置、片段化装置和第二扩增装置。该测序文库构建单元的去除rRNA装置先通过rRNA去除探针去除rRNA，再通过逆转录装置进行逆转录，避免了大量的rRNA对mRNA和lncRNA逆转录的影响，并且，利用rRNA去除探针去除rRNA，rRNA的去除率高，单元的稳定性好，尤其适用于微量RNA样本中的rRNA去除，从而，该单元尤其适用于单细胞的文库构建。