拟南芥叶绿体蛋白质相互作用数据库构建及光合作用相关蛋白质功能挖掘

摘要

本论文利用生物信息学方法并结合分子生物学方法对拟南芥叶绿体蛋白质功能进行研究.首先利用三种生物信息学的方法构建了叶绿体蛋白质相互作用数据库.然后我们对构建的拟南芥叶绿体蛋白相互作用数据进行分析.这些蛋白质相互作用对参与多种代谢途径,如蛋白质的转运,淀粉代谢,脂肪酸代谢,光合作用等.预测结果表明,多个未知蛋白质与光合作用四个复合体中的亚单位相互作用;叶绿体中FtSH家族金属蛋白酶7个成员之间有相互作用;与光合作用蛋白质磷酸化作用的激酶STN7和STN8相互作用的蛋白质多为蛋白质激酶,多数蛋白质激酶的生物功能未知.最后我们通过酵母双杂交实验验证部分蛋白质的相互作用.从所构建的拟南芥叶绿体蛋白质相互作用数据库中,选取了46对与光合作用有关的蛋白质相互作用对进行实验验证,初步实验结果表明,一个未知蛋白质C与光合系统Ⅰ的蛋白psaD2存在相互作用,因此,该未知蛋白质C可能与光合作用有关.该数据库将有助于我们深入开展拟南芥叶绿体系统生物学研究以及光合作用相关蛋白的功能挖掘.

目录

文摘

英文文摘

1.文献综述

1.1拟南芥叶绿体研究进展

1.1.1叶绿体大小，结构，叶绿体蛋白的系统进化

1.1.2拟南芥叶绿体功能基因组学

1.1.3拟南芥叶绿体蛋白质组学

1.1.4拟南芥叶绿体研究展望

1.2酵母双杂交实验在植物学中的应用

1.2.1酵母双杂交实验的基本原理

1.2.2酵母双杂交实验在植物发育研究中的应用

2.材料与方法

2.1实验材料

2.2实验方法

3.结果与讨论

3.1拟南芥叶绿体蛋白质相互作用数据库的构建

3.1.1平移法预测叶绿体蛋白质相互作用

3.1.2系统进化谱法预测叶绿体蛋白质相互作用

3.1.3基因协同表达谱法预测拟南芥叶绿体蛋白质相互作用

3.2酵母双杂交实验验证拟南芥叶绿体蛋白质相互作用

3.2.1光合作用有关的蛋白质相互作用对的选择

3.2.2全长cDNA的获得及引物设计

3.2.3酵母双杂交载体的构建结果及分析

总结与展望

总结

展望

参考文献

附录

致谢

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