豫陕两省14株鸡杆菌的gyrB、16S rRNA和rpoB基因序列比较分析

摘要

目的：本研究选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法，对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析，在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类。方法：14株鸡杆菌分离株均由河南农业大学禽病研究所分离鉴定，并保存。PCR扩增14株分离株的gyrB、16S rRNA和rpoB三个看家基因，PCR产物纯化后直接测序。运用DNA star软件中的Jotun hein算法，将鸡杆菌分离株、国外参考株的三个看家基因序列进行比较分析，并用Phylip3.67软件构建进化树。结果：14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌模式株间的相似性为96.3%-98.0%(gyrB),97.7%-99.60%(16S rRNA)和97.7%-99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosg.1)参考株间的同源性为88.8%-89.9%(gyrB)、96.2%-97.5%(16S rRNA)和92.6%-93.6%(rpoB)；鸡杆菌陕西株与河南株之间的同源性为97.3%-99.8%(gyrB),98.1%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);鸡杆菌健康鸡分离株与发病鸡分离株之间的同源性为97.1%-99.5%(gyrB)、98.0%-99.9%(16S rRNA)和98.6%-100%(rpoB);基于三个看家基因序列的进化分析，均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。结论：结果表明14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种，鸡杆菌复合群1是与鸭源鸡杆菌亲缘关系最近的一个种。gyrB基因可用于鸡杆菌种类鉴定及系统发育分析;由鸡杆菌分离株与复合群1参考株之间的同源性分析结果可知，基于gyrB基因序列比较结果明显比基于16S rRNA、rpoB基因序列比较的相似性要低，表明gyrB基因在鸡杆菌近缘种同源性分析时能显示出较大的差异，更适合于区别近缘种。陕西的3株鸡杆菌与河南的11株鸡杆菌之间的同源性非常高，介于97.3%-100%，它们在进化树中处于同一个群，没有形成各自的分支;健康鸡分离的3株鸡杆菌与输卵管炎病鸡分离的11株鸡杆菌间的同源性介于97.1%-100%之间，在进化树中处于同一个群中，没有形成各自的分支，从而表明:在gyrB,rpoB和16S rRNA三个看家基因位点，鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异。