基于转录组数据的海南油茶SSR分子标记的开发与评价

摘要

为了深入了解海南油茶转录组中SSR的分布特点,服务于海南油茶品种选育及种质资源鉴定,本研究使用新一代高通量Illumina转录组测序技术获得高质量海南油茶转录组数据,开发了大量基于转录组的SSRs并对其进行分析与筛选。本研究对海南油茶转录组中的170891条Unigenes中的SSR位点进行了分析,其中在64215 Unigenes中共含有101163个SSR位点,SSR发生频率为37.60%。分析得到转录组SSR重复序列的长度在10~231 bp之间,平均长度为29.13 bp。根据这些SSR位点,利用Primer 3软件设计引物63827对,占SSR总数的63.09%。在所有引物序列中随机挑选96对引物,经PCR扩增验证后共得到74对(占77%)有效引物。通过进一步优化,筛选出扩增效果好、多态性好的16对SSR引物,进而利用这16对引物对20个海南油茶良种开展了遗传多样性分析。以上结果表明,基于海南油茶转录组数据开发的SSR分子标记丰富了海南油茶分子标记的数量,为海南油茶遗传多样性分析、种质资源鉴定提供了可靠的标记来源。