同源建模

摘要： 因不合理或违规使用兽药,导致兽药原型或代谢物在动物源性食品和水体中残留,继而危害人类健康、破坏生态环境。因此,兽药残留快速检测方法的建立显得尤为重要。受体、抗体、适配体等生物识别元件具有分子识别能力,根据其特性已发开了不同的检测方法,如免疫分析法、受体检测法及生物传感器法等方法,广泛用于生物医药的研究。由于分子识别元件是分析的主体,影响分析的选择性,因此不同识别元件与兽药相互作用的机制越来越受到人们的重视。随着计算机技术的发展,同源建模和分子对接广泛用于残留检测技术,主要用于药物与蛋白质之间、抗原与抗体之间、受体与配体之间等生物分子之间相互作用的研究。笔者重点介绍了单链抗体(ScFv)、受体和适配体3种识别元件与兽药小分子之间的互作机制,主要分析生物识别元件与兽药结合部位形成的氢键、疏水性及关键氨基酸或碱基,在分子水平上探究药物与识别元件的机理和规律,从而找出影响识别元件与药物结合的关键因素,并对3种识别元件进行了总结,以期为全面了解识别机制和体外进化,制备出亲和力更广的ScFv、受体、适配体提供理论支撑,为后续药物残留检测技术和药物开发奠定基础。

摘要： 药物化学是发明新药、研究药物相互作用规律的领军学科。药物化学的学习过程具有分子互作理论繁杂、概念抽象,不易理解的特点。将Discovery Studio(DS)引入到动物药学专业的药物化学的学习中,应用DS对磺胺类药物靶标蛋白二氢蝶酸合成酶(dihydropteroate synthase,DHPS)进行同源建模,并与配体磺胺甲噁唑(sulfamethoxazole,SMZ)分子对接进行DHPS-SMZ的相互作用分析,阐明磺胺类药物的作用机制。实践表明,使用Discovery Studio软件辅助学习药物化学,有利于形象、直观的理解分子相互作用机制,明显提高学习效果,对于深化理解兽医学科药物化学的内涵具有重要的意义。

摘要： 目的:提高几丁质酶降解几丁质生产几丁寡糖产量。方法:利用基因工程方法对淀粉酶链霉菌几丁质酶进行克隆、原核表达、酶学性质探究,并通过同源建模、催化域氨基酸比对、定点突变等方法探究几丁质酶活性位点。结果:克隆和原核表达后,产酶周期由7 d缩短至24 h,酶活可达132 U/L,较原始菌酶活性(100 U/L)提高了32%。决定几丁质酶活性的氨基酸为催化域的128,130位的天冬氨酸和132位的谷氨酸。结论:对几丁质酶基因克隆表达后,其产酶周期缩短、酶活性提高。

摘要： 壳寡糖具有多种生物活性,是目前仅知的唯一碱性寡糖,在食品、农业和生物医药领域应用广泛。壳聚糖酶可以特异性切割壳聚糖中的β-1,4糖苷键,形成不同聚合度的壳寡糖,因此,获得具有良好稳定性的壳聚糖酶是大规模酶法制备壳寡糖的关键。为了鉴定影响糖苷水解酶(Glycoside hydrolase,GH)46家族壳聚糖酶酸碱耐受性的相关氨基酸位点,选取来自芽孢杆菌(Bacillus sp.)DAU101(最适pH为7.5)的壳聚糖酶为模板,以来自芽孢杆菌的壳聚糖酶Csn-BAC为研究对象,综合同源建模和序列比对的方法,选取了4个候选位点并构建了4个突变体(V1:P68A;V2:A137G;V3:A203M;V4:H234E)。结果显示,与Csn-BAC相比,4个突变体的热稳定性均出现了不同程度的下降,而酸碱耐受性有了明显的提升。结果表明,选取的氨基酸位点对酸碱耐受性均产生了显著的影响,同时表明该策略在改造壳聚糖酶稳定性方面是一种有效的方法。

摘要： 目的:基于分子对接与数据挖掘研究生姜解半夏毒的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索生姜有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测生姜成分靶点,经Swiss-model同源建模半夏凝集素后进行分子对接。通过DisGeNET数据库获取炎症相关靶点,通过基因映射获取生姜治疗炎症的作用靶点。应用String构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因。对靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:筛选得到生姜有效成分5种,与半夏凝集素均有较强结合力。生姜治疗炎症靶点49个,关键靶点有15个,包括MMP9、HSP90AA1、PPARG、RELA、APP、ICAM1、MMP2、mTOR等。通过GO与KEGG富集分析,49个靶点基因涉及急性炎症反应、炎症反应的调节、炎症介质的产生、T细胞的激活、淋巴细胞迁移生物过程,且主要富集于Th17细胞分化相关通路。结论:生姜对半夏毒性成分产生抑制作用并通过减轻炎症反应来发挥解毒作用。

摘要： G蛋白偶联受体34(GPR34)在肥大细胞、肿瘤组织和人体免疫器官中高度选择性表达,但因属于膜蛋白,其三维结构难以测定,不能从分子水平上分析其与药物作用情况。本文选用PDB数据库中与GPR34一级序列同源性最高的4NTJ为模版蛋白进行同源建模,运用拉氏图和Profile-3D进行评估,通过加膜限制和loop区能量优化等方法最终得到合理并且可信度高的3D结构模型。最优模型Verify Score为124.97(期望Verify Score值区间为69.071 1~153.491),预测分析得到14个可能的活性位点。通过最陡下降法和共轭梯度法构建GPR34激动剂分子的最低能量结构,将激动剂分子与预测的蛋白3D结构模型上的活性位点进行分子模拟对接,根据对接模型比较不同激动剂分子与不同蛋白活性位点的相互作用。实验结果对设计GPR34激动剂分子和进一步研究GPR34的结构和功能具有理论指导意义。

摘要： 为探究大豆球蛋白A1a(Glycinin A1a)亚基的线性B细胞表位,在美国国家生物信息技术中心(National Center of Biotechnology Information,NCBI)数据库中索引到Glycinin A1a亚基的氨基酸序列,利用一系列生物信息软件对该亚基进行一级结构、二级结构分析,预测出的线性B细胞表位为^(24)EQPQQN^(29)、^(40)KPDNRI^(45)、^(56)NPNNK^(60)、^(80)RRPSYTNG^(87)、^(114)PQQPQQRGQS^(123)、^(197)QEQGGHQSQKGKHQQEEENE^(216)、^(247)NEGED^(251)、^(267)PPTDEQQQRP^(276)、^(285)DEKPQCKGK^(293)、^(299)RPRGS^(303)。再使用SWISS-MODEL对Glycinin A1a亚基的三级结构完成同源建模,使用DiscoTope 2.0 Server对大豆球蛋白A1a亚基进行构象表位预测。这为进一步探究大豆致敏表位缩小了范围,为后期大豆球蛋白A1a亚基过敏原检测提供参考。

摘要： 目的研究1例RhD抗原表型为部分D的献血者RhD抗原和分子机制。方法利用血清学方法对1例初筛为RhD阴性样本进行RhD阴性确认并进行CE分型;采用D-screen检测该样本RhD抗原表位。利用Sanger测序法对RHD基因的全部外显子测序。建立数字PCR鉴定RHD基因型的方法并分析该例样本RHD基因合子型。采用Robetta同源建模方法比较该例样本与野生型RhD蛋白的构象。结果经血清学鉴定为部分D表型,CE分型为CcEe。基因测序发现,RHD基因4号外显子存在c.492C>G突变。数字PCR鉴定该例样本的RHD基因型为D+/D–。同源建模结果提示天冬氨酸被谷氨酸替换影响RhD蛋白第3个胞外环的构象。结论RHD*492G导致部分抗原表位缺失,表现为部分D表型,属于国内首次报道。数字PCR技术用于RHD基因合子型检测,相比于实时定量PCR技术重复性和准确性均有改进。

摘要： 该研究以来源于家蚕的碳酸酐酶为研究对象,利用同源建模建立了家蚕碳酸酐酶的三维结构并预测了其潜在的活性区域。随后,利用Autodock-Vina对家蚕碳酸酐酶和底物进行分子对接,分析和评价了对接模型以及与乙酸对硝基苯酯底物对接过程中的相互作用。经分子动力学模拟和MM/PBSA,分析催化过程中家蚕碳酸酐酶的均方根偏差、溶剂可及面积以及径向分布函数。结果表明:建模所得的酶结构可靠性良好(完全允许区域为89.3%,允许区域10.3%,总和超过了99%);家蚕碳酸酐酶与底物的对接结合能为-6.1 Kcal/mol;范德华力在家蚕碳酸酐酶和底物的结合中占主导地位,而极性溶剂化对结合有显著的反作用;家蚕碳酸酐酶与底物的相互作用的区域为:138L~150V和209L~217C;同源建模所得的家蚕碳酸酐酶结构稳定(模拟最后50 ns RMSD值约0.35 nm)。该研究对后续进一步理性设计和改造家蚕碳酸酐酶提供了一定的理论支持。

摘要： 该研究应用生物信息学方法对枯草芽孢杆菌脂肪酶LipA进行分析,旨在为LipA的后续研究奠定一定的理论基础。采用一系列在线网站或软件对LipA的一级结构、亲疏水性、基本特性、二级结构、特殊卷曲螺旋、模体以及富含脯氨酸(P)、谷氨酸(E)、丝氨酸(S)和苏氨酸(T)的PEST序列等进行预测和分析,并对三级结构进行同源建模,对其表面电位、可及性分布以及Ramachandran图等进行分析。枯草芽孢杆菌脂肪酶LipA是一种由212个氨基酸组成的稳定的脂溶性蛋白质,其亲、疏水性最强的区域分别为Lys75~Asn81和Val9~Leu17;不存在稳定的二聚体、三聚体卷曲螺旋和非PEST序列;有3种可能参与不同的生化反应的模体;有5段α-螺旋、6段β-折叠的α/β类蛋白;整体呈弱正电势;LipA的可及性和Ramachandran图表明建模得到的三维结构是合理、可靠的。该研究为后续对枯草芽孢杆菌脂肪酶LipA的分子设计和改造提供了一定的理论基础。

摘要： Lactobacillus fermentum CGMCC2921来源的L-阿拉伯糖异构酶(简称L-AI酶)属于嗜热型L-AI酶,具有工业化生产D-塔格糖的应用潜质.通过同源建模分析选取对该酶催化D-半乳糖生产D-塔格糖起重要作用的氨基酸位点进行突变,发现当Q16,M311,K423和Q438位点的氨基酸突变为丙氨酸时,突变酶Km值降低,其中突变酶M311A的Km值降低1倍,对D-半乳糖的转化率提高约20％。当K423位点的氨基酸残基分别突变为丙氨酸、天冬酰胺或精氨酸时,突变酶与底物的亲和力以及D-塔格糖的转化率随着423位点突变氨基酸侧链长度的增加而降低.运用计算机分子模拟技术分析表明:当M311位点氨基酸突变为丙氨酸以后,底物D-半乳糖与催化位点氨基酸残基之间的氢键作用增强,导致与底物亲和力增大,从而提高了酶活力。

摘要： 蛋白质所具有的功能在很大程度上取决于其空间结构,其中同源模建和分子对接是研究蛋白质空间结构的重要工具.同源模建法根据蛋白序列的相似性构建模拟蛋白的结构,是目前最成熟的预测蛋白结构的一种方法,而分子对接是研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲和力的一种理论模拟方法.近年来,同源建模和分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术,在数据库搜寻,组合库设计及蛋白作用研究方面得到了广泛发展.

摘要： 高温热应激是造成肉/蛋鸡养殖业经济损失的重要原因之一。高温可导致鸡生长发育缓慢，免疫力和抗病力下降，发病率和死亡率升高。当鸡处于热应激状态下，机体内的热应激蛋白(HSP)迅速被诱导表达，使机体对热的耐受能力迅速增强。本研究采用同源建模的方法得到高分辨率的鸡HSP70维结构，为进一步研究SNPs是否影响其蛋自质结构与功能打下基础。

摘要： 生长激素受体(GHR)是由单一基因编码的一种跨膜蛋白，是细胞因子和促红细胞生成素受体超家族的成员之一，与生长激素(GH)相结合，其信号经由Jak-Stat路径介导，以促进机体的生长发育。生长激素受体广泛存在于动物的各种组织，包括肌肉、肝、骨骼、软骨脑和脂肪组织等，全长GHR由630个左右氨基酸组成，一次跨膜，是动物组织里最主要的存在形式。试验表明GHR基因的突变可能影响其表达蛋白的结构和功能，从而影响到GH的结合能力和信号转导过程。作为候选基因，人们将它与生长性状和一些家畜的经济性相联系，取得了很大的成就。研究表明人的侏儒症、性连锁矮小鸡等均是由GHR基因突变所致。因此本研究主要应用生物信息学方法，对我国一些特有的矮马资源的GHR基因及其所表达的蛋白结构的变化，通过模拟进行了分析，为进一步研究该基因与在影响矮马体高方面可能的作用机理打下基础。

摘要： 斜纹夜蛾(Spodoptera litura)是农作物的主要害虫之一,食性杂,为害重,属间歇暴发性害虫。由于斜纹夜蛾每年可发生的世代数多，发生量大，易暴发成灾，所以目前防治措施仍以使用化学农药为主。但是，化学农药的广泛使用使得大量斜纹夜蛾产生抗性，特别是农药残留，不仅污染环境同时影响人类及动物的身体健康。因此，研制无污染、不杀伤天敌、与环境相容性好的高效杀虫剂、引诱剂或者忌避剂成为研究热点。

摘要： 以生物酶为催化剂进行物质转化的工业生物技术由于具备高效率、低能耗、低物耗及环境友好等特点开始在高附加值化学品及医药等的制备过程中逐步得到应用,但天然酶是蛋白质,它适宜的工作条件是常温、水溶剂、中性pH值及特定底物,因此不能完全满足化学工业面对的苛刻的反应条件。近年来,计算蛋白质设计技术的发展为我们提供了一种改进现有酶催化剂及开发全新酶的选择。为了进一步研究蛋白质设计的原理,特别是酶催化位点的设计,本课题的研究选择TEM型β-内酰胺酶和头孢菌素作为研究对象，通过结构建模及分子对接,来研究β-内酰胺酶不同突变株与不同结构头孢菌素的结合情况,分析其活性位点突变的规律。TEM型超广谱β-内酰胺酶是由已知结构的广谱酶TEM-1和TEM-2的编码基因发生突变造成1-4个氨基酸改变而形成的一系列酶蛋白。TEM型内酰胺酶序列全长为290个氨基酸,目前发现的130个 TEM型β-内酰胺酶彼此间同源性很高,基本都在98%以上,因此利用同源建模可以从TEM-1得到准确性很高的三维结构。在研究过程中,我们选用了15个TEM型β-内酰胺酶作为对接受体,24个头孢菌素作为底物(配体)进行对接,β-内酰胺酶突变株的结构通过同源建模软件Modeller 得到,而酶与底物之间对接的构象及结合能通过软件AutoDock 得到。根据大量的对接结果及相应的对接能量的构成,我们分析了β-内酰胺酶活性位点突变的规律,从而通过学习β-内酰胺酶在药物选择压力下形成的天然进化能力可以推测酶活性位点设计的一般原理。

摘要： 目的:重组双功能水蛭素(RGD-hirudin)是在野生型水蛭素分子的合理部位融入了Arg-Gly-Asp(RGD)序列融合在野生型水蛭素的合理部位,具有抗凝血酶、抗血小板聚集的双重功能.但是RGD-Hirudin是一种蛋白质,只能通过静脉注射给药,临床应用范围有限.以RGD-hirudin序列为基础,保留其C末端和N末端的功能氨基酸残基,利用分子模拟和同源建模技术设计具有抗凝活性的短肽(Direct Thrombin Inhibitor Peptide,DTIP),以利于皮下用药. 方法:利用同源建模和分子模拟,以RGD-hirudin的序列为基础,保留其功能氨基酸残基,借助分子模拟软件设计多肽类似物；利用毕赤酵母表达DTIP；经纯化后获得目的蛋白；利用毕赤酵母表达DTIP；经纯化后获得目的蛋白；凝血酶滴定法测定DTIP的抗凝活性；HPLC-MS测定DTIP的纯度、分子量,利用生物膜干涉技术测定凝血酶与DTIP的亲和力.在体外实验中,通过血栓弹力试验测定DTIP对血栓形成的抑制作用.大鼠皮下注射DTIP,比较给药前后部分凝血活酶时间(Activated Partial Thromboplastin Time,aPTT),凝血酶原时间(Prothrombin Time,PT),凝血酶时间(Thrombin Time,TT)和凝血时间(Clotting Time)的变化.分别构建尾静脉注射肾上腺素和胶原诱导的急性肺栓塞模型和FeCl3损伤诱导的肠系膜微动脉血栓模型,研究DTIP预防血栓形成的药效学作用. 结果:利用同源建模设计出一条具有抗凝活性的短肽DTIP；DTIP抗凝比活性为7000ATU/mg,与凝血酶的亲和力为0.9μMol/L.体内和体外试验结果均显示DTIP显著延长aPTT、PT和TT,体内试验中,用药后,CT也显著延长,但不会引起出血.在急性肺栓塞模型中,DTIP显著提高小鼠存活率；在肠系膜微动脉血栓模型中,DTIP抑制血栓的形成. 结论:DTIP具有抗凝活性,且可以通过皮下注射的方式预防血栓的形成,可作为一种潜在的皮下注射直接凝血酶抑制剂进行更加深入的研究.

摘要： 为弄清梭曼抗体酶的作用机理,了解其结构与催化作用的关系,以便进一步改进半抗原的设计或改造抗体的结构,本研究测定了EP的核苷酸序列并进行了抗体三维结构的同源模建,在计算机上模拟了与梭曼和半抗原的相互作用.

摘要： 为弄清梭曼抗体酶的作用机理,了解其结构与催化作用的关系,以便进一步改进半抗原的设计或改造抗体的结构,本研究测定了EP的核苷酸序列并进行了抗体三维结构的同源模建,在计算机上模拟了与梭曼和半抗原的相互作用.

摘要： 为弄清梭曼抗体酶的作用机理,了解其结构与催化作用的关系,以便进一步改进半抗原的设计或改造抗体的结构,本研究测定了EP的核苷酸序列并进行了抗体三维结构的同源模建,在计算机上模拟了与梭曼和半抗原的相互作用.

摘要： 本申请提供一种同源分析知识库的构建方法、同源分析方法及装置，该同源分析知识库的构建方法包括：收集种子样本文件及其在在沙箱中运行时产生的中间文件；对上述两个文件进行格式识别，得到格式识别结果；对上述两个文件进行分析，得到与格式识别结果相匹配的模糊哈希；获取与模糊哈希相匹配的背景信息；根据背景信息，计算模糊哈希对应的同源权值；根据模糊哈希、同源权值以及背景信息，构建同源分析知识库。可见，该方法能够自动提取各种样本文件的模糊哈希和全局唯一标识符并形成同源知识库，以使各类设备可以根据该同源知识库进行自动化同源分析，从而避免传统方法中对人工分析的依赖，进而有利于提高同源分析效率与同源分析准确性。

摘要： 本申请提供一种同源分析知识库的构建方法、同源分析方法及装置，该方法包括：收集种子样本文件；收集种子样本文件在沙箱中运行时产生的中间文件；对种子样本文件和中间文件进行格式识别，得到格式识别结果；基于格式识别结果，提取种子样本文件和中间文件中包含的文件字符串；对文件字符串进行过滤和分类，得到有意义字符串；获取与有意义字符串相对应的背景信息；根据有意义字符串和背景信息，构建同源分析知识库。可见，实施这种实施方式，能够创建一个用于分析恶意字符串的同源分析知识库，以使该同源分析数据库可以用于对恶意代码进行快速分类，从而实现高效确定恶意代码的来源，和追踪其归属的家族或组织的效果。

摘要： 本发明公开了一种同源四倍体鲤品系的建立方法，以鲤鱼为原始母本，团头鲂为原始父本进行杂交，杂交F1代中挑选出雌性异源四倍体鲤鲂与雄性同源二倍体类鲫，经人工催产、人工干法授精、流水孵化、专池饲养、检测筛选后得到染色体数目为200的同源四倍体鲤F1，雌、雄同源四倍体鲤F1通过多代自交传代培养，得到遗传性状稳定的同源四倍体鲤品系。获得的同源四倍体鲤具有体形优美、生长速度快、抗逆性强、繁殖力强等优点，孵化率及苗种存活率都较高，两性可育且遗传稳定。还公开了一种以二倍体鲤作为母本、同源四倍体鲤作为父本，进行倍间杂交得到同源三倍体鲤的方法。获得的三倍体鱼具有潜在不育、生长快、肉质好等优点，在生产应用上具有重要价值。

摘要： 本发明公开了一种同源用户确定及同源网络构建方法、系统及存储介质，其中方法包括：获取用户数据、网络数据及设备数据；将所获取到的数据至少归集为人相关数据及物相关数据两类；至少根据所归集的人相关数据确定同源用户；至少根据所归集的人相关数据及物相关数据分析结果构建同源网络。本发明所提供的方法，一、使得所分析的对象不再局限于人，进而提高对人分析结果的精准性；二、提出了全新的数据概念—“同源用户”，利用同源用户的概念，可更为有效的对用户之间的联系进行更为全面的分析；三、提出了全新的数据概念—“同源网络”，提高了数据获取分析的全面性，进而拓宽了分析后数据的应用范围。

摘要： 本发明涉及电力物联网领域，尤其涉及一种可限定规则下的同源多策略建模方法。通过就地模块模型对数据进行统一整合形成归一化处理，变电站辅助设备全面监视系统对数据进行数据属性设定，变电站辅助设备全面监视系统就可以将传感器数据及其属性设定存入系统实时库中，完成对传感器数据的实时获取，属性设定了应用的读取权限，通过依据属性设定进行分发数据，满足多个应用使用同源数据的要求，变电站辅助设备全面监视系统接入传感器数据，为系统中智能联动、越限信息监视、异常设备等应用提供数据支撑。

摘要： 本申请提供一种同源分析知识库的构建方法、同源分析方法及装置，该方法包括：收集种子样本文件；收集种子样本文件在沙箱中运行时产生的中间文件；对种子样本文件和中间文件进行格式识别，得到格式识别结果；基于格式识别结果，提取种子样本文件和中间文件中包含的文件字符串；对文件字符串进行过滤和分类，得到有意义字符串；获取与有意义字符串相对应的背景信息；根据有意义字符串和背景信息，构建同源分析知识库。可见，实施这种实施方式，能够创建一个用于分析恶意字符串的同源分析知识库，以使该同源分析数据库可以用于对恶意代码进行快速分类，从而实现高效确定恶意代码的来源，和追踪其归属的家族或组织的效果。

摘要： 本申请提供一种同源分析知识库的构建方法、同源分析方法及装置，该同源分析知识库的构建方法包括：收集种子样本文件及其在在沙箱中运行时产生的中间文件；对上述两个文件进行格式识别，得到格式识别结果；对上述两个文件进行分析，得到与格式识别结果相匹配的模糊哈希；获取与模糊哈希相匹配的背景信息；根据背景信息，计算模糊哈希对应的同源权值；根据模糊哈希、同源权值以及背景信息，构建同源分析知识库。可见，该方法能够自动提取各种样本文件的模糊哈希和全局唯一标识符并形成同源知识库，以使各类设备可以根据该同源知识库进行自动化同源分析，从而避免传统方法中对人工分析的依赖，进而有利于提高同源分析效率与同源分析准确性。

摘要： 本发明提供了一种基于同源建模的高效检测PAEs的牛血清蛋白改造方法，属于光谱检测技术领域。该方法去除牛血清蛋白结构中的水分子，并加氢和电荷，将目标PAEs分子融入受体结合腔中，将牛血清蛋白活性位点处的亲水性氨基酸替换为疏水性氨基酸；用同源建模方法构建出氨基酸替换后的牛血清蛋白的结构；利用PROCHECK服务器对牛血清蛋白结构进行筛选，图谱显示所有氨基酸残基均位于可允许区，且落在最适区+允许区+最大允许区的氨基酸残基百分比均满足大于95％，获得高效检测PAEs的牛血清蛋白。本发明方法操作简便、计算快速、容易实现，实现了与目标PAEs结合亲和力提高且荧光光谱强度增强的新型牛血清蛋白，为实现PAEs的高灵敏性荧光光谱检测提供直接的理论指导。

摘要： 一种基于远程同源模板的蛋白质结构建模方法，基于多序列比对的思想，从局部比对出发，通过搜索蛋白质数据库发现若干个局部匹配；其次根据得到的局部匹配向两边扩展得到高得分的片段，然后通过多序列比对构建序列谱，再将序列谱重新带入数据库中搜索，迭代上述过程直至不再产生新的模板；最后得到满足期望阈值的模板，将得到的模板放入RosettaCM中进行同源建模结构预测。本发明提供一种能够有效辅助蛋白质结构预测的远程同源模板的蛋白质结构建模方法，能够提高蛋白质结构预测的精度。

摘要： 本发明提供了一种基于同源建模的高效检测PAEs的牛血清蛋白改造方法，属于光谱检测技术领域。该方法去除牛血清蛋白结构中的水分子，并加氢和电荷，将目标PAEs分子融入受体结合腔中，将牛血清蛋白活性位点处的亲水性氨基酸替换为疏水性氨基酸；用同源建模方法构建出氨基酸替换后的牛血清蛋白的结构；利用PROCHECK服务器对牛血清蛋白结构进行筛选，图谱显示所有氨基酸残基均位于可允许区，且落在最适区+允许区+最大允许区的氨基酸残基百分比均满足大于95％，获得高效检测PAEs的牛血清蛋白。本发明方法操作简便、计算快速、容易实现，实现了与目标PAEs结合亲和力提高且荧光光谱强度增强的新型牛血清蛋白，为实现PAEs的高灵敏性荧光光谱检测提供直接的理论指导。