基于转录组的紫薇SSR分子标记开发

摘要

紫薇是中国的传统名花,在园林中具有广阔应用前景.目前已开发的紫薇SSR分子标记较少,远不能满足分子育种研究需要.利用MISA软件对紫薇转录组测序得到的76405条unigenes序列进行SSR位点搜索与分析,发现有13235个unigenes含有SSR位点,发生概率为17.32％;共搜索到SSR位点16453个,包含SSR的一致序列出现频率为21.53％,SSR位点分布密度为1/5.60kb.二核苷酸和三核苷酸重复为最主要重复类型,分别占比49.40％和35.56％;重复基元中频率最高的前两种重复基元为AG/CT,占总SSR数量的42.28％.以二核苷酸重复序列设计100对SSR引物,并以紫薇回交群体的8个随机子代基因组DNA为模板进行PCR扩增及多态性筛选,得到58对条带清晰、特异性高的引物,其中36对具有多态性.上述结果表明,紫薇转录组数据可作为开发SSR标记的可靠来源,研究结果可为紫薇属植物分子育种研究奠定理论和技术基础.