16SrRNA基因

摘要： 为实现山羊传染性胸膜肺炎(CCPP)快速检测,研究基于病原体山羊支原体山羊肺炎亚种的16S rRNA基因,设计合成特异性引物及探针,采用5’FAM-TAMRA3’标记物进行标记。结果显示,试验建立的CCPP-16S实时荧光定量PCR方法可特异性检测CCPP,产生特异性荧光信号,对相关其他病菌无法检出荧光信号;以CCPP-16S载体质粒为标准品,构建荧光标准曲线,探针的检测敏感度可达10^(2.06)copies/μL DNA。研究表明,试验建立的实时荧光定量PCR方法可快速特异性检测CCPP,有待临床实践应用验证。

摘要： 目的:检查34批金银花饮片的微生物限度,对其微生物污染情况进行分析。方法:按《中国药典》2020年版方法,测定金银花饮片的需氧菌总数(TAMC)、耐热菌总数(HRMC)、霉菌和酵母菌总数(TYMC)、耐胆盐G-菌数并检查大肠埃希菌、沙门菌,采用VITEK2Compact30对大肠埃希菌、沙门菌检查中分离的菌株进行鉴定。对优势菌属的16SrRNA基因中的V1~V3区进行扩增、测序,并构建分子进化树进行同源聚类分析。结果:34批金银花饮片lgTAMC平均值为3.7,lgHRMC平均值为1.6,lgTYMC平均值为1.8。在控制菌方面,耐胆盐G-菌的可能菌数(N>10)检出率为41.2%(14/34),大肠埃希菌、沙门菌均未检出,1批样品检出铜绿假单胞菌。分离出细菌51株,其中Pantoea.spp和E.cloacae complex二者约占分离菌数的66.7%(34/51)。聚类分析表明,分离出的Pantoea.spp可分为4组,E.cloacae complex可分为3组。结论:34批金银花饮片微生物限度符合药典规定,Pantoea.spp和E.cloacae complex是其常见污染菌属且部分菌株具有高度相似性,应更深入开展风险评估工作,加强中药饮片微生物限度质量标准研究与质量控制措施。

摘要： 丙酸累积是影响厌氧消化系统稳定性的主要因素,为了考察酒糟厌氧消化过程中间代谢产物的累积情况,以总固体含量(TS)(质量分数)5%和7%的白酒糟为发酵原料进行了批次试验。结果表明,乙酸(最高浓度33~129 mmol/L)、丙酸(39~61 mmol/L)、丁酸(5~44 mmol/L)和15种氨基酸(0.01~0.3 mmol/L)为主要中间代谢产物。为了探究其中关键的丙酸降解菌群,以酒糟原始沼液JO为植种源,10 mmol/L丙酸和0.1 mmol/L混合氨基酸为复合碳源进行富集培养,获得中温厌氧丙酸-氨基酸培养系JO-AP。高通量测序分析表明,互营丙酸降解菌与厚壁菌门(Firmicutes)的丙酸厌氧降解菌(Pelotomaculum schinkii)近缘,16S rRNA基因相似性100%,占细菌总丰度的16.7%。对比酒糟原始沼液JO、丙酸培养系JO-P及丙酸-氨基酸培养系JO-AP中的主要功能菌群,发现采用单一碳源和复合碳源获得的优势互营丙酸降解菌不同;传统培养与分子生物学技术相结合可以更全面地掌握系统中的微生物群落组成。

摘要： 对洞庭湖区水体及沉积物的理化特性进行分析,并采用纯培养分离及16S rRNA基因序列分析方法对其细菌的群落结构进行研究。结果表明,洞庭湖区水体为中性偏碱性水质,东、南、西洞庭综合营养状态指数分别为43.77、46.26和48.16,皆属于中营养水平。从洞庭湖水体及沉积物中共获得94株细菌,隶属于4门17属41种,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria),其次为厚壁菌门(Firmicutes),优势属为不动杆菌属(Acinetobacter)。细菌群落结构在空间分布上有较大差异,从水样和沉积物中共分离到17个属,只有5个属为共有属,水样中有8个特有属,沉积物样品中有4个特有属;东洞庭湖水体和沉积物中菌种种类及丰度高于其他2个湖区。研究结果显示,洞庭湖区可培养细菌资源丰富,细菌群落空间分布差异较为明显,水体富营养化程度高的区域细菌多样性低,说明湖区的污染程度不同,导致水质理化指标的差异,进而影响细菌群落结构及多样性。因此外源污染引起的理化因子的改变对微生物的菌群结构及多样性有较大影响。

摘要： 自浙江发病泥蚶中分离到1株优势菌J14,采用人工感染试验、形态及生化特征分析、16S rRNA基因序列测定和药敏试验等方法,对该菌株进行鉴定并分析其相关特性。结果表明,菌株J14感染泥蚶的96h半致死密度为7.74×10^(6)个/mL,对泥蚶具有较强的致病性。菌株J14为革兰氏阴性细菌,经硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基分离为黄色不发光菌落,结合生理生化特征和16S rRNA基因序列分析,鉴定该菌株为哈维氏弧菌。毒力基因的携带情况显示,哈维氏弧菌J14可检测到群体效应调节基因luxR,毒力调控基因toxR,溶血素基因vhhA、vhhB,毒力相关基因toxS,几丁质酶基因chiA,丝氨酸蛋白酶基因7种毒力基因。药敏结果显示,哈维氏弧菌J14对青霉素、氨苄西林、阿莫西林、杆菌肽4种药物不敏感,对红霉素、多黏菌素B中度敏感,对庆大霉素、卡那霉素、复方新诺明等26种常用抗生素药物敏感。研究结果可为泥蚶弧菌病的防治提供参考资料。

摘要： 细菌16S rRNA基因扩增测序是当前环境微生物组学研究中应用最为广泛的方法之一。然而,测序序列最小分类单元的划分有多种方式,其对微生物多样性下游分析结果的影响还有待进一步探究。本研究通过提取5组环境样本(森林、农田、湿地土壤、湖泊沉积物和水体)的DNA进行16S rRNA基因扩增测序,对测序结果同时采用5种最小分类单元的划分方式(基于97%、98%、99%和100%序列相似性聚类的OTU以及基于DADA2算法得到的ASV)进行划分,比较分析最小分类单元划分方法对微生物群落多样性、组成、以及其与环境因子关联性分析造成的影响。结果表明,提高分类分辨率,能够获得更高的群落α多样性(Chao1和Shannon)和β多样性(P < 0.05),而相对于按序列相似性聚类的OTU,ASV方法会在一定程度上降低Chao1和PD指数。对于群落组成,分类单元的划分方式主要影响微生物组一些低丰度属(< 0.2%)的占比,而对较高的分类学水平(门水平)组成的影响较小。此外,冗余分析的结果表明,提高分类分辨率水平,能够使得环境因子对微生物群落能够获得更高的解释度,同时也会影响各环境因子对群落组成的解释度排序。总之,本研究明晰了最小分类单元的不同划分方式会对微生物组多样性、组成以及与环境因子的关联性造成的影响,为后续环境微生物组学研究提供了理论指导。

摘要： 根系分泌物可有效降解有机污染物,目前尚不清楚根系分泌物对土壤中多环芳烃(PAH)降解效果、降解基因及相关功能菌丰度的影响。本研究采用盆栽试验,探索不同浓度(10、20、40、80 mg/kg)人工根系分泌物、水稻根系分泌物对PAH(NAP、PHE、PYR)降解率、降解基因(nidA、nahAc、phe)丰度和细菌群落结构的影响。结果表明,添加10~80 mg/kg的人工和水稻根系分泌物处理皆可在一定程度提高土壤中NAP、PHE、PYR的降解率,且降解率随着根系分泌物浓度的增加呈先增加后降低趋势,整体以40 mg/kg效果较佳。qRT-PCR和16S rRNA高通量测序表明,与CK处理相比,根系分泌物处理下微生物群落丰度发生明显变化,且不同时间、不同浓度皆可影响群落结构特征。相关性分析结果表明,PAH降解效率、降解基因丰度、PAH功能菌三者间皆具有很强的相关性;人工根系分泌物处理下PAH降解率与nidA基因、诺卡氏菌属(Nocardioides)和分枝杆菌属(Mycobacterium)呈极显著正相关(P<0.01),水稻根系分泌物处理下PAH降解率与nahAc基因、假单胞菌属(Pseudomonas)呈极显著正相关。综上,人工根系分泌物及水稻根系分泌物皆可促进土壤中PAH的生物降解。

摘要： 从南疆地区采集到5份疑似牛支原体的组织病料及若干鼻拭子,使用PPLO培养基进行分离纯化,并进行了形态学检测、分子生物学检测、基因序列分析、鸡胚致病性试验。结果表明,分离株在MTA固体培养基中呈典型煎蛋状,有中心脐,光滑,整齐。通过支原体通用引物与牛支原体特异引物检测16S rRNA基因与uvrc基因在1021与1626 bp处均得到目的条带。测序完成后通过同源性比对,确定22份纯培养物为3株牛支原体。3株牛支原体之间同源性为98.2%~98.5%,其中分离株1与FJ-HJ亲缘关系最近;分离株2与NM2012、MYC82亲缘关系最近;分离株3与MYC82亲缘关系最近。在使用109 CCU/mL浓度对鸡胚攻毒后,3株牛支原体均对存活鸡胚表现出不同程度的生长抑制,但对鸡胚的致死率较低,3株牛支原体均为弱毒株。

摘要： 群落生态构建过程是近年来微生物群落生态学的研究热点。室内饲养可引起肠道菌群的剧烈变化,这种改变是否会影响群落的构建过程,一直未见报道。本文以高原鼠兔(Ochotona curzoniae)为对象,采用16S rRNA测序技术,探讨室内饲养和野生高原鼠兔肠道微生物群落在结构、功能以及群落构建过程等方面的差异。结果表明,在繁殖季节,室内饲养组的群落多样性指数和均匀度指数均显著低于野外组;群落丰度指数和群落覆盖度指数在非繁殖季节显著高于繁殖季节。拟杆菌门(Bacteroidetes)在室内饲养组显著富集,而厚壁菌门(Firmicute)和浮霉菌门(Planctomycetes)在野外组显著富集;在野外组,Epsilonbacteraeota和软壁菌门(Tenericutes)在繁殖季节显著富集。菌群功能分析显示,室内饲养组与野生组在细胞通讯和心血管疾病通路存在显著差异;野外组繁殖季节与非繁殖季节肠道菌群功能在氨基酸代谢、碳水化合物代谢和脂质代谢等通路存在显著差异。中性模型拟合结果表明,室内饲养明显降低了菌群构建的随机过程。野外组生理状态也会降低菌群构建的随机性。本研究证明室内饲养和宿主生理状态均会对高原鼠兔肠道菌群组成及群落构建产生影响,此结果为实现高原鼠兔室内繁殖提供了新的理论基础。

摘要： 为探明桃蚜Myzus persicae体内微生物群落结构及其种类多样性,采用Illumina HiSeq二代测序技术检测桃蚜体内细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因序列的方法,分析取食白菜Brassica pekinensis和甘蓝Brassica oleracea的无翅孤雌桃蚜成虫体内微生物群落结构及多样性。研究结果获得桃蚜体内细菌16S rDNA和真菌ITS1优质序列分别为473750条和472980条,并根据序列相似性对其进行聚类分析,分别获得959个和1424个OTUs。基于OTUs分类结果,共注释鉴定细菌类群26个门、55个纲、128个目、227个科、419属、451种,真菌类群10个门、31个纲、77个目、172个科、343属、441种。其中,在门级水平上,取食白菜和甘蓝的桃蚜体内细菌类群均以变形菌门Proteobacteria内的细菌(占73.11%,80.10%)为优势菌;真菌类群均以子囊菌门Ascomycota真菌(占51.91%,50.98%)为优势菌。在属级水平上,取食白菜和甘蓝的桃蚜体内细菌均以布赫纳氏菌属Buchnera(占60.82%,56.11%)为优势属,而其次优势细菌属则分别为未培养的叶绿体菌Chloroplas(占2.84%)和立克次氏小体属Rickettsiella(占10.04%);取食白菜的桃蚜体内真菌优势属为青霉属Penicillium(占5.15%),次优势菌属为被孢霉属Mortierella(占3.83%),而取食甘蓝的桃蚜体内真菌优势属为曲霉属Aspergillus(占3.93%),次优势菌属为被孢霉属Mortierella(占3.86%)。以上研究结果表明取食不同植物的桃蚜体内微生物群落结构和种类多样性存在一定差异。α多样性指数表明桃蚜体内微生物群落结构具有较高的丰富度和多样性。研究结果为进一步挖掘桃蚜体内关键微生物,并解析其生物学功能及其利用等方面奠定了重要基础。

摘要： 目的:为鉴定动物产品中驴、马和狐狸源性成分,建立了能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR体系. 方法:以驴肉、马肉和狐狸肉及其加工制品为研究对象,以动物线粒体保守序列16SrRNA基因为靶基因,设计特异性引物和以不同荧光素标记的特异TaqMan探针.通过优化PCR反应体系和条件,建立能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR方法.利用牛、猪、羊、水貂、狗、鸡、鸭、大豆、小麦、玉米等物种检测没有交叉反应. 结果:该方法模板DNA检测灵敏度为0.01ng,以驴肉为基质,掺入马和狐狸肉的体积检出限为1‰. 结论:本研究建立的驴、马和狐狸源性四重荧光实时PCR检测体系灵敏度高、特异性强,能有效鉴别动物产品中驴、马和狐狸的源性成分,也可用作相关动物皮张真伪的鉴别方法.

摘要： 目的:为鉴定动物产品中驴、马和狐狸源性成分,建立了能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR体系. 方法:以驴肉、马肉和狐狸肉及其加工制品为研究对象,以动物线粒体保守序列16SrRNA基因为靶基因,设计特异性引物和以不同荧光素标记的特异TaqMan探针.通过优化PCR反应体系和条件,建立能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR方法.利用牛、猪、羊、水貂、狗、鸡、鸭、大豆、小麦、玉米等物种检测没有交叉反应. 结果:该方法模板DNA检测灵敏度为0.01ng,以驴肉为基质,掺入马和狐狸肉的体积检出限为1‰. 结论:本研究建立的驴、马和狐狸源性四重荧光实时PCR检测体系灵敏度高、特异性强,能有效鉴别动物产品中驴、马和狐狸的源性成分,也可用作相关动物皮张真伪的鉴别方法.

摘要： 目的:为鉴定动物产品中驴、马和狐狸源性成分,建立了能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR体系. 方法:以驴肉、马肉和狐狸肉及其加工制品为研究对象,以动物线粒体保守序列16SrRNA基因为靶基因,设计特异性引物和以不同荧光素标记的特异TaqMan探针.通过优化PCR反应体系和条件,建立能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR方法.利用牛、猪、羊、水貂、狗、鸡、鸭、大豆、小麦、玉米等物种检测没有交叉反应. 结果:该方法模板DNA检测灵敏度为0.01ng,以驴肉为基质,掺入马和狐狸肉的体积检出限为1‰. 结论:本研究建立的驴、马和狐狸源性四重荧光实时PCR检测体系灵敏度高、特异性强,能有效鉴别动物产品中驴、马和狐狸的源性成分,也可用作相关动物皮张真伪的鉴别方法.

摘要： 目的:为鉴定动物产品中驴、马和狐狸源性成分,建立了能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR体系. 方法:以驴肉、马肉和狐狸肉及其加工制品为研究对象,以动物线粒体保守序列16SrRNA基因为靶基因,设计特异性引物和以不同荧光素标记的特异TaqMan探针.通过优化PCR反应体系和条件,建立能同时检测驴、马和狐狸源性成分的四重实时荧光PCR方法.利用牛、猪、羊、水貂、狗、鸡、鸭、大豆、小麦、玉米等物种检测没有交叉反应. 结果:该方法模板DNA检测灵敏度为0.01ng,以驴肉为基质,掺入马和狐狸肉的体积检出限为1‰. 结论:本研究建立的驴、马和狐狸源性四重荧光实时PCR检测体系灵敏度高、特异性强,能有效鉴别动物产品中驴、马和狐狸的源性成分,也可用作相关动物皮张真伪的鉴别方法.

摘要： 目的：建立PCR技术扩增细菌16S rRNA的快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的实验方法并探讨其临床应用价值.rn 方法：以细菌16S rRNA基因为靶序列,利用计算机软件Primer Express设计一对通用引物UP1和UP2,建立快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的PCR实验方法;同时采用该方法检测60例肝硬化患者的腹水中的细菌DNA情况,并比较PCR方法与腹水培养法的灵敏度和特异度等.rn 结果：用引物UP1、UP2对12个不同菌株进行PCR扩增,均得到996bp左右长度的DNA片段,敏感性实验表明,用UP1、UP2引物进行的PCR扩增最低可检测出10pgml.对60例肝硬化腹水标本进行PCR扩增,阳性率为30.0％(18/60),明显高于同期腹水细菌培养阳性率仅为6.7％(4/60),二者比较有显著性差异(X2=8.625,P＜0.05).rn 结论：PCR法优于腹水培养,其阳性率、灵敏度、特异度均较高,具有早期、快速诊断自发性细菌性腹膜炎的重要的临床应用价值.

摘要： 目的：建立PCR技术扩增细菌16S rRNA的快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的实验方法并探讨其临床应用价值.rn 方法：以细菌16S rRNA基因为靶序列,利用计算机软件Primer Express设计一对通用引物UP1和UP2,建立快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的PCR实验方法;同时采用该方法检测60例肝硬化患者的腹水中的细菌DNA情况,并比较PCR方法与腹水培养法的灵敏度和特异度等.rn 结果：用引物UP1、UP2对12个不同菌株进行PCR扩增,均得到996bp左右长度的DNA片段,敏感性实验表明,用UP1、UP2引物进行的PCR扩增最低可检测出10pgml.对60例肝硬化腹水标本进行PCR扩增,阳性率为30.0％(18/60),明显高于同期腹水细菌培养阳性率仅为6.7％(4/60),二者比较有显著性差异(X2=8.625,P＜0.05).rn 结论：PCR法优于腹水培养,其阳性率、灵敏度、特异度均较高,具有早期、快速诊断自发性细菌性腹膜炎的重要的临床应用价值.

摘要： 目的：建立PCR技术扩增细菌16S rRNA的快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的实验方法并探讨其临床应用价值.rn 方法：以细菌16S rRNA基因为靶序列,利用计算机软件Primer Express设计一对通用引物UP1和UP2,建立快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的PCR实验方法;同时采用该方法检测60例肝硬化患者的腹水中的细菌DNA情况,并比较PCR方法与腹水培养法的灵敏度和特异度等.rn 结果：用引物UP1、UP2对12个不同菌株进行PCR扩增,均得到996bp左右长度的DNA片段,敏感性实验表明,用UP1、UP2引物进行的PCR扩增最低可检测出10pgml.对60例肝硬化腹水标本进行PCR扩增,阳性率为30.0％(18/60),明显高于同期腹水细菌培养阳性率仅为6.7％(4/60),二者比较有显著性差异(X2=8.625,P＜0.05).rn 结论：PCR法优于腹水培养,其阳性率、灵敏度、特异度均较高,具有早期、快速诊断自发性细菌性腹膜炎的重要的临床应用价值.

摘要： 目的：建立PCR技术扩增细菌16S rRNA的快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的实验方法并探讨其临床应用价值.rn 方法：以细菌16S rRNA基因为靶序列,利用计算机软件Primer Express设计一对通用引物UP1和UP2,建立快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的PCR实验方法;同时采用该方法检测60例肝硬化患者的腹水中的细菌DNA情况,并比较PCR方法与腹水培养法的灵敏度和特异度等.rn 结果：用引物UP1、UP2对12个不同菌株进行PCR扩增,均得到996bp左右长度的DNA片段,敏感性实验表明,用UP1、UP2引物进行的PCR扩增最低可检测出10pgml.对60例肝硬化腹水标本进行PCR扩增,阳性率为30.0％(18/60),明显高于同期腹水细菌培养阳性率仅为6.7％(4/60),二者比较有显著性差异(X2=8.625,P＜0.05).rn 结论：PCR法优于腹水培养,其阳性率、灵敏度、特异度均较高,具有早期、快速诊断自发性细菌性腹膜炎的重要的临床应用价值.

摘要： 目的：建立PCR技术扩增细菌16S rRNA的快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的实验方法并探讨其临床应用价值.rn 方法：以细菌16S rRNA基因为靶序列,利用计算机软件Primer Express设计一对通用引物UP1和UP2,建立快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的PCR实验方法;同时采用该方法检测60例肝硬化患者的腹水中的细菌DNA情况,并比较PCR方法与腹水培养法的灵敏度和特异度等.rn 结果：用引物UP1、UP2对12个不同菌株进行PCR扩增,均得到996bp左右长度的DNA片段,敏感性实验表明,用UP1、UP2引物进行的PCR扩增最低可检测出10pgml.对60例肝硬化腹水标本进行PCR扩增,阳性率为30.0％(18/60),明显高于同期腹水细菌培养阳性率仅为6.7％(4/60),二者比较有显著性差异(X2=8.625,P＜0.05).rn 结论：PCR法优于腹水培养,其阳性率、灵敏度、特异度均较高,具有早期、快速诊断自发性细菌性腹膜炎的重要的临床应用价值.

摘要： 目的：建立PCR技术扩增细菌16S rRNA的快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的实验方法并探讨其临床应用价值.rn 方法：以细菌16S rRNA基因为靶序列,利用计算机软件Primer Express设计一对通用引物UP1和UP2,建立快速诊断肝硬化自发性腹膜炎的PCR实验方法;同时采用该方法检测60例肝硬化患者的腹水中的细菌DNA情况,并比较PCR方法与腹水培养法的灵敏度和特异度等.rn 结果：用引物UP1、UP2对12个不同菌株进行PCR扩增,均得到996bp左右长度的DNA片段,敏感性实验表明,用UP1、UP2引物进行的PCR扩增最低可检测出10pgml.对60例肝硬化腹水标本进行PCR扩增,阳性率为30.0％(18/60),明显高于同期腹水细菌培养阳性率仅为6.7％(4/60),二者比较有显著性差异(X2=8.625,P＜0.05).rn 结论：PCR法优于腹水培养,其阳性率、灵敏度、特异度均较高,具有早期、快速诊断自发性细菌性腹膜炎的重要的临床应用价值.

摘要： 本发明公开了一种用于构建16S rRNA基因扩增子测序文库的四重标签引物组，所述四重标签引物组由第一步PCR两重标签引物对和第二步PCR两重标签引物对组成；所述第一步PCR两重标签引物对的上游引物的序列为SEQ ID NO:1～8中的任一条，下游引物的序列为SEQ ID NO:9～20中的任一条；所述第二步PCR两重标签引物对的上游引物的序列为SEQ ID NO:21～44中的任一条，下游引物的序列为SEQ ID NO:45～68中的任一条。本发明所提供的四重标签引物组中增加了平衡碱基序列，增加了文库多样性，提高了测序质量，在上机测序时仅需混合少量PhiX文库，并进行错位测序，减少了测序通量的浪费，保证了测序质量。

摘要： 本发明涉及动物遗传学领域，特别是指利用12S rRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法。步骤为：在NCBI中下载猪参考序列中的12S rRNA基因；在12S rRNA基因第314位碱基的上游和下游分别设计一条PCR引物；提取待测样本的DNA，以待测样本的DNA为模板，步骤（2）中的PCR引物为引物进行PCR扩增；对PCR产物进行电泳跑胶（琼脂糖凝胶电泳）鉴定，并回收目标产物；将目标产物进行测序后与豫西黑猪的12S rRNA基因进行比对，完成豫西黑猪的鉴定。本发明不但解决了同一地域黑猪之间的区分，而且解决了现有猪肉市场混乱、以次品猪肉充当优质猪肉，却没有有效的检测方法的问题。

摘要： 本申请涉及生物检测技术领域，具体公开了一种检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的引物和探针组合物及其应用、试剂盒。所述引物和探针组合物包括用于检测幽门螺杆菌23S rRNA基因的A2142C位点、A2142G位点和A2143G位点的突变型引物和探针组合物、用于检测幽门螺杆菌16S rRNA基因的引物和探针组合物、用于检测人源RNAse P基因的引物和和探针组合物、以及封阻引物。所述引物和探针组合物在制备用于检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的试剂或试剂盒的应用。所述试剂盒包括上述引物和探针组合物。本申请提高幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的检测效率。

摘要： 本发明提供了变形杆菌属的16SrRNA基因特异性靶标序列片段及其筛选方法，涉及基因筛选技术领域，所述特异性序列片段的核苷酸序列为SEQIDNO.21、SEQIDNO.29或SEQIDNO.31所示序列中的一种。利用NCBIGeneBank数据库比对功能、以属内普适性、属间特异性和菌外特异性为指标，所提出的筛选方法，筛出了三条对变形杆菌属“属”的高特异性16SrRNA基因序列片段。并通过PCR、电泳实验方法对这些片段序列进行了验证。实现了变形杆菌属细菌在水溶液、尿样中的检测，检测过程无需经过额外的细菌培养和核酸提纯，临床体液样本中的背景物质不会影响检测结果。

摘要： 本发明公开了一种检测结核分枝杆菌复合群16SrRNA基因的引物、探针、方法和试剂盒，涉及生物技术领域；第一个方面，本发明提供了一种检测结核分枝杆菌复合群16SrRNA基因的引物和探针，包括：上游引物MTB‑F primer，其核苷酸序列为：ATGCCGCGAGGTTAAGCG；下游引物MTB‑R primer，其核苷酸序列为：TGATCTGCGATTACTAGCGACT；本发明仅有2个探针，相较于Xpert MTB/RIF产品而言显著降低了成本，并且保证了与Xpert MTB/RIF相当的灵敏度和特异性，因此该产品作为结核核酸检测初筛试剂盒，对减轻个人和国家医保支出将会起到较大作用。

摘要： 本发明公开了一种环境样品中硅藻18SrRNA基因拷贝数绝对定量的方法，涉及硅藻群体的特定引物绝对定量检测方法技术领域，为解决目前市面上缺少标准的目标硅藻群体的特定引物绝对定量检测方法的问题。包括以下步骤：步骤1：进行DNA样品的制备；步骤2：使用DNeasy Powersoil kit对各样品进行DNA提取，将样品按比例稀释到相同的浓度；步骤3：选定3对硅藻检测片段及特异性引物用于预实验；步骤4：选择能够得到拷贝数浓度已知的质粒样品，通过进行Sanger测序计算得到质粒的相对分子质量；步骤5：确定内标添加量和实验条件；步骤6：根据样品提取的DNA浓度确定DNA上样量，采用SYBRGreen法进行预实验；步骤7：采用SYBRGreen法进行实验；步骤8：计算硅藻18SrRNA基因拷贝数。

摘要： 一种23SrRNA基因A380C突变位点的应用，用于对Hp的耐药性检测，研究Hp菌株耐药突变的规律与机制，有望提高分子生物学检测耐药变异的准确率，从而针对性地选择敏感抗生素对患者进行个体化治疗。

摘要： 本发明公开了一种用于构建16S rRNA基因扩增子测序文库的四重标签引物组，所述四重标签引物组由第一步PCR两重标签引物对和第二步PCR两重标签引物对组成；所述第一步PCR两重标签引物对的上游引物的序列为SEQ ID NO:1～8中的任一条，下游引物的序列为SEQ ID NO:9～20中的任一条；所述第二步PCR两重标签引物对的上游引物的序列为SEQ ID NO:21～44中的任一条，下游引物的序列为SEQ ID NO:45～68中的任一条。本发明所提供的四重标签引物组中增加了平衡碱基序列，增加了文库多样性，提高了测序质量，在上机测序时仅需混合少量PhiX文库，并进行错位测序，减少了测序通量的浪费，保证了测序质量。

摘要： 本发明涉及一种起搏器囊袋定植细菌的16SrRNA基因序列分析方法，包括以下步骤：S1、囊袋组织标本获取；S2、装置表面生物膜标本获取；S3、细菌基因组DNA的提取；S4、16S rRNA基因的PCR扩增；S5、PCR产物的纯化：使用PCR产物纯化试剂盒纯化回收；S6、PCR产物的连接：将PCR纯化产物与pGEM‑T Easy载体连接反应参照PCR纯化产物与T‑A载体的连接反应体系；S7、重组质粒的转化、克隆；S8、重组质粒的提取；S9、质粒的酶切鉴定；S10、序列测定；S11、序列比对。本发明首次将细菌16S rRNA基因(即rDNA)序列分析技术应用到起搏器囊带定植细菌的鉴定，显著提高起搏器更换的患者体内的囊袋组织及脉冲发生器表面的定植细菌检出的敏感性和特异性。

摘要： 本发明涉及动物遗传学领域，特别是指利用12S rRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法。步骤为：在NCBI中下载猪参考序列中的12S rRNA基因；在12S rRNA基因第314位碱基的上游和下游分别设计一条PCR引物；提取待测样本的DNA，以待测样本的DNA为模板，步骤（2）中的PCR引物为引物进行PCR扩增；对PCR产物进行电泳跑胶（琼脂糖凝胶电泳）鉴定，并回收目标产物；将目标产物进行测序后与豫西黑猪的12S rRNA基因进行比对，完成豫西黑猪的鉴定。本发明不但解决了同一地域黑猪之间的区分，而且解决了现有猪肉市场混乱、以次品猪肉充当优质猪肉，却没有有效的检测方法的问题。