头颈鳞癌预后相关差异表达LncRNAs的筛选、ceRNA网络构建及生物学功能预测

摘要

目的 利用生物信息学方法筛选头颈鳞癌(HNSCC)预后相关的差异长链非编码RNA(LncRNAs),构建预后相关LncRNAs的ceRNA网络,并分析其生物学功能.方法 以P1.0为标准,通过TCGA数据库筛选HNSCC组织与对照组织中差异表达的LncRNAs,并用Kaplan-Meier Plotter生存分析法对组织中不同lncRNA表达水平的HBSCC患者的生存率进行比较,挑选出有诊断潜力且未被报道的lncRNA作为候选lncRNA.利用star-Base在线网站构建候选lncRNAs的ceRNA网络,采用基因本体论(GO)京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析候选lncRNA的生物学功能.结果 共筛选出129个HNSCC组织与对照组织差异表达的LncRNAs,其中HOXA11-AS为有诊断潜力且未被报道的lncRNA.HOXA11-AS与4个差异表达miRNA和12个差异表达mRNA存在相互作用关系.HOXA11-AS参与的生物学功能主要有细胞对内源性刺激的反应、对信使核糖核酸蛋白复合物和细胞质翻译的负调控;涉及的信号通路主要有背腹轴形成和孕酮介导的卵母细胞成熟等与生殖相关的通路、脂肪代谢相关通路和癌症相关通路.结论 筛选出头颈鳞癌预后相关候选lncRNA(HOXA11-AS),并构建了以HOXA11-AS为中心的ceRNA调控网络.HOXA11-AS参与的生物学功能主要有细胞对内源性刺激的反应等,涉及的信号通路主要有生殖、脂肪代谢、癌症相关的通路.