基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析

摘要

为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析.结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群.这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉.巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29).巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03～0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数.各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084～0.297,平均遗传距离为0.228.本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据.