ctDNA

摘要： Circulating tumour DNA(ctDNA)in blood plasma is an emerging tool for clinical cancer genotyping and longitudinal disease monitoring1.However,owing to past emphasis on targeted and low-resolution profiling approaches,our understanding of the distinct populations that comprise bulk ctDNA is incomplete2-12.Here we perform deep whole-genome sequencing of serial plasma and synchronous metastases in patients with aggressive prostate cancer.We comprehensively assess all classes of genomic alterations and show that ctDNA contains multiple dominant populations,the evolutionary histories of which frequently indicate whole-genome doubling and shifts in mutational processes.Although tissue and ctDNA showed concordant clonally expanded cancer driver alterations,most individual metastases contributed only a minor share of total ctDNA.

摘要： 目的探讨该地区女性泌尿生殖系统沙眼衣原体(CT)、解脲支原体(UU)及淋球菌(NG)的感染情况及影响因素。方法采用实时荧光PCR(FQ-PCR)法对2018年6月-2021年5月在罗定市人民医院诊治的2619例疑似泌尿生殖道感染的女性群体分别或同时进行生殖道分泌物CT-DNA、UU-DNA、NG-DNA检测,统计分析检测结果。结果2619例就诊女性性病感染率为31.4%,感染者年龄最小12岁,最大76岁。单一病原体感染中,UU感染率最高为41.7%,CT为10.2%,NG为4.8%。合并感染中以CT混合UU感染为主。感染人群中,CT和UU感染率以≤20岁年轻人最高分别为23.4%和47.5%;NG感染患者以大于50岁组为主,感染率为11.7%,差异有统计学意义(P0.05);但UU感染率以冬季最高56.4%;NG以秋季最高8.2%,UU、NG感染在4个季节间差异有统计学意义(χ^(2)=71.849、17.956,P<0.05)。结论该地区CT、UU和NG的感染情况不容忽视,检出率具有明显的地区、年龄和季节差异。

摘要： Objective: The mechanism of acquired gene mutation plays a major role in resistance to endocrine therapy in hormone receptor(HR)-positive advanced breast cancer. Circulating tumor DNA(ctDNA) has been allowed for the assessment of the genomic profiles of patients with advanced cancer. We performed this study to search for molecular markers of endocrine therapy efficacy and to explore the clinical value of ctDNA to guide precise endocrine therapy for HR-positive/human epidermal growth factor receptor-2(HER-2)-negative metastatic breast cancer patients.Methods: In this open-label, multicohort, prospective study, patients were assigned to four parallel cohorts and matched according to mutations identified in ctDNA: 1) activation of the phosphatidylinositol-3-kinase(PI3K)/AKT/mammalian target of rapamycin(mTOR) signaling pathway preferred mTOR inhibitor combined with endocrine therapy;2) estrogen receptor 1(ESR1) mutation preferred fulvestrant;3) HER-2 mutations preferred pyrotinib;and 4) no actionable mutations received treatment according to the clinical situation. In all cohorts, patients were divided into compliance group and violation group. The primary outcome measure was progression-free survival(PFS), and the secondary outcome measure was overall survival(OS).Results: In all cohorts, the combined median PFS was 4.9 months, and median PFS for the compliance and violation groups was 6.0 and 3.0 months, respectively [P=0.022, hazard ratio(HR)=0.57]. Multivariate Cox regression model showed the risk of disease progression was lower in compliance group than in violation group(P=0.023, HR=0.55). Among the patients with HER-2 mutations, the median PFS was 11.1 months in the compliance group and 2.2 months in the violation group(P=0.011, HR=0.20). There was no significant difference in the median PFS between patients who did and did not comply with the treatment protocol in patients with activation of the PI3K/AKT/mTOR or ESR1 mutation.Conclusions: The results suggest that ctDNA may help to guide the optimal endocrine therapy strategy for metastatic breast cancer patients and to achieve a better PFS. Next-generation sequencing(NGS) detection could aid in distinguishing patients with HER-2 mutation and developing new treatment strategies.

摘要： 消化系统的恶性肿瘤,通常起病较为隐匿,因临床未能早期发现而导致患者生存率低。因此,探索新的肿瘤早期诊治的手段,是目前消化系统肿瘤学研究的重点。随着医疗技术的不断发展,“精准医疗”已成为医学领域的研究热点,以循环肿瘤DNA(ctDNA)为代表的非侵入性检测技术开始逐渐应用于消化系统肿瘤的临床治疗研究中。文章就ctDNA在消化系统肿瘤的早期筛查、疗效评估、预后判断等方面的研究进展进行综述。

摘要： 循环肿瘤DNA(ctDNA)主要来自于坏死、凋亡的肿瘤细胞,循环肿瘤细胞,肿瘤细胞分泌的外排体。ctDNA检测标本易获取、创伤小、方便动态监测,可反应肿瘤细胞基因改变的相关情况。ctDNA检测方法根据目标不同可分为两大类,一类是有针对性的检测特定的基因和突变,另一类是以非靶向方法检测所有的基因,通过与已知参考序列对照可获得大量信息。现有研究表明ctDNA检测可用于肿瘤的早期诊断和筛查、复发监控和预后判断及疗效、耐药监测与用药指导。本文综述了ctDNA检测及其临床研究进展,并提出了ctDNA检测在临床应用中面临的问题。

摘要： 目的 采用Meta分析和基于共同参考标准的间接比较方法评价microRNA和ctDNA在上皮性卵巢癌(EOC)诊断中的临床价值.方法 计算机检索PubMed、EMbase、Medline、The Cochrane Library、中国生物医学文献数据库(CBM)、中国期刊全文数据库(CNKI)、万方科技期刊全文数据库、维普中文科技期刊全文数据库(VIP),检索时限均从建库至2020年9月.由两名研究者根据事先制定的纳入及排除标准独立进行文献筛选并提取基本资料,依据诊断准确性研究的质量评估(QUADAS-2)工具评价文献质量.采用Meta-Disc 1.4软件和Stata 12.0软件进行Meta分析,计算合并敏感性、合并特异性、合并阳性似然比、合并阴性似然比、合并诊断优势比(DOR).采用RevMan 5.3软件绘制汇总受试者工作特征曲线(SROC),采用敏感性分析评估结果的稳定性.采用Deek's漏斗图非对称检验评估是否存在发表偏倚.通过R软件实现microRNA和ctDNA间接比较的相对诊断比值比(RDOR)结果.结果 最终纳入19篇文献,包含1351例EOC患者,1194例对照.异质性检验提示存在非阈值效应引起的明显异质性.采用随机效应模型对microRNA诊断EOC的研究进行Meta分析,结果显示,合并敏感性为0.74(95％CI:0.72～0.76),合并特异性为0.82(95％CI:0.80～0.84),合并阳性似然比为4.62(95％CI:3.35～6.38),合并阴性似然比为0.24(95％CI:0.17～0.35),合并DOR为21.62(95％CI:13.57～34.44),AUC为0.894.ctDNA诊断EOC的Meta分析结果显示,合并敏感性为0.76(95％CI:0.72～0.80),合并特异性为0.86(95％CI:0.83～0.89),合并阳性似然比为5.81(95％CI:3.60～9.38),合并阴性似然比为0.29(95％CI:0.21～0.41),合并DOR为22.61(95％CI:13.27～38.52),AUC为0.884.间接比较结果显示mi croRNA、ctDNA对EOC诊断的准确性之间差异无统计学意义.Deek's漏斗图非对称检验提示不存在明显发表偏倚.结论 microRNA、ctDNA对EOC的临床诊断价值相当.

摘要： 循环肿瘤DNA(ctDNA)主要来自于坏死、凋亡的肿瘤细胞,循环肿瘤细胞,肿瘤细胞分泌的外排体.ctDNA检测标本易获取、创伤小、方便动态监测,可反应肿瘤细胞基因改变的相关情况.ctDNA检测方法根据目标不同可分为两大类,一类是有针对性的检测特定的基因和突变,另一类是以非靶向方法检测所有的基因,通过与已知参考序列对照可获得大量信息.现有研究表明ctDNA检测可用于肿瘤的早期诊断和筛查、复发监控和预后判断及疗效、耐药监测与用药指导.本文综述了ctDNA检测及其临床研究进展,并提出了ctDNA检测在临床应用中面临的问题.

摘要： 目的 通过分析胃癌患者的ctDNA特征重点探究潜在的可用于化疗疗效评估的基因标记物.方法 选择10例晚期胃癌患者,收集其化疗过程中的26份血样,通过508个癌症相关基因的捕获和二代DNA测序,结合临床化疗信息进行胃癌患者ctDNA特征解析.结果 首次发现EZH2基因第19号内含子第1234-1240的胸腺嘧啶核苷酸同聚物的缺失/插入突变,并且该特定突变具有胃癌化疗疗效评估潜在价值,可用于构建分子检测标志物.结论 本研究提出的EZH2基因特定突变可以作为胃癌化疗疗效的潜在评估指标,对于早期评估化疗疗效、监测疾病进展和及时更换耐药方案具有积极的临床意义.

摘要： cqvip:1文献来源Zhang Q,Luo J,Wu S,et al.Prognostic and predictive impact of circulating tumor DNA in patients with advanced cancers treated with immune checkpoint blockade[J].Cancer Discov,2020,10(12):1842-1853.2证据水平2b。3背景用于监测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物很少,尤其是可用于多种癌症类型的生物标志物。

摘要： cqvip:1文献来源Chen K,Zhao H,Shi Y,et al.Perioperative dynamic changes in circulating tumor DNA in patients with lung cancer(DYNAMIC)[J].Clin Cancer Res,2019,25(23):7058-7067.2证据水平1b。3背景既往研究表明,循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)水平反映了全身性肿瘤总负担。完全手术后,ctDNA水平应降低,并且随着肿瘤复发而升高。

摘要： DNA是生物体遗传信息的载体，对一切生命现象都起着至关重要的作用。很多药物的作用标靶都是DNA。小分子与DNA相互作用后不同程度地导致DNA分子结构与功能的变化，进而对DNA的基因调控和表达功能产生影响。因此，在分子水平上阐明这些生物大分子与小分子、离子，特别是药物分子的相互作用，是当前生命科学、临床医学、药学、化学等众多领域的重要研究课题。

摘要： DNA是生物体遗传信息的载体，对一切生命现象都起着至关重要的作用。很多药物的作用标靶都是DNA。小分子与DNA相互作用后不同程度地导致DNA分子结构与功能的变化，进而对DNA的基因调控和表达功能产生影响。因此，在分子水平上阐明这些生物大分子与小分子、离子，特别是药物分子的相互作用，是当前生命科学、临床医学、药学、化学等众多领域的重要研究课题。

摘要： DNA是生物体遗传信息的载体，对一切生命现象都起着至关重要的作用。很多药物的作用标靶都是DNA。小分子与DNA相互作用后不同程度地导致DNA分子结构与功能的变化，进而对DNA的基因调控和表达功能产生影响。因此，在分子水平上阐明这些生物大分子与小分子、离子，特别是药物分子的相互作用，是当前生命科学、临床医学、药学、化学等众多领域的重要研究课题。

摘要： DNA是生物体遗传信息的载体，对一切生命现象都起着至关重要的作用。很多药物的作用标靶都是DNA。小分子与DNA相互作用后不同程度地导致DNA分子结构与功能的变化，进而对DNA的基因调控和表达功能产生影响。因此，在分子水平上阐明这些生物大分子与小分子、离子，特别是药物分子的相互作用，是当前生命科学、临床医学、药学、化学等众多领域的重要研究课题。

摘要： DNA是体内抗癌药物的主要靶标，而寡肽类化合物一般具有较强的生物活性，多数可以作为药物或药物前体。因此研究药物、药物先导物和药物候选物与DNA之间的相互作用，探索其间的构效关系，对于认识药物作用机理以及设计新药具有重要的理论和实际应用价值。研究有机小分子化合物与DNA的相互作用很有实际意义，一方面可作为生物探针建立测定DNA高灵敏的分析方法，另一方面可以作为靶向分子研究其与DNA作用的模式和机理及生物活性之间的关系。本课题组采用固相合成法制备了一个新的阳离子型五肽，通过紫外光谱和荧光光谱研究该五肽与DNA的相互作用。

摘要： DNA是体内抗癌药物的主要靶标，而寡肽类化合物一般具有较强的生物活性，多数可以作为药物或药物前体。因此研究药物、药物先导物和药物候选物与DNA之间的相互作用，探索其间的构效关系，对于认识药物作用机理以及设计新药具有重要的理论和实际应用价值。研究有机小分子化合物与DNA的相互作用很有实际意义，一方面可作为生物探针建立测定DNA高灵敏的分析方法，另一方面可以作为靶向分子研究其与DNA作用的模式和机理及生物活性之间的关系。本课题组采用固相合成法制备了一个新的阳离子型五肽，通过紫外光谱和荧光光谱研究该五肽与DNA的相互作用。

摘要： DNA是体内抗癌药物的主要靶标，而寡肽类化合物一般具有较强的生物活性，多数可以作为药物或药物前体。因此研究药物、药物先导物和药物候选物与DNA之间的相互作用，探索其间的构效关系，对于认识药物作用机理以及设计新药具有重要的理论和实际应用价值。研究有机小分子化合物与DNA的相互作用很有实际意义，一方面可作为生物探针建立测定DNA高灵敏的分析方法，另一方面可以作为靶向分子研究其与DNA作用的模式和机理及生物活性之间的关系。本课题组采用固相合成法制备了一个新的阳离子型五肽，通过紫外光谱和荧光光谱研究该五肽与DNA的相互作用。

摘要： DNA是体内抗癌药物的主要靶标，而寡肽类化合物一般具有较强的生物活性，多数可以作为药物或药物前体。因此研究药物、药物先导物和药物候选物与DNA之间的相互作用，探索其间的构效关系，对于认识药物作用机理以及设计新药具有重要的理论和实际应用价值。研究有机小分子化合物与DNA的相互作用很有实际意义，一方面可作为生物探针建立测定DNA高灵敏的分析方法，另一方面可以作为靶向分子研究其与DNA作用的模式和机理及生物活性之间的关系。本课题组采用固相合成法制备了一个新的阳离子型五肽，通过紫外光谱和荧光光谱研究该五肽与DNA的相互作用。

摘要： 许多药物分子以DNA为作用靶点,药物进入体内代谢后产生的中间体和代谢产物与DNA作用的机制,往往是药物产生药理和毒理作用的主要因素.1,4-二氢吡啶(1,4-DHP)衍生物是一类高效的钙离子通道拮抗剂,具有选择性抑制心肌和血管平滑肌的跨膜钙离子运转,降低心肌收缩力,扩张血管,使外周血管阻力下降等药理作用.1,4-DHP类药物在人体内的代谢过程是通过肝脏中的细胞色素P-450氧化成吡啶衍生物,因此,研究1,4-DHP衍生物氧化过程中与DNA的作用,对了解药物的作用机制及毒副作用产生机理将是十分有意义的.

摘要： 许多药物分子以DNA为作用靶点,药物进入体内代谢后产生的中间体和代谢产物与DNA作用的机制,往往是药物产生药理和毒理作用的主要因素.1,4-二氢吡啶(1,4-DHP)衍生物是一类高效的钙离子通道拮抗剂,具有选择性抑制心肌和血管平滑肌的跨膜钙离子运转,降低心肌收缩力,扩张血管,使外周血管阻力下降等药理作用.1,4-DHP类药物在人体内的代谢过程是通过肝脏中的细胞色素P-450氧化成吡啶衍生物,因此,研究1,4-DHP衍生物氧化过程中与DNA的作用,对了解药物的作用机制及毒副作用产生机理将是十分有意义的.

摘要： 本发明提供了一种基于液体活检的ctDNA突变程度分析方法和装置、ctDNA性能分析装置，其中，突变程度分析方法包括：对待检测血浆样本进行捕获测序得到FASTQ文件；分别提取配对reads中的分子标签并存储为uBAM文件；将FASTQ文件的基因序列与参考基因组进行比对并去重，并将其与uBAM文件合并得到含有分子标签的BAM文件；对BAM文件中的reads进行聚集并去重；在基因突变panel区域得到样本原始突变集合，并对其中的基因突变参数进行统计；对样本原始突变集合进行过滤，对各样本的基因突变参数进行统计；针对样本的基因突变参数对待检测血浆样本的突变程度进行评估，提高ctDNA突变检测的灵敏度。

摘要： 本发明提供了一种基于液体活检的ctDNA突变程度分析方法和装置、ctDNA性能分析装置，其中，突变程度分析方法包括：对待检测血浆样本进行捕获测序得到FASTQ文件；分别提取配对reads中的分子标签并存储为uBAM文件；将FASTQ文件的基因序列与参考基因组进行比对并去重，并将其与uBAM文件合并得到含有分子标签的BAM文件；对BAM文件中的reads进行聚集并去重；在基因突变panel区域得到样本原始突变集合，并对其中的基因突变参数进行统计；对样本原始突变集合进行过滤，对各样本的基因突变参数进行统计；针对样本的基因突变参数对待检测血浆样本的突变程度进行评估，提高ctDNA突变检测的灵敏度。

摘要： 本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种高通量、高灵敏度检测肿瘤ctDNA甲基化的方法、探针库及试剂盒。所述方法通过对待测血样DNA引入2个公共的测序接头序列，利用甲基化不敏感的内切酶酶切，留下甲基化的DNA分子和没有酶切位点的非目标区域，之后进行PCR扩增以及探针杂交富集目标区域DNA，通过高通量测序分析鉴定出待测血样中ctDNA目标区域的甲基化状态，其具有高灵敏度、高通量以及数字化分析的优点，本发明所述方法不需进行亚硫酸氢盐转化，有效避免了亚硫酸氢盐处理ctDNA出现的片段化和不能完全转化问题。

摘要： 本发明公开了一种ctDNA单核苷酸变异位点检测方法、装置、存储介质及设备，属于生物医学检测技术领域。该检测方法包括接收SNV位点数据；数据预处理；提取SNV位点数据中每个位点特征，并对所提取的特征进行特征编码，将编码后的特征划分为第一特征集和第二特征集；采用Stacking策略构建SNV位点检测模型，所述Stacking策略的第一层包括两个LightGBM算法模型，第二层为逻辑回归算法学习器。所述存储装置、存储介质及设备均根据所提出的方法得以实现。本发明适用于ctDNA的单核苷酸变异检测，针对性强、特征种类多、敏感度高、结果稳定可靠。

摘要： 本申请涉及肿瘤DNA检测领域，具体公开了一种优化ctDNA检测准确率的方法，包括以下步骤：S1、血液样本处理：将血液样本在采血2h内进行以下操作：将血液样本离心，取上层血浆；S2、ctDNA的抽离：向血浆中加入裂解液、蛋白质酶解剂和二氧化硅，混匀，离心，取下层沉淀物，加入EB缓冲液，水浴，取出，在室温下，离心，取上清液作为ctDNA样本，保存；S3、ctDNA样本中间处理：将ctDNA样本回温至1‑10°C，超声；S4、ctDNA含量检测：将ctDNA样本PCR扩增，将扩增后的ctDNA与生物传感器混合，杂交反应，检测荧光强度。本申请的ctDNA的检测方法具有血浆提取率高，提取时间短，蛋白质水解度大，准确率、灵敏度高。

摘要： 本发明涉及ctDNA的检测技术领域，尤其涉及一种生物传感器及其制备方法和应用、检测ctDNA的电化学系统。本发明提供的包括基底电极和依次负载在所述基底电极表面的Au‑CP1探针层、HT层、CRSPR/Cas12a体系层和CP2探针/磁性共价有机骨架/Pd‑Au/MB层；所述CRSPR/Cas12a体系层包括crRNA、Cas12a、ssDNA和待检样品，所述CP2探针/磁性共价有机骨架/Pd‑Au/MB层包括磁性共价有机骨架和负载在所述磁性共价有机骨架的孔隙结构中的Pd‑Au和MB，还包括CP2探针；所述Pd‑Au中的Au与CP2探针中的巯基键合，该生物传感器便于携带，能够特异性检测ctDNA。

摘要： 本发明公开一种NGS双端分子标签测序技术和背景降噪算法的检测血浆ctDNA超高测序深度下低丰度突变的检测方法，包括：(1)对所有测序读段携带的双端分子标签序列收集并标注分子标签序列和组合方式；(2)标注后的读段与参考序列进行比对，将分子标签组合序列和比对位置相同的测序读段归类至单分子共识序列；(3)将存在的分子标签组互补且读段序列互补的单分子共识序列进一步归类至双链共识序列；(4)对包含单链共识序列和双链共识序列的比对结果进行突变检测，注释和过滤；(5)对突变检测结果，利用健康人检测结果使用零膨胀泊松分布算法进行背景降噪。在保证100％特异性的前提下提升了检测灵敏度的，ctDNA中丰度0.1％突变的检测敏感性达到95％以上。

摘要： 利用CRISPR技术剪切非突变靶点进而凸显低频突变的方法，对DNA分子进行建库，设计特异性的sgRNA，添加sgRNA以及Cas9进行体外处理，并将其与Cas9蛋白在体外结合后加入到样品DNA中；利用CRISPR技术剪切非突变靶点进而凸显低频突变、以NGS测序确认该方法可以应用于检测低频的ctDNA(循环肿瘤DNA)或应用到肿瘤细胞占比低的FFPE样本，实现2个或更多低频突变位点的联合检测。

摘要： 本发明公开了一种用于检测ctDNA的生物传感检测系统及其检测方法，包括有：球形核酸报告子、RCA产物和CRISPR/Cas12a体系；其中：球形核酸报告子为巯基DNA链修饰的金纳米粒子；RCA产物为待检测物ctDNA与5’磷酸化线性挂锁探针进行RCA扩增反应获得的产物；CRISPR/Cas12a体系中包含有LbCas12a蛋白和crRNA形成的稳定二元复合物。本发明SNA在生理环境中具有优异的抵抗核酸酶切割的能力。因此，用SNA报告子代替ssDNA报告子可以提高CRISPR/Cas12a体系的稳定性；并利用滚环扩增(RCA)具有操作简单、反应温度温和、扩增效率高等优点，将RCA与CRISPR/Cas12a体系结合在一起，在可以显著提高体系的灵敏度。

摘要： 本发明涉及一种血浆保存液、采血管以及其在ctDNA检测中的用途，属于液体活检技术领域。包括：抗凝剂50‑200mg/ml、防腐剂50‑300mg/ml、醛淬灭剂10‑100mg/ml、细胞膜保护剂10‑80mg/ml、代谢抑制剂2‑35mg/ml、自由基捕获剂5‑50mg/ml、水。本发明中提供的血浆保存液能够有效地对采血样本进行保存，特别适用于ctDNA检测的样本处理过程，其具有存储时间长、避免ctDNA降解的优点。