GC含量

摘要： 目前,一化性柞蚕基因组图谱不完整,缺W染色体未被组装,而W染色体是柞蚕雌性个体最重要的一条性染色体。为辅助柞蚕雌性个体基因组组装策略的制定,基于二代高通量测序,结合划动窗口统计、k-mer曲线拟合及基因组从头组装等手段,对柞蚕雌性个体基因组的GC含量、杂合度、基因组大小等特征进行了分析。结果发现一化性柞蚕雌性个体基因组GC含量约为36%,杂合度约为1.25%,从头组装获得的基因组由852 519条scaffold组成,总大小约为760 Mb。说明一化性柞蚕雌性个体基因组属于高复杂度基因组,单纯二代数据组装的基因组质量较差,需要利用三代测序及染色体构象捕获技术,保证将来雌性个体基因组组装质量。

摘要： 【目的】本研究拟对异源嫁接植物中的转移mRNA进行分析,探讨序列及功能特征对mRNA转移的影响,揭示m RNA转移的原理,为嫁接的定向调控提供理论依据。【方法】基于已报道的嫁接转录组数据,利用TBtools软件计算转移mRNA的编码区长度、GC含量,通过EXCEL软件分析比较二者与mRNA转移的关系,通过BLASTP同源性分析鉴定各嫁接体中的共转移mRNA,利用GO与KEGG数据库对共转移mRNA进行功能注释及代谢通路分析。【结果】(1)统计分析显示,茎向(由砧木到接穗)和根向(由接穗到砧木)转移mRNA长度的均值分别为1573 bp和1547 bp;随着m RNA长度的增加,mRNA转移率逐渐增加;根向的mRNA转移率显著大于茎向,且随着mRNA长度增大,根向的m RNA转移率增加的趋势更为明显。(2)转移mRNA的平均GC含量介于44%~47%之间;随GC含量增加,mRNA转移率先快速提高,后缓慢降低。GC含量在52%~54%时,茎向的mRNA转移率最高(3.66%),在46%~48%时,根向的mRNA转移率最高(4.71%)。(3)统计13个嫁接体的共转移mRNA发现,分别有1032和1727个mRNA在至少2个嫁接组合中进行了茎向和根向的长距离转移,主要参与了碳代谢、氨基酸合成、信号转导等过程。其中5个和2个m RNA在7个嫁接组合中分别进行了茎向和根向的长距离转移,主要参与了激素转运及基础代谢等过程。【结论】异源嫁接植物中的mRNA转移与mRNA长度、GC含量等密切相关,也与基因功能及作用位置相关。异源植物间的m RNA差异和交流,赋予了嫁接植物新的表型。

摘要： 大球盖菇(Stropharia rugosoannulata)是一种营养丰富、口味鲜美的食用菌,也是极具开发潜力的药用真菌。为了深入对金黄色大球盖菇的子实体发育、颜色调控等遗传机理开展研究,为金黄色大球盖菇基因组的精细图谱、分子育种等研究打下基础,采用第二代高通量测序技术对金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,金黄色大球盖菇品种“中菌金球盖1号”的基因组大小约为55.20 Mb,测序深度为140×,杂合率为0.80%,(G+C)含量为47.25%;基因组初步组装后,得到25802条重叠群(Contigs),Contig N50为14.923 Kb。该研究结果对于开展金黄色大球盖菇的颜色调控等遗传机理研究具有重要意义,同时为金黄色大球盖菇下一步的基因组精细图谱的构建和分子育种提供依据。

摘要： 通过第二代高通量测序手段对枯叶蝶的基因组进行Survey分析,研究枯叶蛱蝶的起源、进化及适应性,明确适合该物种全基因组深度测序和组装策略.通过低覆盖度测序预测枯叶蝶基因组大小,并利用生物信息学方法估计该种的杂合率、重复序列和GC含量等基因组信息.结果显示:(1)枯叶蛱蝶中华亚种(Kallima inachus chinensis Swinhoe)的基因组大小估计为545.05 Mb, GC含量为35.24%,测序深度为52×;(2)除略小于Maniola jurtina (614.74 Mb)和翠袖锯眼蝶(Elymnia shypermnestra)(566.93 Mb)外,明显大于其余蛱蝶的基因组;(3)K-mer分析(K=17)结果显示枯叶蝶基因组具有明显的杂合峰,杂合率为1.22%,重复序列比例为48.03%.

摘要： 为更好破译烟草甲全基因组信息,基于Illumina高通量测序平台对烟草甲基因组进行了调查分析.预测了其基因组大小,同时分析了基因组的杂合度、重复序列、GC含量等基因组基本特征,并在此基础上对烟草甲基因组进行了初步组装.研究表明:①烟草甲预估基因组大小为242.25 Mb,杂合率为0.77％,重复序列比率为42.95％,GC含量为44.61％.②基因组组装后,得到418693条scaffolds,拼接序列总长为211.10 Mb,N50为1864 bp.通过基因组调查分析为后续的烟草甲全基因组测序提供了重要的理论依据.

摘要： 剪切后的内含子在基因表达和调控过程中发挥重要作用,由此在成熟mRNA与相应的内含子之间也存在相互作用,并且二者协同进化.为了验证这一理论,以13个物种的基因组作为研究样本,凭借Smith-Waterman的局域比对方法,最终得到在成熟mRNA与其内含子序列之间的最佳匹配片段,同时在mRNA序列上显示出最佳匹配强度的分布区.然后对最佳匹配片段的长度、配对率的分布这两项参数进行分析之后,发现最佳匹配片段的这两个参数的特征,与siRNA和miRNA的结合特征是相近的;在mRNA序列上,得出UTR区与内含子相互作用强,GC含量低的片段偏好结合到3'UTR区,相反GC含量高的片段更倾向与5'UTR区发生相互作用.因此,最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用规律,可以把内含子看成是一种具有基因表达调控功能的序列.以上研究对于进一步探讨内含子的功能和进化具有重大意义.

摘要： 生命科学领域中无论是PCR还是测序,都需要了解目的核酸的GC含量.由于目前缺乏独立统计核酸GC含量的程序.该文采用Perl语言编程,设计处理了核酸序列统计GC含量的程序.程序采用了BioPerl环境,利用字符串拆分、遍历算法和正则表达式对核酸序列进行GC碱基的挖掘.最后该脚本可以应用于Windows和Linux系统.适合用于多环境.

摘要： 本发明提供一种提高高GC含量噬铜菌属细菌电转化效率的方法，高GC含量噬铜菌属细菌经活化后接种于含有表面活性剂和果胶酶的稀释的富营养培养基中，培养一段时间后，离心收集菌体，然后用无菌去离子水重悬洗涤数次，离心收集菌体沉淀，重悬于预冷的甘油水溶液中，制备得到的感受态细胞进行电转化。本发明通过对培养基进行改良，发现减少培养基中营养物质含量并加入适量的表面活性剂和果胶酶可以有效减少噬铜菌属细菌胞外聚合物的产生，大大提高了感受态细胞的电转化效率。本发明针对高GC含量噬铜菌属细菌的特点开发出一种稳定、高效的电转化方法，为深入研究分析噬铜菌属细菌提供有力的技术支持。

摘要： 一种GC‑MS检测三氟苯嘧啶含量的方法，是采用GC‑MS对待测样品溶液中的三氟苯嘧啶进行检测分析。三氟苯嘧啶在0.01‑1mg/L范围内呈良好的线性关系，相关系数为0.9906，三氟苯嘧啶检出限为0.01mg/L，定量限为0.01mg/kg。本方法具有检测时间短、检测限低、精密度高、准确性好等优点，能快速准确测定三氟苯嘧啶悬浮剂、稻田环境(土壤、糙米、稻壳和水稻秸秆)中三氟苯嘧啶的含量。

摘要： 本发明公开了一种利用GC法测定饲料添加剂中γ‑氨基丁酸含量的方法，该方法包括：取样品，溶解于纯水中，依次经沸水浴处理和超声处理后，得到预处理样液；将预处理样液置于无水乙醇中进行稀释，得到待测样液；采用气相色谱技术对所述进行测定，得到饲料添加剂产品中γ‑氨基丁酸的含量。本发明先采用沸水浴和超声的物理处理方法对样品进行预处理，再采用特定色谱条件的气相色谱法进行样品的检测，不仅预处理简单且不需要衍生处理，而且能够快速、准确地测定γ‑氨基丁酸的含量。

摘要： 本发明涉及一种基于目标序列捕获和多重置换扩增的靶向富集高GC含量目标DNA的方法以及适于该方法的试剂盒。本发明还涉及基于该富集方法构建高GC含量DNA测序文库的方法。

摘要： 本发明公开了高GC含量的核酸引物的后处理方法，通过将装有核酸引物的合成板装置配平后放入离心机离心，往合成板装置的每孔内加入二乙胺、乙腈混合液，静置后负压抽干，配平离心，再加入清洗乙腈，静置后负压抽干，配平离心，在合成板装置底部放置一块新的96微孔板，往合成板装置的每孔内加入氨解液，通过氨解盒夹具放于氨解盒中氨解，配平离心后弃去合成板装置，保留底部96微孔板，并在96微孔板的基础上加入氨解液，于氨解盒中氨解，在抽滤装置上放入合成板装置，加入乙腈溶剂静置后负压抽干，配平离心，加入三乙胺溶剂，静置后离心；该方法快速、高效地纯化高GC含量的核酸引物,相较传统洗脱法，该方法在得率方面提高了近2倍。

摘要： 本发明提供了一种用于高GC含量基因的PCR扩增添加剂组合物，其特征在于，所述的扩增添加剂选自7-deaza-dGTP、甜菜碱或甜菜碱类似物、DMSO、甘油、甲酰胺和聚乙二醇中的2种或2种以上的组合。本发明与现有技术相比，具有如下技术效果：1）应用本发明中所述的PCR添加剂及扩增方法，可以扩增模板GC含量大于80%的目的基因，可以成功扩增复杂基因用于临床检测。2）应用本发明PCR扩增产物特异性高，条带单一，无需纯化，可直接用于后续操作。3）应用本发明的PCR方法对DNA聚合酶要求低，可与各类商业化PCR试剂盒相匹配。

摘要： 本发明公开了一种基于GC‑MS或GC‑MS/MS测定粪便、血浆和尿液样本中短链脂肪酸含量的方法，属于气质联用检测短链脂肪酸技术领域；先配制不同浓度的含有11种短链脂肪酸的混合标准工作液，加入酸液和内标，进行GC‑MS检测，获得相应的线性回归方程；然后取人或动物的粪便、血浆或尿液样本，加入酸液预处理；先后加入第一萃取液，第二萃取液和内标，冰上涡旋振荡，冰水浴超声，离心取上清液，进行GC‑MS或GC‑MS/MS检测，与线性回归方程比对，获得11种短链脂肪酸的含量。本发明提供的定量检测方法能够快速准确的对生物样本中SCFAs含量较高的肠道内容物如粪便及血浆、尿液中痕量SCFAs的精准检测，样本用量少、检测灵敏度高、适用广泛的优点。

摘要： 本发明公开了一种同时测定七制香附丸中4种活性成分含量的GC方法，所述方法测定的4种活性成分分别为：石竹素、香附烯酮、蒿本内酯和α‑香附酮，其测定步骤如下：(1)供试品溶液的制备；(2)色谱条件：色谱柱为Αgilent HP‑5，柱温采用程序升温：初始温度100°C，保持1min，以20°C/min的速度升至150°C，再以3.0°C/min的速度升至210°C，最后以30°C/min的速度升至250°C，保持10min，FID检测器温度为280°C，载气为氮气，柱流量为1.0mL/min，进样量为1μL，分流比为5:1；(3)4种活性成分含量测定标准曲线的建立；(4)样品中活性成分含量的测定。本发明操作简便，准确、快速、高效，能同时测定七制香附丸中4种活性成分的含量，具有较大的实用价值。

摘要： 本发明公开了一种利用HS‑GC外标法测定卡波姆中苯杂质含量的方法，涉及化学分析方法技术领域，本发明采用顶空气相色谱仪对含有苯的卡波姆进行检测、外标法定量分析，色谱柱采用以6％氰丙基苯基‑94％二甲基聚硅氧烷为固定液的毛细管柱或极性相当的色谱柱，以氮气或氦气作为载气，采用火焰离子化检测器；本发明的测定方法精密度高，重现性好，方法简单易行，方便可靠，特别适用于苯含量小于2ppm的卡波姆，能够较准确地测出卡波姆中苯杂质的含量。

摘要： 本发明属于高纯磷烷中杂质的分析检测领域，尤其是一种GC‑AED关于高纯磷烷ppb含量锗烷杂质分析检测技术及方法，包括以下步骤：S1、通过进样系统向气相色谱原子发射光谱检测仪器通入需要检测的高纯磷烷；S2、利用等离子体作激发光源，使进入气相色谱原子发射光谱检测仪器的高纯磷烷原子化；S3、然后原子被激发至激发态，再跃迁至基态，发射出原子光谱，本发明针对磷烷等剧毒气体中锗烷杂质及其它含碳类杂质均可进行分析检测，且针对锗烷杂质，检出限低至0.2ppb，同时，该检测系统对于高纯砷烷、高纯氦气及其它高纯电子气体亦可做到ppb级别杂质的准确检测。