基于PacBio测序的麦类植物基因组中LMW-GS基因拷贝数的鉴定方法

摘要

本发明公开了一种基于PacBio测序的麦类植物基因组中LMW‑GS基因拷贝数的鉴定方法，其特征在于：本发明目的是克服麦类植物基因组中LMW‑GS多拷贝基因家族的基因鉴定困难的问题。LMW‑GS基因不同拷贝在N端和C端间具有较高的序列相似性，采用常规3730测序成本太高，采用Illumina公司的测序平台由于其读长较短导致拼接时容易形成不同LMW‑GS基因的嵌合基因。因此，采用一般的研究方法鉴定LMW‑GS基因在某个小麦品种中的基因构成比较困难。本发明根据对GenBank数据库中下载的大量LMW‑GS基因序列的分析设计了一套引物，再结合PacBio相关barcode引物，采用两轮PCR扩增结合PacBio测序及DNASTAR Lasergene version7.1.0软件中的SeqMan组件进行LMW‑GS基因组装的方法进行麦类植物全基因组中LMW‑GS基因拷贝数的鉴定。