二代测序

摘要： 目的:解析藏区药用植物独一味的叶绿体全基因组特征及确定其系统发育位置。方法:利用二代测序技术对独一味进行测序,经组装及注释,得到叶绿体全基因组序列;对其基因组特征进行解析,并结合唇形科近缘类群的叶绿体基因组序列,进行系统发育分析。结果:独一味叶绿体全基因组为典型的四分体结构,全长151808 bp,共注释了107个基因。基于贝叶斯法(BI)和最大似然法(ML)构建系统树的拓扑结构基本一致,独一味属与水苏属聚为一支。结论:独一味叶绿体全基因组特征首次得到解析,系统发育研究支持独一味属与水苏属近缘的传统分类处理,为独一味及其相关种的物种鉴定、资源保护及系统进化等研究奠定了基础。

摘要： 目的探讨二代测序(NGS)技术在常染色体隐性遗传性多囊肾病(ARPKD)家系胚胎植入前遗传学检测(PGT)中的应用价值。方法选取1个ARPKD家系,采用Sanger测序调查家系成员多囊肾/多囊肝病变1(PKHD1)基因突变情况。以PKHD1基因编码区为目标区域,在基因上下游2 M区域内选择120个高密度紧密连锁的单核苷酸多态性(SNP)位点作为遗传连锁标记,采用多重聚合酶链反应(PCR)和NGS选择有效SNP位点构建家系成员的SNP单倍型,确定夫妇双方携带基因突变的风险染色体。对活检获得的滋养层细胞进行全基因组扩增,采用NGS对胚胎的PKHD1基因突变位点进行直接测序,构建胚胎SNP单倍型进行连锁分析。采用Sanger测序验证胚胎PKHD1基因突变位点NGS结果。对正常和携带杂合突变的胚胎进行低深度的染色体非整倍性筛查。结果家系成员中,父亲携带PKHD1基因c.5935G>A,为杂合子;母亲携带PKHD1基因c.10058T>G,为杂合子;先证者携带PKHD1基因c.5935G>A和c.10058T>G双重杂合突变。用于活检的5个胚胎中有2个未检测到突变,有3个携带杂合突变。低深度的染色体非整倍性筛查显示5个胚胎中3个为整倍体,2个为非整倍体。选择未检测到突变且发育良好的整倍体胚胎植入母体子宫后,足月分娩一健康婴儿。结论应用NGS对ARPKD家系进行PGT,可阻断此单基因病在该家系中的再发风险,同时还可避免选择非整倍体胚胎而导致的流产问题。

摘要： 目的探讨驱动基因在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的突变情况。方法采用二代测序(next-generation sequencing,NGS)靶向检测,分析650例NSCLC组织中ALK、BCL2L11、BRAF、EGFR、ERBB2、FGFR、KRAS、MAP2K1、MET、NRAS、NTRK、PIK3CA、RET、TP53、ROS1共15种基因的突变情况。结果NSCLC中至少发生1种基因突变频率为61.23%。67.65%突变位点位于EGFR基因;携带EGFR突变患者有313例(48.15%),其中56例(17.89%)合并其他基因突变,包括48例EGFR合并另1种基因突变,7例EGFR合并其他2种基因共突变以及1例EGFR合并其他3种基因共突变。除exon 19del、exon 20ins、T790M和L858R外,还发现其他24种非常见EGFR突变;除EML4-ALK融合外,还发现3种ALK基因其他不同位点突变。NSCLC中女性、腺癌患者发生突变的频率更高(P<0.05)。结论应用NGS技术可揭示NSCLC各驱动基因变异更多的独特特征,为NSCLC药物开发和靶向治疗提供参考。

摘要： 目的:比较增强免疫组化(Ventana immunohistochemistry,Ventana IHC)检测非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)C-ros原癌基因1-受体酪氨酸激酶(C-ros oncogene 1 receptor tyrosine kinase,ROS1)蛋白表达和二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测ROS1基因融合突变的一致性。方法:应用NGS技术在DNA层面检测966例NSCLC患者标本ROS1基因融合突变情况,同时应用Ventana IHC检测其中732例标本ROS1蛋白的表达情况。结果:NGS检测结果显示966例NSCLC患者的ROS1基因融合突变率为1.0%(10/966),阳性样本病理类型为肺腺癌。Ventana IHC检测结果显示ROS1蛋白表达阳性率为17.6%(129/732),阳性样本病理类型主要为肺腺癌。Ventana IHC和NGS两种方法检测结果的一致性为83.6%(612/732),kappa=0.110(P<0.001)。两种方法检测ROS1基因差异具有统计学意义(P<0.001)。结论:作为ROS1基因的检测方法,Ventana IHC法比NGS法更灵敏,两种方法检测结果的一致性较差,两者差异具有统计学意义。Ventana IHC筛查出ROS1阳性样本,可采用NGS进行验证。

摘要： 目的:基因突变是导致肿瘤发生、发展的重要原因之一。本研究探讨磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-Akt)、雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、AMP依赖的蛋白激酶[adenosine 5'-monophosphate(AMP)-activated protein kinase,AMPK]信号通路与鼻咽癌患者疗效及预后的关系。方法:选取中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院/湖南省肿瘤医院头颈放疗二科31例初治中晚期鼻咽癌患者,采用基因测序平台Illumina NextSeq CN500检测治疗前鼻咽部活检组织中288个基因的全部外显子、38个基因的内含子、启动子或融合断点区域,对728个基因的编码区域进行目标区域捕获的高深度测序,并检测肿瘤基因4种变异类型,包括点突变、小片段的插入缺失、拷贝数变异和目前已知的融合基因。31例患者均接受以铂类为基础的诱导化学治疗联合同步放化疗,并对患者进行长期随访。结果:PI3K-Akt通路突变患者的3年区域无失败生存率(regional failure-free survival,RFFS)及无病生存率(disease-free survival,DFS)均显著低于未突变患者,差异有统计学意义(χ^(2)=6.647,P<0.05)。mTOR通路突变患者的3年RFFS及DFS均显著低于未突变患者,差异有统计学意义(χ^(2)=5.570,P<0.05)。AMPK通路未突变患者在治疗后3个月的完全缓解(complete response,CR)率显著高于突变的患者,差异有统计学意义(P<0.05),AMPK通路突变患者的3年RFFS及DFS均显著低于未突变患者,差异有统计学意义(χ^(2)=4.553,P<0.05)。PI3K-Akt/mTOR/AMPK信号通路突变和治疗前EB病毒DNA拷贝数是鼻咽癌患者3年RFFS和DFS的独立预后因素(均P<0.05)。结论:存在PI3K-Akt/mTOR/AMPK信号通路基因突变的鼻咽癌患者预后较差,应用二代测序对PI3K-Akt/mTOR/AMPK驱动基因和信号通路的检测有望为鼻咽癌基础研究及靶向治疗提供新思路。

摘要： 目的探讨细菌性肝脓肿患者的临床特征变化。方法回顾性分析上海交通大学医学院附属瑞金医院2010年3月至2020年12月因细菌性肝脓肿住院治疗的118例患者临床资料。结果近年来细菌性肝脓肿的发病率有所升高,男性多发,发病高峰年龄段在50~80岁。80%~90%患者存在中性粒细胞与C反应蛋白升高,50%以上患者发生贫血、白蛋白减少和红细胞沉降率升高。在常见的临床特征中,近90%病例起病中有发热和寒战,50%有全身乏力,25%有右上腹痛。共45例患者脓液培养或血培养呈阳性,通过二代测序鉴定出病原菌患者为5例(11.1%),45例中肺炎克雷伯菌阳性有33例(脓液培养29例,血培养4例),占培养阳性菌的64.7%,其次为大肠埃希菌6例(脓液培养5例,血培养1例),占培养阳性菌的11.8%。89例患者合并有基础疾病,其中糖尿病57例(64.0%),经导管肝动脉化疗栓塞术后11例(12.4%)。结论糖尿病是细菌性肝脓肿的主要基础疾病,但因肝脏介入术导致的肝脓肿也逐年增多;肺炎克雷伯菌是细菌性肝脓肿的主要致病菌,二代测序在病原鉴定中有一定优势;应根据药敏试验选用抗菌药物。

摘要： 目的探究瓜氨酸血症I型患儿基因与外周血代谢物表达特点,提高临床对瓜氨酸血症I型的认识。方法收集瓜氨酸血症Ⅰ型患儿病例信息,利用液相串联质谱技术对3例瓜氨酸血症I型患儿进行外周血代谢物的测定,归纳总结瓜氨酸血症I型患儿外周血小分子代谢物表达特点,并且对瓜氨酸血症Ⅰ型患儿进行高通量二代测序,获取患儿的基因突变类型。结果3例患儿均出现了血氨和AST的增高,其他有患儿出现升高的生化指标包括AST、TBIL、DBIL以及GGT。且瓜氨酸水平均大幅增加,其他升高的氨基酸与氨基酸比值有蛋氨酸、精氨酸、蛋氨酸/苯丙氨酸以及瓜氨酸/苯丙氨酸,出现降低的包括甘氨酸、脯氨酸以及鸟氨酸/瓜氨酸,但是患儿的肉碱与酰基肉碱均没有异常。3例CTLN1患儿的ASS1基因均发生了变异,都为复合杂合突变,基因突变型分别为c.787G>A/c.1087C>T、c.794G>A/c.421-2A>G以及c.1168G>A/c.552C>A。结论CTLN1临床表现复杂多样,除了血氨以及瓜氨酸增高等典型症状外,也会出现明显的肝功能障碍以及其他氨基酸紊乱,但是不会发生肉碱以及酰基肉碱的异常。及时对瓜氨酸血症Ⅰ型患儿进行基因检测有助于明确诊断。

摘要： 随着分子生物学技术的发展,二代测序(next-generation sequencing,NGS)逐渐演变成为探索实体瘤标志物和实现精准治疗的重要手段,已被纳入中国临床肿瘤学会、美国国家综合癌症网络和欧洲肿瘤内科学会等指南。NGS尤其适用于高通量并行分析和未知变异检测,亦可用于液体活检、新药研发、伞式研究、篮子研究和耐药机制探索。目前美国食品药品监督管理局批准的实体瘤NGS伴随诊断产品主要有8种,除了基于血浆样本的FoundationOne Liquid CDx和Guardant 360 CDx外,其他产品主要用于检测石蜡包埋组织。未来国内需要建立NGS行业标准并在相应法规的指导下开展工作,以期更好地助力新药研发和临床试验管理。

摘要： 二代测序(Next-generation sequencing,NGS)又称为高通量测序是一种基因测序技术,通过可逆终止末端测序法把基因序列上的核苷酸一个一个地测出来。与一代测序相比,可以一次对几十万到几百万条DNA片段进行并行测序,降低了测序成本并缩短了检测时间。

摘要： 二代测序(NGS)是一种新的分子生物学技术。本文报道1例糖尿病酮症酸中毒伴肺部影像学明显改变患者,经痰培养、痰病理检查等不能明确病原体,经验性用药效果不佳,后通过支气管肺泡灌洗液(BALF)行NGS确诊为肺部金黄色葡萄球菌感染,调整治疗方案后患者病情好转出院,这为临床上常规检查不能明确病原体、经验性抗感染治疗效果不佳的肺部感染患者的诊疗提供一定借鉴。

摘要： 了解二代测序用于快速诊断肺炎链球菌脑膜炎的应用价值.采用二代测序技术检测2014年10月23日到2016年12月31日北京儿童医院感染内科99例临床诊断为化脓性脑膜炎患儿的脑脊液,以脑脊液培养和BinaxNowCSF抗原检测为金标准,了解二代测序技术对肺炎链球菌脑膜炎诊断的敏感度及特异度.计量资料采用t检验,计数资料采用x2检验.

摘要： 本文首先简介了遗传物质核酸的发现与认识和核酸测序技术的飞速发展。详细分析了二代测序技术与疾病诊断。核酸实验室检测可以用于个体鉴定（细菌、病毒、原虫、真菌鉴定、亲子鉴定、法医鉴定）突变鉴定（细菌耐药基因，人体基因突变、单基因、多基因)表达量鉴定以及个体化治疗。无创产前基因诊断仅采集少量母血，提取其中的游离胎儿DNA进行检测。取材便捷，流程较简单，质量控制相对容易。研制出“小儿视网膜疾病基因诊断芯片”用于小儿视网膜疾病基因诊断和产前诊断。

摘要： 目的:采用Ion Torrent二代测序技术分析肺穿刺样本的基因突变状况,为后期临床靶向治疗提供相应的依据. 方法:回顾性分析观察2016年4月-5月的HE切片,筛选肿瘤组织大于30％的肺癌穿刺样本34例,从福尔马林固定石蜡包埋的切片中提取肿瘤样本的DNA,通过对目标基因进行靶向扩增构建测序文库,采用Ion Torrent二代测序平台进行高通量测序,平均深度大于2500X,对照TCGA、ICGC、COSMIC、dbSNP、CGP、EGA等数据库分析肺癌样本的18个基因突变状况.同时比较相应的临床病理信息,分析其中的相关性. 结果:NGS检测肺癌样本结果的突变频数5％-86％.肺癌患者EGFR的突变率是58.82％(20/34),KRAS的突变率是2.94％(1/34),PIK3CA的突变率是2.94％(1/34),ERBB2的突变率是2.94％(1/34).EGFR的基因突变主要类型有:exon18G719A的单碱基突变,exon19缺失突变;exon20插入突变和T790M;exon21L858R突变等.KRAS的基因突变类型主要有:2号密码子的c.35G＞A.PIK3CA的基因突变类型主要有:exon20单碱基突变.ERBB2的基因突变类型主要有:exon20的插入突变.34例样本中,4例是同时发生2种突变:1例发生EGFR的exon18和exon21的单碱基突变,1例出现EGFR的exon18和exon20的单碱基突变,1例存在exon21的2种突变类型,1例出现EGFR exon19和PIK3CA的exon20突变.34例患者中可以追踪到的临床治疗病例有30例,其中8例患者服用靶向药物,其余患者结合其自身疾病情况16例选择化疗,6例放疗. 结论:结合病理形态学分析,采用Ion Torrent二代测序平台可以准确的检测肺穿刺样本中的基因突变情况,可以为或者的预后及临床后续的靶向治疗方案提供更多的理论和数据支持.

摘要： 性发育异常是指性染色体构成、性腺、内外生殖器间不一致，性发育异常的遗传基础:性别发育任何阶段调控基因的异常都可能引起DSD，具有高度的遗传异质性，文章简述了应用二代测序技术进行性发育异常遗传诊断的初步研究。

摘要： The need for mutational analysis in myeloid neoplasms,Some (well-known) technical issues specific to NGS Variant analysis&interpretation,What happens if one encounters a presumptive germline variant during a‘somatic'analysis,Personal thoughts on a possible Way forward.NGS-based clinical assays come with unique challenges.Interlaboratory reproducibility is critical, if anything to avoid potential medicolegally unpleasant outcomes.Technical reproducibility, particularly if different platforms are utilized.Interpretative reproducibility.

摘要： 使用高通量捕获测序技术检测100例疑似脑血管病患者的遗传缺陷,分析该人群中脑血管病基因谱和突变谱,探讨二代测序技术在脑血管领域的应用价值.

摘要： 本发明涉及一种应用于第二代高通量测序的全自动DNA文库制备装置。包括盒体，盒体的顶面上设置进样口，其特殊之处：还设置文库转移口，盒体底部分别设置1个文库收集池、1个样品池、8个试剂仓、1个废液槽，文库制备装置测序方法，步骤：将DNA文库构建用到的所有试剂都预先放入盒体底部的试剂仓中，DNA样品经片段化、末端修复、加接头、PCR扩增并纯化后，内部取样针把构建好的文库转移至文库收集池中，将盒体顶部的密封盖打开，通过文库转移口取出构建好的文库，然后放到测序平台上进行测序。整个建库过程都在盒体内部完成，全程封闭，不与外界接触，不会产生污染，即使是本领域内的普通技术人员都能独立操作实施，提高了效率。

摘要： 本发明公开了一种高通量测序试剂盒，它包括如下组分：1)上游测序接头；2)M个行编码接头；3)N个列编码接头；4)下游测序接头；其中，M、N均为大于等于1的整数。本发明还公开了一种高通量测序方法。本发明方法可以实现高通量测序定量分析，应用前景优良。

摘要： 本发明公开了用于多发性骨髓瘤第二代测序的组合基因及其应用和基于其的测序方法，包括92种基因组合、基因检测区域、测序流程及测序结果分析。本发明提供的新型基因测序组合，囊括了MM相关致病基因、耐药基因、骨病基因及其他高频基因，具有通用、敏感、准确的特点，补充了常规遗传学检测的不足，从分子水平探索了疾病的发生与发展，对耐药患者提供潜在治疗靶点，为临床治疗决策提供重要参考依据，使MM最终达到个体化及精准化治疗。

摘要： 本发明公开了一种DNA的测序方法及一种二代测序文库。本发明的测序方法经过待测DNA片段和随机引物Read2‑NB混合进行延伸反应，将所得延伸产物的3’端与双链接头Read1‑Adapter中含测序平台特异序列的b链连接，取特定引物T1和T2扩增连接产物，从而完成二代测序文库的构建，随后进行测序。本发明可以对双链DNA和/或单链DNA进行文库构建和测序，所需起始DNA量降低，针对模板DNA有限的样品的适用型强，并且从测序结果可直接区分出目标单链DNA原始模板序列。

摘要： 本发明属于生物技术领域，其公开了一种RNA和DNA二代测序文库的构建方法及二代测序盒，该二代测序文库的构建方法包括步骤：对RNA核酸和DNA核酸进行一链合成，得到一链cDNA；对述一链cDNA进行二链合成，得到二链cDNA；对二链cDNA片段化、末端修复、磷酸化及加A处理后得到加A产物；将加A产物进行接头连接和第一次纯化处理，得到目标RNA片段和DNA片段并回收；对目标RNA片段和DNA片段进行PCR扩增反应，以构建并得到所述RNA和DNA二代测序文库。该方法构建二代测序文库，采用整体建库流程，工艺步骤简化，极大缩减了操作流程和实验时间，可最大程度减少核酸样本的损耗，同时，无需构建两种文库，可大大节约人力、试剂、时间等成本。

摘要： 一种二代测序实验智能监控系统、二代测序实验的方法和手表。该系统包括：实验室质控设备和实验手表，实验手表包括手表本体、表带和摄像头。表带两端与手表本体两端连接，以形成环形；摄像头设置在表带上；实验手表与实验室质控设备无线连接，实验人员在二代测序实验过程中佩戴该实验手表，以使摄像头朝向佩戴的手部方向，通过该摄像头记录下实验人员的手部操作图像。实验手表向实验室智能质控设备发送该实验人员的手部操作图像，实验室质控设备可以存储和/或显示该手部操作图像数据。从而使得实验操作被记录下来，实验过程可以颗粒化记录，实验过程可追溯。实验人员更好控制拍摄角度，更容易拍摄到实验人员的手部操作过程。

摘要： 本发明公开了一种基于分子标签和二代测序降低测序错误的测序方法、试剂盒以及其应用，测序方法包括：S1.针对每个样本合成4‑16种含有不同固定特异序列标签的接头的正链P5和反链P7，将P5和P7退火，形成Y字型接头；S2.将模板DNA末端补平，并在3’端添加A碱基；S3.将Y字型接头连接到处理后的模板DNA两端；S4.回收连接上接头的模板DNA，并用带有样本标签的接头引物对模板DNA进行富集扩增；S5.回收经富集扩增的产物；S6.对富集扩增产物进行二代测序。本发明方法可有效识别双链DNA原始模板中的突变，尤其是不对称突变,因而可有效识别从第一次富集扩增开始引入的扩增错误,在Illumina单端和双端样本标签测序模式下，通过样本独有的4‑16种接头的固定特异序列，可有效解决样本标签漂移问题。

摘要： 本发明公开了一种先天性晶状体不全脱位的靶基因二代测序panel，包括41个基因。本发明还公开了使用所述的靶基因二代测序panel进行的先天性晶状体不全脱位的靶基因二代测序方法。本发明设计了新的专用于先天性晶状体不全脱位CEL的靶基因二代测序panel，设计的panel具有针对性强、准确性高等特点，并且，通过挑选出41个靶基因组合成了panel，降低了测序成本，提高了测序深度。

摘要： 本发明公开了用于多发性骨髓瘤第二代测序的组合基因及其应用和基于其的测序方法，包括92种基因组合、基因检测区域、测序流程及测序结果分析。本发明提供的新型基因测序组合，囊括了MM相关致病基因、耐药基因、骨病基因及其他高频基因，具有通用、敏感、准确的特点，补充了常规遗传学检测的不足，从分子水平探索了疾病的发生与发展，对耐药患者提供潜在治疗靶点，为临床治疗决策提供重要参考依据，使MM最终达到个体化及精准化治疗。

摘要： 本发明公开了一种通过计算差异等位基因测序深度检测二代测序数据SMN基因拷贝数的方法，通过屏蔽参考基因组SMN2基因第7、8外显子，使所有SMN基因第7、8外显子的测序序列都比对到SMN1上，在SMN1和SMN2基因第7、8外显子差异碱基位置可以计算AD，本发明的技术方案可以消除随机测序错误等因素的影响；另外，本发明的技术方案兼容各种探针捕获测序样本，兼容单样本以及各种数量级样本的SMN拷贝数计算，可用于计算SMN1和SMN2第7、8外显子的各种拷贝数。