四川山鹧鸪基因组中内源性逆转录病毒的分析

摘要

内源性逆转录病毒(ERV)是插入到宿主基因组中的、可以稳定遗传的病毒基因组,能够在宿主体内表达和复制,调节插入位点附近的基因表达,以及抑制同源病毒的感染.从四川山鹧鸪Arborophila rufipectus基因组中确定了3 962个全长ERV拷贝,其中4个具有完整的结构,72个具有自我复制的能力,554个含有gag、pol或env基因所编码的蛋白质结构域.根据逆转录酶序列的相似性,确定了7个ERV家族,并依据与其他物种的相似性对家族进行了命名.其中,AruERV-L包含122个ERV拷贝,为拷贝数最多的家族.7个ERV家族的年龄分布在0～ 12百万年,其中AruERV-K1是最年轻的家族,其约86％的拷贝年龄在1百万年以内.