基于NGS读段与参考序列比对的虚拟PCR方法

摘要

本发明公开了一种基于NGS读段与参考序列比对的虚拟PCR方法。该方法先基于NGS测序技术对试验样品全基因组进行一次深度较高的高通量测序，获得覆盖全基因组的海量测序读段；再结合生物信息学方法，以被研究的目标基因片段S1作为参考序列，将试验样品的测序读段与之进行严谨比对，并在程序中转化成目标基因片段S1在本样品对应的同源序列S2，虚拟PCR完成。该方法可延长的最大片段为200k甚至更高，远高于Wet Lab PCR中酶与反应体系的限制；其只需要一小时即可完成5k碱基的比对与序列再生，缩短了实验周期；结合中间程序，可同时统计SNP和其他变异的情况，同步可完成映射比对和变异统计。