RNA测序

摘要： 用雷公藤红素处理成纤维样滑膜细胞,通过RNA测序、定量蛋白质组学、分子对接、qPCR和Western blot检测和验证,筛选到差异基因和蛋白质,获得7803个基因和3372个蛋白质,雷公藤红素作用机制与氧化应激和氧气水平高低相关,也涉及细胞组分和细胞外基质蛋白的稳定和合成通路。结果显示,雷公藤红素可通过这些机制来抑制类风湿关节炎的发病。

摘要： 下一代测序Next-generation sequencing (NGS)技术是目前人类和动物基因组学研究领域最热门的话题,随着高通量测序机器的不断发展和现代生物信息学工具的迅猛进步,下一代测序在对于DNA和RNA的检测方面有了突出的进展。自2005年以来,NGS技术与DNA测序、RNA测序相结合,应用于全基因组基因分型、全基因组结构变异、基因组的从头组装和重新组装、突变检测和载体筛选、遗传性疾病和复杂人类疾病的检测。本文旨在研究学习下一代测序的技术原理,以便于更加灵活地使用这项技术。

摘要： 苦茶是我国特异的茶树资源,主要分布于西南地区,富含苦茶碱(1,3,7,9-四甲基尿酸)。苦茶碱具有镇静、催眠和抗抑郁等多种生理活性,其合成关键基因(苦茶碱合成酶基因)已经得到克隆和研究,但是苦茶碱代谢调控机制的研究鲜有报道。为了挖掘与苦茶碱代谢调控相关的转录因子,本研究以高苦茶碱(GKC)、低苦茶碱(LKC)茶树品种以及常规茶树品种(YK10)为研究对象,通过HPLC和RNA-seq分别就样品的嘌呤生物碱含量和基因表达情况进行分析,并通过荧光定量PCR验证了转录组数据的可靠性。结果表明,GKC和LKC的苦茶碱含量分别为21.82 mg·g^(-1)和14.70 mg·g^(-1),而YK10中检测不到苦茶碱,另外,GKC和LKC的咖啡碱含量均低于15.00 mg·g^(-1);通过RNA-seq方法,获得了3 948个GKC vs YK10和LKC vs YK10共同的且表达趋势一致的差异基因,这些差异基因是分属29个家族的96个转录因子,通过分析最终确定30个候选转录因子,尤其是属于NAC和HD-ZIP转录因子家族的CSS0012182、CSS0013789、CSS0041233、novel.16084和CSS0014547等转录因子可能是参与苦茶碱代谢调控的关键基因。

摘要： 目的筛选慢性间歇低氧暴露和急性低氧暴露对大鼠胫骨前肌差异表达基因及其相关通路分析。方法SD大鼠24只,分为常氧对照组(C组)、慢性间歇低氧组(IH组,氧浓度为12.4%,每天8 h,共4周)和急性低氧组(AH组,氧浓度为12.4%,每天24 h,共3 d)。干预后,测试抓力和瘦体重,取胫骨前肌(TA)进行HE染色后,再统计肌纤维横截面积(FCSA),Western Blot法测试Atrogin-1和MuRF1的蛋白相对含量,并提取大鼠TA总RNA进行测序,筛选其差异基因,并分析相关的生物过程(BP)和通路(pathway)。结果(1)干预期间各时间点IH组体重低于C组,AH组体重持续下降;干预后,AH组瘦体重和相对抓力显著低于C组(P<0.05)。(2)IH组和AH组肌纤维形态出现损伤,且IH组更加明显,而各组TA的FCSA无显著差异。(3)IH组TA中Atrogin-1和MuRF1含量显著均高于C组,AH组中MuRF1含量显著高于C组(P<0.05)。(4)筛选差异基因发现,在AH/C组上调而在IH/C组下调的差异基因为慢肌结构相关基因。GO和KEGG分析可知,IH/C组差异基因主要富集于PPAR通路;上调差异基因功能富集在抗氧化和糖脂代谢过程,下调基因富集在快慢肌之间转化和氧化应激过程;AH/C组上调差异基因功能主要富集于氧化应激、炎症反应和快肌和慢肌之间的转化,下调基因富集于smad蛋白信号转导和泛素蛋白连接酶结合等过程。结论慢性间歇低氧和急性低氧影响大鼠胫骨前肌差异表达分别富集于影响糖脂代谢水平和促进氧化应激及炎症反应上,说明不同低氧模式可通过不同转录途径而影响骨骼肌的代谢。

摘要： 目的:通过RNA测序分析比较亲本PC-9细胞和厄洛替尼获得性耐药PC-9细胞(PC-9/ER)表达谱的差异,揭示非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)耐药的潜在机制。方法:采用间歇诱导方法,建立PC-9/ER耐药细胞株,通过MTT实验绘制厄洛替尼药物浓度-细胞存活率曲线。通过RNA测序分析PC-9/ER细胞的差异表达基因并进行GO和KEGG功能富集分析;通过qRT-PCR进一步筛选可能参与EGFR-TKI耐药的潜在基因或可能的靶点。结果:厄洛替尼对PC-9/ER细胞增殖的抑制率显著低于PC-9细胞的抑制率,PC-9/ER细胞的耐药指数为41.92。与PC-9细胞相比,RNA测序PC-9/ER细胞筛选出1028个差异表达基因,其中720个基因表达上调,308个基因表达下调,而且差异表达基因显著富集在PI3K-AKT通路和癌症通路。qRT-PCR验证差异表达基因的转录水平与测序结果基本一致。结论:ST6GALNAC3、CYP1A1、PAPPA2、INHBE和ACSS3等基因可能参与EGFR-TKI的耐药过程,针对PC-9/ER细胞差异表达基因的后续实验可能为将来改善NSCLC的靶向治疗进一步提供实验和理论依据。

摘要： 目的GO富集分析联合KEGG通路分析筛选肺癌合并肺栓塞患者中参与肺栓塞形成的甲基化驱动基因。方法以2019年1月—2019年12月新疆医科大学附属肿瘤医院呼吸内科收治的肺腺癌合并肺栓塞患者、肺腺癌患者各4例为研究对象,提取外周血总RNA及DNA,利用Illumina RNA高通量测序技术及Illumina 850K芯片甲基化检测平台测定转录组测序数据及DNA甲基化数据,通过差异表达基因及差异甲基化基因相关性分析筛选甲基化驱动基因,并通过KOBAS注释系统进行GO功能和KEGG通路分析。结果肺癌合并肺栓组相对于肺癌组中筛选得到14个甲基化驱动基因为CD177、RNASE1、GMPR、NTN4、HIST1H2BM、SMIM5、MARCH2、CMBL、LGALS3、NME4、KIR2DL1、RNASE1 ANKRD9、SPTB,对应基因的差异表达log2FC值分别为2.594、3.666、1.946、-2.748、1.859、1.512、1.352、2.327、2.027、1.076、2.438、3.666、2.106、2.198。这些甲基化驱动基因通过自然杀伤细胞抑制、免疫突触形成、层粘连蛋白结合、细胞外基质结合等分子功能及核苷酸代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、移植物抗宿主病抗原处理和提呈、轴突引导等通路参与肺癌相关肺栓的发生。结论显著下调的NTN4和显著上调的RNASE1或参与肺癌患者肺栓塞的发生。

摘要： 目的:基于RNA测序数据的分析,寻找A亚型呼吸道合胞病毒(RSV)毛细支气管炎有关的关键基因(Hub基因)和通路,为RSV毛细支气管炎的干预和治疗提供依据。方法:招募23例RSV毛细支气管炎住院患儿为病例组,以10例健康儿童为对照组。收集外周血白细胞并提取RNA用于高通量测序。利用三种R软件包(DESeq2、edgeR、limma)获取病例组和对照组之间的差异表达基因(DEGs)。利用R包clusterProfiler和Metascape在线工具对所有的DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用STRING数据库进行DEGs的蛋白互作分析,利用Cytoscape软件筛选Hub基因。结果:共筛选出286个DEGs,包括166个表达上调的基因和120个表达下调的基因。GO功能富集分析发现DEGs主要参与过氧化氢代谢过程、细胞对生物刺激的应激反应、维生素D受体信号通路等生物学过程。KEGG通路分析显示DEGs主要涉及免疫系统中的细胞因子信号、适应性免疫系统、中性粒细胞脱颗粒等信号通路。从蛋白互作网络中筛选出4个核心模块,主要与RAF/MAP激酶级联反应、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体互作等通路有关。最后筛选出RRM2、BUB1B、BUB1、MCM10、CDC45、MKI67、ASPM、NCAPG、NUSAP1、ESPL1、CDT1共11个与A亚型RSV毛细支气管炎相关的Hub基因。结论:本研究鉴定出的免疫相关通路和Hub基因可能与RSV毛细支气管炎发病有关,其具体机制值得进一步研究。

摘要： 目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科收治的CRC患者的肿瘤组织及匹配的癌周正常黏膜组织,运用Illumina HiSeq 4000测序平台对符合质量标准的53对组织样本进行深度RNA测序,测序方案为双末端测序(pair-end 150 bp,PE150)。对原始测序数据进行质量控制和基因组注释,并利用TRUST4算法从RNA测序结果中提取肿瘤组织及癌周正常黏膜组织的TCR组库信息。同时对该53对样本16S rDNA的特定序列进行高通量测序分析,通过对测序数据进行质量控制及聚类,获得操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)信息,并基于rdp_16s_v16.fa分类学数据库对OTU进行分类学注释以获取细菌的丰度信息,尤其是Fn的丰度信息。利用immunarch R包分析肿瘤组织及癌周正常黏膜组织TCR组库克隆型和多样性的特点。TCR组库多样性采用Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值曲线等指标评价。根据患者性别、年龄、肿瘤位置、TNM分期等临床特征和Fn丰度因素进行分组,使用Wilcoxon检验比较不同临床特征以及Fn丰度下TCR组库多样性的差异。结果·CRC患者肿瘤组织TCR克隆型的数目低于癌周正常黏膜组织(P=0.000),肿瘤组织Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值显著小于癌周正常黏膜组织(P=0.000)。不同性别、年龄(≥65岁vs0.05)。发生于直肠部肿瘤的TCR克隆型数目较非直肠部位肿瘤更高(P=0.040)。Fn高负荷的CRC患者TCR组库Chao1指数显著低于Fn低负荷患者(P=0.030)。结论·TCR组库多样性与CRC患者多项临床特征以及Fn的丰度有关,提示其在CRC的发生和发展中具有重要意义。

摘要： 转录组测序技术因其具有通量高、精确度高、灵敏性高及成本低等特点,已被广泛应用于病毒与宿主互作研究中。新城疫病毒是制约养禽业发展的重要病原之一,运用转录组测序技术可促进对新城疫病毒感染与宿主免疫之间的研究,也能加速对新城疫病毒的快速分析能力,为从转录水平研究新城疫病毒与宿主互作机制研究提供快速有效的方法。论文对转录组测序技术的发展及特点进行概述,对该技术在新城疫病毒感染引起基因表达变化、非编码基因调控等研究及应用进行详细的综述,并对其未来应用进一步展望,以期为新城疫相关研究提供参考。

摘要： 背景眼外伤是导致视力丧失的重要原因。外伤性增殖性玻璃体视网膜病变(proliferative vitreoretinopathy,PVR)是导致伤眼不良预后的重要原因,其发病机制尚不清楚。目的通过对开放性眼外伤后不同时期PVR增殖膜(视网膜前膜和视网膜下膜)转录组测序(RNA-sequencing,RNA-seq)分析,探究不同时期参与损伤修复过程的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)及信号通路的变化。方法本研究收集的北京大学第三医院眼科2015年1-12月4例男性(12~45岁)眼外伤患者标本,拟采用Bulk转录组测序技术检测开放性眼外伤后视网膜增殖膜的RNA表达,分析早期与晚期增殖膜内转录组差异基因的表达情况。结果通过京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,发现晚期增殖膜细胞外基质受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞黏附分子、蛋白质的消化和吸收通路被激活,对应的上调基因有ITGA8、TNFRSF4、CLDN5、COL3A1。结论整合素β8亚单位有可能在PVR增殖膜RPE细胞的转分化过程中起到重要的作用。在血-眼屏障修复过程中,ATP1A2、SLC8A3和SLC7A15P基因起到了重要作用。

摘要： 中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.

摘要： 中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.

摘要： 中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.

摘要： 中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.

摘要： 中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.

摘要： 高通量测序技术,是一种可以并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术,近年来,高通量测序技术越来越多的被用来解决生物学问题.高通量测序技术主要从DNA/RNA分子水平对基因组,转录组以及小分子RNA等进行测序,可以同时完成传统基因组学,功能基因组学和表达谱等的研究.本文总结了454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术平台,并详细介绍了Illumina公司的HiSeq测序技术的原理及其特征,并在此基础上,归纳了高通量测序技术在全基因组测序、基因组重测序、转录组测序、小分子RNA测序等在鱼类研究中的应用.最后,讨论了当前高通量测序技术的特点并对其在今后研究中的发展方向进行了展望.

摘要： 高通量测序技术,是一种可以并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术,近年来,高通量测序技术越来越多的被用来解决生物学问题.高通量测序技术主要从DNA/RNA分子水平对基因组,转录组以及小分子RNA等进行测序,可以同时完成传统基因组学,功能基因组学和表达谱等的研究.本文总结了454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术平台,并详细介绍了Illumina公司的HiSeq测序技术的原理及其特征,并在此基础上,归纳了高通量测序技术在全基因组测序、基因组重测序、转录组测序、小分子RNA测序等在鱼类研究中的应用.最后,讨论了当前高通量测序技术的特点并对其在今后研究中的发展方向进行了展望.

摘要： 高通量测序技术,是一种可以并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术,近年来,高通量测序技术越来越多的被用来解决生物学问题.高通量测序技术主要从DNA/RNA分子水平对基因组,转录组以及小分子RNA等进行测序,可以同时完成传统基因组学,功能基因组学和表达谱等的研究.本文总结了454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术平台,并详细介绍了Illumina公司的HiSeq测序技术的原理及其特征,并在此基础上,归纳了高通量测序技术在全基因组测序、基因组重测序、转录组测序、小分子RNA测序等在鱼类研究中的应用.最后,讨论了当前高通量测序技术的特点并对其在今后研究中的发展方向进行了展望.

摘要： 高通量测序技术,是一种可以并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术,近年来,高通量测序技术越来越多的被用来解决生物学问题.高通量测序技术主要从DNA/RNA分子水平对基因组,转录组以及小分子RNA等进行测序,可以同时完成传统基因组学,功能基因组学和表达谱等的研究.本文总结了454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术平台,并详细介绍了Illumina公司的HiSeq测序技术的原理及其特征,并在此基础上,归纳了高通量测序技术在全基因组测序、基因组重测序、转录组测序、小分子RNA测序等在鱼类研究中的应用.最后,讨论了当前高通量测序技术的特点并对其在今后研究中的发展方向进行了展望.

摘要： 高通量测序技术,是一种可以并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定的技术,近年来,高通量测序技术越来越多的被用来解决生物学问题.高通量测序技术主要从DNA/RNA分子水平对基因组,转录组以及小分子RNA等进行测序,可以同时完成传统基因组学,功能基因组学和表达谱等的研究.本文总结了454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术平台,并详细介绍了Illumina公司的HiSeq测序技术的原理及其特征,并在此基础上,归纳了高通量测序技术在全基因组测序、基因组重测序、转录组测序、小分子RNA测序等在鱼类研究中的应用.最后,讨论了当前高通量测序技术的特点并对其在今后研究中的发展方向进行了展望.

摘要： 提供了用于产生包含在细胞中彼此相互作用的RNA的嵌合RNA的方法和组合物。在一些实施方案中，嵌合RNA可用于鉴定细胞中至少100个、至少500个、至少1000个或多于1000个RNA‑RNA相互作用。

摘要： 本申请公开了一种用于Small RNA的测序方法、测序试剂和应用。本申请用于Small RNA的测序方法，包括在对混合样本的环状文库进行测序时，向引物溶液中添加正常测序引物和阻断测序引物，采用混合引物进行测序；阻断测序引物由正常测序引物3’末端羟基经化学修饰而成。本申请的测序方法，通过添加阻断测序引物，使得混合样本环状文库Small RNA测序得以实现，并能有效的保障标签序列的测序，进而提高了数据利用率，得到良好的拆分率。本申请的Small RNA测序方法和测序试剂，为Small RNA混合样本测序提供了一种新的思路和方案，解决了目前的环状文库Small RNA测序的测序资源浪费等问题。

摘要： 提供了用于产生包含在细胞中彼此相互作用的RNA的嵌合RNA的方法和组合物。在一些实施方案中，嵌合RNA可用于鉴定细胞中至少100个、至少500个、至少1000个或多于1000个RNA‑RNA相互作用。

摘要： 允许在亚细胞水平上对多个mRNA、蛋白质和代谢物进行空间解析的显微成像提供了有价值的分子信息，这是理解例如肿瘤微环境中的组织异质性的关键因素。本发明描述了组合使用空间唯一分子标识符原位测序和圆形克隆的体外测序的一种方法(SUMI‑Seq)，该圆形克隆源于通过在亚细胞水平上对靶向RNA或cDNA转录物的一部分的挂锁核苷酸进行滚环扩增，其中对转录物的量和可分析的序列长度的限制较少。除了挂锁寡核苷酸以外，该SUMI‑Seq方法还可以使用环状寡核苷酸对蛋白质和代谢物进行空间解析以提供多组学结果来进行应用。

摘要： 本发明属于生物技术领域，其公开了一种RNA和DNA二代测序文库的构建方法及二代测序盒，该二代测序文库的构建方法包括步骤：对RNA核酸和DNA核酸进行一链合成，得到一链cDNA；对述一链cDNA进行二链合成，得到二链cDNA；对二链cDNA片段化、末端修复、磷酸化及加A处理后得到加A产物；将加A产物进行接头连接和第一次纯化处理，得到目标RNA片段和DNA片段并回收；对目标RNA片段和DNA片段进行PCR扩增反应，以构建并得到所述RNA和DNA二代测序文库。该方法构建二代测序文库，采用整体建库流程，工艺步骤简化，极大缩减了操作流程和实验时间，可最大程度减少核酸样本的损耗，同时，无需构建两种文库，可大大节约人力、试剂、时间等成本。

摘要： 本申请公开了一种用于Small RNA的测序方法、测序试剂和应用。本申请用于Small RNA的测序方法，包括在对混合样本的环状文库进行测序时，向引物溶液中添加正常测序引物和阻断测序引物，采用混合引物进行测序；阻断测序引物由正常测序引物3’末端羟基经化学修饰而成。本申请的测序方法，通过添加阻断测序引物，使得混合样本环状文库Small RNA测序得以实现，并能有效的保障标签序列的测序，进而提高了数据利用率，得到良好的拆分率。本申请的Small RNA测序方法和测序试剂，为Small RNA混合样本测序提供了一种新的思路和方案，解决了目前的环状文库Small RNA测序的测序资源浪费等问题。

摘要： 提供了用于RNA测序的组合物、方法、试剂盒和制品。所述方法称为简单RNA‑腺苷酸化测序(“Ezra‑seq”)。所述方法为3'末端接头连接和环化提供了替代方案，通过使用能够对同一RNA进行3'末端poly(A)加尾和5'末端腺苷酸化的酶促系统，可以用两种单独的酶或单一融合蛋白。所述两种酶或含有所述两种酶作为不同区段的所述融合蛋白是环化酶和聚合酶。所述方法允许将RNA在单容器内加工成cDNA。

摘要： 本发明公开了一种用于RNA直接建库的核酸序列，基于RNA样本直接构建测序文库的方法及应用。所述核酸序列包括：第一核酸序列和第二核酸序列，所述第一核酸序列和所述第二核酸序列相连，所述第一核酸序列靠近所述核酸序列的5’端，所述第二核酸序列靠近所述核酸序列的3’端；所述第一核酸序列包括1～40个碱基；所述第二核酸序列包括至少20个碱基组成的polyT序列。

摘要： 本文提供了用于产生核酸文库的方法、组合物和试剂盒。在本文提供的各种实施方案中，包含转座酶的转座体用于形成双端标签化的核酸分子，用于下游扩增和核酸分子处理步骤。

摘要： 本实用新型公开了长链非编码RNA的测序文库构建单元和对长链非编码RNA进行测序的系统。其中，该测序文库构建单元包括：去除rRNA装置、逆转录装置、第一扩增装置、片段化装置和第二扩增装置。该测序文库构建单元的去除rRNA装置先通过rRNA去除探针去除rRNA，再通过逆转录装置进行逆转录，避免了大量的rRNA对mRNA和lncRNA逆转录的影响，并且，利用rRNA去除探针去除rRNA，rRNA的去除率高，单元的稳定性好，尤其适用于微量RNA样本中的rRNA去除，从而，该单元尤其适用于单细胞的文库构建。