一种基于蛋白质相互作用网络和网络拓扑结构特征识别蛋白质功能的方法

摘要

本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和网络拓扑结构特征识别蛋白质功能的方法。首先，构建节点和边加权的蛋白质相互作用网络，节点代表蛋白质、边代表其相互作用；然后，采用蛋白质一级结构描述符和蛋白质-蛋白质相互作用信任得分对网络中的节点和边加权；收集蛋白质功能注释数据，构建数据集，基于图论，提出新的具有全局和局部信息地网络拓扑结构特征蛋白质；最后，采用最小冗余最大相关方法选择特征、利用支持向量机构建模型预测蛋白质功能。本发明的蛋白质功能预测方法显著优于现有技术，对序列相似性和采样具有鲁棒性，同时由于不需要蛋白质的三维结构等信息，本方法简单、快速、准确、高效，有望应用于蛋白组学等研究领域。