15例具有腭-下颌-心脏畸形的新生儿全基因组拷贝数变异分析

摘要

目的:本研究对15例具有心脏结构畸形,同时合并有腭裂和/或小下颌的新生儿进行全基因组拷贝数变异(CNVs)检测,分析罕见CNVs与表型的相关性.方法:纳入具有心脏结构畸形,同时合并有腭裂和/或小下颌的新生/儿15例.采用Affymetrix SNP芯片检测.参照国际基因组拷贝数变异多态性数据库除外正常人群多态性CNVs.得到的拷贝数变异数据从2个方面进行数据分析:=1*GB3①比对已知的综合征的关键区段及基因;=2*GB3②大于1Mb的重复/缺失,寻找可能与该表型相关的CNVs片段;=3*GB3③余为尚不明确功能的小片段CNVs,比对已经发表的文献,及区段内基因功能分析.结果：共纳入病例15例，全部存在心脏结构畸形，9例(60%)为小下领畸形，6例(40%)为愕裂畸形。纳入病例提取外周血全基因组DNA，进行芯片检测。检测到CNVs共，67个，除外假阳性CNVs39个，除外不包含基因的区段39个，除外多态性49个，得到CNVs 38个。=1*GB3①比对己知综合征关键区段及基因，病例14检测到22q11.1-11.21重复，部分18三体1例，8号染色体重复合并缺失2例，Prader Willi综合征2例;=2*GB3②大于1Mb的重复/缺失，可能与该表型相关的CNVs片段共10个，将临近片段合并，得到:其中病例13检测到4q32.3-q35.2重复(包换3个CNV)和2q37.1-37.3缺失(包换4个CNV)、病例8检测到7q36.1-36.3缺失和11q23.3-q25重复、病例10检测到，5q11.1-11.2重复，均为罕见的基因型，可能与愕裂、小下领及心脏发育异常相关;=3*GB3③余4个罕见潜在临床意义小片段CNVs，拟进行进一步功能探究，明确是否存在表型相关性。结论：以愕裂、小下领为特点的特殊面容、心脏畸形是新生儿可以识别且相对常见的畸形表型，对于此类患儿采用全基因组拷贝数变异检测分析，可以大大提高对于此类疾病的诊断率。检测到2例罕见基因型，分别为:4q32.3-q35.2重复合并2q37.1-37.3缺失，7q36.1-36.3缺失合并11q23.3-q25重复，与愕咽-下领-心脏发育相关。