基因差异表达

摘要： 目的筛选胃腺癌(Gastric adenocarcinoma,GAC)差异表达的关键基因并进行验证,分析其调控通路。方法自美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)下载GAC基因芯片数据集GSE118916。应用R语言Limma程序包筛选GAC与癌旁对照组织差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)。应用R语言ClusterProfiler程序包对GAC的DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。通过DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对GAC的DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析。使用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)和Cytoscape构建蛋白质间相互作用网络(PPI),筛选其核心模块和关键基因。使用UALCAN数据库分析关键基因与GAC患者预后的关系。GEPIA数据库分析预后关键基因与GAC患者TNM的相关性。采用单基因GSEA分析关键基因调控的通路。结果GAC癌组织和癌旁组织存在704个DEGs,其中上调基因422个,下调基因282个。GO功能富集结果显示,DEGs主要富集在细胞外基质组织、细胞粘附、炎症反应、胶原蛋白分解代谢等功能通路;KEGG通路分析显示,DEGs主要影响ECM-受体相互作用、黏着斑、补体通路等多条通路。在PPI网络筛选的关键基因中,C3、GNB4和COL1A2影响GAC患者预后和GAC进展。单基因GSEA结果显示,C3、GNB4和COL1A2可能通过黏着斑、癌症通路、干细胞Wnt信号、转化生长因子-β信号途径影响GAC患者的预后。结论C3、GNB4和COL1A2是影响GAC进展和预后的关键基因,其调控通路可能与黏着斑、癌症通路相关。

摘要： 基于RNA-seq技术探究驴乳与角质形成细胞和成纤维细胞的相互作用。驴乳分别与角质形成细胞、成纤维细胞共孵育后,采用RNA-seq筛选差异表达基因(DEGs),进行GO和KEGG富集分析。驴乳作用角质形成细胞后共筛选出819个DEGs,其中420个上调基因,399个下调基因。GO富集分析显示,差异表达基因参与与表皮发育、角质细胞分化、角化等生物学过程。KEGG富集分析显示,驴乳作用角质形成细胞涉及的分子机制包括IL-17信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、金黄色葡萄球菌感染等。驴乳作用成纤维细胞后共筛选出507个DEGs,其中298个基因上调,209个基因下调。GO富集分析显示,驴乳参与成纤维细胞的细胞黏附的正调控、脂质定位的调节、脂质转运的调节等生物学过程;KEGG结果显示,驴乳作用成纤维细胞涉及的分子机制包括细胞因子-细胞因子受体相互作用和cGMP-PKG信号通路等。为阐明驴乳对皮肤细胞功能的分子作用机制提供了科学依据。

摘要： 为寻找柞蚕微孢子虫侵染过程中转录水平上适宜的持家基因和侵染基因,采用半定量PCR和荧光定量PCR的方法,在4龄柞蚕添食柞蚕微孢子虫后的3个时间点,对比了α、β和γ-微管蛋白基因和孢壁蛋白NpSWP8、NpSWP35以及NpSWP1基因的表达差异。结果显示:在4龄柞蚕添食柞蚕微孢子虫后4 d和6 d,α-微管蛋白基因呈现显著升高趋势,孢壁蛋白NpSWP35基因也呈现显著或者极显著升高趋势;确定柞蚕微孢子虫侵染相关基因检测的初始时间为添食后4 d。经过几种基因的表达差异对比分析认为,α-微管蛋白基因可作为柞蚕微孢子虫转录水平研究的持家基因,孢壁蛋白NpSWP35基因可作为浸染检测基因,这些结果可为进一步研究柞蚕微孢子虫的侵染机理提供参考。

摘要： 毒素-抗毒素(toxin-antitoxin,TA)系统广泛存在于微生物中,由稳定的毒素和不稳定的同源抗毒素组成,参与应激反应并可调控微生物生长。活的非可培养(viable but non-culturable,VBNC)状态是某些微生物在不良环境中形成的一种休眠状态,处于VBNC状态的微生物在常规培养基上不生长,但VBNC细胞仍具有代谢活性,且在适宜条件下能够恢复可培养性,因此VBNC状态的食源性致病菌对食品安全和人类健康构成潜在威胁。本文综述了TA系统和微生物VBNC状态形成关系的研究,进一步提出了TA系统对微生物VBNC状态形成的可能影响机制,以期为VBNC状态形成机制的研究提供一定参考。

摘要： 目的利用高通量质谱技术筛选不同亚型的乳腺癌发生发展及预后标志物,有助于建立更有效的乳腺癌诊断手段、预测病因及干预治疗。方法选取4例乳腺癌患者标本,包括4例癌组织和4例对应癌旁组织,采用SDT裂解法提取蛋白质,并BCA法进行蛋白质定量后,进行肽段的脱盐及定量。随后进行色谱分级、液相色谱-串联质谱(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LS-MS/MS)数据采集。用软件MaxQuant进行查库鉴定及定量分析。提取样本RNA经qPCR筛选出乳腺癌差异表达标志物。结果分析4例乳腺癌样本的蛋白质组定量分析数据最后筛选出LCP1、ARF1、CCT3、VDAC1、NANS、NME1等23个癌组织中特异性表达的蛋白。且将相关蛋白所对应的基因与其癌旁进行比较筛选出在侵袭性乳腺癌癌组织中表达升高的23个基因。qPCR的结果表明最后有14个基因差异有统计学意义。结论通过筛选及分析包括以下一种:LCP1、CCT3、NANS、NME1、HSP90AA1、RAN、YWHAZ、ERH、PRDX1、STIP1、HSPA8、H2AFY、HSPE1和PDIA3标志物。利用这些标志物在乳腺癌癌组织及癌旁组织的差异表达,可用于乳腺癌诊断、预后评估。

摘要： 为了探究枝条颜色变异的原因,以金枝黄花柳回交子代及其亲本为材料,分析子代枝条性状遗传变异规律及性状与基因表达的关系。结果显示,金枝型回交子代枝条表现为黄色到橙色,普通型回交子代枝条表现为墨绿色至棕色,不同单株个体之间存在颜色差异。枝条转录组共检测到差异表达基因2499个,其中上调基因984个,下调基因1515个。功能注释和富集分析发现,卟啉与叶绿素代谢通路(KEGG&ko00860)中与色素合成有关的基因表达量存在差异,其中叶绿素/细菌叶绿素a合成酶(2.5.1.133;2.5.1.62)与叶绿素/细菌叶绿素a还原酶(1.3.1.111)基因表达上调,叶绿素酶(3.1.1.14)基因表达下调。基因差异表达会影响代谢通路,进而影响枝条中叶绿素的含量,导致枝条颜色存在差异。

摘要： 实验针对曲浒苔(Ulva flexuosa)光合作用系统对光照与温度变化的响应进行分子水平探究,从原初反应、电子传递、光合磷酸化到碳的固定等方面对曲浒苔光合作用响应机制进行解析。叶绿素合成基因在高温高光[30°C、400μmol/(m^(2)·s)]环境下表达下调。类胡萝卜素合成基因在低温高光[4°C、400μmol/(m^(2)·s)]环境下表达下调。电子传递链、CF_(1)F_(0)-ATP合酶等基因对温度和光照变化的适应能力较弱,各实验组的相关基因表达量均呈现下调趋势。聚光复合体基因表达量上调。各实验组的光系统Ⅱ反应中心基因均下调,锰稳定蛋白则普遍上调。不同C_(4)途径关键酶基因在各个环境中的变化趋势不一致。综合实验结果可以发现曲浒苔对于温度和光照变化具有一定的耐受度,分析得出温度对曲浒苔光合作用基因的影响较大,而且高温高光对曲浒苔的影响最显著。

摘要： [目的]利用RNA-Seq,分析人巨噬细胞在牛痘病毒(VACV)感染前后基因表达的变化,探索牛痘病毒与宿主细胞相互作用的机制.[方法]用牛痘病毒感染人巨噬细胞,采用RNA-Seq比较感染组和对照组的差异表达基因,并进行KEGG、GO以及STRING网络分析.[结果]感染组与对照组相比,筛选出显著性差异表达基因4796个,其中上调表达2416个,下调表达2380个.KEGG富集分析表明差异基因主要参与新陈代谢、信号转导、免疫系统和感染疾病等通路.GO功能注释显示这些基因富集在细胞功能调控、物质代谢和免疫调控等生命过程.运用STRING在线蛋白互作数据库,对NOD样信号通路进行分析,鉴定出以JUN、CHUK、IL1B和PYCARD为核心的调控基因.[结论]牛痘病毒感染可以诱导人巨噬细胞基因差异性表达,涉及的生物学过程有很多,对免疫相关的信号通路进行深入的分析,发现C型凝集素受体信号通路(C-type lectin receptor signaling pathway)、Toll样受体信号通路以及NOD样通路等多条通路可能参与调控牛痘病毒感染引起的炎症反应,该研究为解析牛痘病毒的感染机制和免疫逃逸机制以及其在临床上治疗感染性疾病和癌症提供了新思路.

摘要： 目的 从分子水平研究不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌的机制,为临床诊治提供数据依据.方法 在GEO基因芯片数据库中得到不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌后的表达谱数据,筛选出前50个最显著的差异基因.对差异基因进行GO和Pathway分析,筛选出在不同气道感染情况中金黄色葡萄球菌最显著的信号通路.结果 在16HBE14o-和S9细胞株感染表达/非表达Hla毒素金黄色葡萄球菌中,分别筛选1164个和201个显著差异基因(差异大于1.5倍).差异基因相关的信号通路中,主要是MAPK、JAK/STAT及Toll样受体通路等与免疫反应关系密切.S9细胞株中,主要是FOS蛋白、EGR1蛋白、DUSP1蛋白、ATF3蛋白互作联系紧密;而16HBE14o-细胞株中,蛋白互作不大.结论 16HBE14o-和S9细胞株中,表达/非表达Hla毒素金黄色葡萄球菌感染时的基因表达差异显著,S9细胞株的蛋白互作联系紧密.

摘要： 为了挖掘出农艺性状更优、品质更高的农作物品种,植物基因差异表达分析方法在农作物遗传育种中得到了广泛应用.文章对基因差异表达分析方法展开概述,探讨基因差异表达分析方法的常见手段及其优缺点,并指出其在作物遗传育种中的具体应用方式.

摘要： 小分子干扰GHR(siGHR)获取生长激素受体(GHR)基因差异表达人胃癌MGC803细胞株,探讨rhGH干预GHR不同表达状态细胞株植入裸鼠体内的移植瘤生长情况及JAK2/STAT3通路关键节点基因表达变化.

摘要： 本研究旨在揭示崇仁麻鸡肠道PepT1mRNA的表达规律,为进一步研究小肽在肠道的吸收机理及其肽转运载体的表达分布情况提供基础.以120日龄崇仁麻鸡小肠肠道样品为模板,使用荧光定量PCR法研究肉鸡肠道寡肽转运载体1(Peptide transporter1,PepT1)mRNA表达的肠段差异性以及十二指肠中高低饲料转化率组PepT1mRNA的表达差异性.结果表明,崇仁麻鸡小肠PepT1mRNA的表达丰度从十二指肠到空肠再到回肠依次降低,其中在十二指肠的表达极显著的高于回肠(P＜0.01),而十二指肠与空肠以及空肠与回肠之间差异不显著(P＞0.05);在十二指肠中,高饲料转化率组PepT1mRNA表达丰度要高于低饲料转化率组,但是差异不显著(P＞0.05).结果提示,PepT1mRNA主要是在崇仁麻鸡小肠的前段表达,十二指肠是PepT1mRNA表达的主要部位;饲料转化率高,其PepT1mRNA的表达丰度也高.

摘要： 目的:羊传染性脓疱病是由羊传染性脓疱病毒(ORFV)感染引起绵羊、山羊等中小反刍动物以及人的一种急性、高度接触性的人兽共患传染病.但是针对ORFV致病机制的研究仍局限于阐明该病毒单个编码基因及其功能的研究策略.因此从病毒与宿主相互作用的角度入手,利用Illumina/Solexa深度测序技术从mRNA水平对正常OFTu细胞和ORFV感染后OFTu细胞的基因差异表达情况进行分析研究,得到致病相关基因,鉴定出在ORFV感染致病过程中起关键作用的靶基因,并初步阐明由其介导的调控机制.rn 方法:测定ORFV在OFTu细胞中的增殖特点以及对其超微结构进行观察，确定了感染病毒后48h和96h的OFTu细胞为Illumina/Solexa测序样品。利用TRIZOL试剂分别提取病毒感染OFTu细胞后48h和96h及正常OFTu细胞总RNA。将纯度和浓度合格的样品交予公司进行Illumina/Solexa测序。rn 结果:从ORFV感染后第48h的OFTu细胞获得1047个上调和366个下调的差异基因;从ORFV感染后第96hOFTu细胞获得1570个上调和982个下调的差异基因;之后，利用Real time PCR方法对差异基因进行了验证，所得结果与测序结果一致。对本研究筛选获得的差异基因进行Go分析发现差异基因主要与细胞代谢过程、应激反应、细胞定位和免疫反应等相关。Pathway分析发现差异基因主要与抗原递呈和加工、Jak-Stat信号通路、RIG-I样受体信号通路、Toll样受体信号通路、VEGF信号通路和凋亡反应等相关。rn 结论:该研究结果将为ORFV的致病机制尤其是病毒和宿主相互作用机制研究奠定基础，以及利用在ORFV感染致病过程中起关键调控作用的靶基因实现对病毒感染的阻断提供理论依据。

摘要： 为进一步了解旋毛虫各个发育阶段的生理特征,并揭示与旋毛虫发育及宿主相互作用相关基因的表达特征,本实验通过采用高通量测序技术,对旋毛虫各个时期基因表达特征进行了深入研究,为发现新的药物作用靶点以及疫苗研发提供基础.构建高质量的旋毛虫不同时期转录组文库,利用solaxa高通量测序技术对三个转录组文库进行测序,并进一步通过生物信息学技术分析旋毛虫不同发育时期基因转录情况,并利用实时荧光定量RT-PCR技术验证各差异基因在不同发育时期的转录水平.本试验全面深入分析了旋毛虫不同发育时期转录组的变化,鉴定了大量在不同发育时期存在差异表达的基因.其中在新生幼虫时期存在较多的表达上调基因,表明在新生幼虫时期基因表达活性更高.同时本实验深入分析了旋毛虫致病相关基因在不同发育时期的差异表达规律,为发现旋毛虫新的期特异抗原以及对旋毛虫的免疫预防具有重要指导意义.

摘要： 本研究以大鼠为研究对象造成左顶叶局限性脑挫裂伤模型,利用多项现代科学技术从生物信息学、受体和基因组学的角度探讨电针治疗颅脑损伤的信息转导和整合机制,阐明脑功能-受体-基因间的内在规律和电针调节颅脑损伤局部[Ca2+]i时空动力学的特征和机制,揭示5-HT、NE受体介导的信息转导途径及与针刺效应之间的关系,测定损伤后局部差异表达的基因并阐释差异基因与钙超载、5-HT、NE受体时空变化之间的关系,为临床针灸治疗急性期颅脑损伤提供理论依据.

摘要： 超氧化物歧化酶是细胞防御活性氧毒害作用的第一道防线,在生物体应答胁迫以及细胞分化等过程中起到十分重要的作用.本研究基于草菇基因组测序结果注释获得1个extracellular Cu-ZnSOD(ecCu-ZnSOD)编码基因和2个MnSOD编码基因(Vv MnSOD1作用于细胞质中、Vv MnSOD2作用于线粒体中).转录组reads定位结果显示:3个Vv_sod基因均存在复杂的可变剪接方式;其中,Vv_Cu-Znsod1起始密码子位于第4个内含子(I4)上,只有在I4保留时该序列才可翻译成有SOD功能域的蛋白序列.荧光定量PCR的结果显示:Vv_Cu-Znsod1及Vv_Mnsod2在子实体不同发育阶段表现出共表达模式并在蛋形期菌盖表达量最高,这与担子中核配的发生速率一致,推测这两个基因的高表达可能与核配的发生相关;低温胁迫可诱导草菇3个sod基因显著上调表达,说明草菇的3个sod基因均参与了低温应答过程.本研究发现草菇含有一个的ecCu-ZnSOD,但未发现intracellular Cu-ZnSOD(icCu-ZnSOD),这是首次在担子菌中发现的ecCu-ZnSOD,该发现意味着草菇的抗氧化系统与其他真菌存在较大差异;草菇缺少icCu-ZnSOD,而∞Cu-ZnSOD基因仅在I4保留时才可发挥正常功能,可能是导致草菇不耐低温的原因之一.

摘要： 超氧化物歧化酶是细胞防御活性氧毒害作用的第一道防线,在生物体应答胁迫以及细胞分化等过程中起到十分重要的作用.本研究基于草菇基因组测序结果注释获得1个extracellular Cu-ZnSOD(ecCu-ZnSOD)编码基因和2个MnSOD编码基因(Vv MnSOD1作用于细胞质中、Vv MnSOD2作用于线粒体中).转录组reads定位结果显示:3个Vv_sod基因均存在复杂的可变剪接方式;其中,Vv_Cu-Znsod1起始密码子位于第4个内含子(I4)上,只有在I4保留时该序列才可翻译成有SOD功能域的蛋白序列.荧光定量PCR的结果显示:Vv_Cu-Znsod1及Vv_Mnsod2在子实体不同发育阶段表现出共表达模式并在蛋形期菌盖表达量最高,这与担子中核配的发生速率一致,推测这两个基因的高表达可能与核配的发生相关;低温胁迫可诱导草菇3个sod基因显著上调表达,说明草菇的3个sod基因均参与了低温应答过程.本研究发现草菇含有一个的ecCu-ZnSOD,但未发现intracellular Cu-ZnSOD(icCu-ZnSOD),这是首次在担子菌中发现的ecCu-ZnSOD,该发现意味着草菇的抗氧化系统与其他真菌存在较大差异;草菇缺少icCu-ZnSOD,而∞Cu-ZnSOD基因仅在I4保留时才可发挥正常功能,可能是导致草菇不耐低温的原因之一.

摘要： 超氧化物歧化酶是细胞防御活性氧毒害作用的第一道防线,在生物体应答胁迫以及细胞分化等过程中起到十分重要的作用.本研究基于草菇基因组测序结果注释获得1个extracellular Cu-ZnSOD(ecCu-ZnSOD)编码基因和2个MnSOD编码基因(Vv MnSOD1作用于细胞质中、Vv MnSOD2作用于线粒体中).转录组reads定位结果显示:3个Vv_sod基因均存在复杂的可变剪接方式;其中,Vv_Cu-Znsod1起始密码子位于第4个内含子(I4)上,只有在I4保留时该序列才可翻译成有SOD功能域的蛋白序列.荧光定量PCR的结果显示:Vv_Cu-Znsod1及Vv_Mnsod2在子实体不同发育阶段表现出共表达模式并在蛋形期菌盖表达量最高,这与担子中核配的发生速率一致,推测这两个基因的高表达可能与核配的发生相关;低温胁迫可诱导草菇3个sod基因显著上调表达,说明草菇的3个sod基因均参与了低温应答过程.本研究发现草菇含有一个的ecCu-ZnSOD,但未发现intracellular Cu-ZnSOD(icCu-ZnSOD),这是首次在担子菌中发现的ecCu-ZnSOD,该发现意味着草菇的抗氧化系统与其他真菌存在较大差异;草菇缺少icCu-ZnSOD,而∞Cu-ZnSOD基因仅在I4保留时才可发挥正常功能,可能是导致草菇不耐低温的原因之一.

摘要： 超氧化物歧化酶是细胞防御活性氧毒害作用的第一道防线,在生物体应答胁迫以及细胞分化等过程中起到十分重要的作用.本研究基于草菇基因组测序结果注释获得1个extracellular Cu-ZnSOD(ecCu-ZnSOD)编码基因和2个MnSOD编码基因(Vv MnSOD1作用于细胞质中、Vv MnSOD2作用于线粒体中).转录组reads定位结果显示:3个Vv_sod基因均存在复杂的可变剪接方式;其中,Vv_Cu-Znsod1起始密码子位于第4个内含子(I4)上,只有在I4保留时该序列才可翻译成有SOD功能域的蛋白序列.荧光定量PCR的结果显示:Vv_Cu-Znsod1及Vv_Mnsod2在子实体不同发育阶段表现出共表达模式并在蛋形期菌盖表达量最高,这与担子中核配的发生速率一致,推测这两个基因的高表达可能与核配的发生相关;低温胁迫可诱导草菇3个sod基因显著上调表达,说明草菇的3个sod基因均参与了低温应答过程.本研究发现草菇含有一个的ecCu-ZnSOD,但未发现intracellular Cu-ZnSOD(icCu-ZnSOD),这是首次在担子菌中发现的ecCu-ZnSOD,该发现意味着草菇的抗氧化系统与其他真菌存在较大差异;草菇缺少icCu-ZnSOD,而∞Cu-ZnSOD基因仅在I4保留时才可发挥正常功能,可能是导致草菇不耐低温的原因之一.

摘要： 超氧化物歧化酶是细胞防御活性氧毒害作用的第一道防线,在生物体应答胁迫以及细胞分化等过程中起到十分重要的作用.本研究基于草菇基因组测序结果注释获得1个extracellular Cu-ZnSOD(ecCu-ZnSOD)编码基因和2个MnSOD编码基因(Vv MnSOD1作用于细胞质中、Vv MnSOD2作用于线粒体中).转录组reads定位结果显示:3个Vv_sod基因均存在复杂的可变剪接方式;其中,Vv_Cu-Znsod1起始密码子位于第4个内含子(I4)上,只有在I4保留时该序列才可翻译成有SOD功能域的蛋白序列.荧光定量PCR的结果显示:Vv_Cu-Znsod1及Vv_Mnsod2在子实体不同发育阶段表现出共表达模式并在蛋形期菌盖表达量最高,这与担子中核配的发生速率一致,推测这两个基因的高表达可能与核配的发生相关;低温胁迫可诱导草菇3个sod基因显著上调表达,说明草菇的3个sod基因均参与了低温应答过程.本研究发现草菇含有一个的ecCu-ZnSOD,但未发现intracellular Cu-ZnSOD(icCu-ZnSOD),这是首次在担子菌中发现的ecCu-ZnSOD,该发现意味着草菇的抗氧化系统与其他真菌存在较大差异;草菇缺少icCu-ZnSOD,而∞Cu-ZnSOD基因仅在I4保留时才可发挥正常功能,可能是导致草菇不耐低温的原因之一.

摘要： 本发明公开了改变产纤维植物(例如棉花)的纤维性质(例如纤维长度)的方法和手段。本发明还提供了具有纤维优先性或纤维选择性表达模式的植物启动子。

摘要： 本发明提供一种筛选基因芯片差异表达基因的方法，涉及一种基因芯片数据分析中差异表达基因筛选的一种算法。本发明实施起来，包括如下步骤：步骤1，芯片数据的归一化处理；步骤2，建立对数比值xij＝μ+μj+ε线性模型；步骤3，计算出全局均值μ，列效应μj和方差σ的值；步骤4，利用μ、μj和σ，计算每个基因的2×ln(odd ratio)；步骤5，设定域值χ2cutoff，n，当步骤4中的2×ln(odd ratio)值大于χ2cutoff，n的基因定为差异表达基因。本发明通过建立统计模型，设计适当的统计量，最后使用假设检验的方法赋予每个基因一个显著性的概率数值，作为筛选基因的标准。该方法克服了常规的倍数法缺乏统计学基础和对算法本身敏感性与特异性难以估计的弱点。

摘要： 本发明涉及亚洲玉米螟不同发育时期表达基因标签库及差异表达基因，以及它们的获得方法。本发明的方法用于从无基因组参考序列的物种中获得基因表达时期、基因在不同时期的表达量及不同时期间差异表达的信息，所述方法方便、快捷、准确且成本低廉。

摘要： 本文描述的是用于检测基因失调存在与否的方法和试剂盒，所述基因失调例如缘于基因融合和/或染色体异常，例如易位、插入、倒位和缺失。所述方法、组合物和试剂盒对于检测导致目标基因5’部分相对于所述目标基因3’区域差异表达的突变是有用的。将目标基因5’部分的平均表达与目标基因3’部分的平均表达进行对比以确定基因内差异表达(IDE)。然后可以将所述IDE用于确定受试者或样品中是否存在或不存在失调或特定疾病(或者疾病易感性)。

摘要： 本文描述的是用于检测基因失调存在与否的方法和试剂盒，所述基因失调例如缘于基因融合和/或染色体异常，例如易位、插入、倒位和缺失。所述方法、组合物和试剂盒对于检测导致目标基因5’部分相对于所述目标基因3’区域差异表达的突变是有用的。将目标基因5’部分的平均表达与目标基因3’部分的平均表达进行对比以确定基因内差异表达(IDE)。然后可以将所述IDE用于确定受试者或样品中是否存在或不存在失调或特定疾病(或者疾病易感性)。

摘要： 本发明公开了改变产纤维植物(例如棉花)的纤维性质(例如纤维长度)的方法和手段。本发明还提供了具有纤维优先性或纤维选择性表达模式的植物启动子。

摘要： 本发明提供一种筛选基因芯片差异表达基因的方法，涉及一种基因芯片数据分析中差异表达基因筛选的一种算法。本发明实施起来，包括如下步骤：步骤1，芯片数据的归一化处理；步骤2，建立对数比值xij＝μ+μj+ε线性模型；步骤3，计算出全局均值μ，列效应μj和方差σ的值；步骤4，利用μ、μj和σ，计算每个基因的2×ln(odd ratio)；步骤5，设定域值x2cutoff，n，当步骤4中的2×ln(odd ratio)值大于x2cutoff，n的基因定为差异表达基因。本发明通过建立统计模型，设计适当的统计量，最后使用假设检验的方法赋予每个基因一个显著性的概率数值，作为筛选基因的标准。该方法克服了常规的倍数法缺乏统计学基础和对算法本身敏感性与特异性难以估计的弱点。

摘要： 本发明公开了一种RNA‑seq差异表达基因的判定方法及应用，涉及单细胞生物技术领域，该判定方法包括步骤为：随机噪声干扰基因去除，使用t‑test对每一个基因进行差异性检测以找出非差异表达基因作为阴性对照，使用PLS对分类相关分量进行建模，使用最小均方误差方法去除分类无关分量，基于处理过的数据和非差异表达基因找出离群值，判断为差异表达基因；该判定方法在对比不同条件下的细胞表达谱特征的区别的应用。本发明中判定标准的选择依靠数据驱动的自适应算法，可以根据不同的数据自动调整的，并不需要人为干预，从而降低了人为干预误差。

摘要： 本发明公开了凤丹耐涝差异表达基因及基于转录组测序挖掘的方法，属于油用牡丹耐涝基因技术领域。包括以下内容：（1）在涝害胁迫处理和正常条件下分别培养凤丹盆栽苗，获得实验组和对照组组织样本；（2）对上述组织样本分别提取RNA，进而进行转录组测序；（3）对测序获得的数据进行整理分析，获得差异表达基因，筛选出参与凤丹涝害胁迫的数个unigenes，并对基因的基本功能和其参与调节的信号通路进行分类。本发明以凤丹内在的遗传基因作为起点，基于转录组对牡丹耐涝的基因进行分析，筛选出耐涝害胁迫的基因，以期用来培育耐涝的凤丹新品种或者新种质，达到提高‘凤丹’籽油产量和品质的目的。

摘要： 本发明公开了基于分层自注意力机制的差异表达基因预测系统，包括：获取模块，获取待测细胞对对应基因的表观遗传学数据；根据表观遗传学数据，构建不同表观遗传因素的输入矩阵；编码模块，将每种表观遗传因素的输入矩阵，输入到第一自注意力机制层对应的自注意力机制模块中，得到每种表观遗传因素的编码向量；特征提取模块，将每种表观因素的编码向量，输入到第二自注意力机制层的自注意力机制模块中，得到最终的特征嵌入向量；预测模块，将最终的特征嵌入向量输入到训练后的分类器中，得到差异表达基因预测结果。利用表观遗传学数据自动构建特征，同时识别重要的特征位点和表观遗传因素来进行可解释的基因差异表达预测。