测序

摘要： 背景:肋软骨是人体组织中一类重要的软骨来源,常作为软骨自体移植和组织工程构建的种子细胞来源.单细胞测序是分析细胞异质性的强大工具,可针对肋软骨细胞进行细胞异质性的深入研究.目的:通过单细胞转录组测序分析人肋软骨组织细胞分群情况,以及每个细胞亚群参与的生物学过程.方法:临床获取1例31岁小耳重建手术后废弃的肋软骨组织制成原代细胞悬液,经10X Genomics平台进行单细胞分离,使用Gel Bead Kit V3构建单细胞RNA-seq文库,Illumina Novaseq6000测序仪对文库进行测序,并利用主成分分析和T分布随机邻域嵌入进行降维,获得4个亚群细胞,进而获得不同亚群细胞的标记基因,再对每个细胞亚群的标记基因进行GO和KEGG分析,分析这些基因可能参与的生物学过程.结果 与结论:测序共获取6634个细胞,符合质控标准.将肋软骨细胞划分为4个细胞亚群,分别为以COL10A1、S100A2为标记基因的肥大软骨细胞群;以BMP2、COL2A1为标记基因的软骨细胞群;以FOS、JUN为标记基因的增殖性细胞群;以MYLK、CD146为标记基因的干细胞群.将肋软骨细胞进一步划分细胞亚群,有利于深入了解肋软骨细胞的异质性,对其作为种子细胞应用及疾病认识都有积极意义.

摘要： 为筛选适用于鸭茅物种的基因引物序列,开展相关系统发育学研究,通过搜集鸭茅近缘物种叶绿体基因引物,使用PCR扩增技术和琼脂糖凝胶电泳检测来筛选出目的基因片段,对目的基因进行BLAST序列比对。结果表明:试验搜集的35对引物中共能筛选出trnL-F 1、trnL-F 5、rpL162、rpL164、matK 6、matK 7、rbcL 1共7对引物,扩增条带唯一且清晰,扩增产物经测序及比对结果后验证均为目的基因。本研究筛选的7对叶绿体基因引物扩增效果较好,适用于鸭茅的系统发育分析。

摘要： 目的:观察DNA聚合酶δ(polymerase data, Polδ)的催化亚基p125与胃癌细胞恶性增殖的关系,并探讨p125的编码基因POLD1与胃癌发生、发展的关系。方法:采用免疫组化法检测胃癌组织及癌旁组织中p125的表达;沉默胃癌细胞中POLD1基因,用MTT实验检测POLD1基因沉默前后胃癌细胞的增殖速率。采用Sanger测序法对胃癌细胞株MGC-803中POLD1基因cDNA进行测序。结果:免疫组化结果显示,胃癌组织中p125表达明显高于癌旁组织。MTT实验结果显示,POLD1基因沉默的胃癌细胞生长速率明显低于对照组细胞。Sanger测序结果显示,胃癌细胞中POLD1基因cDNA的碱基序列发生了4处点突变,1个碱基插入,1个碱基缺失。结论:p125高表达与胃癌细胞恶性增殖相关;胃癌细胞中POLD1基因cDNA碱基序列发生点突变、碱基插入从而引起其氨基酸序列改变,这有可能是导致胃癌细胞中p125高表达并引起癌细胞恶性增殖的分子机制之一。

摘要： 目前,一化性柞蚕基因组图谱不完整,缺W染色体未被组装,而W染色体是柞蚕雌性个体最重要的一条性染色体。为辅助柞蚕雌性个体基因组组装策略的制定,基于二代高通量测序,结合划动窗口统计、k-mer曲线拟合及基因组从头组装等手段,对柞蚕雌性个体基因组的GC含量、杂合度、基因组大小等特征进行了分析。结果发现一化性柞蚕雌性个体基因组GC含量约为36%,杂合度约为1.25%,从头组装获得的基因组由852 519条scaffold组成,总大小约为760 Mb。说明一化性柞蚕雌性个体基因组属于高复杂度基因组,单纯二代数据组装的基因组质量较差,需要利用三代测序及染色体构象捕获技术,保证将来雌性个体基因组组装质量。

摘要： 本试验通过Pacbio高通量宏基因组测序分析,研究“球虫血痢散”和“肠杆灵散”兽用中草药组方药物应用对鸡肠道菌群结构的影响,并与禽肠道常用抗生素药物硫酸安普霉素进行比较。通过设置3个药物试验组和1个空白对照,连续7 d用药,收集4个试验组鸡大肠段内容物样品,经总DNA提取、PCR扩增及高通量宏基因组序列测定分析。结果显示:“球虫血痢散”和“肠杆灵散”组方药物试验组Shannon指数显著高于硫酸安普霉素组和空白对照组,且组间差异显著(P﹤0.05),其中“球虫血痢散”组方药物试验组ACE值为60.09,表明肠道菌群多样性优势突出;基于Weighted Unifrac距离的PCoA分析结果显示,各药物试验组间菌落构成差异较小,但与空白对照组菌落构成差异较大。在门和种水平上,3个药物试验组中变形杆菌门(Proteobacteria)均呈显著下降趋势,厚壁菌门(Firmicutes)占比上升趋势明显,同时各试验药物对降低鸡埃希氏-大肠杆菌(Escherichia-coil)的比例均优于空白对照组且差异显著(P﹤0.05),表明各试验药物均有利于鸡肠菌群平衡紊乱的改善。其中“肠杆灵散”药物组在提高Streptococcus(非解乳糖链球菌FGM)的丰度占比上要优于“球虫血痢散”组,但硫酸安普霉素组的微生物种类含量比例显著低于2个兽用中草药药物试验组,且均匀性低。因此,2个兽用中草药组方药物在抑制鸡埃希氏-大肠杆菌增殖的同时,更有利于鸡肠道菌群平衡紊乱的改善和维持菌群结构的多样性。

摘要： 对67份贵州地方高粱资源的Wx基因型进行分析。结合检测wx^(a)和对Wx的2-14外显子区域直接测序的方法,鉴定了11个wx^(a)基因型、6个wx^(c)基因型、1个wx^(d)基因型材料。此外,直接测序方法鉴定了2个新的wx基因型,1个不会导致蜡质性状,还有1个位于基因2926位置处与wx^(c)基因型突变相同位置的G到C的颠换是否会导致蜡质性状还需进一步研究。

摘要： 为全面了解多粘类芽孢杆菌LY1的遗传背景,利用基因组测序技术全面解析LY1菌株的基因组序列,再通过生物信息学的方法比较不同菌株基因间的差异性和相似性,获得LY1菌株的基因组基本特征、基因功能注释及分类、系统发育进化关系等关键信息,从全基因组水平了解其系统发育进化关系。结果表明:多粘类芽孢杆菌LY1 的基因组长度为5 765 474 bp,共有6 086个蛋白质编码基因、162个 tRNA 基因、42个rRNA 基因,GC含量约为45.23%;在GO功能注释中,在生物过程分类下代谢过程和细胞过程中的基因占比最多,分别占比40.77%和38.98%;在细胞组分分类下,分类到细胞和细胞组成中的基因占比最多,为35.18%;在分子功能分类下,分类到催化活性和结合中的基因占比最多,分别为40.34%和35.78%;系统发育进化分析显示,菌株LY1与Paenibacillus polymyxa M1、Paenibacillus polymyxa OSY-DF、Paenibacillus polymyxa SC2、Paenibacillus polymyxa E681等菌株进化距离较近。

摘要： 5⁃甲基胞嘧啶(5⁃Methylcytosine,5mC)作为DNA中研究最为广泛的表观遗传修饰,不改变基因的序列,但是可以调控基因表达,从而在生命体的生长、发育和疾病发生中发挥着重要作用。研究5mC的分布、变化及作用机制有助于加强对生命体活动本质的理解。阐明基因组DNA中5mC修饰的生物学功能主要依赖于精准破译其在基因组上的位置信息。目前对5mC的定位分析除了经典的亚硫酸氢盐介导的方法之外,也发展了其他多种分析方法,如免疫沉淀富集介导的定位分析、酶介导的定位分析、吡啶硼烷介导的定位分析、纳米孔测序定位分析以及单分子实时测序定位分析等。该文总结了5mC定位分析方法的原理、优点和缺点,并对未来DNA甲基化修饰分析方法的发展方向进行了展望。

摘要： 为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异,验证PCR产物直接测序的“准确性”,将从两个规模化猪场采集的组织样品(A、B)PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体,分别取15个阳性亚克隆单菌落,同原始PCR产物进行测序,对两个样品各获得的16条序列进行比对分析。结果显示:A、B两组样品16条序列间的核苷酸同源性分别为84.2%~100%、87.4%~100%,PCR产物与其15个亚克隆测序获得序列的核苷酸同源性分别为87.7%~97.3%、87.9%~100%。遗传演化分析方面:样品A序列与其亚克隆序列被划分在谱系1、5、8,占比分别为6.25%、87.50%、6.25%,与其12个亚克隆序列同属于谱系5;样品B与其亚克隆序列被划分在谱系5、8,占比分别为68.75%、31.25%,与其10个亚克隆序列同属于谱系5。结果表明,同一样品中PRRSV ORF5序列具有多样性,不同样品的PRRSV ORF5序列丰富度不同。结果提示,在生产实际中,通过PCR对PRRSV ORF5产物进行直接测序,对于了解场内流行毒株具有一定的指示意义。

摘要： 牛结节性皮肤病(Lumpy Skin Disease,LSD)是一种由牛结节性皮肤病病毒(Lumpy Skin Disease Virus,LSDV)引起牛产生结节特征性病变的动物传染病,在东亚、南亚和东南亚等国家广泛流行,对当地养牛业造成严重的经济损失。目前我国将LSD作为二类动物疫病管理,自2019年以来,国内已有10多个省份报告过LSD疫情,疫情形势十分严峻。当前分离增殖LSDV较优的细胞为牛肾细胞。LSDV为痘病毒科山羊痘病毒属,其病毒粒子大小约为290 nm×270 nm,具有两种存在形态,病毒基因组复杂庞大,约为151 kb,包含150多个基因。目前GenBank数据库中仅保存有40多条LSDV病毒株的全基因组序列信息,流行毒株除了田间野毒株,近年来在亚洲部分地区还出现了田间野毒株和疫苗毒株的重组毒株,并且流行的重组毒株具有致病性,给未来LSD的疫苗研制和防控策略制定提出了新挑战。综述了LSD的病原学,以及非洲、欧洲和亚洲不同地区LSDV毒株全基因组学的研究进展,以期为LSD的防控和深入研究提供参考。

摘要： 本文在世界上首次对绵羊Myostatin基因的内含子Ⅱ进行了克隆及测序.结果表明,绵羊GDF-8基因的内含子Ⅱ的全序列全长为2046pb.该序列已录入Genbank,检索号为F266758.

摘要： 应用真菌核糖体基因ＩＴＳ区段扩增通用引物（ＩＴＳ１，ＩＴＳ４），ＰＣＲ扩增了尖孢镰刀菌菌株的ＩＴＳ片段，进行了ＰＣＲ产物的克隆和测序，以及碱基编码结构特点分析。结果表明，供试菌株核糖体基因ＩＴＳ区段分别由５６７ｂｐ组成，在２６７ｂｐ处有一个ＥｃｏＲＩ酶切位点，在５５７ｂｐ处为ＨｉｎｄⅢ酶切位点。该试验结果对尖孢镰刀菌的鉴定及分类，尤其应用这一区段碱基编码信息为尖孢镰刀菌引起植物病害进行分子监测和致病机理研究，提供了重要的信息和手段。

摘要： 采用PCR方法对62株大肠杆菌菌株进行stx基因检测，将筛选到含有stx基因的菌株进行噬菌体诱导、分离、纯化和鉴定，并对编码Stx2的噬菌体(Stx2噬菌体)相关基因进行序列测定。将分离的Stx2噬菌体溶源大肠杆菌MC1061实验菌株，获得的Stx2噬菌体溶源菌作为指示菌筛选诱导细菌滤液中的Stx2噬菌体以外的噬菌体。实验中筛选到8株大肠杆菌O157菌株经丝裂霉素c诱导后均优先释放Stx2噬菌体，不释放Stx1噬菌体。纯化的Stx2噬菌体能够溶源MC1061实验菌株，验证了stx基因在大肠杆菌菌株间的水平转移，同时还建立了指示细菌诱导滤液中多种噬菌体的优化方法。对其中一株Stx2噬菌体A亚单位进行测序验证，通过比对发现其与GenBank上登陆的X07865(Bacteriophage 933W)、AP005154、AF548457、AP000363(Bacteriophage Stx2-Sa)的同源性均高达99％。

摘要： 本文研究目的:从不同蜜蜂种类、品系的DNA基因组水平寻找其优良性状的分子标记,并对优良性状的分子标记进行测序和探针的制备,为了应用于全国800万群中优良蜂种的普查及筛选。研究方法:为分离纯化工蜂蜂蛹中基因组DNA,通过RAPD-PCR技术,制备基因组DNA多态性图谱寻找优良性状的分子标记,对分子标记进行核酸序列测定,使用地高辛将序列标记成核酸探针,最后利用基因组多态性图谱或探针可筛选出优良性状的蜂种。研究结果:(1)找到了采蜜高,产浆量多以及易感白垩病等3种分子标记,它们分别是K700bp、W316bp、P380bp;(2)对3种分子标记进行核酸测序;(3)将3种分子标记用地高辛标记成探针;(4)使用3种分子标记的DNA多态性图谱及核酸探针可以快速(48h)的应用于各蜂场进行优良蜂种的普查及筛选。

摘要： 采用mRNA差异展示技术对甜菜无融合生殖系和正常有性生殖的二倍体甜菜花期的基因表达进行了差异分析。采用3种锚定引物,共筛选了40个随机引物,获得一些差异表达片段,对这些差异表达的片段进行克隆和测序,与GenBank数据库进行同源性比较,获得了重要的cDNA片段,为进一步克隆无融合生殖基因提供重要的后选片段。

摘要： 葡萄白腐病是葡萄生产上的重要病害之一.本文针对该病菌序列、生物芯片、流行动态模型、微生态制剂等进行了系统研究.

摘要： 葡萄白腐病是葡萄生产上的重要病害之一.本文针对该病菌序列、生物芯片、流行动态模型、微生态制剂等进行了系统研究.

摘要： 葡萄白腐病是葡萄生产上的重要病害之一.本文针对该病菌序列、生物芯片、流行动态模型、微生态制剂等进行了系统研究.

摘要： 本发明提供了一种三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂及DNA单分子测序系统及测序方法，所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂包括以下基于三氮烯连接单元的不同荧光素标记四种不同碱基的可逆终止核苷酸：本发明在包含所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂的DNA单分子集成测序系统中，通过前一次DNA链延伸产物的荧光信号图像作为下一次延伸产物的定位荧光，无需额外的定位荧光，并且三氮烯荧光标记核苷酸在断裂反应后，在DNA链上无残基保留，理论上读长无限制。

摘要： 本发明涉及基因测序领域，提供了一种测序反应小室、测序反应夹具以及测序反应设备；所述的测序反应小室包括第一基片和第二基片，第一基片的下表面与第二基片的上表面贴合，在所述第一基片和第二基片之间形成至少一条中空的反应通道；第一基片或第二基片上设置有试剂出口，第一基片或第二基片上还设置有试剂出口；所述第一基片的上表面上贴合有用于对反应通道中的试剂进行加热的加热玻片；第二基片上对应在所述反应通道的位置设置有一凸起，凸起上设置有一测温孔，测温孔内容纳有测温探头；本发明的有益效果是：避免基因测序反应小室表面的空气对流对测温造成的影响，提高基因测序反应温度测量的准确性，使测得的温度更加接近于基因测序反应的反应试剂的温度。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序装置，包括样品区、反应区和检测区；样品区包括可旋转的分离盘，分离盘包括内部设有滤膜的过滤柱；反应区包括加样架、dNTP试剂槽和反应槽，加样架上固定设有多个加样针，加样架通过直线移动装置在dNTP试剂槽和反应槽之间做往复运动，加样架的中心设有转轴，转轴通过电机带动加样架转动，加样架通过升降装置沿转轴做升降运动；反应槽设有多个反应位，反应位延伸至检测区；检测区包括生物发光检测器和旋转台，生物发光检测器可拆卸的安装在旋转台上，旋转台通过电机带动生物发光检测器转动。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 一种基因测序基板及其测序方法和基因测序装置。该基因测序基板包括衬底基板设置在衬底基板上的至少一个测序单元，测序单元包括：用于容置待测样本的反应池以及至少一个温度传感器，至少一个温度传感器与反应池对应设置并用于感测反应池的温度。该基因测序基板不需要对四种碱基进行不同颜色的荧光标记便可实现基因测序，可简化基因测序的流程、降低基因测序的成本，利于基因测序技术的推广和利用。

摘要： 本发明涉及基因检测技术领域，尤其是涉及用于基因CDS区域一代测序的嵌套引物对、测序引物对、测序试剂、测序试剂盒及应用。通过设计开发了一对连接在特异性扩增引物前的通用嵌套引物，同时针对该引物设计了一对测序引物。该引物具备两个功能区域，通用引物序列区域的作用在于延长一代测序读取长度，获取有效的目的基因CDS序列；随机碱基序列作为桥梁序列，其作用在于区分通用引物序列和特异性扩增的目的基因序列，从而能够在扩增产物中快速识别出目的基因的CDS序列。最后，测序引物的作用是作为一代测序的通用测序引物，能够降低送测操作的复杂度。综上，本发明不仅能够缩短实验周期，同时也能降低实验成本。

摘要： 本申请公开一种基因测序结构、基因测序装置及基因测序方法，涉及基因测序及生物检测领域，包括：基板；薄膜晶体管阵列层，位于基板的一侧，包括多个薄膜晶体管，薄膜晶体管包括第一电极、第二电极、第三电极和半导体层；离子敏感膜层，位于半导体层背离基板的一侧；微孔层，位于离子敏感膜层背离基板的一侧；微孔层包括通孔，沿垂直于基板的方向，通孔贯穿微孔层，且通孔与半导体层至少部分交叠，通孔内用于放置待测核酸单链；导电结构，位于微孔层背离基板的一侧，导电结构与第一电极或第二电极电连接；检测芯片，位于导电结构背离基板的一侧，且与导电结构电连接。本申请能够有效的检测基因序列。

摘要： 一种测序文库的构建方法和得到的测序文库及测序方法，构建方法包括：将线性核酸分子环化形成环状核酸分子，滚环扩增得到多拷贝的长片段核酸分子，然后合成互补链得到双链的长片段核酸分子；与转座复合体混合孵育形成带有转座复合体的长片段核酸分子，与带有分子标签序列的固相载体混合孵育，使得分子标签序列与转座复合体上的转座子序列连接；将转座复合体上的转座酶从长片段核酸分子上释放出来，同时长片段核酸分子被打断成多个连接有转座子序列和分子标签序列的短片段核酸分子；对短片段核酸分子进行聚合酶链式扩增，得到测序文库。

摘要： 本发明提供了一种三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂及DNA单分子测序系统及测序方法，所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂包括以下基于三氮烯连接单元的不同荧光素标记四种不同碱基的可逆终止核苷酸：本发明在包含所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂的DNA单分子集成测序系统中，通过前一次DNA链延伸产物的荧光信号图像作为下一次延伸产物的定位荧光，无需额外的定位荧光，并且三氮烯荧光标记核苷酸在断裂反应后，在DNA链上无残基保留，理论上读长无限制。

摘要： 本发明公开了一种基因测序仪的成像镜头，包括物镜、补偿镜组和与所述物镜位于同一光轴的筒镜，其中，所述补偿镜组能够进入或者移出所述光轴；当所述补偿镜组进入所述光轴时，所述补偿镜组位于所述物镜与所述筒镜之间。本发明还公开了一种基因测序仪和基因测序系统。本发明至少解决了如何使生物芯片多表面成像像质均能够达到衍射极限，以及在实现对生物芯片多表面清晰成像的基础上减少物镜对焦次数的技术问题，可以将物镜对焦次数减少为一次。

摘要： 一种测序芯片，该测序芯片包括上壳体、下壳体、芯片以及两密封圈。下壳体与该上壳体相对设置，下壳体包括芯片槽及设于芯片槽的底部的壳体进液口和壳体出液口。芯片设于该芯片槽内，芯片包括朝向上壳体的第一表面和与第一表面相对的第二表面，第二表面设有芯片进液口和芯片出液口。两密封圈分别设于该壳体进液口和该壳体出液口，每一密封圈包括密封圈主体和设于密封圈主体中的开口，开口与芯片进液口或芯片出液口连通，且密封圈主体与芯片的该第二表面抵接。本实用新型提供的测序芯片结构简单，组装简单方便，成本低；一体化密封圈设计，以及密封圈与下壳体的一体化，密封效果好。另，本实用新型还提供了测序芯片模块和测序设备。