群体遗传

摘要： ‘月亮谷’是云南元阳梯田种植面积最大的地方籼稻品种,种植历史逾百年仍保持对稻瘟菌较稳定的田间抗性,我们猜测其原因与‘月亮谷’-稻瘟菌的群体互作有关。为此,本研究采用群体遗传学研究方法,利用稻瘟菌16对SSR引物,对从‘月亮谷’不同单粒传纯系、‘月亮谷’自然群体、现代品种‘合系22-2’及云南元阳哈尼梯田环境中分离到的稻瘟菌进行遗传多样性分析,以了解不同‘月亮谷’纯系对稻瘟菌群体遗传结构的影响。结果显示,来源于梯田环境的稻瘟菌与不同水稻品种(系)的稻瘟菌群体遗传结构差异明显,梯田环境:Ht=0.1603,I=0.3238;水稻寄主群体:Ht=0.0929,I=0.2009。而且,分离自不同水稻品种(系)的稻瘟菌群体遗传结构差异也较大,Shannon’s遗传多样性指数、Nei基因多样性指数和PIC的总体趋势是:‘月亮谷’感病纯系(L4、L3)>‘月亮谷’自然群体(G5)>‘月亮谷’抗病纯系(L1、L2)>‘合系22-2’(H6)。基于neighbor-joining的聚类分析发现,从环境(Y)中挑选的30株稻瘟菌和6个不同水稻寄主材料上分离到的稻瘟菌群体在相同相似系数下的遗传宗谱的数量变化趋势为:Y>L4>G5>L3>L1>L2>H6,说明现代品种对田间稻瘟菌群体产生的选择压力最大。水稻地方品种的抗病纯系群体对环境中稻瘟菌群体也产生了与现代抗性品种相类似的正向选择作用,而感病纯系和自然群体有利于稻瘟菌群体的稳定性选择。

摘要： 目的调查云南白族民家支系2323个健康无亲缘关系个体18个STR基因座的遗传多态性,计算群体遗传学参数,建立云南白族民家支系群体的遗传学基础数据,为司法鉴定工作中的亲子鉴定和个体识别提供可靠的科学依据。方法收集2323份云南白族民家支系人群无关个体样本,采用DNATyperTM19试剂盒,进行直接PCR复合扩增,用AB 3130XL自动遗传分析仪进行毛细管电泳分离,用GeneMapper ID-X 1.5软件对分离的STR进行分型。使用Modified-Powerstats软件统计等位基因频率,进行Hardy-Weinberg平衡(HWE)检验,计算匹配概率等法医学参数。使用Arlequin软件计算Fst和P值。使用Phylip软件计算Nei’s遗传距离。使用SPSS软件进行多维尺度(MDS)分析。应用Mega软件构建相邻连接(NJ)系统发育树。结果18个STR基因座中共观察到230个等位基因和1073种基因型。除D13S317基因座不符合Hardy-Weinberg平衡(P=0.0008)外,其余基因座等位基因频率和基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05/18=0.0028)。18个STR基因座的累积个人识别能力(CDP)达0.999999999,累积非父排除概率(CPE)达0.99999994055。Fst值、Nei's遗传距离以及NJ系统发育树的结果均提示,白族民家支系与云南布朗族和云南佤族相距较远,而与大理白族和怒江白族相距较近。结论上述18个STR基因座在云南白族民家支系群体中具有高度多态性,可用于司法鉴定和群体遗传结构研究。

摘要： 为了解蓝花楹(Jacaranda mimosifolia)种质资源的遗传多样性和群体遗传结构,对168份种质材料进行RAD-seq测序,构建了系统进化树并进行主成分、群体结构和遗传多样性分析。结果表明,比对参考基因组平均比对率为81.02%,平均测序深度23.18×,最终获得45552个高质量的SNPs。群体遗传结构分析表明,供试蓝花楹可划分为2个大的类群,来自川、渝地区的种质材料基本归为一类;其余地区归为另一类。19个地区的蓝花楹在SNP水平上的遗传多样性较高,云南昆明(YNKM)居群的核苷酸多样性(π)和期望杂合度(He)最大,表现出最高的遗传多样性。因此,来自川、渝地区的蓝花楹具有相对较近的亲缘关系,推断来自同一祖先,而其余地区的种质可能是随机引种栽培。

摘要： 目的 本文对神农香菊(Chrysanthemum indicum var. aromaticum)自然居群的遗传多样性、遗传结构及特征代谢产物开展研究,并以此为依据筛选核心种质,为神农香菊的资源保护和应用提供理论依据。方法 利用21对分别来源于基因组和转录组数据的简单重复序列引物(SSR)对我国神农架林区的151份神农香菊样本、41份疑似野菊样本和武汉市洪山区11份野菊对照样本进行居群遗传多样性和遗传结构分析。基于遗传信息,采用高效液相色谱技术(HPLC)对不同遗传分组的代表性纯合样本开展9种代谢物的差异分析,利用最小距离逐步取样策略(LDSS)筛选神农香菊的核心种质。结果 21对引物在所有研究样本中共扩增出202个等位基因,每个位点平均等位基因数为9.619个。神农架5个居群的平均有效基因数(Ne)为2.518,香农多样性指数(I)为1.004,多态性信息含量(PIC)为0.526,杂合度(H)为0.246。居群间具有较低的遗传分化(F_(st)1)。遗传结构分析显示,神农架的所有样品可分为三个遗传组。异绿原酸C、蒙花苷、木犀草苷等物质在三个组的样本间有明显的含量差异。基于遗传信息,最终筛选出了来自神农架3个地方居群的45份核心种质。结论 本研究展示了神农香菊自然居群整体存在的中高水平的遗传多样性,同时神农香菊样本与邻(混)生的疑似野菊样本具有清晰的形态差异,但两者间可能存在基因流或遗传混杂。这些信息为研究神农香菊的起源进化和对其资源的开发应用提供了理论和数据支撑。

摘要： 目的:短串联重复序列(short tandem repeat,STR)因其高度多态性的遗传学特征,在法医遗传学、分子人类学、群体遗传学等领域发挥了重要作用.新开发的复合检测体系由于采用了更多数目的STR基因座而具有更高的分辨能力和应用价值.遗传多态性研究是STR在特定人群中应用的前提.本研究评估山西运城地区汉族人群23个STR基因座的遗传多态性在法医学个人识别和亲子鉴定中的应用价值,并分析山西运城汉族与其他不同群体的遗传关系.方法:应用AGCU EX25扩增试剂盒对来自山西运城汉族的525例健康无关个体进行23个STR基因座的复合扩增,ABI 3500遗传分析仪对扩增产物进行电泳分离,GeneMapper v 3.2软件进行基因分型,统计各基因座等位基因频率及法医学参数;并结合已公开报道的其他13个群体等位基因频率数据,计算群体间遗传距离,构建系统发生树.结果:23个STR基因座的等位基因频率分布为0.0010～0.5090,各基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);23个STR累积个人识别率(cumulative power of discrimination,CPD)、累积三联体非父排除率(cumulative power of exclusion for trios,CPEtrio)、累计二联体非父排除率(cumulative power of exclusion for duos,CPEduo)分别为1?1.3052633748×10?27、1?2.5831520522×10?10和1?1.1936375004×10?6.群体比较结果显示山西运城汉族与陕西渭南汉族、宁波汉族、辽宁汉族等同语系或地理位置较近的群体遗传关系较近,与新疆维吾尔族、广东汉族等不同语系或地理位置较远群体的遗传关系较远.结论:23个STR组成的复合体系较传统的STR复合体系具有更高的遗传多态性和鉴别能力,能更好地应用于山西运城汉族人群的法医学个人识别、亲子鉴定及群体遗传学研究中.

摘要： 在马铃薯生长过程中,晚疫病是极为常见和最严重的病害之一,严重制约着整个马铃薯产业链的进一步发展。针对于此,文章就将从其晚疫病的主要症状和危害入手,分析我国各种植区域的病菌群体遗传特性,并以此为基础给出病害防控措施,以供参考。

摘要： 在马铃薯生长过程中,晚疫病是极为常见和最严重的病害之一,严重制约着整个马铃薯产业链的进一步发展.针对于此,文章就将从其晚疫病的主要症状和危害入手,分析我国各种植区域的病菌群体遗传特性,并以此为基础给出病害防控措施,以供参考.

摘要： cqvip:2021年9月15日,国际权威期刊《Nature Communications》在线发表了国际竹藤中心研究人员在竹子群体遗传研究方面取得的最新研究成果,通过对427个基因组的分析,揭示了毛竹种群结构的特点以及材性性状的遗传基础。文章题目为:Analysis of 427 genomes reveals moso bamboo population structure and genetic basis of property traits。该成果是继中国发布首个竹类植物基因组——毛竹基因组草图之后,竹子生命科学基础研究领域取得的又一项突破性成果,再次彰显了中国在基础研究领域对世界竹藤科技发展的引领作用,对于增强中国林业科技创新的国际话语权具有重要意义。

摘要： 原有的人类遗传性状调查实验是基于其遗传方式符合孟德尔单基因遗传规律,通过社会调查与群体遗传学分析,使学生正确理解和掌握哈迪-温伯格平衡定律及其运用.但目前的研究发现,这些性状并不完全符合单基因遗传规律,因此有必要对该实验的内容和方法进行改进.文章对改进后的实验内容和实验方法进行了较详细的阐述,形成了具有探究式特点的综合性实验.改进后的实验能够使学生掌握群体遗传学数据调查与结果分析的科研思路和操作技术,激发学生的科研兴趣和创新意识,培养学生分析问题和解决问题的能力.

摘要： 为明确不同栽培模式下葡萄霜霉病菌Plasmopara viticola的遗传结构、遗传多样性及遗传分化水平,于2014-2015年定期采集露地和避雨2种栽培模式下的葡萄霜霉病菌菌株,利用6对SSR引物对该病菌基因型、遗传多样性及遗传分化进行对比分析.结果 表明,露地和避雨栽培模式下葡萄霜霉病菌群体的Nei's基因多样性指数大于0.14,香农多样性指数大于0.31,2种栽培模式下群体具有丰富的遗传多样性,但避雨栽培模式可显著降低群体等位基因数和等位基因频率.露地栽培模式下该病菌群体的流行模式呈现中等水平无性繁殖,2年初侵染和再侵染对病害流行的贡献率分别约占26.1％和73.9％;避雨栽培模式下葡萄霜霉病菌群体的流行模式则呈现高等水平无性繁殖,初侵染和再侵染对病害流行的贡献率分别约占4.3％和95.7％.卵孢子的形成对于葡萄霜霉病菌种群遗传变异和有效越冬起着关键的作用.2014-2015年露地栽培模式下葡萄霜霉病菌群体的主效流行基因型对病害流行的贡献率分别为44.5％和51.8％;而其在避雨栽培模式下葡萄霜霉病菌群体的贡献率分别可达84.2％和87.1％.同一年份的露地和避雨栽培模式下葡萄霜霉病菌群体的主效基因型种类相同,2个群体间的等位基因频率呈现显著正相关性,且二者之间存在频繁的基因交流,推测避雨栽培模式下葡萄霜霉病的初侵染源自于避雨设施附近的露地栽培病株上再侵染形成的飞散传播孢子囊.

摘要： 甘蓝(Brassica oleracea L.2n=18，CC)是芸薹属植物中变异类型最为丰富的的物种之一，在长期的自然和人工选择中产生了叶用、茎用和花序用等多种变异类型。为了解野生甘蓝遗传遗传多样性，本文对引进的80份野生甘蓝资源和4份栽培甘蓝、8份甘蓝型油菜以及4份白菜型油菜进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。

摘要： 目的:比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性. 方法:应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数. 结果:生化基因位点中有13个生化基因位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1％;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6％.两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法.但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致. 结论:生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构.

摘要： 随着马铃薯主粮化战略在中国的大力推进,马铃薯的安全生产变得更加重要.针对当前马铃薯晚疫病菌的防控，应从群体遗传结构进行系统研究，从中国四大主要种植区系统获取样本，从表型（生理小种、交配型、抗药性、温度紫外线适应性）和基因型结构进行系统研究，同时对现有品种和抗性种质资源及时进行抗病评价，为该病害的综合防控提供重要的理论依据。有关马铃薯晚疫病的防治不仅需要关键的理论指导，还应因地制宜，结合当地的气候环境，及时采取恰当的防治措施，坚持“预防为主，防治结合”，农业防治为主，化学防治为辅，采用生态防控和绿色防控的理念，创造有利于马铃薯生长和发育，不利于致病疫霉繁殖和传播的生态环境，将晚疫病带来的损失和控制的生态成本、社会成本和经济成本降到最小，实现农业生产和植物病害防控的多功能效应。

摘要： 本研究利用PCR技术对澄黄滨珊瑚的两种分子标记(线粒体细胞色素氧化酶亚基1基因CO1和核糖体内转录间隔区基因ITS)进行测序,探讨CO1序列和ITS序列在澄黄滨珊瑚群体研究中的适用性,并从中选出最适合研究澄黄滨珊瑚Porites lutea群体遗传多样性的分子标记.结果显示CO1序列变异位点少,成对序列差异在群体内、群体间都很小,不适于澄黄滨珊瑚的群体研究;而ITS区序列个体内成对的序列差异仅为0.35％,可以作为研究Porites lutea群体遗传多样性的分子标记;通过对ITS1、ITS2、5.8Sr RNA、ITS1+ITS2 及ITS 区序列的比较,我们认为ITS1+ITS2序列是最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记.本文将为以后研究我国沿岸造礁石珊瑚澄黄滨珊瑚的群体遗传结构提供方法依据,为管理和恢复受损珊瑚礁生态系统提供分子依据,从而对珊瑚礁进行更合理的保护.

摘要： 为探究仙居鸡、白耳鸡、清远麻鸡和安卡鸡四个不同鸡种TLR4基因的多态和群体遗传特性.本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了TLR4基因第2内含子的多态性.结果表明,四个鸡种TLR4基因的第2内含子上均发现了G1894C的突变,共产生了AA、AB和BB三种基因型,四个鸡种该位点的多态信息含量(PIC)分别为0.570、0.597、0.583和0.588,均属于高度多态性且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).四个品种鸡G1894C多态位点的基因型在感染鸡白痢沙门氏菌阳性组和阴性组间的分布差异均不显著(P＞0.05).G1894C多态位点在仙居与白耳两个品种间基因型分布差异极显著(P＜0.01).研究结果为进一步开展鸡抗病相关基因研究提供了一定的理论基础.

摘要： 对甘孜藏猪和合作猪SLA-DQA基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的第2外显子进行PCR-RFLP分析,结果表明：2品种经EcoRⅠ酶切后,BB基因型频率(0.5537)分别高于AB型(0.3719)和AA型(0.0744)；B为优势等位基因(0.7397)。经AluⅠ酶切后,MM基因型频率(0.4380)分别高于MN型(0.3637)和NN型(0.1983)；M为优势等位基因(0.6198)。2品种中AluⅠ酶切基因型在合作猪中未达到Hardy-Weinberg平衡,且群体问M、N的基因频率和NN基因型频率差异分别达极显著和显著水平(P＜0.01；0.05＜P＜0.01)。本试验共鉴别9种组合基因型,甘孜藏猪和合作猪分别为6和8种组合基因型,BBMM、BBNN组合基因型频率在两群体间差异显著(P＜0.05)。两酶切位点均表现为中度多态,AluⅠ位点多态信息含量均高于EcoR Ⅰ位点,合作猪杂合性高于甘孜藏猪,两群体间的遗传距离为0.0389。

摘要： 对荷包猪和五指山猪SLA-DQA基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的第2外显子进行PCR-RFLP分析,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后,荷包猪BB基因型频率高于AB型,荷包猪无AA型； 五指山猪的基因型频率AB分别高于BB型和AA型,B为优势等位基因。经AluⅠ酶切后,MN基因型频率分别高于MM型和NN型,其中荷包猪中无NN型；M为优势等位基因。2品种中AluⅠ酶切基因型均未达到Hardy-Weinberg平衡。群体间从、MM、MN基因型频率差异达显著水平(P＜0.05)。本试验共鉴别8种组合基冈型,荷包猪和五指山猪分别为4和7种组合基因型,3种组合基因型AAMN、ABMM、BBMM频率在两群体间差异显著(P＜0.05)。除荷包猪的EcoRⅠ酶切位点为低度多态外,荷包猪的AluⅠ酶切位点以及五指山猪的两酶切位点均表现为中度多态,AluⅠ位点多态信息含量均高于EcoR Ⅰ位点,五指山猪杂合性高于荷包猪,两群体间的遗传距离为0.0802。

摘要： 本研究以太湖鹅、扬州鹅、豁眼鹅、浙东白鹅、皖西白鹅和四川白鹅6个鹅品种为实验材料，根据鸭、鹅GH基因序列设计了l对扩增第2外显子的引物，用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析，并对不同品种进行群体遗传学分析。结果表明，在鹅GH基因第2外显子上共发现2个单碱基突变位点，第39处的T-C突变，未发生氨基酸变化，为沉默突变;第74处T-C单碱基突变导致第25个氨基酸由缬氨酸(V)变为丙氨酸(A)。鹅群中表现出10种基因型(AA、AB、AC、AD、BB、BC、BD、CC、CD、DD)。统计结果发现，10种基因型在6个鹅品种间分布存在极显著的差异(P<0.01)。所有品种均处于Hardy-weinberg平衡状态。群体遗传分析表明太湖鹅杂合度、有效等位基因数、多态信息含量最低，浙东白鹅最高;除太湖鹅为中度多态外，其他品种均为高度多态。本研究表明鹅GH基因在不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性，可以进一步作为候选基因来分析其与生产性状的相关性。

摘要： 研究从Callipyge侧翼选取与肉羊后臀发育可能存在关系的5个微卫星基因座进行PCR扩增，计算群体遗传参数，并分析微卫星DNA多态性与萨福克羊后臀发育的相关性。研究表明，基因座OY3、MCMA26、UWCA4及等位基因147对萨福克羊的后臀发育有显著影响。

摘要： 以柴达木绒山羊为研究对象，利用8个微卫星位点对其进行遗传多样性分析，计算了各位点的等位基因频率(P)、杂舍度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N)。结果表明：8个微卫星位点在柴达木缄山羊均呈高度的多态性(PIC>0.5);位点LSCV24基因杂合度、有效等位基因和多态信息含量都最高(H=0.796，N=6.916，PIC=0.766);位点BM3413的基因杂合度、多态信息含量都最小(H=0.676，PIC=0.615);位点MAF-70的有效等位基因最小(N=0.7672)。因此，柴达木绒山羊群体中遗传背景复杂，遗传多样性较丰富;同时这8个微卫星位点也可用于柴迭木绒山羊羊绒性状的进一步研究。

摘要： 本发明提供了一种使转座因子移动的方法。所述方法包括以下步骤：a)提供DNA甲基化抑制剂和/或转录抑制剂，和b)使所述抑制剂与包含失活的转座因子的细胞接触，从而产生具有移动的转座因子的细胞。在本发明的第二方面，提供了一种增加多个真核细胞生物体中的遗传变异和/或表观遗传变异性的方法。所述方法包括以下步骤：i.提供DNA甲基化抑制剂和/或转录抑制剂，ii.使所述生物体与所述抑制剂接触，和iii.使所述生物体繁殖。

摘要： 本发明实施例公开一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置，能提高遗传分离群体的遗传图谱构建的准确性以及遗传信息的利用率。方法包括：S1、通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；S2、对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。

摘要： 本发明属于分子生物学和遗传学领域，具体公开了一种群体区分和鉴定的遗传标记参照系的构建方法及遗传标记参照系。所述构建方法包括对遗传标记数据进行数据分割和遗传标记挑选，或视情况对分割后的数据进行过滤，或对挑选后的遗传标记进行整合优化。采用本发明所述的方法可成功地使计算的复杂度从O(2

摘要： 本发明实施例公开一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置，能提高遗传分离群体的遗传图谱构建的准确性以及遗传信息的利用率。方法包括：S1、通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；S2、对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。

摘要： 本发明提供了一种使转座因子移动的方法。所述方法包括以下步骤：a)提供DNA甲基化抑制剂和/或转录抑制剂，和b)使所述抑制剂与包含失活的转座因子的细胞接触，从而产生具有移动的转座因子的细胞。在本发明的第二方面，提供了一种增加多个真核细胞生物体中的遗传变异和/或表观遗传变异性的方法。所述方法包括以下步骤：i.提供DNA甲基化抑制剂和/或转录抑制剂，ii.使所述生物体与所述抑制剂接触，和iii.使所述生物体繁殖。

摘要： 本发明涉及遗传多样性评价方法领域，尤其是绵羊资源群体的遗传多样性评价方法。包括以下步骤：a.采集绵羊的血液样品；b.提取血液样品的基因组DNA；c.在微卫星标记数据库中筛选30对微卫星标记引物，分布于绵羊26对常染色体和X性染色体，并通过NCBI数据库验证引物序列，微卫星标记采用5‑ROX、5'6‑FAM(FITC)、5‑TAMRA和5‑HEX进行荧光标记；d.PCR扩增及微卫星标记的等位基因分型；e.统计分析及资源群体的遗传多样性评价。本发明全面而系统地分析与评价绵羊资源群体的遗传多样性，为绵羊资源群体的开发与利用提供分子水平的理论依据，提高了评价的全面性，并节约了成本。

摘要： 本发明提供了一种野生斑鳜遗传多样性和群体遗传结构的检测方法，包括以下步骤：a)、分别提取不同群体野生斑鳜的DNA；b)分别对步骤a)获得的各野生斑鳜DNA进行第一PCR扩增和第二PCR扩增，获得各野生斑鳜DNA的第一扩增产物和第二扩增产物；c)分别对各野生斑鳜DNA的第一扩增产物和第二扩增产物进行双向测序，将第一扩增产物的Cyt b基因序列和第二扩增产物的D‑loop基因序列拼接组合，获得各野生斑鳜目的序列；d)对所述不同群体各野生斑鳜目的序列进行遗传多样性和群体遗传结构分析。本发明采用双基因序列拼接的组合分析，弥补了单基因序列信息量不足的缺点，更客观真实反映了物种遗传多样性的状况。

摘要： 获得显性分子标记群体遗传多样性和遗传分化参数优化估算的方法：根据输入的显性分子遗传标记，采用Zhivotovsky提出的基于Bayesian统计理论新的估算哑等位基因频率的方法和多种统计方法对多种群体遗传统计量进行群体遗传多样性和遗传分化遗传参数进行优化估算，运用本项方法，可以对动植物以及微生物的显性分子遗传标记数据进行群体遗传多样性和遗传分化等遗传参数进行优化估算，可以降低通过平方根法估算哑等位基因频率来估算群体遗传多样性和遗传分化参数所带来的统计误差。通过本发明计算机程序可以实现上述全部遗传参数的自动分析，大大降低了计算工作量并避免了因手工计算可能带来的计算错误。

摘要： 本发明提供了一种基于SNP标记研究玉米南方锈病群体遗传和传播路径的方法。本申请的方法使用筛选出的限制性内切酶EcoRI和MspI酶切不同菌株DNA，以简化基因组测序技术，利用Stacks软件挖掘SNP标记，进而对多堆柄锈菌群体遗传结构和传播路径进行研究；本发明的限制性内切酶EcoRI和MspI对多堆柄锈菌全基因组切割效果较好，相较于其他组合，在测序深度相同的情况下，能获得更多的标签数。目前尚未对多堆柄锈菌全基因组测序，本发明以简化基因组测序并利用stacks软件获得不同菌株的SNP位点，并基于此研究多堆柄锈菌的群体遗传结构和传播路径的方法，对病害综合治理和精准防治有重要意义。

摘要： 本发明公开了一套豌豆中性SNaPshot标记及其在群体遗传多样性分析中的应用。本发明以432份豌豆种质为试验材料，通过一套豌豆中性SNaPshot标记(46个中性标记)，对豌豆进行遗传多样性和群体遗传结构分析，由于中性标记与耐热等功能基因无关，可以更好地将豌豆种质按照地理来源予以分组，且与播期类型一致度较高。实验表明，本发明的中性标记选择科学，在染色体上的分布均匀。