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Algorithm for Identification of Piecewise Smooth Hybrid Systems: Application to Eukaryotic Cell Cycle Regulation

机译:分段光滑混合系统识别算法:在真核细胞周期调控中的应用

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摘要

We discuss piecewise smooth hybrid systems as models for regulatory networks in molecular biology. These systems involve both continuous and discrete variables. The discrete variables allow to switch on and off some of the molecular interactions in the model of the biological system. Piecewise smooth hybrid models are well adapted to approximate the dynamics of multiscale dissipative systems that occur in molecular biology. We show how to produce such models by a top down approach that use biological knowledge for a guided choice of important variables and interactions. Then we propose an algorithm for fitting parameters of the piecewise smooth models from data. We illustrate some of the possibilities of this approach by proposing hybrid versions of eukaryotic cell cycle regulation.
机译:我们讨论分段光滑混合系统作为分子生物学调控网络的模型。这些系统涉及连续变量和离散变量。离散变量允许打开和关闭生物系统模型中的某些分子相互作用。分段平滑混合模型非常适合于近似发生在分子生物学中的多尺度耗散系统的动力学。我们展示了如何通过自上而下的方法生成此类模型,这些方法使用生物学知识指导重要变量和相互作用的选择。然后我们提出了一种从数据中拟合分段平滑模型参数的算法。我们通过提出真核细胞周期调控的混合版本来说明这种方法的一些可能性。

著录项

  • 来源
    《Algorithms in bioinformatics》|2011年|p.225-236|共12页
  • 会议地点 Saarbrucken(DE);Saarbrucken(DE)
  • 作者单位

    Universite de Rennes 1 - CNRS UMR 6625 (IRMAR), Campus de Beaulieu, 35042 Rennes, France,Universite de Montpellier 2, DIMNP - UMR 5235 CNRS/UM1/UM2, PI. E. Bataillon, Bat 24, CP 107, 34095 Montpellier Cedex 5, France;

    Institute of Print, St. Petersburg, Russia;

    Universite de Montpellier 2, DIMNP - UMR 5235 CNRS/UM1/UM2, PI. E. Bataillon, Bat 24, CP 107, 34095 Montpellier Cedex 5, France,INRIA Rennes Bretagne Atlantique, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes, France;

  • 会议组织
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 生物工程学(生物技术);
  • 关键词

    systems biology; hybrid models; cell cycle;

    机译:系统生物学;混合模型细胞周期;

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