应用高通量蛋白组学结合基因芯片方法发现大肠癌相关标志物

摘要

目的：蛋白质是遗传信息的执行者,直接决定细胞的生物活动和表型.本研究利用高通量蛋白组学结合基因芯片的方法,筛选大肠癌相关蛋白标志物. 方法：采用iTRAQ标记质谱方法(iTRAQ-MS)筛选和鉴定大肠癌与癌旁正常组织中的差异蛋白,并利用Affymetrix U133plus2.0microarrays分析差异基因.利用生物信息学的方法比对差异蛋白与差异基因后筛选出蛋白与相应基因均有显著差异的蛋白,分析其生物学功能,并采用免疫组织化学及Western blotting的方法验证这些蛋白在大肠癌组织及癌旁正常组织中的表达. 结果：在24对大肠癌组织及其癌旁正常组织中，iTRAQ-MS共筛选出5469个差异表达蛋白。在52对大肠癌组织及其癌旁正常组织中，基因芯片共筛选出39859个差异表达基因。质谱和基因芯片同只寸得到定量信息的蛋白质共3083个，其中差异表达＞1.5倍且上下调趋势相同的蛋白共245个。且其中24个蛋白质在大肠癌各期的表达量均与癌旁正常组织具有显著性差异(P＜0.05)。最终经免疫组织化学验证，S100A9、ANXA3、NAMPT、CES2及CLCA1 5个蛋白质在大肠癌与癌旁组织中的表达有显著的差异。且Western blotting实验证实ANXA3在正常组织、腺瘤和大肠癌中的表达是逐步升高的。 结论：S100A9、ANXA3、NAMPT、CES2及CLCA1可能是火肠癌相关标志物。ANXA3可能与大肠癌发生发展有关。