细菌群落

摘要： 为了研究赤水晒醋封醅暴晒过程细菌群落结构及理化指标的变化,进一步了解赤水晒醋的发酵规律及发酵机理。本研究检测了赤水晒醋封醅暴晒的11个月内醋醅的理化指标变化,采用高通量测序技术检测了其中细菌群落结构变化,并分析了细菌属与理化指标之间的相关性。结果表明,赤水晒醋封醅暴晒的11个月内含水量、还原糖含量和pH逐渐下降,而总酸、乳酸和氨基酸态氮含量逐渐上升。在属水平上,醋杆菌属(Acetobacter)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、农杆菌属(Agrobacterium)、未注释到的细菌属(Not_Assigned)、柠檬乳杆菌属(Limosilactobacillus)、黄单胞菌属(Xanthomonas)和其它菌属(Others)的相对丰度随着封醅暴晒过程的进行逐渐下降,醋酸乳杆菌属(Acetilactobacillus)的相对丰度逐渐上升,乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度先上升后下降。主成分分析将1~5月和7~11月的醋醅样品分别归为2个大类。冗余分析表明醋酸乳杆菌属(Acetilactobacillus)与总酸、乳酸和氨基酸态氮含量呈正相关;而鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、未注释到的细菌属(Not_Assigned)、未分类的红螺菌属(Rhodospirillaceae_unclassified)、醋杆菌属(Acetobacter)、黄单胞菌属(Xanthomonas)、农杆菌属(Agrobacterium)、未分类的链球菌属(Streptophyta_unclassified)、乳杆菌属(Lactobacillus)和柠檬乳杆菌属(Limosilactobacillus)等主要与pH、含水量和还原糖含量呈正相关,且与总酸、乳酸含量呈负相关;而其它菌属(Others)与这几个理化指标的相关性较弱。本研究进一步解析了赤水晒醋的发酵机理,为优化赤水晒醋生产工艺提供了参考。

摘要： 【目的】明确樱桃果园行间生草对土壤的生态效应,为选择适宜的人工生草种类和生产优质的甜樱桃提供参考依据。【方法】以清耕为对照,在8年生樱桃果园行间进行种植鼠茅草(Vulpia myuros)、黑麦草(Lolium perenne)以及覆盖园艺地布处理,测定各处理的土壤温湿度、理化性质。并采用高通量测序技术对各处理土壤中细菌的多样性和群落结构进行分析。【结果】与对照相比,樱桃果园行间种植鼠茅草和黑麦草在春季可以提高土壤的温湿度,夏季则降低土壤温度,提高土壤湿度。樱桃果园生草栽培能明显提高樱桃果园土壤的有机质、氮、磷、钾含量。高通量测序结果表明,共获得了2203个OTUs,主要分布在21个门,39个纲,85个目,119个科,221个属,263个种。多样性分析显示,鼠茅草处理的细菌多样性和丰富度最高。各处理的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)等。与清耕相比,种植鼠茅草后使酸杆菌门细菌丰度增加,而种植黑麦草则富集了γ-proteobacteria纲的细菌。【结论】樱桃果园行间生草对土壤微生态环境产生了明显的影响,土壤中细菌的多样性显著提高,并在一定程度上提高了土壤有机质及各养分含量,改善了土壤质量。

摘要： 采用高通量测序和土壤代谢组学方法,研究有机种植与常规种植制度下玉米根际土壤中细菌群落结构和差异代谢物。结果表明,有机和常规种植土壤中土壤理化性质、土壤细菌群落结构和土壤代谢产物均具有差异,试验共检测到176种差异代谢物,包括脂类、有机酸、糖类和生物碱等物质,有机种植促进有机酸及其衍生物分泌和生物碱及其衍生物代谢,降低氨基酸及其前体含量,苯类、碳氢类和有机氮化合物在常规种植中增加。通路分析发现,差异代谢产物之间主要参与氮和碳代谢途径,研究结果为有机种植对根际土壤中微生物群落生物过程的影响提供理论依据。

摘要： 【目的】为了解施用不同梯度氮磷钾推荐用量下对烟田土壤细菌群落的物种多样性的影响。【方法】从云南省澄江县烟区采集不同推荐施肥用量处理中的土壤样品,提取土壤总DNA并利用16S rRNA高通量测序技术及生物信息学分析法进行统计分析。【结果】在烟田中不同施肥处理条件下土壤细菌域有7个优势种群,依次为变形菌门(Proteobacteria),酸杆菌门(Acidobacteria),放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),绿弯菌门(Chloroflexi),厚壁菌门(Firmicutes),这些优势群落占所有有效序列的90%以上。相对于不同氮、钾梯度施用量,不同磷梯度的养分用量对烟田土壤细菌群落的多样性具有显著影响。在磷施用量为67.5 kg/hm^(2)处理条件下,土壤微生物3个α多样性指数最低即OUT=1494(P=0.067),Shannon=5.98(P=0.016)和Simpson=0.9891(P=0.043)。通过不同养分互作条件下优势种群变形菌门α多样性的比较发现,在N=90 kg/hm^(2)的处理中,磷钾不同养分梯度组合可显著改变土壤优势种群变形菌门的多样性,其中当磷的施用量为45 kg/hm^(2),钾的施用量为405 kg/hm^(2)时,变形菌门的Shannon指数和Simpson指数最低,分别为4.640(P=0.049)和0.967(P=0.053),其中当磷的施用量为22.5 kg/hm^(2),钾的施用量为270 kg/hm^(2)时,变形菌门的Shannon指数和Simpson指数最高,分别为4.87(P=0.049)和0.976(P=0.053)。在P=45 kg/hm^(2)的处理中,不同氮、钾组合梯度下,未发现显著改变土壤优势种群变形菌门的α多样性指数的效应,但是当氮和钾(N_(2)K_(3))施用量分别为90和405 kg/hm^(2)时,变形菌门的Shannon指数和Simpson指数分别为4.640(P=0.370)和0.967(P=0.444),相对低于其他处理组。【结论】不同施肥制度能够通过改变土壤性质影响土壤微生物群落的结构和功能特征。

摘要： 为探明连作与感染根腐病烟株根际土壤细菌群落结构变化,采用Illumina高通量技术对细菌16S rDNA的V3-V4区域进行测序,对比研究连作烟田健株与感染根腐病烟株根际土壤细菌群落结构。结果表明,变形菌门、放线菌门、浮霉菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门是连作烟田健株和病株根际土壤主要的细菌优势种群,相对丰度累计总和为89.1%~93.9%,随连作年限的延长各优势种群发生趋向性变化;随连作年限的延长,健株根际土壤细菌群落丰富度和多样性呈先增后降趋势,病株根际土壤细菌群落丰富度和多样性呈降低趋势,短期连作(2~4年)烟田健株和病株根际土壤细菌群落组成较为相似,与连作8年和撂荒2年以上(CK)土壤样本的细菌群落组成差异较大;冗余分析结果表明,土壤化学因子与细菌群落分布关联紧密,其中pH值是影响土壤细菌群落分布的核心因子,其贡献度为15.77%。综上,连作和染病降低了土壤细菌群落丰富度和多样性,优势菌群趋向性演化,有益菌群相对丰度降低。在生产实践中,提高烟田土壤pH值,降低连作年限并及时清除烟株病残体有利于维持土壤微生态环境的稳定性。

摘要： 【目的】微生物和土壤酶是土壤微环境构建的重要部分,土壤质量与微生物功能多样性及酶活性等生物学指标密切相关,人参根际土壤的理化性质、微生物群落及酶活性对人参的产量和品质均有很大影响,研究不同栽培年限人参根际土壤细菌群落与土壤理化指标及酶活性的相关性,为人参的栽培管理提供科学依据。【方法】于人参红果期分别采集种植3、4和5年的人参根际土壤,以未种植人参的土壤为对照,分析土壤理化性质和酶活性,采用高通量测序技术测定土壤细菌群落组成、多样性,并将细菌群落与理化性质及酶活性进行关联分析。【结果】不同栽培年限人参根际土壤的pH、电导率(EC)、有机质和硝态氮含量与对照土壤有显著差异,但全氮、全磷和速效钾含量与对照相比均无明显变化;不同栽培年限人参根际土壤的4种酶活性均高于对照,其中脲酶和蔗糖酶活性随着栽培年限增加逐渐降低;高通量分析共获得了2840个操作分类单元(OTUs),特有OTU随栽培年限增加有减少的趋势;随着栽培年限的延长,细菌群落多样性逐渐降低,优势菌为Micrococcaceae (微球菌属)、Acidobacteriaceae (酸杆菌属)、Nitrosomonadaceae (亚硝化单胞菌属)、Gaiellalesuncultured、Xanthomonadaceae (黄单胞菌属)、Xanthobacteraceae (黄色杆菌属)、Anaerolineaceae (厌氧绳菌属),其中,对照土壤Anaerolineaceae比5年生人参根际土壤高93.41%,5年生人参根际土壤Xanthomonadaceae比对照高90.99%;不同栽培年限人参根际土壤主要细菌群落关联环境因子分析表明,不同栽培年限人参根际土壤与对照土壤细菌群落结构有较大的差异,全钾、酸性磷酸酶及蔗糖酶是影响3年生土壤细菌群落的主要环境因子,脲酶及过氧化氢酶则是影响4年生人参根际土壤细菌群落的主要环境因子,有机质与4、5年生人参根际土壤细菌群落结构呈现负相关关系,4种土壤酶与5年生人参根际土壤均无较强关联性。【结论】不同栽培年限人参根际土壤理化性质、酶活性、细菌群落结构及多样性与对照相比均有较大的差异。不同栽培年限人参根际土壤细菌群落的改变与土壤理化性质及酶活性之间具有不同程度的相关性。5年生人参根际土壤酶活性降低,利用分解产物的微生物种群减少,微生物群落结构变化较大,土壤细菌群落结构的差异主要由栽培年限造成。

摘要： 以河北坝上地区实施退耕还林还草18年后的耕地、林地、灌丛和草地为研究对象,通过测定土壤理化性质并结合氯仿熏蒸浸提法和高通量测序技术,分析了坝上地区退耕还林还草措施对土壤微生物生物量、细菌多样性和群落结构特征的影响。结果发现:林地的土壤含水量有微弱下降趋势,但不同植被恢复类型下土壤中的碳、氮、磷、钾等元素含量无显著差异。耕地中的土壤微生物生物量碳、氮均显著低于其他植被恢复类型。不同退耕措施下的土壤细菌群落组成均以酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和绿弯菌门(Chloroflexi)为主。与耕地相比,林地、灌丛和草地土壤中细菌OTU多样性、群落丰富度和多样性呈下降趋势,但土壤细菌的群落结构组成尚未发生明显改变。研究结果表明在坝上地区实施退耕还林还草措施显著提高土壤微生物生物量,但对土壤细菌丰富度和多样性的影响不大。

摘要： 以高度人工化的再生水补给河道—北运河京津冀流域为研究区,对具有不同河道生境类型的上游与中下游底泥中的细菌群落多样性、组成及环境选择模式进行对比分析.结果表明:中下游河道衬砌工程促进底泥生境特征同质化,进而导致中下游底泥细菌群落同质化.上游细菌群落空间周转率(0.0002)相比较,中下游群落具有较低的空间周转率(0.00002),并在排序图上呈现更紧凑的分布特点.与上游自然生境条件下的群落组成相比较,由于衬砌条件下非优势组分的片段类型多样性较高,优势组分的片段类型多样性及相对丰度较低,最终使得同质化群落表现为较低的丰富度.RDA模型(P=0.002)分析表明,衬砌和TP是影响细菌群落空间变化的主导环境因素,而大环内酯类和四环素类抗生素则对群落结构类内变异起作用.纤维杆菌门(Fibrobacteres)、纤细菌门(Gracilibacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、Acetothermia的片段类型多样性和费希尔菌门(Fischerbacteria)、Kiritimatiellaeota、放线菌门(Actinobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)的相对丰度均与衬砌高度相关.

摘要： 该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合多元统计分析解析广西地区酸黄皮样品中的细菌群落结构组成,并对其细菌序列的潜在基因功能进行分析。结果表明,酸黄皮样品中的细菌隶属于22个细菌门的593个属,4个核心优势细菌门分别为变形菌门(Proteobacteria)(49.75%)、硬壁菌门(Firmicutes)(41.15%)、放线菌门(Actinobacteria)(3.61%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(2.58%);10个核心优势细菌属分别为罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)(38.77%)、芽孢杆菌属(Bacillus)(8.36%)、伯克氏菌属(Burkholderia)(4.44%)、大洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus)(4.13%)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)(4.00%)、梭菌属(Clostridium)(3.15%)、纤细芽孢杆菌属(Gracilibacillus)(3.05%)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)(2.25%)、乳杆菌属(Lactobacillus)(1.40%)和诺卡氏菌属(Nocardia)(1.03%),多数优势菌属间呈正向相互调节机制。广西酸黄皮样品中的细菌序列除具有较强的维持细胞生命活动的基本功能外,在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及脂质转运与代谢方面的潜在功能较强。

摘要： 微生物是鱼类循环水养殖系统(Recirculating aquaculture system,RAS)的重要组成部分,与循环系统的水质情况及养殖动物的健康状况密切相关。为分析和研究循环水系统中细菌群落与养殖动物健康之间的关系,总结了现有报道中关于海水鱼循环水养殖系统的细菌群落结构研究进展,主要分析不同系统中养殖动物、生物载体及养殖用水中微生物构成的异同。

摘要： 农村灰水单独收集利用是农村生活污水资源化利用的方式之一。为研究管道坡度对农村小管径重力流灰水管道生物膜细菌群落的影响,采用具有三个不同坡度(5‰,10‰,15‰)的小管径管道设备利用配制灰水培养管道生物膜,并通过Illumina HiSeq高通量测序技术研究生物膜细菌群落结构.研究发现,农村小管径重力流灰水管道生物膜细菌优势菌门为Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门).随着管道坡度的增大,变形菌门的丰度逐渐增大,放线菌门的丰度逐渐减小.Ensifer(剑菌属),Sphingopyxis和Paenarthrobacter为优势菌属,剑菌属在15‰坡度下丰度较高,而Paenarthrobacter在5‰坡度下丰度较高.管道坡度的不同造成了明显的细菌群落组成差异,低坡度(5‰)和高坡度(15‰)会造成显著的细菌群落组成差异,特别是造成了Alphaproteobacteria(α-变形菌纲)和Betaproteobacteria(β-变形菌纲)丰度的显著差异.

摘要： 本文以古蔺、泸州和绵阳三个酒厂的大曲和曲房空气为研究对象,研究了大曲和曲房空气细菌群落的相关性.通过Roche GS junior高通量测序平台对古蔺、泸州和绵阳三个酒厂的大曲和曲房空气细菌群落结构进行分析后发现:在三个酒厂的大曲和空气中共得到33个细菌属的信息,整个发酵过程中芽孢杆菌属(Bacillus)为大曲和空气中的优势菌属;结合主成分分析(Principal component analysis,PCA)发现:三个酒厂空酵房空气细菌会影响大曲整个发酵阶段细菌群落的演替,其中泸州和绵阳酒厂大曲与曲房空气中进行迁移的菌属主要为为乳杆菌属(Lactobacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)和魏斯氏属(Weissella);古蔺酒厂的为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、慢生芽胞杆菌属(Lentibacillus)、代尔夫特菌属(Delftia)、乳杆菌属和黄杆菌属(Flavobacteria);采用冗余分析(Redundancy analysis,RDA)发现:湿度、淀粉和水分是影响大曲细菌群落结构的3个主要因素.大曲发酵的环境对大曲整个发酵阶段细菌群落结构的演替有较大的影响.

摘要： 为了解不同性状窖泥细菌群落结构及酸酯代谢的差异,分别选取新窖泥、趋老熟窖泥和老熟窖泥,对其细菌16S rDNA的V3区进行变性梯度凝胶电泳分析和同源性比较,并结合窖泥主要有机酸及有机酸酯含量进行了典型相关分析.结果表明,老熟窖泥的细菌多样性指数及均匀度指数高于新窖泥和趋老熟窖泥,得到的39个优势条带,进行细菌DNA测序可分为14类;Clostridium XIVa、Aminobacterium均只在老熟窖泥中检测到;新窖泥和趋老熟窖泥与Lactococcus、Lactobacillus、乳酸、乳酸乙酯含量正相关,老熟窖泥与Clostridiales、己酸、己酸乙酯和丁酸含量正相关.

摘要： 为设计更合理的防腐方案,首先通过菌落总数检测方法检测统计某涂料生产企业三年来的产品及原材料送样的微生物情况,了解变质产品微生物污染状况;通过高通量测序技术分析典型变质样微生物的群落组成和丰度;使用高效液相色谱法分析产品的防腐剂残留情况;再采用最低抑菌浓度实验检测变质菌的耐药性,最后通过防腐功效测试检测环境风险菌对正常生产样的威胁.该企业三年送样总量682个,有菌样87个,其中三年的染菌率分别为11.71％、12.7％和13.28％,腐败变质产品微生物菌落总数数量级已达到106CFU/g以上,以变形菌、厚壁菌和拟杆菌为优势菌群,其他细菌为非优势菌群.变质样防腐剂已被降解,分离的变质菌对卡松类防腐剂产生较明显耐药性,对BIT,布罗波尔类防腐剂没有产生耐药性,正常生产的样品能通过防腐功效测试.对于变质菌的耐药性应采用复防腐配体系如BIT、BP类等更有效的防腐剂.至于对卡松类防腐剂产生耐药性的部分变质菌,应筛选更有效的防腐体系.此外要加强原材料和生产环境和工艺流程的清洁控制,以抵御环境污染风险.

摘要： 本文通过田间小区试验研究了不同生物质炭用量对植烟土壤养分、微生物多样性和菌群丰度的影响.结果表明:梯度施入烟秆生物质炭提升了酸性土壤pH值,促进了土壤有机质及全氮的积累,随着生物质炭用量的加大,土壤pH值、有机质含量均有逐步升高的趋势,土壤速效钾释放速率也得到提高.施用烟秆生物质炭后,烟草根际土壤的微生物种类(OTU数)提高了26.4％.优势菌种中,变形菌门所占比例最大,达到47.19％～54.32％.生物质炭施用下,部分有利植物生长的促生菌呈增长趋势.将烟秆生物质炭用于烟田土壤改良,既可提升土壤肥力,又可缓解烟秆等不合理利用导致的环境污染问题,但烟秆生物质炭推广应用还有一定的局限性.

摘要： 供水管网内壁上形成的生物膜会增加饮用水生物安全风险,对管壁造成腐蚀,导致输配水过程水质下降,影响供水安全.本文综述了供水管网生物膜的形成过程和结构特征,以及生物膜细菌群落结构分析方法和控制方法.

摘要： 为了研究一株产酯香突出的细菌在堆积和窖池发酵过程中对糟醅的影响,将该菌制作成细菌麸曲添加到糟醅中,并应用高通量测序技术和气相色谱法,分别比较了强化组和空白组在堆积后和窖池发酵后,糟醅的细菌群落结构和香气成分的差异,并结合理化性质进行分析.研究结果表明,该细菌能够在堆积和窖池发酵的过程中提高糟醅的蛋白酶活力、氨基态氮、酸度和酯化力,并且使糟醅的酯类含量升高.同时,在堆积过程中能够在属水平上增加糟醅中细菌的种类,改变糟醅的细菌群落结构.

摘要： 为科学合理地评价水溶性有机肥及杀虫剂的环境效应,试验模拟茶园喷施农药的方法,采用平板活菌计数法研究叶面肥喷施宝对化学农药(哒螨灵,天王星和毒死蜱)胁迫下安溪铁观音茶园土壤中常见细菌类群(芽孢杆菌、固氮菌和氨化细菌)生长的影响.结果表明,与对照相比,喷施宝能促进施用哒螨灵土壤中芽孢杆菌和氨化细菌的生长,对固氮菌生长的影响不显著.喷施宝能促进施用天王星土壤中芽孢杆菌、固氮菌和氨化细菌的生长,但受施药时间和施用浓度的影响.喷施宝能促进施用毒死蜱土壤中芽孢杆菌和氨化细菌的生长,对固氮菌生长的影响不显著.

摘要： 为科学合理地评价水溶性有机肥及杀虫剂的环境效应,试验模拟茶园喷施农药的方法,采用平板活菌计数法研究叶面肥喷施宝对化学农药(哒螨灵,天王星和毒死蜱)胁迫下安溪铁观音茶园土壤中常见细菌类群(芽孢杆菌、固氮菌和氨化细菌)生长的影响.结果表明,与对照相比,喷施宝能促进施用哒螨灵土壤中芽孢杆菌和氨化细菌的生长,对固氮菌生长的影响不显著.喷施宝能促进施用天王星土壤中芽孢杆菌、固氮菌和氨化细菌的生长,但受施药时间和施用浓度的影响.喷施宝能促进施用毒死蜱土壤中芽孢杆菌和氨化细菌的生长,对固氮菌生长的影响不显著.

摘要： 为科学合理地评价水溶性有机肥及杀虫剂的环境效应,试验模拟茶园喷施农药的方法,采用平板活菌计数法研究叶面肥喷施宝对化学农药(哒螨灵,天王星和毒死蜱)胁迫下安溪铁观音茶园土壤中常见细菌类群(芽孢杆菌、固氮菌和氨化细菌)生长的影响.结果表明,与对照相比,喷施宝能促进施用哒螨灵土壤中芽孢杆菌和氨化细菌的生长,对固氮菌生长的影响不显著.喷施宝能促进施用天王星土壤中芽孢杆菌、固氮菌和氨化细菌的生长,但受施药时间和施用浓度的影响.喷施宝能促进施用毒死蜱土壤中芽孢杆菌和氨化细菌的生长,对固氮菌生长的影响不显著.

摘要： 本发明提供了能够实现实质性植入并在人类粪便群落微生物激惹后具有稳定性的高复杂度限定肠道微生物群落及其生产方法。还提供了使用高复杂度限定肠道微生物群落在动物中治疗生态失调或病理状态的方法。

摘要： 本发明公开了一种细菌合成群落，由八种细菌Acinetobacter lwoffii、Bacillusamyloliquefaciens、Curtobacterium luteum、Curtobacterium sp.、Methylobacterium platani、Pantoea sp.、Pseudomonas parafulva和Pseudomonas sp.组成，相比单个菌株，其能更好地控制柑橘绿霉病与酸腐病的发生与进展，能更持久地控制病害，可用于制备控制柑橘果实采后病害的生物防治剂，具有良好的应用潜力，为柑橘果实采后病害的控制提供了新的思路与方法，且拓宽了细菌合成群落的应用范围。

摘要： 本发明提供了一种基于细菌群落数据好氧发酵腐殖质化程度预测模型的构建和预测的方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过从不同有机固体废弃物好氧发酵过程中细菌群落中筛选共性细菌，同时再筛选节点细菌和功能细菌并经差异性分析，挑选出不同有机固体废弃物好氧发酵过程中关键差异细菌，以共性细菌为基础结合关键差异细菌构建了好氧发酵的细菌码；将细菌码和实际腐殖化程度作为训练样本，通过随机森林模型分析，得到好氧发酵腐殖化程度预测模型。将待预测的样本的细菌群落输入预测模型中，实现对不同有机固体废弃物好氧发酵腐殖化程度进行预测，解决了长期以来腐殖化程度判断复杂，判断结果不全面的问题。

摘要： 本发明公开了一种基于细菌群落组成与丰度快速判断杏鲍菇菌种衰退的方法及其应用，属于食用菌技术领域。该方法包括：1)待测杏鲍菇菌株菌丝通过Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序；2)高通量测序数据过滤去杂后根据97%以上相似性进行聚类，以测序所有序列数的0.005%作为阈值过滤OTU，获得菌株菌丝的细菌组成以及菌群丰度；3)通过获得的细菌多样性指数以及菌群丰度快速判断杏鲍菇菌种是否衰退。全面了解杏鲍菇菌种的细菌组成以及结构情况，基于多样性指数以及菌群丰度判断杏鲍菇菌种是否衰退，为工厂快速判断杏鲍菇菌种是否衰退提供一种新的判断指标。

摘要： 本发明公开了一种PM2.5细菌群落组成来源快速分析及风险评估方法，属于微生物分析技术领域，该方法主要包括城市功能区PM2.5的取样、微生物基因组DNA提取、对提取好的DNA产物进行PCR扩增、PCR产物纯化、荧光定量，高通量测序并进行细菌多样性及丰度分析，以及风险预测。相对于传统培养法，该方法更加细致全貌的反映了研究样品的菌群结构，不仅实现了快速、准确的分析颗粒物样品的细菌多样性，同时是评价城市空气环境质量及预测疾病风险的有效方法。总之，本发明具有覆盖面广、检测准确度及灵敏度高，预测结果更加科学可靠等优点。

摘要： 本发明公开了一种用于定量耐酸乳杆菌的分子标记及一种绝对定量黄酒发酵过程中细菌群落组成的方法，属于生物工程技术领域。能够有效解决黄酒由于其复杂的微生物群系，确定原始内标复杂而一直无法运用的技术问题，本发明提供了一种SEQ ID NO：3所示的分子标记作为鉴定和特异性定量耐酸乳杆菌的标志物的应用，以内标Lactobacillus acetotolerans的特异性引物可以在黄酒发酵系统中检测和定量内标。针对内标的分布范围进行统计，结果显示内标广泛分布在黄酒发酵系统中。通过对内标的绝对定量，能够对不同的菌群含量进行计算，具有操作方便、应用范围广的特点。

摘要： 本发明提供了一种基于细菌群落数据好氧发酵腐殖质化程度预测模型的构建和预测的方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过从不同有机固体废弃物好氧发酵过程中细菌群落中筛选共性细菌，同时再筛选节点细菌和功能细菌并经差异性分析，挑选出不同有机固体废弃物好氧发酵过程中关键差异细菌，以共性细菌为基础结合关键差异细菌构建了好氧发酵的细菌码；将细菌码和实际腐殖化程度作为训练样本，通过随机森林模型分析，得到好氧发酵腐殖化程度预测模型。将待预测的样本的细菌群落输入预测模型中，实现对不同有机固体废弃物好氧发酵腐殖化程度进行预测，解决了长期以来腐殖化程度判断复杂，判断结果不全面的问题。

摘要： 本发明公开了一种构建细菌群落基因组规模代谢网络的方法，其包括以下步骤：步骤1，细菌群落宏基因组的测序；步骤2，拼接获得细菌基因组图谱；步骤3，开放读码框的识别；步骤4，开放读码框的代谢功能的预测；步骤5，将预测的结果进行可视化处理构建细菌群落基因组规模代谢网络。本发明在宏基因组测序的基础上，采用一种体系方法控制原始序列数据的质量从而统一了原始序列数据的质量控制精度，提高了基因组图谱拼接的速度和效率，并且构建了一种可视化的细菌菌群基因组规模代谢网络，从而直观高效地了解细菌群落功能。

摘要： 本发明是一种基于16S rDNA全长高通量测序检测根际细菌群落的方法，由以下步骤构成：1.采集不同基因型植物在各发育时期的根区外土壤(作为系统对照)及根际土壤；2.从各样品土壤中提取微生物总DNA；3.用双标签引物法做PCR扩增上述总DNA中16S rDNA全长片段以构建文库；4.对合格文库用PacBio Sequel II平台进行CCS模式测序；5.得到纯净的成对READS后拼接，每样品产出至少1万条有效TAG用于聚类成可操作分类单元；6.据系统对照，准确测定各样品根际土壤细菌群落组成、结构、多样性、相对丰度显著性分析，并比较不同植物之间的异同。

摘要： 本发明公开了一种基于细菌群落鉴定水中尸体死因的方法。其通过对水体样本和水中尸体肺部组织样本中的细菌群落进行测序，比对两种样本中的细菌群落是否趋同，以及是否具有相同的特异性微生物来鉴定水中尸体是否为溺亡，所提供方法可用于法医学检测中，对溺亡的鉴定有重要的实用价值。