SRAP-PCR

摘要： 【目的】筛选高丹草SRAP-PCR反应的最佳体系。【方法】采用单因素和正交试验设计相结合的方法,对影响高丹草SRAP-PCR反应体系的5个因素(dNTP、DNA、引物、Taq DNA聚合酶、Mg^(2+))进行优化;并对高丹草SRAP-PCR优化体系进行验证。【结果】高丹草SRAP-PCR的最佳反应体系为:dNTP浓度275μmol/L、模板DNA浓度3.0 ng/μL、引物浓度1.1μmol/L、Taq DNA聚合酶用量1.00 U、Mg^(2+)浓度2.25 mmol/L,用ddH_(2)O补足至20μL。【结论】筛选出的SRAP-PCR最佳体系扩增条带数目多、多态性丰富、重复性好。

摘要： 以16份油莎豆种质资源为材料,用改良的CTAB法提取基因组DNA,利用单因素试验和正交试验研究引物浓度、混合酶体积和DNA模板含量3个因素对油莎豆SRAP-PCR扩增结果的影响,以优化其SRAP-PCR体系,并对供试油莎豆种质材料的遗传多样性进行分析。结果表明,混合酶体积对SRAP-PCR反应体系影响最大,引物浓度影响最小;油莎豆SRAP-PCR总体系为15μL时,引物浓度为0.5μmol/L、混合酶体积为10.5μmol/L、DNA模板含量为80 ng的扩增效果最佳。利用最佳扩增体系,从102对引物组合中筛选出30对多态性引物,共扩增出289个多态性位点,平均多态性比率为92.82%。进一步对16份油莎豆种质的遗传多样性进行分析,结果显示其遗传一致度范围为0.60~0.93,遗传距离范围为0.07~0.40,表明供试油莎豆种质资源的遗传背景差异较小;UPGMA聚类结果表明,油莎豆种质资源亲缘关系受油莎豆品种特性和地域的影响。本研究结果可为油莎豆种质资源的多样性评价及鉴定提供方法和技术,并为其遗传育种提供依据。

摘要： [目的]构建适合春兰SRAP-PCR反应的最佳体系.[方法]对影响PCR反应的5个变量(dNTPs浓度、Mg2+浓度、引物浓度、Taq酶量、模板DNA用量)采用L16(45)正交试验设计,建立春兰SRAP-PCR最适反应体系.[结果]最佳优化体系为0.25 mmol/L dNTPs、2.50 mmol/L Mg2+、0.80 μmoL/L引物、1.00U Taq酶、200.00 ng模板DNA,共20μL.扩增程序:94°C预变性4min,反应前5个循环在94°C变性1 min、35°C复性1min、72°C延伸1min的条件下运行,随后的30个循环复性温度提高至50°C,最后72°C延伸10 min.[结论]该体系有利于SRAP分子标记在春兰材料上的应用,为春兰分子遗传育种奠定了基础.

摘要： 以龙爪槐(Sophora japonica f.pendula Hort.)叶片为材料,采用L16 (45)正交设计试验,对SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA用量5个因素进行优化,并确立适用于龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系.结果表明,龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系为反应总体积12.5 μL,Taq酶0.10U、Mg2+3.0 nmoL/L、dNTPs 2.5 nmol/L、正反向引物均为1.2 nmoL/L、DNA 100 ng,其余体积用ddH20补足.各因素水平变化对反应体系的影响影响大小依次为引物、模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶.用35个龙爪槐样品对优化体系进行验证,均得到条带清晰、多态性丰富的图谱,证实了该体系的稳定性.

摘要： Machilus pauhoi is a tree specie with variety of economic value and development prospects. This study aimed to establish an optimized SRAP-PCR system for M. pauhoi, and the young leaves of the 1.5 years old seedlings were used as test materials. Six quality factors including the template DNA, primer concentration, dNTP concentration, Mg2+concentration, Taq DNA polymerase, and annealing temperature were optimized for M. pauhoi SRAP-PCR assay. The obtained results suggested a optimized reaction system of SRAP-PCR (total 25 μL) involving 2.5 μL 10×PCR buffer, 60 ng DNA, 2.0 mmol/ L Mg2+, 0.225 mmol/L dNTP, 0.3 μmol/L primer, 1.25 U Taq DNA polymerase. The verification results showed that the optimized SRAP-PCR reaction system and amplification program were stable and feasible.%以刨花润楠(Machilus pauhoi)1.5 a生小苗幼嫩叶片为试材,对影响刨花润楠SRAP-PCR扩增的模板DNA量、引物、dNTP和Mg2+体积摩尔浓度、Taq DNA聚合酶、退火温度6个主要因素进行优化.结果表明,SRAP-PCR的最佳反应体系为:25μL的SRAP-PCR反应体系中,2.5μL 10×PCR buffer、模板DNA量60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、引物0.3μmol/L和Taq DNA聚合酶1.25 U.对优化的反应体系和扩增程序的验证结果表明,优化的刨花润楠SRAP-PCR反应体系和扩增程序是稳定可行的.

摘要： 通过正交试验设计,比较苦荞序列相关多态性-聚合酶链式反应(Sequence related amplified polymorphism-polymerase chain reaction,SRAP-PCR)扩增反应体系的组合,选出最佳扩增体系用于苦荞SRAP分子标记进行遗传多样性分析.其中最佳SRAP-PCR反应扩增体系为Taq DNA聚合酶2U、Mg2+ 1.5 mmol/L、DNA模板75 ng、引物0.5μmol/L.从238对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,并对15个苦荞品种进行遗传多样性分析.结果表明:20对引物组合共扩增出128个位点,其多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)值在0.66～0.95,每对引物组合扩增位点为7～13个,多态性比率平均值为81.6％,其中多态性信息量值为0.95的引物组合为me7em11、me9em4和me12em8.基于UPGMA法聚类(GS=0.78)可将15个苦荞品种划分为3大类,但这3类划分的品种没有明显的地域分布特征.

摘要： Objective]The purpose of this study is to establish the SRAP-PCR reaction system for Canavalia ensiformis.[Method]An optimization experiment with single factor design was conducted , comprising five factors of Taq DNA polymerase, Mg2+, primer, dNTPs and DNA template, each with eight concentration levels ,aiming to screen their suitable concentration range .After that, uniform design U16 (45 ) and U12 (35 ) were operated in order to improve the accuracy .[Result and conclusion]The re-sults showed that the optimum SRAP-PCR system was established , including Mg 2+1.75 mmol/L, dNTPs 200μmol/L,primers 0.36μmol/L, Taq DNA polymerase 0.06 U/μL and DNA template 40 ng in the 25μL reaction system .The reaction system is steady and dependable , which can be applied to the analysis of Canavalia ensiformis by SRAP.%目的建立和优化剑豆Canavalia ensiformis的SRAP-PCR体系，为分析剑豆遗传多样性和建立遗传图谱打下基础．方法首先用单因素试验法对SRAP-PCR反应体系的5个主要影响因素（ Mg2＋、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA）各设8个浓度梯度进行试验，找到5个因素的适宜浓度范围，再采用均匀设计法进行5因素4水平和5因素3水平的2轮优化．结果和结论建立了剑豆SRAP-PCR最佳反应体系（25μL）： Mg2＋1.75 mmol／L， dNTPs 200μmol／L，引物0.36μmol／L，Taq DNA聚合酶0.06 U／μL，模板DNA 40 ng．所建立的体系稳定可靠，适用于剑豆后续的SRAP分析．

摘要： 通过不同处理的枫香树叶片及基因组DNA提取方法的对比,并采用L16(4 5)正交试验设计,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg2,dNTPs,引物浓度及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行优化,确立枫香树SRAP-PCR最佳反应体系.结果表明,改良CTAB法提取枫香树基因组DNA的产率和纯度均可满足下游试验需要.SRAP-PCR最优反应体系为:总体积20 μL,合1×PCR Buffer,1.5 mmol·L-1 Mg2+,0.16mmol·L-1 dNTPs,0.5 μmol· L-1引物,0.9 UTaqDNA聚合酶和40 ng模板DNA.各因素对反应结果的影响大小顺序为Taq DNA聚合酶量＞dNTPs浓度＞Mg2+浓度＞模板DNA用量＞引物浓度.运用优化的SRAP-PCR反应体系对10个不同居群的枫香树基因组DNA扩增检测,结果均能获得稳定性高、多态性丰富和重复性好的条带图谱.

摘要： [目的]应用SRAP技术对苦楝Melia azedarach遗传多样性、种质资源鉴定等开展研究,对苦楝SRAP-PCR体系中的模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物和Taq DNA聚合酶5个组分浓度进行优化,建立适合苦楝的SRAP-PCR反应体系.[方法]采用单因素试验对反应体系中的5个因素分别设置8个浓度梯度水平,确定浓度范围后进行L16(45)正交试验设计,并对结果进行打分,确定优化体系.[结果和结论]SRAP对苦楝DNA浓度的要求不高,有一个较宽的浓度适宜范围;dNTPs在0.1～0.2 mmol·L-1范围内,能扩增出条带基本相同的清晰谱带;Mg2+为2.0mmol·L-左右时扩增条带较清晰且数量多;引物介于0.48～0.64 μmol·L-均能扩增出带型基本保持一致且清晰的谱带;Taq DNA聚合酶在0.50～2.00 U范围内可以得到清晰的带型.根据正交试验设计16个处理的得分,确定优化的反应体系为:模板DNA 30 ng、dNTPs 0.125 mmol·L-1、Mg2+ 2.25 mmol·L-1、引物0.48 μmol·L-1、Taq DNA聚合酶0.75 U,反应总体积25 μL.

摘要： SRAP标记是一种对ORFs进行扩增的新的分子标记技术,其简便、稳定,中等产率,不需预知物种的序列信息。近年来在连锁标记的寻找与基因定位,种质鉴定,生物多样性研究,遗传图谱构建及比较基因组学等研究领域得到了应用。本文以3个梨品种为试验材料,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg、dNTp、引物浓度、Taq酶等因子设置梯度实验,筛选和建立可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳反应条件。结果表明:在20μL反应体系中,MgCl2.0mmol/L,dNTP 200μmol/L,止、反向引物各0.2μmol/L,DNA聚合酶lU。

摘要： SRAP标记是一种对ORFs进行扩增的新的分子标记技术,其简便、稳定,中等产率,不需预知物种的序列信息。近年来在连锁标记的寻找与基因定位,种质鉴定,生物多样性研究,遗传图谱构建及比较基因组学等研究领域得到了应用。本文以3个梨品种为试验材料,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg、dNTp、引物浓度、Taq酶等因子设置梯度实验,筛选和建立可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳反应条件。结果表明:在20μL反应体系中,MgCl2.0mmol/L,dNTP 200μmol/L,止、反向引物各0.2μmol/L,DNA聚合酶lU。

摘要： SRAP标记是一种对ORFs进行扩增的新的分子标记技术,其简便、稳定,中等产率,不需预知物种的序列信息。近年来在连锁标记的寻找与基因定位,种质鉴定,生物多样性研究,遗传图谱构建及比较基因组学等研究领域得到了应用。本文以3个梨品种为试验材料,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg、dNTp、引物浓度、Taq酶等因子设置梯度实验,筛选和建立可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳反应条件。结果表明:在20μL反应体系中,MgCl2.0mmol/L,dNTP 200μmol/L,止、反向引物各0.2μmol/L,DNA聚合酶lU。