种群遗传结构

摘要： 麻蜥属(Eremias)广泛分布于非洲、欧洲以及亚洲的温带和暖温带,其生存演化情况可作为考察生态环境的重要参数,遗传多样性可作为生物进化的基因动力之体现。本文介绍了麻蜥属蜥蜴遗传多样性的研究进展,结合研究方法、分子标记的种类,从时间维度与功能特点阐述了核型分析、线粒体基因组DNA、微卫星DNA、单核苷酸多态性等研究手段的应用。讨论认为,核型分析能够直观反映染色体层面的性状差异,几种分子标记能够从基因层面深入分析遗传差异产生的程度与原因,对于各种研究手段应用领域的交叉综合运用应当成为现代遗传多样性研究的新思路。

摘要： 为了探明中国东海和南海多鳞四指马鲅和四指马鲅的遗传多样性及种群遗传结构特征。采用线粒体COI序列和D-loop序列作为分子标记对福州、泉州和珠海的多鳞四指马鲅及徐闻的四指马鲅进行了分析。研究结果显示徐闻的四指马鲅与NCBI数据库下载的马来西亚群体的亲缘关系近。多鳞四指马鲅COI序列的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.894和0.002,D-loop序列的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.994和0.041。四指马鲅COI序列的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.901和0.002,D-loop序列的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.998和0.012。AMOVA结果显示多鳞四指马鲅的遗传差异主要来自群体内而不是群体间。两两群体的遗传分化系数显示中国沿海的多鳞四指马鲅群体无显著遗传分化,为单一随机交配种群,但与四指马鲅有显著遗传差异。基于邻接法构建的系统发育树发现四指马鲅和多鳞四指马鲅的可被本研究的2种分子标记(COI序列和D-loop序列)区分。基于COI序列的中性检验和核苷酸错配分布发现,多鳞四指马鲅在更新世经历过种群快速扩张,群体扩张时间可能在(2.4~7.2)万年前。综上,中国东海和南海的多鳞四指马鲅为单一种群,渔业资源管理时需作为一个单元进行管理。

摘要： 亚热带地质富磷土壤生境会影响植物种群遗传结构,但是否影响植食性昆虫种群遗传结构还未见报道.在滇中高原地质性富磷土壤立地和周边典型亚热带贫磷土壤立地,选择寄生于栓皮栎(Quercus variabilis Bl.)种子的栗实象甲(Curculio davidi Fairmaire)为研究对象,进行简化基因组双酶切RAD-seq测序分析,探讨土壤磷获得性-植食性昆虫种群遗传结构的关系.结果发现:1)富磷立地象甲种群遗传多样性高于贫磷立地象甲种群;2)分子方差分析表明,6个栗实象甲种群在贫富磷立地间、种群间以及个体间分化都不显著,但是贫富磷两种立地两个象甲群体间分化显著;3)贫磷立地象甲种群与富磷立地种群间遗传距离较远,群体遗传来源组成差异较大.研究首次采用群体遗传学探讨了生长在基于地质化学的差异磷供给条件下的寄生昆虫自然群体遗传结构特征,为深入了解生物响应人为富磷化的特点、可能的生态后果以及生物进化过程提供科学数据.

摘要： 为了解东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)大、中、小3种表型群体间的遗传分化和结构,利用线粒体NADH脱氢酶亚基2(ND2)基因,对东南太平洋大、中、小3种表型群,共90尾性成熟茎柔鱼样本进行群体遗传学研究。ND2基因序列测序结果显示3个表型群总的单倍型多样性指数(H_(d))为0.818,核苷酸多样性指数(P_(i))为0.00240,表现出较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。来源于群体内的变异达到了100.45%,两两群体间的遗传分化系数(F_(st))均小于0.05(P>0.05),且基因流(N_(m))远大于1,说明3种表型的茎柔鱼未出现显著的遗传分化。中性检验呈极显著负值(F_(st)=-8.61773,P<0.01),核苷酸错配分布曲线均出现明显单峰,推测东南太平洋茎柔鱼在历史上可能经历过快速的群体扩张事件。该研究结果表明分布于东南太平洋不同海域茎柔鱼大、中、小3个表型群之间因生殖行为可能存在广泛的基因交流,应属于同一个种群,在渔业管理上应予以充分考虑。

摘要： 软刺裸裂尻鱼Schizopygopsis malacanthus是青藏高原特有鱼类。本研究测定了青海省玉树藏族自治州3个软刺裸裂尻鱼野生群体(隆宝滩国家级自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游)共72尾的mtDNA D-loop的部分序列(610 bp),分析了其遗传多样性和种群遗传结构,旨在为玉树软刺裸裂尻鱼野生资源保护和合理开发提供理论依据。共发现29个多态位点,定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性为0.438±0.121~0.676±0.076,核苷酸多样性为0.003 4±0.000 5~0.008 6±0.001 3。群体遗传分化指数统计检验表明,两两群体之间的差异均极显著。基因流分析结果表明,巴塘河上、下游种群之间的基因流水平较高,个体交流频繁。AMOVA分析结果显示,79.49%的遗传变异来自于种群间,20.51%的遗传变异来自于种群内,群体间遗传分化极显著。系统发育树和单倍型进化网络结果显示,3个种群的单倍型按照隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系形成2大类群。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。建议将分布在隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系的软刺裸裂尻鱼作为2个进化单元分开管理。

摘要： 为了解东印度洋赤道、南海海域鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)种群遗传结构,更好地对鸢乌贼渔业资源进行合理的管理,测定了东印度洋赤道北部和南部、南海北部和南部4个鸢乌贼群体共120尾个体线粒体DNA细胞色素b(cytochrome b)基因,分别对东印度洋赤道、南海海域鸢乌贼种群遗传结构展开研究。结果显示,4个群体总的核苷酸多样性与单倍型多样性为0.27332和0.981,其中南海北部海域群体的单倍型多样性最高为0.989,南海南部海域群体核苷酸多样性最高为0.30660。构建的单倍型网状图和系统发育树显示,东印度洋和南海群体间遗传分化显著。分子方差分析结果显示,遗传变异54.90%来自于组群间;群体间的F_(st)(F-statistics)分析表明,东印度洋赤道北部和南部群体F_(st)值为0.08588,南海北部和南部群体F_(st)值为0.02536,表明南海两个群体间不存在显著的遗传分化,东印度洋两个群体间遗传分化较小。东印度洋赤道两侧频繁的洋流活动可能是导致赤道南北群体遗传分化的重要因素,而东印度洋与南海之间的地理隔离则导致两个地理群体间遗传分化显著。综上所述,东印度洋赤道、南海海域鸢乌贼群体是两个独立的群体,在渔业管理上也应视为两个独立的管理单元。

摘要： 荻草谷网蚜Sitobion miscanthi(Takahashi)(在中国长时间学名误用为麦长管蚜Sitobion avenae Fabricius)是我国小麦的主要害虫,为小麦蚜虫优势种。该蚜虫因繁殖速度快、发育历期短、适应能力强且能随着气流远距离迁飞等特性,对小麦安全生产构成严重威胁。目前关于蚜虫种群遗传结构的研究主要基于线粒体基因开展。然而,初级共生菌布赫纳氏菌Buchnera aphidicola几乎存在于所有蚜虫中,其在研究蚜虫种群遗传结构多样性方面的潜在作用报道很少。本研究基于前期收集的荻草谷网蚜6个不同地理种群(苏州、武汉、昆明、廊坊、泰安、银川),对其线粒体COⅠ基因与初级共生菌B.aphidicola的两个单拷贝基因gnd与trpA进行PCR扩增、测序和群体遗传结构分析。根据对3个遗传标记基因聚类分析,荻草谷网蚜6个不同地理种群分为3组,分别为银川种群、苏州种群和其他种群(COⅠ:F_(CT)=0.3642,P<0.05;gnd:F_(CT)=0.4033,P<0.05;trpA:F_(CT)=0.2229,P<0.05),3组间存在显著的遗传差异。银川种群和泰安种群间有相同的稀有单倍型H8(trpA),苏州种群和武汉种群也有相同的稀有单倍型H2与H23(COⅠ),3组之间仍存在基因交流。因此我们推测在4、5月份东南季风盛行的情况下,银川种群迁入了外来虫源。蚜虫线粒体基因和初级共生菌基因的遗传结构分析结果基本一致,表明共生菌基因在研究蚜虫种群遗传结构和多样性具有潜在应用意义。综上所述,基于线粒体和共生菌基因序列的荻草谷网蚜不同地理种群的遗传结构解析可为蚜虫的迁飞提供分子证据。

摘要： 选取了云南省11州市主要烟区的6个烟田种群、13个工厂繁育种群以及1个野生种群,基于线粒体atp6、cox1、cob和nad24个蛋白质编码基因开展了种群遗传多样性研究.解析云南省主要烟区烟田烟蚜茧蜂种群的遗传多样性特点,为烟蚜茧蜂的科学释放和蜂种复壮提供理论依据.结果发现,在105个个体中共检测到158个多态性位点和4种单倍型;20个种群中只有8个,具有遗传多样性,核苷酸多样性在0.00046～0.00808之间;除了保山的工厂繁育种群和普洱的野生种群与其他种群的遗传分化系数较大外,各地烟田和工厂繁育种群之间无明显分化.可见,云南省主要烟区烟田的烟蚜茧蜂种群遗传多样性较低,且与工厂繁育种群的遗传背景高度一致,在一定程度上说明了人工释放的烟蚜茧蜂能够在烟田有效定殖,但目前大规模繁育和释放的烟蚜茧蜂种群遗传多样性水平较低,可能存在种群衰退的风险,导致烟蚜茧蜂田间控害能力下降,应及时引入野生种群对工厂繁育种群进行合理复壮.

摘要： 印度洋和西太平洋海域,拥有大量浅海大陆架、边缘海和岛屿,孕育了全球最丰富的初级生产力和渔业资源,尤其是作为该区域陆源物质输入、两大洋能量汇聚中心和生物多样性中心的东印度三角,在全球海洋生物分布和进化中扮演了重要角色.本文结合物理海洋和化学海洋环境,通过线粒体基因和核基因等分子标记研究结果,归纳分析了印度洋和西太平洋区域海洋动物谱系生物地理演化格局及其可能的成因.具体结果如下:(1)雷州半岛-海南岛、冰期暴露的台湾海峡和长江冲淡水等沿岸海区,阻碍了海洋动物在海区间的扩散,南海、东海和黄、渤海广布类群,多由一个星状辐射谱系组成,种群经历最近的数量扩张和区域扩散,而仅分布于南海的物种,一般具有多个深度分歧的遗传谱系,种群呈现出数量平衡状态,同一广布物种的南海和东海种群,因区域海洋环境差异,种群数量动态演化历史不同;(2)黑潮影响区的沿岸广布类群,黑潮海流促进了顺流扩散、限制了跨海流基因交流;(3)东印度三角区,存在"华莱士线"、"赫胥黎线"和"印度洋-太平洋线"等生物地理边界,该区域海洋或咸淡水溯河洄游动物多呈现为分布在生物地理边界两侧的2个遗传谱系;(4)西太平洋,存在与目前东西向大洋环流垂直的南北向跨赤道扩散和基因流现象,可能受到目前南北向随季节反转的沿岸流和深层海流影响;(5)印度洋东西海岸共享物种,受印度洋西向赤道流影响,海洋动物多由东印度洋向西印度洋跨洋扩散;(6)西印度洋广布物种/类群,呈现了两种不同种群分化格局——遗传同质均一种群和深度分化的遗传谱系;(7)东、北印度洋和南海区域共享大量物种,可能是海盆间双向扩散的结果;(8)海洋生物谱系生物地理进化史信息,可以用于地质事件、海洋环流和古气候重建.

摘要： 选取线粒体细胞色素b (cytochrome b,Cyt b)基因序列作为分子标记,分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构.2019年9-11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾,共检测到174个单倍型.通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现,棘头梅童鱼可分为北方支系和南方支系.分子方差分析(AMOVA)结果显示,棘头梅童鱼的南北群体存在显著的遗传分化.核苷酸错配分布分析和中性检验结果显示,棘头梅童鱼在更新世经历过种群快速扩张,且估算北方群体和南方群体的种群扩张时间分别在0.799万～1.999万和2.631万～6.577万年前.根据净遗传距离推算出北方群体和南方群体的分化时间在34.5万～86.25万年前.综上得出,中国沿海棘头梅童鱼可分为南北两个种群,在渔业资源开发和管理上需要区别对待.

摘要： 为了解西北五省(陕甘宁青晋)东方蜜蜂(Apiscerana)种型的分子特点,该研究选取其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶第一亚基(cytochrome oxidase subunit1,COX1)基因段的序列为研究对象,利用生物信息学软件分析这5省15个采样点443群东方蜜蜂的遗传多样性状况及种群遗传结构.通过测序总共获得了443条可用的mtDNACOX1片段(序列长度719bp),分析发现存在26种线粒体单倍型.研究结果显示西北地区东方蜜蜂总体遗传分化不显著,表明西北地理群体间存在频繁的基因交流.

摘要： 为研究人类活动造成的景观改变对滇金丝猴种群遗传结构的影响，本研究利用非损伤性取样法，从11个自然群(Group)中采集了135个个体样品，利用10个微卫星标记，分析和探讨野生滇金丝猴种群的遗传多样性状况、种群遗传结构及其形成的历史过程。同时对卫星图片进行分析，解析滇金丝猴栖息地的景观特征，进行景观遗传学研究，探讨人类活动区域对滇金丝猴种群遗传结构的影响，以期为该物种保护策略的制定提供科学依据。

摘要： 生境片段化的种群遗传效应可以分为两个阶段，一是生境片断化过程，其二是生境片断化后的长期效应。研究人员主要讨论生境长期维持在片断化，这时种群长期处在小种群、相对隔离状态，影响种群遗传结构的主要因素有：生境片断化过程中的取样效应、小种群中遗传漂变和近交的作用、距离隔离效应，但同时由于生境片断化发迹了其他一些因素（如基因流），因此，生境片断化的遗传效应是复杂的。

摘要： 采用直接测序法，测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体 trnT-trnF序列。结果显示：2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型，3种单倍型在美国东海岸均有分布，且属于美国分布最广泛的C单倍型；中国种群的单倍型多样性Hd为0.379，远低于美国原产地；种群间基因分化系数Gst为0.103、地理单元件遗传分化系数GammaSt为0.165、遗传分化指数Fst为0.0916；AMOVA分析揭示种群间仅有9%的遗传差异。研究结果表明，中国互花米草种群受瓶颈效应影响明显，种群间遗传变异较低，种群内多样性相对较高。

摘要： 自1965年成功地开展马氏珠母贝(又称合浦珠母贝Pinctadamartensii)人工育苗以来,我国海水珍珠养殖业不断发展,到1997年海水珍珠的年产量到达25t以上,使我国超过日本成为世界上海水养殖珍珠产量最大的国家.海水珍珠养殖已成为广东、广西和海南部分沿海地区主要支柱产业之一.近年来,在海水珍珠产量提高的同时,质量却在明显下降,在国际珍珠市场的竞争力逐渐降低,生产企业效益下滑.在养殖生产上表现为珍珠贝种质退化,育珠贝越来越小,病害严重,育珠贝插核后的死亡率和吐核率增加,优质珠率下降.出现这种现象的原因除养殖技术落后、养殖密度过大和养殖环境污染外,应与长期的人工繁殖有关,许多生产企业只顾眼前利益,用极少数的亲贝(主要为养殖贝)育苗,近亲繁殖,致使养殖贝种质严重退化;同时近亲繁殖的生产用贝在各海区的任意扩散,致使天然种群遗传结构破坏,遗传多样性降低.因此,要解决我国海水珍珠养殖所面临的问题,需要多方面的努力,其中开展马氏珠母贝遗传改良培育优质新品种是主要的途径之一。

摘要： 克隆技术在畜牧业种畜生产、医学研究和濒危动物保护等方面的应用价值越来越明显，人们对克隆的未来充满了信心，但克隆技术在理论和实践上都不完全成熟，在克隆过程中还存在很多亟待突破的难关。根据最新资料，本文对动物克隆技术的概念、发展史、基本程序和应用前景进行了简单介绍。

摘要： 克隆技术在畜牧业种畜生产、医学研究和濒危动物保护等方面的应用价值越来越明显，人们对克隆的未来充满了信心，但克隆技术在理论和实践上都不完全成熟，在克隆过程中还存在很多亟待突破的难关。根据最新资料，本文对动物克隆技术的概念、发展史、基本程序和应用前景进行了简单介绍。

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摘要： 克隆技术在畜牧业种畜生产、医学研究和濒危动物保护等方面的应用价值越来越明显，人们对克隆的未来充满了信心，但克隆技术在理论和实践上都不完全成熟，在克隆过程中还存在很多亟待突破的难关。根据最新资料，本文对动物克隆技术的概念、发展史、基本程序和应用前景进行了简单介绍。

摘要： 基于多种群遗传算法的分数阶粘弹性模型参数识别的方法，它属于沥青混合料的本构行为研究技术领域。本发明解决了现有方法在实现蠕变柔量、松弛模量与动态模量之间的相互转化时无法识别出模型中全部参数值的问题。本发明根据动态模量值选择出合适的1S2P1D模型，通过Laplace变换将1S2P1D模型的应力应变关系转换为Laplace域内的1S2P1D模型的应力和应变关系，再获得考虑温度效应的1S2P1D模型参数；最终，基于多种群遗传算法一次性自动获取了模型中全部参数值，克服了现有方法在实现蠕变柔量、松弛模量与动态模量之间的相互转化时，无法识别出模型中全部参数值的问题。本发明可以应用于沥青混合料的本构行为研究技术领域。

摘要： 本发明公开了一种基于多种群遗传算法的分段式综合能源系统运行优化方法。首先根据“低谷‑高峰‑平段‑高峰‑平段”的分段电价，将24小时分为五个时段，通过多种群遗传算法计算五个时段的最优优化变量矩阵，然后分别构建每个时段的目标函数与约束条件，最后通过多种群遗传算法依次细化计算每个时段的优化结果。本方法能够尽最大可能约简模型约束条件的数量，实现综合能源系统多种能源间运行的最优配置，实现最大的经济效益。

摘要： 本发明提供了一种基于多种群遗传算法的机械结构拓扑优化方法，可以实现在体积约束条件下最小化结构柔度的拓扑设计。本发明方法的具体步骤如下：一、划分有限元网格，建立拓扑优化问题的优化模型；二、设定多种群遗传算法的操作参数；三、求解拓扑优化模型，绘制拓扑优化结果。本发明可提高寻找拓扑优化全局最优解的概率，获得稳定的拓扑优化结果，具有迭代收敛快、优化结果清晰稳定等优点，可推广应用到复杂机械装备的结构设计中。

摘要： 本发明属于生物信息学技术领域，公开了一种基于多种群协助的量子遗传算法的RNA二级结构预测方法，根据RNA序列建立序列的茎区池和茎区相容矩阵；用量子比特向量来初始化多个染色体种群；对各种群量子测量；根据测量结果获取最优个体；取得全部种群中的最优个体b，并用它替换其他种群中最优个体和b非同源的最差个体，然后各种群用不同的旋转角更新，而其他不参与替换的种群用固定旋转角更新；迭代上述过程，直到满足停止条件。本发明有效的提升了量子遗传算法的全局搜索能力和搜索效率，降低了遗传算法的进化代数。同时各种群间抑制竞争相互合作有效的提升了算法的全局性，预测准确性大幅度增加。

摘要： 本发明属于分子生物学和遗传学领域，具体公开了一种群体区分和鉴定的遗传标记参照系的构建方法及遗传标记参照系。所述构建方法包括对遗传标记数据进行数据分割和遗传标记挑选，或视情况对分割后的数据进行过滤，或对挑选后的遗传标记进行整合优化。采用本发明所述的方法可成功地使计算的复杂度从O(2

摘要： 本发明公开了一种随机贪婪初始种群遗传算法求解柔性作业车间调度方法，包括S1‑参数设置；S2‑随机贪婪初始化种群；S3‑解码；S4‑适应度计算；S5‑选择；S6‑交叉；S7‑变异；S8‑更新种群和S9‑算法终止；本发明针对柔性作业车间调度问题，以最小化最大完成时间为目标函数，设计了一种基于机器加工时间相对最短的随机贪婪初始化种群遗传算法，这种算法避免了贪婪算法陷入局部最优解的缺陷，同时使得随机选择具有一定的任意性，这样既保证了初始种群的多样性，又使得初始解在质量上有一定的优势，这种算法使得初始种群在多样性和解的质量上达到了一定的折中，同时加快了算法的收敛速度。

摘要： 本发明公开了一种基于三种群并行遗传算法的对抗性音频样本生成方法，包括以下步骤：A：获取原始音频样本；B：得到对应的输入样本以及主种群和两个辅助种群；C：分别计算每个个体的适应度得分；D：按照适应度得分从低到高的顺序分别在主种群和辅助种群内对所有个体进行排序；E：使用语音识别模型对主种群中已排序的所有个体依次进行分类识别；F:利用三种群并行遗传算法对主种群和辅助种群进行交差、变异及个体更新，然后返回步骤D。本发明能够通过多次迭代得到符合要求的最优解，充分解决了目标网络的不可知性以及梅尔频率倒谱系数转换引起的误差问题，具有收敛速度快，全局搜索能力强，收敛效率高的优点。

摘要： 本发明公开了一种基于改进的多种群遗传算法的反应堆运行优化方法，包括：定义运行工况，根据所述运行工况设计运行方案；通过数值模拟研究获得所述运行方案的反应堆系统运行数据，根据所述运行数据计算获得运行指标；基于改进的多种群遗传算法对所述运行指标进行优化，获得优化结果；根据所述优化结果获得所述运行工况下的最佳运行参数设定。本发明能够解决反应堆运行控制设计方案难以满足实际运行需求的问题，改善反应堆系统的运行特性。

摘要： 本发明公开的属于光学探测技术领域，具体为一种基于并行多种群遗传算法的多通池光斑图案设计方法，其包括：所述的设计方法包括如下步骤：S1:创建包含初始入射位置x0,y0、入射角度x’0,y’0和球面镜间距D的个体的十个初始种群且并行执行后续所有步骤；S2:对初始种群进行光斑不重叠的反射次数大小的一级适应度评价，得到不同参数组合的个体的多通池反射次数。该基于并行多种群遗传算法的多通池光斑图案设计方法，可以设计多通池的最优光斑图案也就是具有最长光程和最小体积，使得多通池保持性能的同时极大的减少了体积，增加了便携性降低了成本同时有利于温度和压强的控制。

摘要： 本发明涉及农业生物技术领域，具体涉及用于鉴定扶桑绵粉蚧物种以及分析种群的遗传多样性与种群结构的SSR引物。本发明在扶桑绵粉蚧随机基因组序列中共分离出115,639个微卫星位点，共筛选得到42对扩增效率高和多态性高的引物，本发明的扶桑绵粉蚧SSR引物标记类型丰富，扩增效率高。多态性强，标记甄别度高，为扶桑绵粉蚧遗传多样性、种群遗传结构、以及入侵路径等方面研究提供分子标记。