rpoB基因

摘要： 目的:利用浓度倍增方法体外诱导对利福平(rifampicin,Rfp)耐药的结核分枝杆菌(mycobacteriurn tuberculosis,MTB)菌株,研究耐药机制演变过程及遗传稳定性。方法:将MTB标准菌株H37Rv在Rfp浓度2倍递增的7HIO液体培养基中进行传代培养,逐步诱导MTB菌株对Rfp耐药。利用Xpert MTB/RIF及荧光PCR熔解曲线法检测不同浓度Rfp诱导菌株rpoB基因的突变情况,实时荧光定量PCR方法检测外排泵基因Rv1457c、Rv1458c mRNA表达量,测算与标准菌株Rv1457c、Rv1458c相对表达量比值,将Rfp耐药菌株在无药罗氏培养基上连续培养10代,观察耐药性的变化。结果:MTB标准菌株诱导到Rfp 32μg/mL,获得rpoB基因突变菌株;Rv1457c和Rv1458c基因表达量随Rfp诱导浓度递增而逐渐上升,当浓度达到0.5μg/mL及以上时,与标准菌株的比值超过2,提示诱导菌株Rv1457c和Rv1458c基因已处于高表达状态。在无药培养基上连续传代10代后,rpoB基因发生突变前各浓度Rfp诱导菌株MIC明显降低,而rpoB基因突变菌株MIC值基本稳定。结论:通过体外诱导实验可以获得Rfp耐药MTB菌株,药物外排泵基因表达与MTB菌株诱导浓度有关,rpoB基因突变后的MTB菌株对Rfp耐药性能获得稳定遗传。

摘要： 目的 分析结核分枝杆菌利福平耐药的分子药敏(Xpert MTB/RIF)检测结果与表型药敏(Bactec MGIT960)检测的差异性。方法 从2018年1月至2020年12月在佛山市第四人民医院进行Xpert MTB/RIF检测的4 620例患者中筛选出480株结核分枝杆菌,利用Xpert MTB/RIF、Bactec MGIT960检测利福平的耐药性,获取耐药表型数据,分析不同突变菌株的耐药性。结果 480株分离的结核分枝杆菌中,利福平耐药菌株52株(10.83%),Xpert MTB/RIF检出耐药菌株92.31%(48/52),Bactec MGIT960检出耐药菌株96.15%(50/52),两者检出的灵敏度、特异度比较差异均无统计学意义(P>0.05);52株耐利福平菌株,rpoB的利福平耐药决定区域(RRDR) rpoB基因突变46株,6株无氨基酸突变,Xpert MTB/RIF、Bactec MGIT960检测一致性检验Kappa值为0.795;RRDR区rpoB基因突变46株(88.46%),缺失突变位点分别有508、509、526、511、533、531、516。敏感:His526Asn、His526Gly、Asp516Tyr突变类型菌株的最低抑菌浓度(MIC)水平均低于0.25μg/mL;高水平耐药:His526Leu突变MIC水平为32μg/mL,低水平耐药MIC值为0.5~4.0μg/mL。His526Arg突变菌株:低水平耐药的MIC值1μg/mL;Leu511Pro突变:低水平耐药:MIC水平为1~2μg/mL;Leu 533Pro突变:敏感:MIC水平0.25~0.5μg/mL;508、509位缺失突变:低水平耐药:MIC水平2~4μg/mL。结论 结核分枝杆菌经利福平耐药性测定,其具有较高的耐药性,其中rpoB基因突变是导致利福平耐药的主要原因,不同基因突变类型使利福平耐药水平也存在差异。

摘要： 为确定rpoB、gyrA和cheA基因在芽孢杆菌近缘种鉴定上的有效性,通过Blast-N算法,比对菌肥常用芽孢杆菌模式菌16S rRNA、rpoB、gyrA、cheA基因的序列差异,确定其应用效力。据此,提出一种根据菌株原始信息选择对应的基因引物扩增其序列,通过序列相似度和系统发育树快速、准确鉴定芽孢杆菌菌种的方法,并以19株可用于微生物肥料生产的芽孢杆菌分离株为材料,验证该方法的可行性。结果显示:地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)与枯草芽孢杆菌亚种(Bacillus subtilis subsp.subtilis、Bacillus subtilis subsp.inaquosorum、Bacillus subtilis subsp.spizizenii)、解淀粉芽孢杆菌亚种(Bacillus amyloliquefaciens、Bacillus velezensis)之间rpoB、gyrA、cheA基因序列的一致性分别为84.93%~86.57%、低于78.21%和78.25%~78.58%,枯草芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌亚种之间gyrA基因序列的一致性为81.01%~95.82%,cheA基因序列的一致性为94.50%~95.83%,蜡样芽孢杆菌亚种(Bacillus cereus、Bacillus thuringiensis)之间gyrA基因序列的一致性为94.54%,巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)和阿氏芽孢杆菌(Bacillus aryabhattai)cheA基因序列的一致性为94.55%。序列差异表明,rpoB、gyrA和cheA基因可以区分地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌组和解淀粉芽孢杆菌组,gyrA和cheA基因可以鉴定出枯草芽孢杆菌组、解淀粉芽孢杆菌组的亚种,gyrA基因能够鉴定蜡样芽孢杆菌组的亚种,cheA基因能区分巨大芽孢杆菌和阿氏芽孢杆菌。应用所提方法,将19株芽孢杆菌分离株鉴定为茹氏短芽孢杆菌(Brevibacillus reuszeri)、Bacillus mesonae、五大连池芽孢杆菌(Bacillus wudalianchiensis)、大猩猩芽孢杆菌(Bacillus massiliogorillae)、枯草芽孢杆菌枯草亚种(Bacillus subtilis subsp.subtilis)、蜡样芽孢杆菌、阿氏芽孢杆菌和贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)。

摘要： 目的探讨广东地区不同耐药表型的结核分枝杆菌临床分离株利福平耐药基因rpoB变异特征,为更精准快速分子检测技术的研发提供依据。方法从分枝杆菌菌种保藏库中筛选利福平(R)、异烟肼(H)、乙胺丁醇(E)、链霉素(s)敏感性明确的结核分枝杆菌临床分离株373株。对373株临床分离株采用聚合酶链式反应技术扩增包含利福平耐药决定区(RRDR)在内的rpoB基因片段并进行序列测定与分析。结果(1)373株菌株样本中,192株检测到rpoB基因变异,共发生225个突变包括碱基置换、插入、缺失在内的40种突变种类,531、526、511、516、533、515位点突变最为常见,占比分别为43.11%(97/225)、20.89%(47/225)、10.22%(23/225)、8%(18/225)、4.44%(10/225)、4%(9/225);(2)192例rpoB突变株中,159株仅发生单位点突变,33株发生双位点突变,其中D516V、H526L、H526D、H526R、S531W等14种突变种类只在单位点突变中出现,为单位点特有变异,M515T、H526Q、D516G、M515V、E541A等21种突变种类只在双位点突变中出现,为双位点特有变异,S531L、L511P、H526Y等5个种类突变为单双位点共有变异,不存在3个位点的同时变异。(3)对4个一线药物全敏感菌株(Q)、R敏感H耐药株(RSHR)、R耐药H敏感株(RRHS)和耐HR株(MDR)的rpoB基因突变率分别为4.67%(5/107)、28.42%(27/95)、90.62(29/32)、94.24%(131/139),除RRHS与MDR株间突变率不具统计学差异外(P>0.05),Q/R^(S)H^(R)、Q/R^(R)H^(S)、Q/MDR、R^(S)H^(R)/R^(R)H^(S)、R^(S)H^(R)/MDR间rpoB基因突变率具有统计学差异(均P<0.001)。结论广东地区结核分枝杆菌rpoB基因突变具有多样性、地域性特点,不同耐药表型可能对rpoB基因突变产生深远影响。

摘要： 文中旨在建立结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB的荧光分子标记,为分子药物敏感性试验提供简便、可靠的基因分型检测方法.对比分析利福平耐药菌株rpoB基因531、526、516、511、513等氨基酸位点的基因突变与敏感菌株中等位基因的序列差异,结合PARMS技术(Penta-primer amplification refractory mutation system),建立rpoB基因的荧光分子标记.利用其对104例结核分枝杆菌临床分离株进行检测,经Sanger测序验证,正确率100％.并采用比例法药敏试验对这104份样本进行了利福平耐药性鉴定,与分子标记结果相符率为94.23％.结果表明,分子标记有较强可靠性,能检出表型药敏无法测出的低浓度耐药样本(511/533单位点突变).建立的11组荧光分子标记能覆盖92％-96％的利福平耐药菌株rpoB基因突变类型,为快速检测结核分枝杆菌利福平耐药提供新思路.

摘要： 【目的】了解福建省莆田市番鸭源鸭疫里默氏杆菌的耐药性及rpoB基因突变情况。【方法】无菌采集病死番鸭的脑、心脏、肝脏进行细菌分离纯化,提取分离株基因组DNA,利用16S rDNA基因特异性引物进行PCR鉴定,纸片法进行药敏试验,扩增并分析rpoB基因利福平耐药决定区序列。【结果】共分离到49株鸭疫里默氏杆菌,这些菌株均表现广谱耐药性,耐药谱介于11~21种药物,分离株对氨基糖苷类、大环内酯类、复方新诺明、多黏菌素B和利福平等药物的耐药性高,对四环素类、β-内酰胺类和氟苯尼考等药物的敏感性高。44株利福平耐药菌的rpoB基因出现R494K(43/44)单点突变和R494K和V382I(1/44)的双点突变,R494K单点突变也在1株利福平敏感菌中发现。【结论】近期防治鸭传染性浆膜炎可首选四环素类、β-内酰胺类和氟苯尼考等药物,利福平耐药决定区氨基酸的R494K单点突变可能是鸭疫里默氏杆菌对利福平耐药的主要机制之一。

摘要： 目的：本研究选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法，对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析，在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类。方法：14株鸡杆菌分离株均由河南农业大学禽病研究所分离鉴定，并保存。PCR扩增14株分离株的gyrB、16S rRNA和rpoB三个看家基因，PCR产物纯化后直接测序。运用DNA star软件中的Jotun hein算法，将鸡杆菌分离株、国外参考株的三个看家基因序列进行比较分析，并用Phylip3.67软件构建进化树。结果：14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌模式株间的相似性为96.3%-98.0%(gyrB),97.7%-99.60%(16S rRNA)和97.7%-99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosg.1)参考株间的同源性为88.8%-89.9%(gyrB)、96.2%-97.5%(16S rRNA)和92.6%-93.6%(rpoB)；鸡杆菌陕西株与河南株之间的同源性为97.3%-99.8%(gyrB),98.1%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);鸡杆菌健康鸡分离株与发病鸡分离株之间的同源性为97.1%-99.5%(gyrB)、98.0%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);基于三个看家基因序列的进化分析，均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。结论：结果表明14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种，鸡杆菌复合群1是与鸭源鸡杆菌亲缘关系最近的一个种。gyrB基因可用于鸡杆菌种类鉴定及系统发育分析;由鸡杆菌分离株与复合群1参考株之间的同源性分析结果可知，基于gyrB基因序列比较结果明显比基于16S rRNA、rpoB基因序列比较的相似性要低，表明gyrB基因在鸡杆菌近缘种同源性分析时能显示出较大的差异，更适合于区别近缘种。陕西的3株鸡杆菌与河南的11株鸡杆菌之间的同源性非常高，介于97.3%-100%，它们在进化树中处于同一个群，没有形成各自的分支;健康鸡分离的3株鸡杆菌与输卵管炎病鸡分离的11株鸡杆菌间的同源性介于97.1%-100%之间，在进化树中处于同一个群中，没有形成各自的分支，从而表明:在gyrB,rpoB和16S rRNA三个看家基因位点，鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异。

摘要： 目的：本研究选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法，对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析，在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类。方法：14株鸡杆菌分离株均由河南农业大学禽病研究所分离鉴定，并保存。PCR扩增14株分离株的gyrB、16S rRNA和rpoB三个看家基因，PCR产物纯化后直接测序。运用DNA star软件中的Jotun hein算法，将鸡杆菌分离株、国外参考株的三个看家基因序列进行比较分析，并用Phylip3.67软件构建进化树。结果：14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌模式株间的相似性为96.3%-98.0%(gyrB),97.7%-99.60%(16S rRNA)和97.7%-99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosg.1)参考株间的同源性为88.8%-89.9%(gyrB)、96.2%-97.5%(16S rRNA)和92.6%-93.6%(rpoB)；鸡杆菌陕西株与河南株之间的同源性为97.3%-99.8%(gyrB),98.1%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);鸡杆菌健康鸡分离株与发病鸡分离株之间的同源性为97.1%-99.5%(gyrB)、98.0%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);基于三个看家基因序列的进化分析，均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。结论：结果表明14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种，鸡杆菌复合群1是与鸭源鸡杆菌亲缘关系最近的一个种。gyrB基因可用于鸡杆菌种类鉴定及系统发育分析;由鸡杆菌分离株与复合群1参考株之间的同源性分析结果可知，基于gyrB基因序列比较结果明显比基于16S rRNA、rpoB基因序列比较的相似性要低，表明gyrB基因在鸡杆菌近缘种同源性分析时能显示出较大的差异，更适合于区别近缘种。陕西的3株鸡杆菌与河南的11株鸡杆菌之间的同源性非常高，介于97.3%-100%，它们在进化树中处于同一个群，没有形成各自的分支;健康鸡分离的3株鸡杆菌与输卵管炎病鸡分离的11株鸡杆菌间的同源性介于97.1%-100%之间，在进化树中处于同一个群中，没有形成各自的分支，从而表明:在gyrB,rpoB和16S rRNA三个看家基因位点，鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异。

摘要： 目的：本研究选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法，对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析，在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类。方法：14株鸡杆菌分离株均由河南农业大学禽病研究所分离鉴定，并保存。PCR扩增14株分离株的gyrB、16S rRNA和rpoB三个看家基因，PCR产物纯化后直接测序。运用DNA star软件中的Jotun hein算法，将鸡杆菌分离株、国外参考株的三个看家基因序列进行比较分析，并用Phylip3.67软件构建进化树。结果：14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌模式株间的相似性为96.3%-98.0%(gyrB),97.7%-99.60%(16S rRNA)和97.7%-99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosg.1)参考株间的同源性为88.8%-89.9%(gyrB)、96.2%-97.5%(16S rRNA)和92.6%-93.6%(rpoB)；鸡杆菌陕西株与河南株之间的同源性为97.3%-99.8%(gyrB),98.1%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);鸡杆菌健康鸡分离株与发病鸡分离株之间的同源性为97.1%-99.5%(gyrB)、98.0%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);基于三个看家基因序列的进化分析，均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。结论：结果表明14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种，鸡杆菌复合群1是与鸭源鸡杆菌亲缘关系最近的一个种。gyrB基因可用于鸡杆菌种类鉴定及系统发育分析;由鸡杆菌分离株与复合群1参考株之间的同源性分析结果可知，基于gyrB基因序列比较结果明显比基于16S rRNA、rpoB基因序列比较的相似性要低，表明gyrB基因在鸡杆菌近缘种同源性分析时能显示出较大的差异，更适合于区别近缘种。陕西的3株鸡杆菌与河南的11株鸡杆菌之间的同源性非常高，介于97.3%-100%，它们在进化树中处于同一个群，没有形成各自的分支;健康鸡分离的3株鸡杆菌与输卵管炎病鸡分离的11株鸡杆菌间的同源性介于97.1%-100%之间，在进化树中处于同一个群中，没有形成各自的分支，从而表明:在gyrB,rpoB和16S rRNA三个看家基因位点，鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异。

摘要： 目的：本研究选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法，对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析，在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类。方法：14株鸡杆菌分离株均由河南农业大学禽病研究所分离鉴定，并保存。PCR扩增14株分离株的gyrB、16S rRNA和rpoB三个看家基因，PCR产物纯化后直接测序。运用DNA star软件中的Jotun hein算法，将鸡杆菌分离株、国外参考株的三个看家基因序列进行比较分析，并用Phylip3.67软件构建进化树。结果：14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌模式株间的相似性为96.3%-98.0%(gyrB),97.7%-99.60%(16S rRNA)和97.7%-99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosg.1)参考株间的同源性为88.8%-89.9%(gyrB)、96.2%-97.5%(16S rRNA)和92.6%-93.6%(rpoB)；鸡杆菌陕西株与河南株之间的同源性为97.3%-99.8%(gyrB),98.1%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);鸡杆菌健康鸡分离株与发病鸡分离株之间的同源性为97.1%-99.5%(gyrB)、98.0%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);基于三个看家基因序列的进化分析，均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。结论：结果表明14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种，鸡杆菌复合群1是与鸭源鸡杆菌亲缘关系最近的一个种。gyrB基因可用于鸡杆菌种类鉴定及系统发育分析;由鸡杆菌分离株与复合群1参考株之间的同源性分析结果可知，基于gyrB基因序列比较结果明显比基于16S rRNA、rpoB基因序列比较的相似性要低，表明gyrB基因在鸡杆菌近缘种同源性分析时能显示出较大的差异，更适合于区别近缘种。陕西的3株鸡杆菌与河南的11株鸡杆菌之间的同源性非常高，介于97.3%-100%，它们在进化树中处于同一个群，没有形成各自的分支;健康鸡分离的3株鸡杆菌与输卵管炎病鸡分离的11株鸡杆菌间的同源性介于97.1%-100%之间，在进化树中处于同一个群中，没有形成各自的分支，从而表明:在gyrB,rpoB和16S rRNA三个看家基因位点，鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异。

摘要： 目的：本研究选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法，对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析，在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类。方法：14株鸡杆菌分离株均由河南农业大学禽病研究所分离鉴定，并保存。PCR扩增14株分离株的gyrB、16S rRNA和rpoB三个看家基因，PCR产物纯化后直接测序。运用DNA star软件中的Jotun hein算法，将鸡杆菌分离株、国外参考株的三个看家基因序列进行比较分析，并用Phylip3.67软件构建进化树。结果：14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌模式株间的相似性为96.3%-98.0%(gyrB),97.7%-99.60%(16S rRNA)和97.7%-99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosg.1)参考株间的同源性为88.8%-89.9%(gyrB)、96.2%-97.5%(16S rRNA)和92.6%-93.6%(rpoB)；鸡杆菌陕西株与河南株之间的同源性为97.3%-99.8%(gyrB),98.1%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);鸡杆菌健康鸡分离株与发病鸡分离株之间的同源性为97.1%-99.5%(gyrB)、98.0%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);基于三个看家基因序列的进化分析，均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。结论：结果表明14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种，鸡杆菌复合群1是与鸭源鸡杆菌亲缘关系最近的一个种。gyrB基因可用于鸡杆菌种类鉴定及系统发育分析;由鸡杆菌分离株与复合群1参考株之间的同源性分析结果可知，基于gyrB基因序列比较结果明显比基于16S rRNA、rpoB基因序列比较的相似性要低，表明gyrB基因在鸡杆菌近缘种同源性分析时能显示出较大的差异，更适合于区别近缘种。陕西的3株鸡杆菌与河南的11株鸡杆菌之间的同源性非常高，介于97.3%-100%，它们在进化树中处于同一个群，没有形成各自的分支;健康鸡分离的3株鸡杆菌与输卵管炎病鸡分离的11株鸡杆菌间的同源性介于97.1%-100%之间，在进化树中处于同一个群中，没有形成各自的分支，从而表明:在gyrB,rpoB和16S rRNA三个看家基因位点，鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异。

摘要： 本文通过来自遵义地区结核病人临床痰标本，运用结核分枝杆菌培养、菌型鉴定、利福平药物敏感试验，结核分枝杆菌菌株分离，以及rpoB基因PCR扩增及DNA序列分析检测rpoB基因包括“利福平耐药决定区”81bp在内的688bp区域有无突变及其性质，初步了解该地区结核病人结核分枝杆菌rpoB基因突变的特点及规律，探讨根据基因型判断结核分枝杆菌对利福平耐药的可行性，为建立一个检测MDR-TB基因诊断技术打下基础。

摘要： 本文通过来自遵义地区结核病人临床痰标本，运用结核分枝杆菌培养、菌型鉴定、利福平药物敏感试验，结核分枝杆菌菌株分离，以及rpoB基因PCR扩增及DNA序列分析检测rpoB基因包括“利福平耐药决定区”81bp在内的688bp区域有无突变及其性质，初步了解该地区结核病人结核分枝杆菌rpoB基因突变的特点及规律，探讨根据基因型判断结核分枝杆菌对利福平耐药的可行性，为建立一个检测MDR-TB基因诊断技术打下基础。

摘要： 本文通过来自遵义地区结核病人临床痰标本，运用结核分枝杆菌培养、菌型鉴定、利福平药物敏感试验，结核分枝杆菌菌株分离，以及rpoB基因PCR扩增及DNA序列分析检测rpoB基因包括“利福平耐药决定区”81bp在内的688bp区域有无突变及其性质，初步了解该地区结核病人结核分枝杆菌rpoB基因突变的特点及规律，探讨根据基因型判断结核分枝杆菌对利福平耐药的可行性，为建立一个检测MDR-TB基因诊断技术打下基础。

摘要： 本文通过来自遵义地区结核病人临床痰标本，运用结核分枝杆菌培养、菌型鉴定、利福平药物敏感试验，结核分枝杆菌菌株分离，以及rpoB基因PCR扩增及DNA序列分析检测rpoB基因包括“利福平耐药决定区”81bp在内的688bp区域有无突变及其性质，初步了解该地区结核病人结核分枝杆菌rpoB基因突变的特点及规律，探讨根据基因型判断结核分枝杆菌对利福平耐药的可行性，为建立一个检测MDR-TB基因诊断技术打下基础。

摘要： 目的：开发快速检测耐利福平和/或异烟肼结核分枝杆菌rpoB、katG、inhA基因突变的DNA芯片. 方法：根据结核杆菌rpoB、katG、inhA基因序列设计探针并制作基因芯片,从临床样品中分离出结核杆菌的基因组DNA,PCR扩增含有上述几个基因突变位点的特异DNA片段,并事先在PCR引物的5'端作生物素标记,然后与膜条芯片上的检测特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,通过生物素-链霉亲和素-过氧化物酶体系显色,直接观察突变情况,以此来判断耐药结果. 结果：35个利福平和异烟肼单耐药或双重耐药的结核分枝杆菌中有82.9﹪(29/35)用芯片法检出的结果与药敏培养法一致.其中利福平耐药样品突变检出率为100﹪(26/26);有20﹪(6/30)异烟肼耐药的样品芯片未检出突变,可能是突变发生在芯片检测位点范围之外. 结论：用DNA芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,具有较高的特异性和敏感性,可用于临床结核杆菌耐药性检测.

摘要： 本发明属于分子生物学检测领域，涉及结核分枝杆菌利福平耐药性检测方法，提出一种检测结核分枝杆菌rpoB突变基因的方法，采用以下步骤：培养-提取-扩增-纯化-消化-分离-密集-显像-鉴定，与现有的同类检测方法相比，由于采用一次培养，采用新型上、下游引物，由于采用纯化步骤，采用裂解消化，采用在显像前经过密集步骤，由于采用标记地高辛抗体显色系统，以及采用常规设备和易得药剂，所以本发明具有检测快速、检出率高、图谱识别性好、鉴定准确、成本低等显著优点，更确切有效地满足临床诊治的需求。

摘要： 本发明公开了一种检测结核分枝杆菌rpoB基因利福平耐药决定区（RRDR）突变型方法，包括PCR扩增、SAP酶消化、转录、限制性内切酶酶切、纯化、质谱仪检测等步骤。基于该方法，可建立结核分枝杆菌野生型及突变型RRDR的特征酶切质谱峰图数据库。根据实验产生的质谱峰图，与数据库进行比对，以检测结核分枝杆菌rpoB基因RRDR是否突变及突变型，从而判断结核分枝杆菌对利福平的耐药性。检测结果可广泛运用于临床检验、疾病预防、流行病调查、进出口检验等领域。

摘要： 本发明公开了一种rpoB基因突变检测液相芯片和特异性引物，液相芯片主要包括有：5’端的tag序列和3’端针对突变位点的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物是：SEQ IDNO.21及SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24、SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28～SEQ ID NO.31中的一种以上、SEQ ID NO.32及SEQ ID NO.33、SEQ ID NO.34及SEQ ID NO.35～SEQ ID NO.36中的一种以上、SEQ ID NO.37及SEQ IDNO.38、和/或SEQ ID NO.39及SEQ ID NO.40；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.20中的序列；分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球；扩增引物。本发明所提供的液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％。所制备的rpoB基因突变检测液相芯片具有很好的信号-噪声比，并可实现多个突变位点的并行检测。

摘要： 本发明涉及利福平的抗性基因及其应用，具体公开了利福平的新型抗性基因rpoB_like基因，其序列如SEQ ID No.1所示。经序列相似度比对，没有在基因组上发现目前已知的抗性基因。本发明还公开了该基因的检测方法以及检测试剂。本发明对了解利福平的耐药机制和补充耐药数据库提供了帮助，也为之后对抗利福平耐药的研究提供了理论支持，为解决利福平耐药提供靶点，为对抗细菌耐药研究奠定基础。

摘要： 本发明公开了一种核酸分子、PCR引物对及用于检测禽毛滴虫rpoB基因的试剂盒。发明人通过长期研究，在禽毛滴虫中克隆得到如SEQ ID NO:1所示的禽毛滴虫rpoB全长基因编码序列，并利用该rpoB全长基因编码序列进一步设计得到能够检测禽毛滴虫rpoB基因及其转录水平的PCR引物对和相应的PCR反应条件，进而组装成用于检测禽毛滴虫rpoB基因的试剂盒，从而可以满足寄生生物学、生命科学研究者的检测需要，以及促进对该病原的基因水平检测及其致病机制研究的进展，为基因功能研究和药物开发等研究工作提供有利技术支撑。上述PCR引物对重复性高，特异性强，灵敏度高，对非目的基因没有扩增信号。

摘要： 本发明公开了一种新型rpoB基因SNP位点引起利福平抗性的精准检测方法及其应用。方法包含不同利福平抗性菌株收集、基因组DNA提取以及基因组DNA的Nanopore和Illumina测序；测序数据经质控后采用Unicycler软件对样品的测序数据进行混合组装，获得菌株的完整基因组数据；利用Prokka软件对获得的基因组进行注释，经DANMAN软件对注释结果中不同菌株的rpoB基因进行比对获得SNP位点信息。相比于现有技术，本发明采用Nanopore和Illumina测序技术，测序通量更高、读长更长、精确度更高，组装过程中可对数据进行自我校准，获得的基因组准确度更高，进而能够获得更加精准的SNP位点信息，有效避免了PCR扩增过程中错配率问题对检测结果的干扰，进而能够精准识别新型SNP位点引起的利福平抗性。

摘要： 本发明涉及一种LAMP同时检测结核杆菌复合菌群及rpoB基因突变的引物组、试剂盒及方法，引物组包括结核杆菌复合菌群IS6110基因扩增引物、rpoB基因扩增引物组；结核杆菌复合菌群IS6110基因扩增引物的F3、B3、LF、LB、FIP、BIP序列依次如SEQ ID NO:4～SEQ ID NO:9所示；rpoB基因扩增引物组包括rpoB基因516密码子野生型扩增引物、rpoB基因526密码子野生型扩增引物以及rpoB基因531密码子野生型扩增引物中的一种或几种，rpoB基因516密码子野生型扩增引物的F3、B3、FIP、BIP序列依次如SEQ ID NO:10～SEQ ID NO:13所示，rpoB基因526密码子野生型扩增引物的F3、B3、FIP、BIP序列依次如SEQ ID NO:14～SEQ ID NO:17所示，rpoB基因531密码子野生型扩增引物的F3、B3、FIP、BIP序列依次如SEQ ID NO:18～SEQ ID NO:21所示。

摘要： 本发明公开了结核分枝杆菌rpoB突变基因及其用途，该突变基因与正常rpoB基因相比，具有c.1843G>A突变位点；本发明用候选基因筛查的方法，对中国33株耐利福平结核菌株中进行检测，首次发现该基因突变位点，在耐利福平的结核菌株中rpoB基因突变c.1843G>A具有一定的发生频率，因此rpoB基因突变c.1843G>A可以作为临床利福平耐药菌株耐药分子机制的诊断依据。

摘要： 本发明公开了一种基于rpoB基因鉴定高同源性海洋弧菌的方法。本发明首先通过分析海洋弧菌种间rpoB基因序列，设计了海洋弧菌rpoB基因特异性引物。然后以50株海洋弧菌的基因组DNA为模板，利用上述引物，选择适宜的扩增体系和扩增条件进行PCR扩增，结合测序技术实现对海洋弧菌的快速准确鉴定。利用该方法可对同源性高的海洋弧菌进行检测，简单快速，正确率高，克服了目前16S rRNA测序鉴定正确率低的问题。本发明可用于水体和临床样品的监督和检测、海洋弧菌的流行病学调查及进化分析等，涉及临床诊断、水产养殖、食品安全等领域，具有深远的社会效益和较大的经济效益。

摘要： 本发明公开了一种检测结核分枝杆菌rpoB基因利福平耐药决定区（RRDR）突变型方法，包括PCR扩增、SAP酶消化、转录、限制性内切酶酶切、纯化、质谱仪检测等步骤。基于该方法，可建立结核分枝杆菌野生型及突变型RRDR的特征酶切质谱峰图数据库。根据实验产生的质谱峰图，与数据库进行比对，以检测结核分枝杆菌rpoB基因RRDR是否突变及突变型，从而判断结核分枝杆菌对利福平的耐药性。检测结果可广泛运用于临床检验、疾病预防、流行病调查、进出口检验等领域。