SNP

摘要： 为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析.结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A.关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(PCT类基因型(PAA类基因型(PAT类基因型(PTT类基因型(PCC类基因型(PTT类基因型(P<0.05).综上,StDRO1基因的上述6个SNP对马铃薯根系性状有显著影响,其中A337T、T353C和T793A位点尤为重要.研究结果为后续马铃薯根系构型研究和遗传改良提供了理论参考,但能否作为马铃薯根系性状遗传标记还需扩大群体样本进一步验证.

摘要： 为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析。结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A。关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(PCT类基因型(PAA类基因型(PAT类基因型(PTT类基因型(PCC类基因型(PTT类基因型(P<0.05)。综上,StDRO1基因的上述6个SNP对马铃薯根系性状有显著影响,其中A337T、T353C和T793A位点尤为重要。研究结果为后续马铃薯根系构型研究和遗传改良提供了理论参考,但能否作为马铃薯根系性状遗传标记还需扩大群体样本进一步验证。

摘要： 麻蜥属(Eremias)广泛分布于非洲、欧洲以及亚洲的温带和暖温带,其生存演化情况可作为考察生态环境的重要参数,遗传多样性可作为生物进化的基因动力之体现。本文介绍了麻蜥属蜥蜴遗传多样性的研究进展,结合研究方法、分子标记的种类,从时间维度与功能特点阐述了核型分析、线粒体基因组DNA、微卫星DNA、单核苷酸多态性等研究手段的应用。讨论认为,核型分析能够直观反映染色体层面的性状差异,几种分子标记能够从基因层面深入分析遗传差异产生的程度与原因,对于各种研究手段应用领域的交叉综合运用应当成为现代遗传多样性研究的新思路。

摘要： 本试验以牛场辣椒为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000平台进行全基因组重测序,通过生物信息学软件分析测序质量、SNP在染色体和基因组上的分布规律和特征。结果表明,本研究获得了783349390条clean reads,基因组覆盖率98.23%,测序深度36.35×;12条染色体上共获得9141358个SNP,10号染色体上的纯合SNP最多,9号染色体上的纯合SNP最少;不同染色体上SNP密度分布不同;SNP分布在基因组上5个位置且数量不同,基因间(94.68%)>基因内(3.64%)>基因上游(0.9%)>基因下游(0.74%)>基因上游/下游;基因内SNP数量依次为内含子(281002)>外显子(51242)>剪接位点(288);外显子上有4种类型的SNP变异且数量不同,非同义突变(31265)>同义突变(19079)>终止子获得(710)>终止子缺失(188);发生转换的SNP数量是颠换的1.99倍。牛场辣椒SNP的出现频率为1个/366 bp,其中外显子上的51242个SNP具有开发成功能标记的潜力,外显子上SNP产生的710处终止子获得对基因功能研究具有重要意义。

摘要： The genome-wide association study (GWAS) is a powerful experimental design that is applied to detect disease susceptible genetic variants. The main goal of these studies is to provide a better understanding of the biology of disease, which further facilitates prevention or better treatment. A statistical inferential process is finally carried out in this study, where an association is usually observed between the single-nucleotide polymorphism (SNPs) and the traits in a case-control setting. To detect the disease responsible loci correctly, the investigation of the statistical association should be carefully conducted along with the other necessary steps. This research provides an introductory guideline for conducting such statistical association tests for these studies using SNP genotype data.

摘要： 《食管疾病》本期集中刊发省部共建食管癌防治国家重点实验室王立东教授和高社干教授团队食管癌和食管胃交界部腺癌系列临床和基础应用研究论文,对食管癌和食管胃交界部腺癌临床防治实践具有重要指导和借鉴意义。本专辑的第一个主题是食管癌预后相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)研究,报道的SNP位点所在的基因多数是近年发现的肿瘤相关重要基因,这些SNP的特点是能够调控或影响其他肿瘤相关基因的转录活性或蛋白表达,这可能是这些SNP影响食管癌细胞的侵袭或转移,进而影响患者生存的重要机制。

摘要： 抗条锈病基因Yr69对我国小麦条锈菌(Puccinia striiformis f.sp.tritici)小种具有广谱抗性,在小麦抗条锈病育种中具有重要价值。为提高分子标记辅助选择育种的效率,加快Yr69在小麦抗病育种中的应用,本研究利用条锈菌小种CYR34对包含340个小麦家系的‘Taichung29/CH7086’F9代RIL(Recombinant inbred line)群体进行接种鉴定,并利用BSA-SNP(Bulked segregant analysis-single nucleotide polymorphism)技术对其抗条锈病基因进行了重新定位。抗病鉴定结果显示,RIL群体中抗感病家系的数量呈双峰分布,‘CH7086’的条锈病抗性受一个主效位点控制。BSA-SNP基因分型结果表明,多态性SNP主要集中于小麦2AS染色体末端0~30 Mb的染色体区段。在该基因组区段开发了208个SSR分子标记,利用抗感病小群体从中筛选到14个与Yr69连锁的分子标记。利用14个标记对340个RIL家系进行PCR扩增和分子作图,将Yr69定位于2AS111和2AS171之间约7.76 Mb的染色体区段,两侧连锁标记2AS111、2AS171与Yr69的连锁距离均为0.4 cM,并获得2个与Yr69共分离的分子标记2AS117和2AS127,可用于Yr69的分子标记辅助选择。

摘要： Indigenous chicken products are increasingly favored by consumers due to their unique meat and egg quality.However,the relatively poor egg-laying performance largely impacts the economic benefits and hinders sustainable development of the local chicken industry.Thus,excavating key genes and effective molecular markers associated with egg-laying performance is necessary to improve egg production via genetic selection in indigenous breeds.In the present study,comparative hypothalamic transcriptome between pre-laying(15 weeks old)and peak-laying(30 weeks old)Lushi blueshelled-egg(LBS)chicken was performed.A total of 518 differentially expressed genes(DEGs)were identified.Among the DEGs,64 genes were enriched in 10 Gene Ontology(GO)terms associated with reproductive regulation via GO analysis and considered as potential candidate genes regulating egg-laying performance.Of the 64 genes,16 showed high connectivity(degree≥12)by protein–protein interaction(PPI)network analysis and were considered as potential core candidate genes(PCCGs).To further look for key candidate genes from the PCCGs,firstly,the expression patterns of the 16 genes were examined in the hypothalamus of two indigenous breeds(LBS and Gushi(GS)chickens)between the pre-laying and peak-laying stages using quantitative real-time PCR(qRT-PCR).Eleven out of the 16 genes showed significantly differential expression(P<0.05)with the same changing trends in the two breeds.Then,correlations between the expression levels of the above 11 genes and egg numbers and reproductive hormone concentrations in serum were investigated in high-yielding and low-yielding GS chickens.Of the 11 genes,eight showed significant correlations(P<0.05)between their expression levels and egg numbers,and between expression levels and reproductive hormone concentration in serum.Furthermore,an association study on single nucleotide polymorphisms(SNPs)identified in these eight genes and egg production traits was carried out in 640 GS hens,and a significant association(P<0.05)between the SNPs and egg numbers was confirmed.In conclusion,the eight genes,including CNR1,AP2M1,NRXN1,ANXA5,PENK,SLC1A2,SNAP25 and TRH,were demonstrated as key genes regulating egg production in indigenous chickens,and the SNPs sites within the genes might be served as markers to provide a guide for indigenous chicken breeding.These findings provide a novel insight for further understanding the regulatory mechanisms of egglaying performance and developing molecular markers to improve egg production of indigenous breeds.

摘要： 采用中SNP160K芯片对丰收24×通交83-611 F2群体252个植株及其亲本进行基因分型,构建了一张由5861个SNP标记组成的全长为3661.46 cM的高密度遗传连锁图谱。利用完备区间作图法(ICIM)定位到7个株高QTL,每个QTL可解释2.56%~10.41%的株高变异。qPH-6-1具有最高的表型变异贡献率和显性效应,可解释10.41%的株高变异,加性效应和显性效应分别为–1.72和18.94;qPH-18-1贡献率次之,可解释9.64%的株高变异,但具有最高的加性效应,达-12.42。在F2群体中筛选出11个qPH-6-1和qPH-18-1基因型为Q6Q6/Q18Q18的单株,平均株高167.00 cm;筛选出16个基因型为q6q6/q18q18的植株,平均株高为91.25 cm。在qPH-18-1定位区间内外增加23个SNP标记,将定位区间由766.97 kb缩小至66.03 kb,包含8个基因,结合基因注释和相对表达量差异分析,推测Glyma.18G279800和Glyma.18G280200可能与大豆的株高相关。本研究为大豆株型的改良提供了分子参考依据和遗传基础。

摘要： 旨在通过检测海南猪全基因组上的选择信号,以挖掘与海南猪重要经济性状相关的候选基因,并解析讨论海南猪在进化驯化历史中的受选择情况。本研究利用68头海南猪的GeneSeek Genomic Profiler Procine SNP 80K芯片数据,使用整合单倍型分数(integrated haplotype score,iHS)的方法进行全基因组选择信号检测,并进行了全基因组长片段纯合(runs of homozygosity,ROH)检测分析;以“标准化iHS分数>1.96(P<0.05)”为阈值筛选候选位点,并向上、下游各延伸200 kb作为iHS方法检测到的候选区域,定义其中与ROH检测得到的片段发生“完全重叠”的区段为潜在受选择区域。为进一步探索海南猪选择信号的生物学功能,本研究进行了包含基因注释、QTL(quantitative trait locus)探索和富集分析在内的生物信息学分析。该研究对经过质量控制后剩余的44578个SNPs,使用iHS方法共检测到395个潜在受选择位点,检测得到172个ROH片段,获得136个潜在受选择区域,注释到469个候选基因。对潜在受选择区域进行QTLs探索分析,结果揭示了海南猪的选择信号多与其肉质性状、生长性状、抗病性状相关;此外,与海南猪的初情期启动日龄相关的QTL主要被报道与SSC12(Sus Scrofa chromosome 12)上的潜在受选择区域重叠。此外,通过候选基因的GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析发现,有91个候选基因在21项功能条目(P<0.05)上显著富集,主要集中在生长代谢、免疫应答和雌激素信号通路相关的条目上。本研究揭示了海南猪群体在其驯化历史上可能受到的选择情况。研究表明,在海南猪全基因组范围内进行选择信号检测,有助于进一步了解海南猪的进化历史及其重要经济性状的遗传机制,在一定程度上为华南型地方猪种种质资源的保存利用和相关研究提供参考。

摘要： 多个影响鸡生长的数量性状基因座(QTL)已经被定位在1号染色体上,HMGA2基因位于QTL定位区域中靠近峰值的位置。本实验以HMGA2作为候选基因,在CAU资源家系F2群体中,选择了14个SNP位点,使用SNPlex技术对个体进行SNP位点测定。分析存在多态性的9个SNP位点与鸡生长过程中体重周增重值的相关性。结果显示,6个SNP位点与周增重存在显著相关性(P<0.05),表明基因在鸡的生长过程中起到调控作用,为分子辅助育种提供依据。

摘要： 多个影响鸡生长的数量性状基因座(QTL)已经被定位在1号染色体上,HMGA2基因位于QTL定位区域中靠近峰值的位置。本实验以HMGA2作为候选基因,在CAU资源家系F2群体中,选择了14个SNP位点,使用SNPlex技术对个体进行SNP位点测定。分析存在多态性的9个SNP位点与鸡生长过程中体重周增重值的相关性。结果显示,6个SNP位点与周增重存在显著相关性(P<0.05),表明基因在鸡的生长过程中起到调控作用,为分子辅助育种提供依据。

摘要： 多个影响鸡生长的数量性状基因座(QTL)已经被定位在1号染色体上,HMGA2基因位于QTL定位区域中靠近峰值的位置。本实验以HMGA2作为候选基因,在CAU资源家系F2群体中,选择了14个SNP位点,使用SNPlex技术对个体进行SNP位点测定。分析存在多态性的9个SNP位点与鸡生长过程中体重周增重值的相关性。结果显示,6个SNP位点与周增重存在显著相关性(P<0.05),表明基因在鸡的生长过程中起到调控作用,为分子辅助育种提供依据。

摘要： 基因组多态性是导致药物反应多态性的重要因素。2002年，国际科技界启动了“国际人类基因组单倍型图计划”，即HapMap计划，以期标出人类染色体上的单倍型及这些单倍型的标签SNPs。目前HapMap计划已取得了重大进展，2007年10月公布了包含超过310万个SNPs的第二代人类基因组单倍型图谱，这为研究人类疾病以及研究人类对药物和环境的反应等提供了重要的生物信息。CYP2C19是一种十分重要的药物代谢酶，主要存在于肝脏微粒体内，许多内源性底物、环境污染物以及临床上大约2％的药物都由其催化代谢。研究发现，CYP2C19基因多态性可影响到许多重要临床应用药物的代谢，如omeprazole、diazepam、imipramine、propranolol等，是引起个体间和种族间对同一约物表现出不同代谢能力的原因之一。鉴于CYP2C19的重要性，本课题组利用相关文献资料、HapMap数据库生物信息资源以及本课题研究进展，分析总结了CYP2C19基因型、单倍性与药物代谢的相关性，为进一步利用单倍型进行个性化药物设计提供理论基础。

摘要： 基因组多态性是导致药物反应多态性的重要因素。2002年，国际科技界启动了“国际人类基因组单倍型图计划”，即HapMap计划，以期标出人类染色体上的单倍型及这些单倍型的标签SNPs。目前HapMap计划已取得了重大进展，2007年10月公布了包含超过310万个SNPs的第二代人类基因组单倍型图谱，这为研究人类疾病以及研究人类对药物和环境的反应等提供了重要的生物信息。CYP2C19是一种十分重要的药物代谢酶，主要存在于肝脏微粒体内，许多内源性底物、环境污染物以及临床上大约2％的药物都由其催化代谢。研究发现，CYP2C19基因多态性可影响到许多重要临床应用药物的代谢，如omeprazole、diazepam、imipramine、propranolol等，是引起个体间和种族间对同一约物表现出不同代谢能力的原因之一。鉴于CYP2C19的重要性，本课题组利用相关文献资料、HapMap数据库生物信息资源以及本课题研究进展，分析总结了CYP2C19基因型、单倍性与药物代谢的相关性，为进一步利用单倍型进行个性化药物设计提供理论基础。

摘要： 基因组多态性是导致药物反应多态性的重要因素。2002年，国际科技界启动了“国际人类基因组单倍型图计划”，即HapMap计划，以期标出人类染色体上的单倍型及这些单倍型的标签SNPs。目前HapMap计划已取得了重大进展，2007年10月公布了包含超过310万个SNPs的第二代人类基因组单倍型图谱，这为研究人类疾病以及研究人类对药物和环境的反应等提供了重要的生物信息。CYP2C19是一种十分重要的药物代谢酶，主要存在于肝脏微粒体内，许多内源性底物、环境污染物以及临床上大约2％的药物都由其催化代谢。研究发现，CYP2C19基因多态性可影响到许多重要临床应用药物的代谢，如omeprazole、diazepam、imipramine、propranolol等，是引起个体间和种族间对同一约物表现出不同代谢能力的原因之一。鉴于CYP2C19的重要性，本课题组利用相关文献资料、HapMap数据库生物信息资源以及本课题研究进展，分析总结了CYP2C19基因型、单倍性与药物代谢的相关性，为进一步利用单倍型进行个性化药物设计提供理论基础。

摘要： 基因组多态性是导致药物反应多态性的重要因素。2002年，国际科技界启动了“国际人类基因组单倍型图计划”，即HapMap计划，以期标出人类染色体上的单倍型及这些单倍型的标签SNPs。目前HapMap计划已取得了重大进展，2007年10月公布了包含超过310万个SNPs的第二代人类基因组单倍型图谱，这为研究人类疾病以及研究人类对药物和环境的反应等提供了重要的生物信息。CYP2C19是一种十分重要的药物代谢酶，主要存在于肝脏微粒体内，许多内源性底物、环境污染物以及临床上大约2％的药物都由其催化代谢。研究发现，CYP2C19基因多态性可影响到许多重要临床应用药物的代谢，如omeprazole、diazepam、imipramine、propranolol等，是引起个体间和种族间对同一约物表现出不同代谢能力的原因之一。鉴于CYP2C19的重要性，本课题组利用相关文献资料、HapMap数据库生物信息资源以及本课题研究进展，分析总结了CYP2C19基因型、单倍性与药物代谢的相关性，为进一步利用单倍型进行个性化药物设计提供理论基础。

摘要： 基因组多态性是导致药物反应多态性的重要因素。2002年，国际科技界启动了“国际人类基因组单倍型图计划”，即HapMap计划，以期标出人类染色体上的单倍型及这些单倍型的标签SNPs。目前HapMap计划已取得了重大进展，2007年10月公布了包含超过310万个SNPs的第二代人类基因组单倍型图谱，这为研究人类疾病以及研究人类对药物和环境的反应等提供了重要的生物信息。CYP2C19是一种十分重要的药物代谢酶，主要存在于肝脏微粒体内，许多内源性底物、环境污染物以及临床上大约2％的药物都由其催化代谢。研究发现，CYP2C19基因多态性可影响到许多重要临床应用药物的代谢，如omeprazole、diazepam、imipramine、propranolol等，是引起个体间和种族间对同一约物表现出不同代谢能力的原因之一。鉴于CYP2C19的重要性，本课题组利用相关文献资料、HapMap数据库生物信息资源以及本课题研究进展，分析总结了CYP2C19基因型、单倍性与药物代谢的相关性，为进一步利用单倍型进行个性化药物设计提供理论基础。

摘要： 基因组多态性是导致药物反应多态性的重要因素。2002年，国际科技界启动了“国际人类基因组单倍型图计划”，即HapMap计划，以期标出人类染色体上的单倍型及这些单倍型的标签SNPs。目前HapMap计划已取得了重大进展，2007年10月公布了包含超过310万个SNPs的第二代人类基因组单倍型图谱，这为研究人类疾病以及研究人类对药物和环境的反应等提供了重要的生物信息。CYP2C19是一种十分重要的药物代谢酶，主要存在于肝脏微粒体内，许多内源性底物、环境污染物以及临床上大约2％的药物都由其催化代谢。研究发现，CYP2C19基因多态性可影响到许多重要临床应用药物的代谢，如omeprazole、diazepam、imipramine、propranolol等，是引起个体间和种族间对同一约物表现出不同代谢能力的原因之一。鉴于CYP2C19的重要性，本课题组利用相关文献资料、HapMap数据库生物信息资源以及本课题研究进展，分析总结了CYP2C19基因型、单倍性与药物代谢的相关性，为进一步利用单倍型进行个性化药物设计提供理论基础。

摘要： 从NCBI上的Map Viewer数据库下载牛pIgR基因的启动子区域的序列(NW_174143)，长度为3.2Kb，设计4对引物进行PCR扩增，通过对25头牛的PCR产物直接测序发现并确定SNP位点，并用SNP Stream标签微列阵基因分型系统对189头牛进行基因分型，将其与牛奶中IgA和IgM的含量进行相关分析。结果表明，在基因-3128、-3072、-2834、-2348和-515位发现了5个SNP位点，其中SNP1和SNP2为A/G突变，SNP3、SNP4和SNP5为T/C突变，该群体的5个位点的基因型分布处于非Hardy-Weinberg平衡状态。方差分析结果表明，SNP1对牛奶IgM含量有极显着的影响(P0.05);多重比较分析表明，SNP1位点的基因型AA个体与AB个体的牛奶IgM含量的最小二乘均数差异极显著(P0.05)。因此，我们得出牛pIgR基因的多态性影响牛奶中IgA和IgM的含量，这为进一步研究牛奶中IgA和IgM分泌转运机理提供了一定的理论依据。

摘要： 本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，选取序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR分子标记。本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。

摘要： 本发明涉及农业分子检测领域，具体涉及用于小麦品种鉴定的SNP分子标记组合以及SNP分子标记检测方法。本发明的96个SNP位点组合在我国1463份审定小麦品种中共检出192个等位变异，对小麦品种具有较高的分辨率，96个SNP引物及其引物组合均能稳定、重复、特异性扩增，便于推广应用。

摘要： 本发明提供了一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法，属于生物技术领域。所述用于检测SNP多态性的引物组，包括引物组A1和引物组A2；所述引物组A1包括上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1，所述引物组A1中引物的质量分别为4300～6600Da；所述引物组A2包括上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2，所述引物组A2中引物的质量分别为6700～9000Da。本发明以引物质量为4300‑6600Da和6600‑9000Da两个区间来分别设计引物，从而在MALDI‑TOF MS结果读取时互不干扰，可以一个芯片点获取两份检测数据，试剂耗材的利用率更高，高产出低成本。

摘要： 本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。

摘要： 本发明公开了一种SNP‑SNP标记的复合体系及其检测不平衡混合样本的方法和应用。该复合体系包括扩增以下17个复合遗传标记SNP‑SNP的复合扩增引物、单碱基延伸引物以及测序引物；复合扩增引物中每个位点均包括两条正向引物和一条反向引物，其序列如SEQ ID NO.1～51所示，单碱基延伸引物具体序列如SEQ ID NO.52～68所示。本发明中17个新型复合遗传标记SNP‑SNP的复合体系的检测方法包括ARMS‑PCR、SNaPshot和CE技术的结合应用，并且所使用的仪器设备均为可以很容易地在法医实验室中操作，而无需对额外设备进行任何投资，操作简单，费时短，易于普及。

摘要： 本发明公开了鉴别尖塘鳢鱼种的SNPs及基于SNPs的AS‑PCR引物组及其检测方法与应用。所述SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列中。本发明基于得到的SNPs位点转化成AS‑PCR标记，利用AS‑PCR鉴别三种尖塘醴，本发明中的检测方法操作简便、耗时短、成本低；而且设计得到的AS‑PCR引物组灵敏度高，P2引物在模板中可稀释到10‑4倍，P3引物在模板中可稀释到10‑3倍，具有极高的应用价值。

摘要： 本发明提供了官庄花猪SNP位点及其建立方法与应用，属于动物分子生物技术及动物遗传育种领域。本发明提供官庄花猪SNP位点，具有明显的官庄花猪的种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将官庄花猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备SNP芯片或检测试剂盒，并将SNP芯片或检测试剂盒应用官庄花猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。

摘要： 本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，选取序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR分子标记。本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。

摘要： 本发明公开了梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用，涉及分子标记开发技术领域。包括43316个SNP分子标记。上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本发明提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。此外，本发明开发的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。

摘要： 本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，引物对包括yfSNP01的正向引物5′‑TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA‑3′和yfSNP01的反向引物5′‑GTTCAATCATGGGATGGACA‑3′。所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用。通过本发明，本发明具有如下有益效果：本发明利用基因组学和群体遗传学筛选到与黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型，且这个SNP标记为共显性标记，可以区分纯合体和杂合体，可以加速黄瓜果肉分子育种进程。