转录组分析

摘要： 为了明确突变体颖壳蜡质含量显著变化的分子机制,本研究对源自济麦22颖壳蜡质缺失突变体glossy1与野生型进行了转录组分析。结果表明,在glossy1突变体中,共筛选到12,230个差异表达基因,其中5811个基因在突变体中上调表达,6419个下调表达。GO(gene ontology)功能富集分析发现,差异基因主要富集在蜡质合成和转运途径,具体分布在酰基转移酶活性、脂质结合和水解酶活性等条目,由此推测这些途径与小麦穗部蜡质缺失性状是紧密相关的。我们还利用RT-qPCR检测了参与蜡质代谢途径部分基因的表达,结果与转录组结果是一致的。本研究为今后探究小麦蜡质代谢的分子机制和基因调控网络提供了数据支持,同时也为抗逆小麦育种奠定了理论基础。

摘要： 为了明确突变体颖壳蜡质含量显著变化的分子机制,本研究对源自济麦22颖壳蜡质缺失突变体glossy1与野生型进行了转录组分析。结果表明,在glossy1突变体中,共筛选到12,230个差异表达基因,其中5811个基因在突变体中上调表达,6419个下调表达。GO(gene ontology)功能富集分析发现,差异基因主要富集在蜡质合成和转运途径,具体分布在酰基转移酶活性、脂质结合和水解酶活性等条目,由此推测这些途径与小麦穗部蜡质缺失性状是紧密相关的。我们还利用RT-qPCR检测了参与蜡质代谢途径部分基因的表达,结果与转录组结果是一致的。本研究为今后探究小麦蜡质代谢的分子机制和基因调控网络提供了数据支持,同时也为抗逆小麦育种奠定了理论基础。

摘要： 探究甜高粱响应干旱与盐胁迫的生理学差异及其分子机制,分析甜高粱在干旱和盐胁迫下的不同基因调控机制和代谢通路,可为饲草作物甜高粱抗逆栽培和育种提供依据。以辽甜1号甜高粱幼苗为材料,使用10%的PEG-6000和0.9%的NaCl模拟中度干旱和盐胁迫,胁迫2和7 d时进行光合气体交换参数、内源激素含量、有机渗透调节物质含量和抗氧化物酶活性测定,同时对幼苗叶片进行转录组测序及生物信息学分析,采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。结果表明:与对照相比,干旱和盐胁迫均显著影响甜高粱幼苗叶片生理指标的变化,但盐胁迫对甜高粱幼苗叶片光合参数和内源激素生长素、细胞分裂素含量抑制程度均高于干旱胁迫,可溶性糖含量在干旱胁迫下显著高于盐胁迫,抗氧化物酶活性和脱落酸含量低于盐胁迫,说明甜高粱对干旱和盐胁迫响应的生理机制不同;利用转录组测序技术鉴定出甜高粱叶片在处理2 d时,干旱和盐胁迫下分别有922和2047个上调基因以及975和1714个下调基因,处理7 d时分别鉴定到157和795个上调基因以及54和722个下调基因;同时鉴定出40个干旱胁迫响应基因和493个盐胁迫响应基因,基于GO富集分析发现甜高粱幼苗在干旱和盐胁迫下响应基因均显著富集于植物逆境响应相关通路,KEGG富集分析发现,干旱胁迫响应基因显著富集于内质网加工和剪切体代谢通路,盐胁迫响应基因显著富集在植物激素信号转导代谢通路;对光合作用、植物激素信号转导、抗氧化物酶和淀粉与蔗糖代谢通路相关差异基因进行分析发现,这些差异基因的表达模式与生理指标变化趋势吻合。因此,甜高粱在转录水平上对盐胁迫的适应稳态落后于干旱胁迫,中度胁迫下甜高粱幼苗对盐胁迫的耐受性要低于干旱胁迫,可溶性糖在甜高粱幼苗抵御干旱胁迫中发挥重要作用,植物激素信号转导和抗氧化物酶活性变化的共同调控是甜高粱幼苗对抗盐胁迫的关键。

摘要： 巴夫杜氏藻(Dunaliella parva)是一类独特的耐盐绿藻,富含多种生物活性物质,具有宝贵的工业应用价值。随着转录组测序技术的广泛应用,越来越多的藻类功能基因被发掘。然而,巴夫杜氏藻在不同生长时期的转录组测序仍见未报道,这极大限制了该藻株生长发育机制的深入研究。该研究综合运用形态学、组学及生物信息学技术,对生长初期、中期和末期的巴夫杜氏藻进行转录组测序分析。结果显示,9个cDNA测序文库共获得90153条UniGenes,其中coding domain sequences 49643条,66.36%可被七大生物数据库注释,de novo组装了272条Contigs,其中N_(50)为1305 bp,GC百分比52.32%。基于基因的差异表达值可将UniGene划分为4簇,以生长初期实验组为对照,筛选获得下调基因数(52891条)高于上调基因数(33496条),共有基因数20759条。生长中期与初期及生长末期与初期间的基因本体论富集程度最高的均是细胞膜的整体成分,生长中期与初期及生长末期与初期间的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集程度最高的分别是剪接体和RNA转运。该研究获得的巴夫杜氏藻转录组测序数据及组装质量较高,筛选的差异表达基因及预测的功能信息可为该藻生长发育调控机制的研究、资源品质的分子改良及工业应用奠定基础。

摘要： 按照工厂化生产模式栽培金针菇(Flammulina filiformis),搔菌后在栽培料表面喷洒茉莉酸甲酯,以喷洒蒸馏水为对照,利用转录组分析茉莉酸甲酯对金针菇原基生长的影响。结果表明:与对照组相比,茉莉酸甲酯组原基出现时间提前,原基发育更快;茉莉酸甲酯组与对照组的差异表达基因有413个,其中上调表达基因233个,下调表达基因180个。GO功能富集分析表明,上调的差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、肉桂酸生物合成、L-苯丙氨酸代谢等过程,下调的差异表达基因主要富集于二磷酸核苷代谢、己糖代谢、单糖代谢、糖酵解等过程。KEGG代谢途径富集分析表明,差异表达基因主要富集于糖酵解/糖异生、氨基酸代谢和能量代谢等过程。

摘要： 我国脐橙产区的季节性干旱对脐橙产量和品质影响较大。‘赣南早’脐橙作为一个新品种脐橙,目前在我国脐橙产区已大面积推广。为深入了解这个新品种的耐旱性,探究早熟品种‘赣南早’脐橙应对干旱胁迫的调控机制,以‘赣南早’脐橙与‘纽荷尔’脐橙(对照)为材料,测定比较不同干旱胁迫程度下二者光合作用、干旱相关生理指标等差异,并通过RNA-Seq分析比较转录水平差异及抗氧化物酶基因表达调控。结果表明:干旱胁迫下‘赣南早’脐橙净光合速率(P_(n))、蒸腾速率(T_(r))、气孔导度(G_(s))均显著高于‘纽荷尔’脐橙;随着干旱胁迫程度增加,‘赣南早’脐橙叶片较‘纽荷尔’脐橙更舒展,‘赣南早’脐橙相对电导率和丙二醛含量显著低于‘纽荷尔’脐橙,而保护酶超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物歧化酶(POD)活性变化幅度更大;‘赣南早’脐橙和‘纽荷尔’脐橙叶片可溶性糖含量无显著性差异,复水后,‘纽荷尔’脐橙叶片中可溶性糖含量极显著高于‘赣南早’脐橙。转录组测序分析表明,干旱胁迫0、10、20 d时,‘赣南早’脐橙和‘纽荷尔’脐橙间DEGs数量分别为1266、683、658个。GO富集分析显示,在干旱胁迫过程中‘赣南早’脐橙差异基因主要集中在细胞蛋白修饰过程、高分子修饰作用、含磷化合物代谢过程、蛋白修饰过程等通路,而‘纽荷尔’脐橙未见明显富集。KEGG富集分析显示,除了富集于淀粉及蔗糖通路和氨基酸及核苷酸糖代谢途径,‘赣南早’脐橙其他差异基因富集途径与‘纽荷尔’脐橙基本一致。差异基因转录因子分析显示二者在ERF家族、MYB家族、NAC家族、MYB_related家族、WRKY家族、bHLH家族、HB-other家族、HSF家族、B3家族和bZIP家族均有分布,此外,‘赣南早’脐橙特异分布于GRAS家族。根据转录组分析筛选出抗氧化酶相关基因30个,其中上调表达48%,下调表达52%。本研究结果为‘赣南早’响应干旱胁迫的生理变化提供理论依据,并为其抗旱性研究提供分子基础。

摘要： 【目的】对紫外线C(UV-C)处理的穿心莲叶片进行转录组测序分析,挖掘穿心莲内酯合成相关基因,为深入探究穿心莲内酯合成相关基因的调控机制和生物学功能提供理论参考。【方法】选用生长60 d的穿心莲幼苗为材料,经UV-C照射2 h后,利用Illumina HiSeq二代测序平台进行转录组测序,并结合生物信息学软件和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对所得序列进行功能注释和相对表达水平验证,挖掘响应UV-C的穿心莲内酯合成相关基因。【结果】共注释到21545个穿心莲基因,有2137个基因呈显著差异表达模式,其中,1147个基因显著上调表达,990个基因显著下调表达。GO功能注释结果显示,UV-C处理造成了氧化胁迫,线粒体氧化磷酸化电子传递链的NADH脱氢酶基因上调表达。KEGG代谢通路富集结果显示,二萜类物质穿心莲内酯的前体(E,E,E)-香叶基香叶基二磷酸(GGPP)合成途径[甲羟戊酸(MVA)途径和2-C-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)途径]差异表达基因显著富集。转录组测序结果和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测结果均显示,MVA途径的4种合成酶基因HMGS(CXN00016849)、HMGR(CXN00000058)、MVK(CXN00002900)和MVD(CXN00004398)及GGPP合成关键酶基因FPS的表达量显著上调;MEP途径中,仅DXS(CXN00013302)的表达量显著下调。蛋白互作预测结果显示,2个途径中的差异表达基因编码蛋白之间存在互作,HMGS与CYP71家族成员之间,以及FPS1与UGT71、UGT73和UGT76之间的互作网络丰富。【结论】UV-C照射调控穿心莲重要生命进程,其中,次生代谢、氧化磷酸化、光合作用等途径基因转录本的相对表达量呈UV-C特异性响应模式。合成穿心莲内酯前体GGPP的细胞质MVA途径基因显著上调表达,推测UV-C诱导穿心莲内酯合成的主要场所为细胞质。穿心莲MVA途径基因及CYP71、UGT71、UGT73和UGT76可作为穿心莲内酯合成途径研究的候选分子靶标。

摘要： 【目的】研究油茶-内生细菌互作早期的油茶根系转录组变化规律,为阐明油茶与内生细菌互作的分子机制提供依据。【方法】构建内生细菌枯草芽孢杆菌1-L-29gfpr与油茶根系互作体系,以不同时间(0、6、12、24 h)的互作体系为研究材料,利用RNA-Seq技术对油茶根部进行转录组测序及分析。【结果】1)转录组测序共产生52958922条序列,约46.1 Gb,差异表达基因10314条(FDR1)。随着互作时间的延长差异表达基因数量呈高-低-高的趋势,接种6 h后差异表达基因数量为6306个,其中显著上调3434个,显著下调2572个;接种12 h后显著上调903个,显著下调526个;接种24 h后显著上调1195个,显著下调1384个。2)GO富集分析表明:接种6 h油茶的生物学过程、分子功能方面变化最为明显,生物学过程中磷酸代谢、含磷化合物代谢、响应激素途径、茉莉酸代谢、响应细菌途径等;分子功能中萜烯合酶活性、双加氧酶活性等;细胞组分中膜固有成分等得到富集。3)KEGG通路分析中差异表达基因主要被富集到碳水化合物代谢、氨基酸代谢、信号转导、环境适应性等通路。接种6 h后富集的代谢通路与12、24 h差异较大,其中差异明显的主要有植物激素合成信号通路、植物病原互作通路、苯丙素生物合成通路。4)基因表达量变化较大的有生长素诱导蛋白编码基因(SAUR)、木葡聚糖内糖基转移酶/水解蛋白酶编码基因(XTH)、茉莉酮酸酯ZIM结构域蛋白编码基因(TIFY)、钙调蛋白编码基因(CAM2)、转录因子MYB编码基因、抗病蛋白编码基因(RPM、RPS)、呼吸爆发氧化酶编码基因(RBOHC)、过氧化物酶编码基因(POD)。【结论】利用活体互作体系对不同时间段内生细菌-油茶互作转录组进行分析表明,内生细菌可刺激植物根系生长,提高抗性,诱导免疫反应,但随后免疫反应逐渐减弱。

摘要： 杨凌糖丝菌Hhs.015是一株稀有放线菌,能够广谐高效地拮抗病原真菌。为了研究其抗菌机理,对Hhs.015拮抗苹果树腐烂病菌Valsa mali的过程进行转录组分析。鉴定到533个差异表达基因,其中310个基因上调表达,223个基因下调表达。在此过程中,杨凌糖丝菌Hhs.015的信号传递、能量供应、细胞壁合成等功能受到Valsa mali的抑制。通过碳水化合物,氨基酸等物质的代谢增强补充能量的供应,AEC和MFS家族蛋白对于次级代谢物的运输和Valsa mali毒性物质的排出起到重要作用,糖苷水解酶的大量上调表达破坏了Valsa mali细胞壁合成,抑制了Valsa mali的生长。还预测到5个未知的次级代谢物在抗菌过程中起到重要作用,这些物质可以被运用于生态友好型的农业发展中,加快可持续发展的进程。

摘要： 脊尾白虾(Palaemon carinicauda)是我国沿海滩涂混养的重要经济虾类,具有广盐、广温、抗病力和繁殖力强等优点。采用高通量测序技术对脊尾白虾转录组进行测序,对得到的转录本进行COG(clusters of orthologous groups)、GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)分类和注释,旨在深入探讨环境胁迫(低盐、低温和溶解氧)对脊尾白虾重要相关调控基因的影响。本次测序低盐、低温和溶解氧处理组和对照组均产出>35×10^(6)条高质量序列,碱基数均>4 Gb, GC含量均>43%,Q30碱基百分比均>92%。组装得到转录本436 023条和unigene 305 682条,转录本和unigene的N50分别是814 bp和552 bp。unigene大部分(56 898条)注释到NR数据库,31 695条注释到KEGG数据库,28 919条注释到GO数据库。低温胁迫产生的差异表达基因中,具有显著性表达差异的有264条,包括上调基因215条和下调基因49条;低氧胁迫没有产生显著差异表达的基因,反观低盐胁迫有且仅有1条显著下调的基因,为α-葡糖苷酶(α-glucosidase)。低盐胁迫下α-葡萄糖苷酶表达量显著降低,可能导致脊尾白虾虾体难以维持正常的能量需求。GO富集分析发现,低温胁迫下最显著的功能节点是脂质转运活性(lipid transporter activity)和肽基二肽酶活性(peptidyl-dipeptidase activity);而KEGG通路富集分析显示,差异表达基因显著富集到肾素-血管紧张素系统(renin-angiotensin system)中,推测低温通过抑制血管紧张素转换酶(angiotensin converting enzyme)的表达,降低了血管紧张素Ⅱ(angiotensinⅡ)的生成,从而降低血管平滑肌张力,抑制血压的升高和组织损伤;同时动员脂肪和蛋白质等能源物质,以响应低温胁迫。

摘要： 本研究初步揭示了影响“中薯681”马铃薯块茎膨大时期关键代谢途径相关基因表达变化, 为后续研究调控马铃薯块茎膨大与干物质积累等的关键候选基因与功能分析提供了有益线索, 对于马铃薯块茎膨大、产量形成与干物质累积的调控机制解析具有重要的理论意义。

摘要： 为探讨红肉猕猴桃('红实2号')与黄肉猕猴桃('金实1号')在果实发育过程中果肉色素形成差异的分子机理.采用高通量测序技术(Illumina Hiseq2500)对两个不同果肉颜色类型猕猴桃果实内果皮与外果皮4个不同发育时期('红实2号'花后0d、28d、75d、157d和'金实1号'花后0d、44d、81d、189d,均标注为T1～T4时期)共16个样本进行转录组测序,获得的原始数据(raw reads)范围在26.50G～41.68G,有效数据(clean reads)占比高于98.27％.'金实1号'外果皮T1与T4时期差异表达基因数量最多(9293个),分别归类于49个GO term和135条代谢途径.在所有的差异基因中,筛选得到了26个花青素代谢相关的功能基因(Unigenes)、110个叶绿素代谢相关的功能基因、91个类胡萝卜素代谢相关的功能基因和162个类黄酮代谢相关的功能基因.虽然两种猕猴桃果实果肉颜色类型不同,但是随着果实的生长发育,色素的形成与积累差异都主要发生在T2和T3时期,其中外果皮相比内果皮色素相关基因表达丰度更高.本研究进一步丰富了猕猴桃基因信息,可以在一定程度上解析猕猴桃果实成色差异机理.

摘要： 罗氏沼虾是重要的淡水养殖经济虾种之一,但近年来,由于螺原体感染造成罗氏沼虾的产量严重下降.因此,本文利用高通量测序技术和数字基因表谱等技术系统筛选感病罗氏沼虾免疫通路相关基因及其差异表达情况,探讨罗氏沼虾对螺原体感染的抗病机理.首先,通过RNA-seq测序技术构建健康和螺原体感染罗氏沼虾肝胰腺组织的转录组测序文库,利用Trinity拼接出基因33,450个,转录本43,405个;通过Blast比对发现有69％的unigene未得到任何注释;随后,通过功能聚集分析发现已知基因主要富集在新陈代谢途径和免疫系统信号的传导互作等通路中;利用数字基因表达谱分析得到表达基因23,929和24,325个,发现在螺原体感染的罗氏沼虾肝胰腺中显著(P＜0.05)上调、下调的基因分别有223和373个;最终,在肝胰腺mRNA转录组中挖掘出与Toll、IMD、JAK/STAT和MAPK四个发挥免疫功能的通路关键基因145个.本研究挖掘了罗氏沼虾对螺原体感染的有关免疫基因及生物学通路,有助于推进关于罗氏沼虾抗螺原体入侵免疫应答分子机制的研究,为制定合理有效的罗氏沼虾病害防治及罗氏沼虾养殖业的抗病育种提供分子和理论基础.

摘要： 为了探明五氯苯酚暴露后花鲈肝脏的损伤变化,本文利用Illumina HiSeqTM2000测序技术对不同浓度五氯苯酚(0μg/L、0.1μ上g/L、1.0μg/L、10.0μg/L、100μg/L)暴露后花鲈肝脏组织进行了转录组测序.经Trinity软件拼接,得到clean reads共247914284条,获得53716条基因.对照不同浓度暴露组和对照组的转录组测序结果,获得共有的差异性表达基因135个,特异性的差异基因数分别有127～819个不等,差异蛋白表达数量随着受试浓度的升高而上升.经BLAST搜索,其中有21459、26464、18896、12403、17262和19159条分别注释到Swiss-prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO数据库.KEGG代谢通路分析结果显示获得的差异基因分别映射到6大类141条通路,这些差异表达基因在与环境信息进程相关的信号传导和与组织系统相关的免疫系统的通路中富集最多.总体来看,在受到五氯苯酚类物质胁迫后,花鲈体内的信号传导系统首先发生响应,导致机体出现紊乱.污染物暴露后,花鲈机体的应对机制尚待深入分析.

摘要： 巴贝斯虫呈世界性分布,感染宿主后造成畜牧业的巨大经济损失且给人类健康造成威胁.巴贝斯虫在红细胞中生存与繁殖,而红细胞内充满大量的活性氧,为了对抗活性氧的损害,此寄生虫进化出了一套硫氧还蛋白体系.为了明确巴贝斯虫体内的这一体系,本研究构建了红细胞期的巴贝斯虫转录组,此转录组由36,876,888reads组成,得到10,433个转录本,预期编码3,182种蛋白.基于巴贝斯虫的基因组及与之亲缘关系较近的疟原虫基因的相关信息,从转录组中分离出了参与抗氧化代谢途径的10种酶,其中包括一种硫氧还蛋白还原酶(TrxR),6种硫氧还蛋白(Trx)和三种过氧化物酶(Prx).经5'RACE和3'RACE,获得了以上10种酶的全长基因.其中,Trxs位于不同染色体,并可根据其结构域,将其分为两组,此研究旨在为巴贝斯虫的抗氧化体系机制研究和相应的抗巴贝斯虫药物开发提供前期信息.

摘要： 茯苓是我国传统的中药材,茯苓多糖具有抗衰老、抗肿瘤和抗炎等多种功能.本研究对野生型传统品种5.78、从5.78中选育出来的湘靖28和湘靖28搭载神州十号后选育出来的太空材料靖航一号等三个栽培品种进行了品质特性和转录组测序分析.筛选出一些可能与茯苓品质相关的关键基因,为茯苓后续的研究及推广奠定基础.对三个茯苓栽培品种的品质特性研究的主要结果如下:(1)在加工性能方面,折干率:靖航一号＞5.78＞湘靖28;出品率:靖航一号＞湘靖28＞5.78;皮肉比:靖航一号＞湘靖28＞5.78;由此可见靖航一号相比5.78、湘靖28具有明显优势;(2)从常见有效成分分析,总蛋白含量:5.78＞湘靖28＞靖航一号;多糖含量:湘靖28＞靖航一号＞5.78,靖航一号与湘靖28的多糖含量相差不大,而比5.78高出10％以上.但是由于靖航一号的折干率比湘靖28的高出很多,所以靖航一号鲜茯苓多糖含量比湘靖28的高出许多.

摘要： 茶树鲜叶采后失水(萎凋/摊放)是茶叶品质形成的关键步骤.本研究通过茶树鲜叶采后失水转录组及代谢组分析发现:类黄酮合成相关酶基因均显著下调表达,儿茶素总量、EGCG和EGC含量随着采后失水时间延长、鲜叶含水量下降而呈显著下降趋势.该结果将有助于分析茶鲜叶采后失水过程中类黄酮代谢的分子调控机理.

摘要： 中草药在我国已有上千年的应用历史,研究人员从中草药中已提取出多种药用活性成分.但由于中草药的特殊性,其活性物质合成的遗传基础尚不清楚,遗传信息和功能基因的研究极其薄弱,亟需进行中草药活性成分的功能基因挖掘.本文将从转录组分析,基因甲基化,宏基因测序,基因组拼接,micro-RNA等几个方面分别阐述,对高通量测序在中草药研究中的应用做以综述.

摘要： 茶叶品质中茶叶香气是极其重要的因子之一,而苯甲醇作为芳香族醇的一种参与了茶叶香气物质的形成.本研究选用苯甲醇含量不同的四个茶树品种,分别是薮北(苯甲醇含量低)、湘妃翠、牛皮茶(苯甲醇含量中等)、和铁香茗(苯甲醇含量高).通过Illumina高通量测序技术,对上述四种茶树一芽二叶的转录组进行测序,对整理得到的Unigene与Nr,Nt,Pfam,KOG,Swiss-prot,KEGG,GO数据库进行比对处理.得到薮北注释到GO数据库的Unigene数为24047,注释到KOG数据库的为12249,注释到KEGG数据库的为11297.湘妃翠注释到GO数据库的Unigene为23899,注释到KOG数据库的为11912,注释到KEGG数据库的为10663.牛皮茶注释到GO数据库的Unigene为10663,注释到KOG数据库的为14680,注释到KEGG数据库的为13469.铁香茗注释到GO数据库的Unigene为21941,注释到KOG数据库的为10725,注释到KEGG数据库的为9875.通过NR注释,本试验共找到5条可能编码β-葡萄糖苷酶基因,根据各基因的FPKM值得出β-葡萄糖苷酶在铁香茗中优势表达,在薮北中表达最少.

摘要： 本课题应用基因芯片技术,从转录组水平对黄瓜离体雌核发育早期关键基因进行研究,运用生物信息学方法对芯片数据进行分析,从基因功能的角度进一步挖掘与黄瓜离体雌核发育早期过程紧密关联的重要基因.研究的开展有望从分子水平揭示黄瓜离体雌核胚胎发育的生理特性及其影响因素,并为在黄瓜遗传和育种实践中提高其离体雌核胚胎发育的诱导率提供可靠的理论基础,同时也对其它相关植物的离体胚胎发育的科学研究具有一定的借鉴价值.

摘要： 本发明公开了用于对单细胞的一种或多种细胞内靶进行多重分析的组合物和方法。本公开的示例性组合物包含表面，所述表面包含与其可操作地连接的多种捕获剂，其中每种捕获剂特异性结合不同的细胞内靶，并且其中所述多种捕获剂形成重复图案；包括多个室的基体，其中所述基体可释放地与所述表面连接，并且其中所述多个室中的每个室包括所述表面的所述多种捕获剂的重复图案的至少一个重复；包含细胞裂解组合物的涂敷组合物；和包含官能化组分和延伸组分的连接体组合物。

摘要： 本发明涉及一种高通量单细胞蛋白组分析及其与转录组联合分析方法，包括使用微流控芯片分别捕获条形码抗体标记细胞和编码微球，向芯片中通入气体，使细胞和编码微球分别被包绕于单液滴中，各自形成独立的反应单元；对所述细胞和编码微球进行配对，裂细胞，使细胞表面的条形码抗体及细胞内的mRNA被编码微球捕获；对配对后的编码微球依次进行逆转录反应、外切酶处理反应，然后向所述芯片通入气体，收集所述编码微球；对收集的微球进行扩增、分离100‑300bp和/或300bp以上核酸片段、测序。本发明方法可以同时实现高效、快速、高通量、低成本的单细胞蛋白组与转录组联合分析平台。

摘要： 本文的公开内容包括用于选择性地扩增和/或延伸样品中的核酸靶分子的方法和组合物。该方法和组合物可以例如减少样品中不期望的核酸种类的扩增和/或延伸，和/或允许选择性去除样品中不期望的核酸种类。

摘要： 一种利用纳米孔测序的转录组分析方法，所属分子生物学技术领域，本发明公开了一种利用nanopore测序数据的转录组分析方法，包括基于minimap2快速比对获得序列之间的关系；计算序列之间比对的相似性、覆盖度、最大缺失、最大插入；利用CARNAC‑LR软件进行网络状聚类，获得序列网络状关系；将聚类得到的cluster经过pbccs软件纠错而获得CCS序列；本发明方法通过获得高质量的CCS序列之后，可以进行转录组后续的基因定量等分析。

摘要： 本发明提供了中华甲虫蒲螨寄生对草地贪夜蛾基因的转录组分析方法，本发明涉及生物技术领域，对草地贪夜蛾进行蒲螨寄生对照实验，利用转录组学技术对蒲螨寄生草地贪夜蛾5龄幼虫组与草地贪夜蛾5龄幼虫未被寄生组的差异表达基因进行了比较分析，挖掘出了草地贪夜蛾被中华甲虫蒲螨寄生后与免疫相关的基因，加深了草地贪夜蛾参与寄生胁迫的免疫响应途径的认识，为高效利用中华甲虫蒲螨防控草地贪夜蛾提供了理论依据。为证明转录组测序结果的可靠性，通过qRT‑PCR分别验证了15个免疫差异表达基因的相对表达趋势，结果有12个免疫基因与转录组测序数据基本一致，说明转录组测序数据可靠。

摘要： 本发明提供了基于免疫荧光的高精度空间转录组分析方法和系统。具体地，本发明采用特定的RNA酶抑制剂并优化了激光显微切割等相关技术，从而可以对组织切片中免疫荧光标记鉴定的特定细胞进行高分辨的空间转录组分析。本发明对液氮速冻样品和RNAlater保存的样品均适用，在长时间的免疫荧光标记后进行激光显微切割分选，能同时获取高质量的成像结果和RNA产物，实现低至几十个特定抗体标记细胞的捕获和全基因组的转录本分析。

摘要： 本文的公开内容包括用于使用随机引发和延伸(random priming and extension，RPE)进行全转录组分析(whole transcriptome analysis，WTA)的系统、方法、组合物和试剂盒。基于RPE的WTA方法可以包括使随机引物与多于一种与固体支持物关联的第一链条形码化多核苷酸杂交，并使随机引物延伸以产生多于一种延伸产物。该方法可以包括扩增多于一种延伸产物以产生测序文库。

摘要： 本发明提供了一种无参考基因组序列的转录组分析方法及系统。该分析方法包括：获取待测样本的二代RNA有效测序数据和三代RNA有效测序数据；利用二代RNA有效测序数据对三代RNA有效测序数据进行校正；对三代校正后的有效数据进行去冗余获得unigene序列；将二代RNA有效测序数据与unigene序列进行序列比对，利用比对文件，对每个unigene序列上的reads数进行统计，获得每个基因的表达水平FPKM值。该分析方法整合了二代和三代测序技术的优势，解决了目前尚无利用三代测序数据进行对无参考基因组序列的转录组进行分析的问题。

摘要： 本发明涉及生物技术领域，特别涉及间作玉米下花生叶片基因差异表达的比较转录组分析方法，本发明利用RNA‑seq技术对花生单作与间作玉米胁迫下荚果膨大期花生功能叶的差异表达基因进行了比较分析；以代谢通路相关的差异基因为主，挖掘出了间作玉米胁迫下花生荚果产量形成的重要基因和关键代谢通路，为利用定向化学调控技术以减少间作玉米胁迫对花生产量造成的不利影响提供理论依据；并通过qRT‑PCR检测对候选差异表达基因的相对表达水平进行验证，最终表明qRT‑PCR检测结果与转录组测序分析中的倍数变化大体一致，采用转录组测序分析的方法准确、可行、有效、简单。

摘要： 本发明涉及植物空间转录组学领域，主要涉及到一种制备用于棉花胚珠空间转录组分析的切片的方法。所述方法包括步骤：将在冰上预冷后的OCT注入包埋盒，将新鲜棉花胚组织放入装有OCT的包埋盒中，再用OCT覆盖暴露的组织表面；OCT完全冻结后进行切片和制片。本发明方法利用新鲜组织快速低温包埋后切片，获得了结构清晰、完整的冰冻切片，并可用于空间转录组学，得到一个完整的组织样本中产生的全部转录组数据，能够定位和区分功能基因在特定的组织区域内表达情况。根据差异基因的表达情况分析调控细胞群命运、空间组织、集体生长的关键因子，空间基因表达模式的详细分析对于阐述植物发育过程中复杂的调控网络至关重要。