T-RFLP

摘要： 微生物对微生态环境有重要影响,其种类、数量变化能够极大改变微生态环境,进而对整体环境造成影响,研究微生物多样性,在生产、医疗、环境保护等方面有重要意义。微生物多样性研究手段繁多,基于此,重点介绍Biolog GN、PLFA、SSCP、DGGE、T-RFLP、454焦磷酸测序6种微生物多样性研究手段。

摘要： 对水体环境中的真细菌群落结构进行研究,其中有机污染物的影响较为明显。通过对我国水域环境当中的样本进行分析之后发现,其中不同群落结构的微生物结构图谱具有相对较高的相似性,且伴随着有机污染物含量的增加,则促使其中的部分真菌群落呈现出明显的富集状态。经过实验研究发现,如若水体环境当中的有机污染物实际含量相对较多,则会降低微生物的群落多样性,同时能够有效降解污染物的群落,呈现出明显的富集状态。

摘要： 针对水源中氨氮微污染顽疾,从微生物群落特征(多样性、丰度)的角度探究了饮用水深度处理工艺生物活性炭(BAC)的氨氧化机制.结果表明:BAC上的微生物(细菌、古菌)群落结构与其所处滤池水样中的微生物群落结构差异显著,且其多样性高于水体.此外,BAC上具有硝化功能的微生物以古菌为主(占总古菌的77.72％),而水样中细菌和古菌的硝化功能均不显著.对BAC上功能微生物——氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)和细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)的分子生物学的研究结果表明,其数量分别为(49.10±4.45)×105个·g-1(干重)和(23.20±2.55)×104个·g-1(干重),AOA的数量显著多于AOB(P<0.01).运用T-RFLP对氨氧化微生物群落多样性进行的分析发现,BAC上和水体中的氨氧化微生物组成及优势菌种均不同,表明氨氧化微生物在BAC上的富集具有选择性.

摘要： 为揭示白及与黄花白及内生菌群落特征异同的内在机制,该文运用末端限制性酶切片段长度多态性分析技术对白及和黄花白及叶、茎、块茎、根等组织中内生细菌16S rDNA、内生真菌ITS区进行检测,分析内生菌丰度及多样性指数,运用主成分分析、聚类分析和相关性分析对比白及与黄花白及内生菌差异.结果表明:(1)白及和黄花白及各组织内生细菌H指数为1.77～2.51,内生真菌H指数为1.79～3.18.(2)内生细菌表现为茎、块茎和根中相似,叶中差异较大;内生真菌则表现出明显的特异性.(3)白及药用部位多糖含量与内生细菌中的7个T-RFs、内生真菌中的2个T-RFs呈相关性,黄花白及药用部位多糖含量与内生细菌中的3个T-RFs、内生真菌中的6个T-RFs呈相关性.综上结果表明,同一生境下,白及和黄花白及内生细菌除叶组织外,其他组织相似,内生真菌则差异显著,部分内生菌和药用部位多糖含量存在相关性.

摘要： 根据宁夏南部山区气候和作物的生长特点,设计马铃薯‖玉米(P‖M,行比分别为4:1,3:2,2:3)、马铃薯‖蚕豆(P‖F,行比同前)、马铃薯不同品种(A‖B‖C,行比1:1:1)间作栽培模式,以马铃薯连作为对照,研究马铃薯根际土壤真菌多样性和菌群结构的变化,探寻能够减轻宁夏南部山区马铃薯连作障碍的有效栽培模式.采用基于18S rDNA的末端标记限制性片段长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术研究不同间作栽培模式下马铃薯根际土壤真菌的菌群结构和多样性变化,构建真菌ITS克隆文库,利用Genbank数据库比对各栽培模式中ITS序列的测序结果,并作群落结构组成和功能分析.结果表明,马铃薯间作栽培后真菌Shannon-Wiener指数和Simpson指数均有不同程度降低;马铃薯与玉米、蚕豆间作后根际土壤真菌的物种丰富度在门、纲和目的分类学水平上与连作相比明显下降,菌群结构发生较大变化,成熟期马铃薯‖玉米3:2行比间作模式与连作的差异最大,属的比例下降67.74％.间作栽培后,黑孢属(Nigrospora)、地丝霉属(Geomyces)、圆盘菌属(Orbilia)、枝顶孢属(Acremonium)、四枝孢属(Tetracladium)等9个属的真菌消失,同时新增刺盘孢属(Colletotrichum)、毛壳属(Chaetomium)、巨孢囊霉属(Gigaspora)、小球腔菌属(Pleosporineae)等13个属的真菌,其中马铃薯‖玉米3:2行比间作后巨孢囊霉属比例高达60.35％.可见,马铃薯‖玉米间作栽培能有效改善马铃薯根际土壤的真菌菌群结构,使其微环境得以改善,缓解宁夏南部山区马铃薯连作障碍.

摘要： [目的]探讨我国亚热带人工林主要造林树种对土壤氮循环相关功能微生物基因丰度和群落结构的影响,阐明土壤氮保留影响的微生物驱动机制的树种差异.[方法]对生长在酸性红壤上的5种人工林采用实时荧光定量PCR研究森林土壤的固氮微生物(nifH)、硝化微生物(AOA amoA、AOB amoA)、反硝化微生物(narG、nirK、 nirS、nosZ)、真菌(ITS)和细菌(16S rRNA)基因丰度,通过建立克隆文库和测序,对AOA不同的末端限制性片段进行系统发育分析,通过采用末端限制性片段多态性技术(T-RFLP)分析AOA群落结构,研究各树种人工林土壤的保氮能力及相关功能微生物特征.[结果]1)5种人工林土壤pH值范围为4.63～ 4.82,木荷和火力楠林的土壤硝态氮含量显著高于闽楠和福建柏林(P＜0.05),火力楠和木荷林土壤的微生物生物量(MBC、MBN)在5个人工林中均最高,而闽楠和杉木林的均最低;凋落物的木质素和纤维素含量显著抑制土壤微生物生物量;2)5种森林土壤的固氮微生物nifH基因丰度无显著差异.木荷林的AOA丰度显著高于闽楠、火力楠和福建柏林,木荷林的AOB丰度显著高于福建柏林,木荷林的AOA和AOB丰度均最高;在氨氧化微生物中,AOA/AOB＞2,AOA在数量上占据优势地位.反硝化微生物的narG、nirK和nosZ丰度在树种间均无显著差异,木荷林土壤的nirS丰度显著高于火力楠、杉木和福建柏林.闽楠林土壤的真菌ITS丰度显著高于木荷林,土壤细菌16S丰度在树种间均无显著差异;3)Pearson相关分析发现,土壤pH值与AOB、narG、nosZ显著正相关,土壤NO3--N含量与土壤AOA极显著正相关(P＜0.01);4)系统发育分析显示,5种森林土壤AOA类群属于Nitrosopumilus和Nitrososphaera,使用HpyCH4V限制性内切酶对AOA amoA基因PCR产物进行酶切,能够产生4个TRFs,其中TRF-76和TRF-165是最主要的2个片段类型,分别占总片段的54.88％～ 100％、0～45.12％,TRF-76和TRF-165的相对丰度的树种差异非常明显.通过非度量多维测度法(NMDS)分析,5种森林土壤AOA amoA的群落结构无显著差异(P＞0.05).[结论]亚热带酸性森林土壤中,AOA在数量上占据优势地位,在土壤硝化作用中可能发挥着主导作用;木荷林的AOA和AOB丰度均最高,nirS的基因丰度显著高于火力楠、杉木和福建柏林,木荷林的AOA丰度显著高于闽楠林,可能加剧氮素从森林生态系统损失的风险.5种森林土壤的AOA类群属于Nitrosopumilus和Nitrososphaera,AOA群落结构无显著差异.

摘要： 为探寻日本落叶松人工林在中龄林或近熟林阶段地力衰退的机制,以分子生物学实验手段与常规实验分析方法结合,分别对不同发育阶段林分枯落物未分解层、半分解层以及全分解层微生物的数量、群落结构以及理化性质进行分析,并采用冗余分析法探索枯落物层微生物群落结构与理化性质的相关性.结果表明:枯落物储量及养分储量随林分发育呈倒"V"字型变化趋势,在近熟林阶段最大,微生物数量、均匀度指数在中龄林或近熟林最低.不同发育阶段林分优势细菌种类基本相同,但相对含量不同;优势真菌的种类明显不同,尤其是在近熟林半分解层.中龄林与近熟林未、半分解层受环境因素影响较大,主要受pH、有效磷、碱解氮、速效钾、全钾、C/N以及林下植被生物量影响.因此,日本落叶松纯林在中龄林与近熟林阶段需强化植被管理,适时开展修枝间伐等经营措施,促进林下植被发育、改善枯落物性质,加速养分循环,缓解地力衰退.

摘要： 研究化肥减施情况下PGPR(plant growth promoting rhizobacteria)菌剂对植烟土壤反硝化作用的微生物调控机制,为植烟土壤科学施肥、培肥地力提供理论依据.本试验在四川攀枝花米易县的传统烤烟种植区通过化学分析和末端限制性长度多态性分析手段(T-RFLP)分别对PGPR菌剂配合化肥减肥处理下的植烟土壤理化性质及土壤nosZ型细菌群落组成和多样性进行研究.结果表明,与常规施肥相比,PGPR菌剂配合化肥减施的处理土壤pH和碱解氮含量显著提高,有机质、全氮含量提高但未达显著水平,部分处理速效磷、速效钾含量显著提高.PGPR菌剂配合化肥减施改变了nosZ型细菌的物种组成,Rhodobacter(红杆菌属)和Bacterium(杆菌属)为5个施肥处理共有的优势菌属,而Bradyrhizobium(慢生根瘤菌属)和Azospirillum(固氮螺菌属)仅为施用PGPR菌剂处理的优势菌.全量化肥配施PGPR菌剂处理下的Shannon多样性指数和均匀度显著低于其他处理,其他各处理细菌群落多样性之间无显著差异.冗余分析表明,土壤pH、有机质和速效钾是影响植烟土壤nosZ型细菌群落结构变化的主要因子.综上所述,PGPR菌剂配合化肥减施影响了土壤理化性质进而导致土壤nosZ型细菌群落结构组成发生改变.

摘要： 本文介绍了微生态学研究的主要内容，探讨了微生态学研究的分子生物学的应用情况，分析了T-RFLP的基本原理、在水生微生态研究中的应用。

摘要： 本文介绍了微生态学研究的主要内容，探讨了微生态学研究的分子生物学的应用情况，分析了T-RFLP的基本原理、在水生微生态研究中的应用。

摘要： 本文介绍了微生态学研究的主要内容，探讨了微生态学研究的分子生物学的应用情况，分析了T-RFLP的基本原理、在水生微生态研究中的应用。

摘要： 本文介绍了微生态学研究的主要内容，探讨了微生态学研究的分子生物学的应用情况，分析了T-RFLP的基本原理、在水生微生态研究中的应用。

摘要： 研究了好氧颗粒污泥和活性污泥在不同浓度五氯酚(PCP)影响下的废水处理性能,并借助末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)研究了污泥中细菌种群结构的变化.结果表明,PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥和活性污泥的COD去除率和氨氮去除率明显下降,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,对颗粒污泥的影响大于对活性污泥的影响;氧消耗速率(OUR)结果表明,PCP对活性污泥的活性的影响大于对好氧颗粒污泥的影响.PCP对好氧颗粒污泥和活性污泥的细菌种群结构都产生了明显的影响,而且好氧颗粒污泥的变化程度大于活性污泥;PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥中的细菌种群数量明显下降,但活性污泥中的细菌种群数量基本不变,污泥中细菌种群结构的变化趋势与污泥对COD去除率的变化趋势相一致.

摘要： 研究了好氧颗粒污泥和活性污泥在不同浓度五氯酚(PCP)影响下的废水处理性能,并借助末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)研究了污泥中细菌种群结构的变化.结果表明,PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥和活性污泥的COD去除率和氨氮去除率明显下降,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,对颗粒污泥的影响大于对活性污泥的影响;氧消耗速率(OUR)结果表明,PCP对活性污泥的活性的影响大于对好氧颗粒污泥的影响.PCP对好氧颗粒污泥和活性污泥的细菌种群结构都产生了明显的影响,而且好氧颗粒污泥的变化程度大于活性污泥;PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥中的细菌种群数量明显下降,但活性污泥中的细菌种群数量基本不变,污泥中细菌种群结构的变化趋势与污泥对COD去除率的变化趋势相一致.

摘要： 研究了好氧颗粒污泥和活性污泥在不同浓度五氯酚(PCP)影响下的废水处理性能,并借助末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)研究了污泥中细菌种群结构的变化.结果表明,PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥和活性污泥的COD去除率和氨氮去除率明显下降,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,对颗粒污泥的影响大于对活性污泥的影响;氧消耗速率(OUR)结果表明,PCP对活性污泥的活性的影响大于对好氧颗粒污泥的影响.PCP对好氧颗粒污泥和活性污泥的细菌种群结构都产生了明显的影响,而且好氧颗粒污泥的变化程度大于活性污泥;PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥中的细菌种群数量明显下降,但活性污泥中的细菌种群数量基本不变,污泥中细菌种群结构的变化趋势与污泥对COD去除率的变化趋势相一致.

摘要： 研究了好氧颗粒污泥和活性污泥在不同浓度五氯酚(PCP)影响下的废水处理性能,并借助末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)研究了污泥中细菌种群结构的变化.结果表明,PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥和活性污泥的COD去除率和氨氮去除率明显下降,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,对颗粒污泥的影响大于对活性污泥的影响;氧消耗速率(OUR)结果表明,PCP对活性污泥的活性的影响大于对好氧颗粒污泥的影响.PCP对好氧颗粒污泥和活性污泥的细菌种群结构都产生了明显的影响,而且好氧颗粒污泥的变化程度大于活性污泥;PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥中的细菌种群数量明显下降,但活性污泥中的细菌种群数量基本不变,污泥中细菌种群结构的变化趋势与污泥对COD去除率的变化趋势相一致.

摘要： 研究了好氧颗粒污泥和活性污泥在不同浓度五氯酚(PCP)影响下的废水处理性能,并借助末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)研究了污泥中细菌种群结构的变化.结果表明,PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥和活性污泥的COD去除率和氨氮去除率明显下降,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,对颗粒污泥的影响大于对活性污泥的影响;氧消耗速率(OUR)结果表明,PCP对活性污泥的活性的影响大于对好氧颗粒污泥的影响.PCP对好氧颗粒污泥和活性污泥的细菌种群结构都产生了明显的影响,而且好氧颗粒污泥的变化程度大于活性污泥;PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥中的细菌种群数量明显下降,但活性污泥中的细菌种群数量基本不变,污泥中细菌种群结构的变化趋势与污泥对COD去除率的变化趋势相一致.

摘要： 研究了好氧颗粒污泥和活性污泥在不同浓度五氯酚(PCP)影响下的废水处理性能,并借助末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)研究了污泥中细菌种群结构的变化.结果表明,PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥和活性污泥的COD去除率和氨氮去除率明显下降,PCP对氨氮去除率的影响大于对COD去除率的影响,对颗粒污泥的影响大于对活性污泥的影响;氧消耗速率(OUR)结果表明,PCP对活性污泥的活性的影响大于对好氧颗粒污泥的影响.PCP对好氧颗粒污泥和活性污泥的细菌种群结构都产生了明显的影响,而且好氧颗粒污泥的变化程度大于活性污泥;PCP浓度为30mg·L-1时,好氧颗粒污泥中的细菌种群数量明显下降,但活性污泥中的细菌种群数量基本不变,污泥中细菌种群结构的变化趋势与污泥对COD去除率的变化趋势相一致.