肺鳞癌全基因组lncRNAs表达研究

摘要

肺癌是世界范围内癌症死亡的主要原因,而肺鳞癌是肺癌中最常见的组织病理类型.临床和分子机制研究表明肺鳞癌是多因素复杂疾病.LncRNA,长链非编码RNA(long noncoding RNA)是长度大于200nt的非编码RNA的统称.有研究表明lncRNAs在许多癌症类型中都异常表达.本研究通过全基因组lncRNAs表达研究探索lncRNAs是否可能与肺鳞癌的形成相关.从中南大学湘雅医院收集了16例肺鳞癌手术病人的肺癌及癌旁组织,保存于液氮中.采用Trizol法提取组织总RNA,反转录成cDNA,体外转录合成cRNA,使用RNA纯化柱纯化cRNA,以cRNA为模板,使用随机引物进行反转录,使用荧光标记反转录产物最后进行Agilent human 4×180K芯片杂交.使用Agilent Feature Extraction(v10.7)软件对杂交图片进行分析并提取数据，然后使用Agilent GeneSpring软件对数据进行归一化和差异分析,使用R对归一化后的表达数据进行统计分析。此芯片中设计了总共38361个1ncRNAs探针，数据结果显示，肺鳞癌组织组与正常肺组织组比较，有28055个1ncRNAs探针的表达有一定水平的改变，其中3495个显著差异表达(倍数变化绝对值,2)，而对所有样本对统计发现105个在所有肺鳞癌组织中与配对正常组织相比显著差异表达。在这105个1ncRNAs中，84个是表达下调，而只有21个是表达上调的。对这些1ncRNAs与Ensemble数据库中转录本进行比对发现:这些转录本主要为蛋白编码转录本(48.6%)，非编码转录本(10.5%)。此外，这些1ncRNAs主要位于1号(38.1%)和2号(17.1%)染色体。本次研究是首次应用芯片技术对肺鳞癌的全基因组1ncRNAs表达进行研究。对1ncRNAs的聚类结果说明肺鳞癌与配对正常组织相比显著差异表达。因此得出结论:肺鳞癌组织中差异表达的1ncRNAs可能参与到肺癌的发展过程中，也可能作为未来肺鳞癌的潜在治疗靶标。