临床表型

摘要： 目的从临床表型与中医体质分型角度研究易感体质及疾病变化规律,为实现个体化治疗提供新的思路。方法对221例慢性阻塞性肺疾病患者的中医体质分型特征进行分析,研究慢性阻塞性肺疾病的发病体质,分析性别、吸烟指数、并发症等因素对中医体质的影响。结果慢性阻塞性肺疾病表型与中医体质有显著相关性。慢支为主的频繁急性加重表型(D型)与阴虚质关系密切,肺气肿为主的频繁急性加重表型(C型)与痰湿质关系密切,非频繁急性加重表型(A型)与阳虚质关系密切,哮喘慢阻肺重叠表型(B型)与特禀质关系密切。结论慢性阻塞性肺疾病患者体质偏颇,以痰湿质、阴虚质、阳虚质为主。

摘要： 目的:通过对南京市江宁区两个汉族家族性扩张型心肌病(DCM)家系进行致病基因筛查,探讨家族性DCM的致病基因突变位点,并分析基因型与临床表型的关系。方法:对入选的2个患有家族性DCM的汉族家系的先证者及家系成员进行询问病史、家族史,并进行体格检查、常规心电图、超声心动图检查及3.0T心脏磁共振。同时为先证者及每个家系成员抽取5mL外周血,应用芯片捕获测序技术进行全基因组二代测序检测基因的突变情况,初步确定突变位点,对高通量测序中出现的疑似致病位点,均通过一代测序验证以最终确定突变位点。并对先证者及家系成员进行定期门诊和电话随访。另选取性别、年龄、种族与上述家系成员相匹配的健康人群120名作为对照。结果:其中一个家系(家系1)的先证者携带SCN5A-E6、TTN-E54、TTN-E43、TTN-E275两种基因的四种变异,3种预测软件预测这4种突变均为有害突变,而其弟弟、弟弟的儿子及孙女则均携带SCN5A-E6基因变异,且先证者及弟弟、弟弟的儿子均存在不同程度的心律失常;另一个家系(家系2)的先证者携带TTN-E288、DSP-E2两种基因的变异,3种预测软件预测这2种突变均为有害突变,而其父亲和儿子均携带TTN-E288基因的变异。两个家系的其余家系成员及120例健康对照人群均未检出上述基因变异位点。结论:两个家系中发现的基因突变位点目前国内外尚未有相关报道,其可能与我国汉族家族性DCM发病有关,且携带同一种致病基因的患者可能呈现相似的临床表型,携带多致病基因的患者临床症状较重,但其确切发病机制仍需进一步研究。

摘要： 随着高通量基因检测技术的研发,基因检测方法迅速发展使疾病的诊断更加便捷,其中全外显子组测序(WES)技术为疾病的基因诊断创造了前所未有的机会。慢性肝病是全球成人死亡和致残的主要原因之一[1],病因构成复杂且遗传决定因素未完全阐明。目前5%~10%的成人慢性肝病患者经常规临床检查仍不能明确病因,其相对常见病因包括自身免疫性肝病、药物性肝损伤、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和遗传代谢性肝病等[2]。不同的遗传因素导致了不明原因肝病广泛的疾病表型,从轻微的肝脏检查异常到急性肝衰竭。除了病理和影像两个传统工具,包括WES在内的基因检测技术日益受到关注,在肝病查因过程中发挥越来越重要的作用。因此,本文结合不明原因肝病的诊断思路,就WES应用于成人不明原因肝病诊断的思路作一分析。

摘要： 目的探讨儿童矮小症的遗传学病因。方法选取2017年1月—2020年10月因生长缓慢就诊的矮小症患儿为研究对象。行矮小相关基因的全外显子测序,对发现的可能的染色体片段拷贝数变异者进一步完善基因芯片检查,比较基因检测阳性与阴性组之间临床表型差异。结果共纳入186例矮小症患儿,中位年龄7.3(5.1~9.1)岁,男103例、女83例。共检测出69例阳性结果,阳性检出率37.1%。其中54例通过全外显子基因测序诊断,15例通过染色体微阵列分析诊断。二元logistic回归分析显示,特殊面容和骨骼发育异常是儿童矮小症基因检测结果阳性发生的预测因素(P均<0.05)。结论全外显子测序是检测儿童矮小症遗传病因的有效技术手段,伴有特殊面容和/或骨骼发育异常的患儿更可能检测到遗传病因。

摘要： 当前,生物医学领域的非结构化文本形式提供的数据量呈爆炸式增长。有效识别生物医学实体是提取非结构化文本中隐藏的生物医学知识并将其转化为结构化格式的前提。因此,生物命名实体识别(BioNER)任务具有重要的研究价值。其中,基于人类表型本体(HPO)的表型识别也非常重要。目前,中英文领域都开发出了针对生物医学文献和电子病历来对其中的临床表型术语进行标准化的方法。但是,这些方法大多基于源代码,不便于用户使用。文章希望把这些方法向临床医生或者科研工作者进行推广应用,从而推进中英文临床表型相关研究的发展。因此,文章开发出了一个Web系统,它可以通过网站对中英文电子病历中的临床表型进行标准化,并且可以基于用户的反馈交互来不斷扩充语料,以提升模型性能。

摘要： 目的探讨PAFAH1B1基因突变致光滑脑(LIS)的临床表型及与基因型的相关性。方法分析2例PAFAH1B1基因突变致LIS患儿的临床资料,并复习PAFAH1B1基因相关文献。结果 2例患儿均以癫痫发作入院,其中女性患儿为50d龄、男性患儿为6个月龄。血常规、肝肾功能电解质、甲状腺功能等实验室检查均无异常,脑电图检查均有癫痫波样改变,头颅MRI分别提示巨脑回畸形、无脑回-巨脑回畸形。基因检测发现,女性患儿的PAFAH1B1基因存在c.430C>T杂合突变(p.R144X),患儿父母未见该基因位点突变;男性患儿的PAFAH1B1基因存在loss1(EXON:2-11)/44 K缺失突变,其父母未见突变;2例突变位点均未见报道且均为致病性突变。结论 PAFAH1B1基因突变可以导致LIS,常伴有癫痫,头颅影像学表现为巨脑回畸形、无脑回-巨脑回畸形。本研究发现了 2个新的致LIS的PAFAH1B1基因的基因型突变,丰富了 LIS遗传学数据库。

摘要： 原发性纤毛运动障碍(primary ciliary dyskinesia,PCD)是一种以气道黏液纤毛清除功能障碍为主要表现的遗传性运动型纤毛病。PCD的患病率为1:10000~1:20000。在儿童中与呼吸道相关的主要表现有咳嗽、咳痰、慢性鼻炎、鼻窦炎和分泌性中耳炎,在成人中主要表现为慢性鼻窦炎、支气管扩张症和不孕不育。在某些基因突变的PCD患者中大约50%伴有内脏反位,先天性心脏病的发生率也较高。基因突变导致呼吸道与其他器官的运动型纤毛发生不同严重程度的结构或运动功能障碍,从而发展成一系列异质性的临床表现,对PCD的早期识别和诊断造成了一定的困难。综合使用不同的疾病筛查工具,理解基因型和表型的关联及相关机制有利于PCD患者的早期诊治。

摘要： 目的探讨中国Menkes病患儿的临床表型及基因型。方法回顾性分析Menkes病一家系,并复习国内文献报道的40例Menkes病患儿的临床表型和基因型。结果 Menkes病临床表型:男性100%,运动发育落后100%,头发异常表型(稀疏,卷曲)100%,皮肤白皙和惊厥发作92.7%(38/41),平均惊厥发生年龄(3.25±1.43)个月,平均死亡年龄(15.0±12.1)个月。血清铜或铜蓝蛋白降低100%。基因型:ATP7A突变类型包括大片段缺失、错义突变、无义突变、剪切位点突变。结论中国Menkes病临床表型具有明显的特征性,临床一致性高,基因型为多种突变类型,推荐全外显子的二代高通量测序加多重连接探针扩增技术为基因检测方法。

摘要： 新近研究表明,中国每年新发肿瘤患者约457万例,其中家族遗传性肿瘤约5%~10%。家族遗传性肿瘤具有发病早、多原发病灶、家族聚集等特点,其发病机制、临床表型、诊疗策略及家系管理不同于散发性肿瘤。目前,国内尚缺乏关于家族遗传性肿瘤临床诊疗的共识及指南。基于此,中国抗癌协会家族遗传性肿瘤专业委员会组织国内临床一线专家共同制定了《中国家族遗传性肿瘤临床诊疗专家共识》,主要涵盖家族遗传性乳腺癌、卵巢癌、胃癌、结直肠癌、甲状腺癌、肾癌和前列腺癌7个部分,连载刊出。

摘要： 目的旨在探讨儿童IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)肾脏病理Lee氏分级与其临床特征的可能关系。方法回顾性分析了广州市妇女儿童医疗中心肾内科2017年7月至2020年12月收治的66例IgAN患儿的临床及肾脏病理Lee氏分级数据。统计学方法采用单因素方差分析、Kruskal-Wallis H检验、Spearman秩相关分析。结果本研究纳入的66例IgAN患儿中,男44例(66.7%),女22例(33.3%),男女比例2∶1,年龄(7.7±2.6)岁。66例IgAN患儿临床表现以血尿合并蛋白尿为主(49例),其次为孤立性血尿(16例),孤立性蛋白尿(1例);10例(15.2%)IgAN患儿有肾脏病家族史。肾脏病理以Lee氏Ⅲ级最常见,共39例(59.1%),其次为Ⅱ级17例(25.7%),Ⅳ级5例(7.6%),Ⅰ级3例(4.5%),Ⅴ级2例(3.0%)。不同Lee氏分级的患儿24 h尿蛋白定量(24 h-UP)、尿蛋白比尿肌酐、血清胱抑素C、肾小球滤过率(GFR)差异均有统计学意义(均P<0.05)。Spearman相关性分析显示,Lee氏分级与患儿的24 h-UP、尿蛋白比尿肌酐、血肌酐、尿素氮(BUN)、血清胱抑素C值间呈正相关(均P<0.05),与GFR呈负相关(P<0.05)。结论血尿合并蛋白尿是本次研究儿童IgAN最普遍的临床特征,Lee氏分级以Ⅲ级为主,患儿蛋白尿水平、肾功能指标与Lee氏分级间存在显著相关性。

摘要： 哮喘是一种慢性炎症性疾病,尽管大多数患者可以通过现有的药物治疗达到良好控制,但仍有5％～10％的患者即便使用全球哮喘防治创议(Global Initiative for Asthma,GINA)所建议的第4级或第5级药物治疗,才能维持控制或仍未控制(即重症哮喘).这一小部分患者却使用了超过50％哮喘相关医疗费用;相比一般患者,其哮喘相关死亡风险也显著增加.对于重症哮喘的治疗是目前的难点与热点问题.它存在着极高的异质性,不同患者临床特征及药物治疗反应性存在差异,区别不同的哮喘临床表型,通过作用于疾病生物标志物相关治疗靶点,施行个性化治疗获益.本文就重症哮喘表型研究及治疗策略进行详细阐述,与同道共享.

摘要： Alport综合征是一种遗传异质性肾脏疾病,有不同的遗传方式(X连锁遗传、常染色体遗传和双基因遗传),不同遗传方式的Alport综合征患者有不同的临床表型.双基因遗传Alport综合征是指由COL4A3、COL4A4、COL4A5三个基因中的两个基因存在突变导致的Alport综合征.本研究旨在分析双基因遗传Alport综合征患者的临床表型,以增加临床对Alport综合征的认识.

摘要： 了解谷氨酸脱氢酶突变型先天性高胰岛素血症(GDH-HI)的临床表型及基因型特点.回顾性分析2010年8月至2017年8月24例在基因检测基础上用酶学验证基础上确诊谷氨酸脱氢酶基因突变的先天性高胰岛素血症患者的临床及分子遗传学资料.

摘要： Aarskog综合征(Aarskog syndrome或Aarskog-Scott syndrome,AAS;OMIM：305400),又名面-指-生殖器综合征,或面部生殖器发育不全,是FGD1基因突变导致的一种X连锁隐性罕见遗传病,其发病率约1/1000000.国内目前仅有3例相关报道.临床典型特点是身材矮小,器官距离过远,披肩阴囊和短指畸形等.本文对临床以矮小就诊的兄弟进行全外显子基因组检测及临床表型关联分析,确诊兄弟共患Aarskog综合征.

摘要： 慢性阻塞性肺疾病(以下简称慢阻肺)是最常见的慢性气道疾病,目前中国有约1亿慢阻肺患者,40岁以上人群的患病率高达13.7％[1].慢阻肺的表型研究因而成为热点.目前基于嗜酸粒细胞等生物标志物的慢阻肺表型研究已得到越来越多的关注,并逐渐成为指导慢阻肺治疗的重要指标.1879年,临床上观察到哮喘患者嗜酸粒细胞增高的现象.直至一个多世纪后,嗜酸粒细胞与支气管哮喘(以下简称哮喘)发病之间的关系才被明确阐述[2-3].骨髓嗜酸粒细胞祖细胞在哮喘发病过程中的重要作用的发现,为哮喘靶向治疗开启了全新的篇章[4-5].

摘要： 慢性阻塞性肺疾病(以下简称慢阻肺)是最常见的慢性气道疾病,目前中国有约1亿慢阻肺患者,40岁以上人群的患病率高达13.7％[1].慢阻肺的表型研究因而成为热点.目前基于嗜酸粒细胞等生物标志物的慢阻肺表型研究已得到越来越多的关注,并逐渐成为指导慢阻肺治疗的重要指标.1879年,临床上观察到哮喘患者嗜酸粒细胞增高的现象.直至一个多世纪后,嗜酸粒细胞与支气管哮喘(以下简称哮喘)发病之间的关系才被明确阐述[2-3].骨髓嗜酸粒细胞祖细胞在哮喘发病过程中的重要作用的发现,为哮喘靶向治疗开启了全新的篇章[4-5].

摘要： 慢性阻塞性肺疾病(以下简称慢阻肺)是最常见的慢性气道疾病,目前中国有约1亿慢阻肺患者,40岁以上人群的患病率高达13.7％[1].慢阻肺的表型研究因而成为热点.目前基于嗜酸粒细胞等生物标志物的慢阻肺表型研究已得到越来越多的关注,并逐渐成为指导慢阻肺治疗的重要指标.1879年,临床上观察到哮喘患者嗜酸粒细胞增高的现象.直至一个多世纪后,嗜酸粒细胞与支气管哮喘(以下简称哮喘)发病之间的关系才被明确阐述[2-3].骨髓嗜酸粒细胞祖细胞在哮喘发病过程中的重要作用的发现,为哮喘靶向治疗开启了全新的篇章[4-5].

摘要： 慢性阻塞性肺疾病(以下简称慢阻肺)是最常见的慢性气道疾病,目前中国有约1亿慢阻肺患者,40岁以上人群的患病率高达13.7％[1].慢阻肺的表型研究因而成为热点.目前基于嗜酸粒细胞等生物标志物的慢阻肺表型研究已得到越来越多的关注,并逐渐成为指导慢阻肺治疗的重要指标.1879年,临床上观察到哮喘患者嗜酸粒细胞增高的现象.直至一个多世纪后,嗜酸粒细胞与支气管哮喘(以下简称哮喘)发病之间的关系才被明确阐述[2-3].骨髓嗜酸粒细胞祖细胞在哮喘发病过程中的重要作用的发现,为哮喘靶向治疗开启了全新的篇章[4-5].

摘要： 全球哮喘防治创议(global initiative for asthma,GINA)将支气管哮喘(以下简称哮喘)定义为一种慢性呼吸道炎症疾病,以多变且反复发作的临床症状、气流受限、气道高反应性及潜在的气道炎症反应为特征[1].哮喘发病机制复杂多样,临床表现各不相同,治疗效果及预后因人而异,表现出明显的异质性[2].2009年GINA第一次提出“表型”这一概念,并提出基于表型的分类将有助于哮喘的治疗及疾病预后的判断[3].

摘要： 全球哮喘防治创议(global initiative for asthma,GINA)将支气管哮喘(以下简称哮喘)定义为一种慢性呼吸道炎症疾病,以多变且反复发作的临床症状、气流受限、气道高反应性及潜在的气道炎症反应为特征[1].哮喘发病机制复杂多样,临床表现各不相同,治疗效果及预后因人而异,表现出明显的异质性[2].2009年GINA第一次提出“表型”这一概念,并提出基于表型的分类将有助于哮喘的治疗及疾病预后的判断[3].

摘要： 本公开涉及一种用于确定临床描述信息的表型信息的方法、计算设备和存储介质。该方法包括：获取临床描述信息；将临床描述信息中的每一句话分割成字或标点，以便转换成对应的输入标识；经由第一神经网络模型的第一网络层，将输入标识转换为第一特征向量，第一神经网络模型包括由第一语言模型所构建的第一网络层、由第二语言模型所构建的第二网络层、以及第三网络层；经由第二网络层，生成第二特征向量，第二特征向量用于指示临床描述信息中的每一句话中每一个字与周围字组成的短语是否属于预定关键词集合；经由第三网络层，确定临床描述信息的表型关键词。本公开能够实现自动、快速、准确地确定临床描述信息的表型信息。

摘要： 用于识别低风险地具有尿路上皮癌(UC)的血尿患者的新方法，该方法包括将挑选的表型变量与基因型表达水平组合到新的指标，即“G+P指数”中。G+P指数将年龄、性别、吸烟史、血尿的存在和血尿的频率与遗传标志物，MDK、CDC2、HOXA13、IGFBP5和可选的IL8Rb的基因型表达相结合，然后确定由患者所获得的G+P指数值是在以下三组中的一组内：(1)UC高风险，(2)UC风险，或(3)UC低风险。

摘要： 本公开涉及一种用于确定临床描述信息的表型信息的方法、计算设备和存储介质。该方法包括：获取临床描述信息；将临床描述信息中的每一句话分割成字或标点，以便转换成对应的输入标识；经由第一神经网络模型的第一网络层，将输入标识转换为第一特征向量，第一神经网络模型包括由第一语言模型所构建的第一网络层、由第二语言模型所构建的第二网络层、以及第三网络层；经由第二网络层，生成第二特征向量，第二特征向量用于指示临床描述信息中的每一句话中每一个字与周围字组成的短语是否属于预定关键词集合；经由第三网络层，确定临床描述信息的表型关键词。本公开能够实现自动、快速、准确地确定临床描述信息的表型信息。

摘要： 本发明提出了一种基于临床表型和逻辑回归分析的食管鳞癌风险预测方法，用以实现对食管鳞癌患者的预后生存风险评估。其步骤为：首先，根据食管鳞癌患者的临床检测数据筛选出特征指标，并根据特征指标构建决策树分类器；其次，利用决策树分类器将食管鳞癌患者分为早期和中晚期食管鳞癌患者；然后，获取食管鳞癌患者术前一周的血液指标信息，筛选出与食管鳞癌患者生存风险相关性高的血液指标并构建逻辑回归模型；再将分类后的食管鳞癌患者的血液指标输入逻辑回归模型中，得到食管鳞癌患者的预后生存风险概率值；进而判断预后生存风险的高低。本发明较为准确地判断食管鳞癌患者术后的生存状态，提高风险预测的性能，降低风险预测的成本。

摘要： 本发明公开了一种基于病例临床表型关联度的中药组方推荐方法及系统。其中涉及的方法包括：S1.获取与目标患者相对应的病例信息；S2.根据年龄、性别、中医诊断结果从预设数据库中查找与目标患者性别相同且处于同一年龄段的多个同质化病例；S3.计算目标患者的症状信息与每一个同质化病例症状信息之间的病例临床表型关联度，得到多个病例临床表型关联度；S4.根据多个病例临床表型关联度，从多个同质化病例中筛选相似度大于预设阈值的多个同质化病例作为参考病例；S5.从多个参考病例中选择一个参考病例作为目标参考病例，获取目标参考病例对应中医诊断结果的中药组方；S6.根据目标患者的症状信息对目标参考病例的中药组方进行校准，得到目标患者的中药处方。

摘要： 本发明提出了一种基于临床表型和LASSO的食管鳞癌预后指数模型构建方法，其步骤为：首先，采集食管癌患者的M种临床表型指标信息和生存期信息，作为原始数据集；然后，利用Kaplan‑Meier法及log‑rank法研究获得食管癌患者临床表型指标与生存期信息的关系；再利用单因素COX回归与多因素COX回归分析影响患者生存预后的临床表型指标；然后，通过LASSO回归方法分析筛选与患者生存相关度更高的指标并构建患者预后生存评价模型预后指数，通过患者的临床表型指标求取患者的预后指数，进而判断患者预后生存风险的高低。本发明较为准确地预测食管鳞癌患者术后的生存状况，提高预后风险预测的能力，降低预后风险预测的成本。

摘要： 本发明提供一种基于中文临床表型细粒度命名实体识别方法及系统，属于临床病历信息处理技术领域，通过自然语言预训练模型BERT进行临床文本的字符级嵌入特征抽取；利用双向长短词记忆模型BiLSTM对字符级嵌入特征和临床文本的序列特征进行整合并进行特征编码，得到标签；利用条件随机场CRF进行标签的解码预测，得到命名实体识别结果。本发明建立了用于细粒度命名实体实验的临床细粒度表型实体标准数据集，其区分了阴性症状和阳性症状，为临床分析提供更为精确的结构化数据。

摘要： 本发明提出了一种基于临床表型和逻辑回归分析的食管鳞癌风险预测方法，用以实现对食管鳞癌患者的预后生存风险评估。其步骤为：首先，根据食管鳞癌患者的临床检测数据筛选出特征指标，并根据特征指标构建决策树分类器；其次，利用决策树分类器将食管鳞癌患者分为早期和中晚期食管鳞癌患者；然后，获取食管鳞癌患者术前一周的血液指标信息，筛选出与食管鳞癌患者生存风险相关性高的血液指标并构建逻辑回归模型；再将分类后的食管鳞癌患者的血液指标输入逻辑回归模型中，得到食管鳞癌患者的预后生存风险概率值；进而判断预后生存风险的高低。本发明较为准确地判断食管鳞癌患者术后的生存状态，提高风险预测的性能，降低风险预测的成本。

摘要： 本发明提出了一种基于临床表型和LASSO的食管鳞癌预后指数模型构建方法，其步骤为：首先，采集食管癌患者的M种临床表型指标信息和生存期信息，作为原始数据集；然后，利用Kaplan‑Meier法及log‑rank法研究获得食管癌患者临床表型指标与生存期信息的关系；再利用单因素COX回归与多因素COX回归分析影响患者生存预后的临床表型指标；然后，通过LASSO回归方法分析筛选与患者生存相关度更高的指标并构建患者预后生存评价模型预后指数，通过患者的临床表型指标求取患者的预后指数，进而判断患者预后生存风险的高低。本发明较为准确地预测食管鳞癌患者术后的生存状况，提高预后风险预测的能力，降低预后风险预测的成本。

摘要： 本发明提出一种用于不孕不育症临床表型信息的自然语言处理方法及系统，通过自然语言预处理、标点符号拆分、字段拆分法将中文临床表型原始字符串转换为中文和英文临床表型初始字符串、独立字符串和拆分字符串；基于预先建立的中文和英文本体词典，对临床表型初始字符串、独立字符串和拆分字符串进行精确匹配和模糊匹配，经过加权法则，最终输出与中文和英文本体词典匹配的一个或者多个本体。其中，模糊匹配旨在通过语义近似度来计算。本发明同时还提供了自然语言处理系统及介质，包括读取、转换、拆分、匹配和输出模块。本发明解决了中文临床表型信息和本体词典快速匹配的难题，为不孕不育症等疾病的全外显子测序分析带来了便利。