一起甲型副伤寒暴发菌株的基因组遗传和耐药特征

摘要

目的 了解2016年江阴市一起甲型副伤寒暴发菌株的基因组遗传和耐药特征.方法 采用二代测序技术(NGS),对分离到的9株菌株进行全基因组测序.经数据过滤和de novo组装后,获得基因组序列.将其与公共数据库下载国内流行株和国际参比菌株比较,获取单拷贝核心基因序列SNP,构建系统发生树.同时通过比对MLST数据库,获取MLST分型情况;通过比对ResFinder数据库和ARDB数据库获取耐药基因携带情况.采用Kirby-Bauer纸片扩散法进行15种临床常用抗生素敏感性测试.结果 组装后9株甲型副伤寒菌株均为4.5M左右,且均为ST85型;系统发生树分析显示这9株菌株聚在一起,且同云南元江甲型副伤寒暴发菌株的亲缘关系最近.9株菌株均对四环素、氯霉素、复方新诺明、萘啶酸、红霉素和阿奇霉素耐药,均携带了介导氨基糖苷类耐药的aac(6')-Iaa基因,以及介导喹诺酮类耐药的gyrAp、S83F和parCp.T57S突变,同时还携带ABC、RND和MF家族外排泵相关的耐药基因.结论 本暴发疫情是由共同来源的、具有多重耐药性ST85型甲型副伤寒沙门菌引起.应用基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、亲缘关系及耐药基因携带情况,对临床用药有一定指导作用.