测序技术

摘要： 畜禽呼吸系统疾病发病率和病死率较高,临床诊断难度大,给养殖业带来巨大经济损失。微生物群组在呼吸道疾病发生和发展中起重要作用,环境因子、抗生素、肠道微生物等因素均可导致动物呼吸道微生物多样性发生改变。16S rRNA基因测序技术有灵敏度高和特异度强、高通量、低成本、耗时短等优点,是微生物群组研究的常用方法。论文介绍了16S rRNA基因测序技术及其在研究动物呼吸道微生物群落受空间、环境因素、抗生素、肠道微生物影响中的应用,探讨了动物呼吸道中微生物多样性的变化,以期为呼吸道疫病防控研究提供参考。

摘要： 近年来简化基因测序技术不断发展,2b-RAD基因测序技术技术也越来越成熟,该技术具有技术重复性好,标签长度一致、测序深度均一,SNP准确性和利用率高等优点,是目前简化基因测序的重要技术之一。本文主要对2b-RAD基因测序技术进行简要阐述,以期为读者提供参考。

摘要： 卵巢miRNA-mRNA网络调控云上黑山羊高繁殖力的分子机制被揭示近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所肉羊遗传育种创新团队利用mRNA和miRNA测序技术,对云上黑山羊的卵巢组织开展了研究。通过构建miRNA-mRNA网络,筛选了调控山羊高繁殖力的潜在分子途径,并利用体外实验对候选基因及其调控基因进行了验证,为云上黑山羊卵泡颗粒细胞的增殖和繁殖性能研究提供了新的视角。相关研究结果发表在《内分泌学前沿(Frontiers in Endocrinology)》上。

摘要： 随着测序技术的不断进步,为了更加深入的探究癌症产生和发展的分子机理,产生了一些针对癌症的研究计划,癌症基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)便是其中之一。该计划包含了海量的数据,DNA甲基化数据是该计划中一种重要的表观遗传修饰数据。本文简要介绍了癌症基因图谱计划,阐述了癌症基因图谱计划的甲基化数据,对癌症基因图谱计划中甲基化数据的分析工具进行了说明,简述了450K甲基化数据的分析过程,以期对使用癌症基因图谱计划开展DNA甲基化的相关研究提供相应帮助和支持。

摘要： 基于Illumina Miseq测序技术,对山东、山西的朝天椒(Capsicum annuum L.)和线椒(Capsicum frutescens L.)产地加工过程中细菌16S rDNA和真菌ITS进行测序,解析其细菌及真菌群落结构多样性变化,并探讨不同产地加工工艺的合理性和科学性。结果表明:两种辣椒产地原料上附着的细菌和真菌菌群差异显著,经盐渍加工后,两种辣椒中细菌菌群仍存在显著差异(P<0.05),而真菌菌群差异性则随着加工的进行逐步减小。根据可培养微生物计数结果发现,经两次清洗后,线椒样品中可培养细菌和真菌数量分别增至2.6×10^(6)和1.6×10^(6) CFU/g,而朝天椒的可培养细菌和真菌数量分别降至9.0×10^(4)和6.6×10^(3) CFU/g,说明相同设备用于清洗线椒时的适用性低,导致清洗过程中微生物积累。拌盐后的朝天椒和线椒样品中,可培养细菌和真菌数量降至10^(2)~10^(4) CFU/g。该研究揭示了盐渍辣椒加工中微生物的群落结构和多样性变化规律,为提升产地加工水平、设备优化及品质安全与控制提供科学依据。

摘要： 近年来,随着测序技术的迅速革新和发展,甲基化研究持续升温。DNA甲基化修饰是在不改变DNA序列的前提下,调控细菌基因表达,改变遗传表现的一种方式。真核生物的DNA甲基化修饰在疾病发生、植物生长等领域的应用已有大量研究。但是,对于原核生物DNA甲基化修饰的研究却较少。为了更好地了解原核生物中细菌的DNA甲基化研究现状,本文对近年致病菌和乳酸菌的甲基转移酶、甲基化组学和检测技术的研究进行简要概述,以期为DNA甲基化在乳酸菌中的应用中提供一定参考。

摘要： 近日,中国工程院院士、湖南师范大学省部共建淡水鱼类发育生物学国家重点实验室主任刘少军教授团队在《BMC生物学》在线发表论文,揭示了人工异源四倍体鱼的基因组。红鲫和鲤作为古老的异源四倍体,其染色体数目相比同属于鲤科鱼类的斑马鱼发生了加倍。这是由于额外发生了一轮异源四倍化事件,而新生的异源四倍体鲫鲤染色体数目为200条。该研究利用PacBio RS II测序技术长度长的优势,结合基因组单分子光学图谱和高通量染色体构象捕获技术(HI-C),构建了高质量的异源四倍体鲫鲤基因组。其基因组组装大小为2.95 Gb,BUSCO评估基因完整度约96.4%。

摘要： 高通量基因测序技术也称“下一代”测序技术,具有高通量、快速、高精度的特点,可以在短时间内获得大量数据。随着该技术的快速发展,其已用于解决疾病病理、环境监测、食品发酵、动植物保护等与微生物息息相关的问题。尤其在食品领域,使用高通量基因测序技术进行食品微生物鉴定和溯源,进而锁定食源性疾病暴发的源头逐渐成为国际研究热点,一些国家已相继开展研究和布局。为什么要对食品中的微生物进行鉴定和溯源?国内外使用高通量基因测序技术进行食品中微生物鉴定与溯源的水平如何?我国出台了哪些政策与法规来助推和规范这一技术的发展?本期专题将为您带来专家的最新观点。

摘要： 测序技术是分子生物学研究中常用的技术,它的出现极大地推动了生物学、基因筛选、品种改良等工作的开展.随着科学技术的进步,测序技术自身也在不断更新.介绍测序技术及其发展历程,以及在葡萄种植环境、品质改良、新品种培育、常见病害、果品保鲜,酿酒酵母改良及选育、生长环境及影响因素等方面的应用,旨在促进测序技术与食品科学研究的融会贯通及长远发展.

摘要： 目的 通过对人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(Human Immunodeficiency Virus/Ac-quired Immunedeficiency Syndrome,HIV/AIDS)合并肺部感染者纤维支气管镜肺泡灌洗液样本进行研究,探讨纳米孔三代测序(Oxford Nanopore Technologies)对样本快速病原学鉴定的准确性.方法 本研究共纳入2例HIV/AIDS合并肺部感染并留取肺泡灌洗液样本的患者,使用纳米孔三代测序对样本DNA进行测序,提取不同时间点的测序数据进行生物信息学分析,并与常规病原体检查和二代测序(Illumina)等方法进行比较,评价纳米孔三代测序对样本快速病原学鉴定的准确性.结果 本研究纳入的患者A常规病原学检查和二代测序的结果均提示铜绿假单胞菌感染,纳米孔三代测序仅需1h测序数据即发现样本中存在铜绿假单胞菌的基因序列;患者B常规病原学检查和二代测序的结果均提示肺炎克雷伯杆菌,屎肠球菌和结核分枝杆菌混合感染,纳米孔三代测序1 h的测序结果即可检测出肺炎克雷伯杆菌和屎肠球菌的基因序列,6 h的测序结果即可检测出结核分枝杆菌的序列.因此,加上对肺泡灌洗液样本处理、DNA文库构建和生物信息学分析的耗时(合计约2 h),仅需8 h左右即可检测出上述样本的致病微生物.结论 纳米孔三代宏基因组测序可对HIV/AIDS合并肺部感染者进行快速病原微生物鉴定,其准确性与常规病原学检查和Illumina二代测序的结果一致.

摘要： 本文就近几年国内外有关应用下一代测序技术检测肿瘤单核苷酸多态性等方面的研究以及NGS的特点及优势作一综述，旨在归纳总结下一代测序技术的特点及其在肿瘤方面的应用现况，从而探究有待进一步研究的地方。

摘要： 目的:应用下一代测序技术对一例结节性硬化症患儿进行基因诊断.方法:从研究对象外周静脉血提取其基因组DNA,构建文库,使用Ion Torrent个体化基因组测序仪(PGM)进行测序.发现的致病突变通过Sanger测序法验证,同时对患儿父母亲的相同位点进行检测以确定该突变来源.结果:对患儿检测发现其TSC2基因一个剪接突变c.4006-2A＞G,及三个多态性位点c.1726T＞G(TSC1基因),c.976-100C＞G和c.3475C＞T(TSC2基因).而患儿父母亲c.4006-2位点未见异常.结论:发现患儿存在一个致病突变,符合结节性硬化症的临床诊断,并提示此突变可能是一个新发突变或者其父/母有性腺嵌合体可能.下一代测序技术进行基因检测准确可靠,特别适用于一些复杂基因和多基因遗传病的基因诊断.

摘要： 基于454测序技术对宁波沿海10个陆源排污口在2011年的3月、5月、8月、10月四个月份的希瓦氏菌的分布进行了测定.结果表明：希瓦氏菌检出频数最高的是3月份的象山石浦水产加工园区工业排污口,出现频数为1084次,其中种已鉴定出的有波罗的海希瓦氏菌Shewanella baltica (51)次，太平洋希瓦氏菌S.pacifica(46)次,希瓦氏菌ANA-3(1)次，而象山爵溪东塘排污口在3、8月份,象山西周工业园区综合排污口在5月份,距象山爵溪东塘排污口50 m以外的海域在5月份,象山墙头综合排污口、宁海颜公河入海排污口在8月份、象山石浦水产加工园区排污口在10月份均无希瓦氏菌属检出。从总趋势来看，排污口处希瓦氏菌检出频数大于距排污口50 m以外的海域。

摘要： 随着近几年测序技术的发展以及测序费用的降低,临床与遗传学的联系越发紧密,许多临床疑难病例通过遗传学检测找到了答案,而在此过程中遗传检测技术、手段也得到了前多未有的更好、更快的发展.过去的2017年,神经遗传学领域取得了许多新的研究成果,令人振奋,受篇幅所限,在此仅列举部分共享.

摘要： “液体活检”的检测技术越来越丰富，“液体活检”应用将会给临床肿瘤诊断带来革命性的突破;现有病理检测技术的必要和有效的补充;“液体活检”的准确性有待更多的临床数据进一步确认;检验科室应成为“液体活检”的领军科室。

摘要： 本文讲述了分子生物学技术的发展，qPCR技术在麻风诊断中应用案例介绍，测序技术在真菌等感染性疾病诊断中应用案例介绍，为进一步指导治疗提供了理论依据。

摘要： 本文探索分子诊断技术在难治型儿童恶性实体肿瘤中的实际应用.对31例复发难治型恶性儿童肿瘤病例进行了基因药敏检测以指导用药.借鉴于国际上已有的一些使用成人常用的靶向治疗药物应用于儿童的案例(美国COG组织),选择了一些较为成熟的靶点,作为初期选择开始实施,检测方法为免疫组化及测序技术.结果显示，早期肿瘤基因检测与药物敏感试验初见端倪，但尚局限于复发难治性肿瘤，确切而可信的结论有待适应症的放宽和样本量的持续扩大。

摘要： 本实验选取马匹中具有代表性的两个品种(蒙古马与纯血马)的典型免疫器官脾脏,通过Illumina测序技术进行基因表达差异的分析,将有助于解析马匹不同品种之间免疫力和抗病力的不同.

摘要： 本文就耐盐烃降解菌的基因组学研究进行总结和整理.耐盐烃降解菌在高盐环境烃生物降解过程中起到重要作用，采用传统分析技术获得的信息较为有限,特别是难以全面获取其降解基因等基因组信息,大大限制了对其烃降解生命活动的认识.随着基因组测序技术的蓬勃发展,大量耐盐烃降解菌的基因组图谱已经完成破译,越来越多的基因组信息被挖掘出来,极大地促进了对该类微生物的认识.

摘要： 从慢阻肺稳定期患者的支气管肺泡灌洗液(BALF)标本中提取微量的宏基因组DNA,以便于后续的PCR反应和测序进行菌群分析.取3例慢阻肺稳定期患者的BALF各5ml,13000 r/min、4°C离心30 min收集细胞,按照改良Qiagen DNA提取试剂盒的操作步骤进行提取,加入Buffer ATL后,首先用研磨珠和多功能生物样品匀质器破碎革兰阳性菌的菌壁,再加入蛋白酶K,55°C孵育1 h,然后加入Buffer AL振荡混匀.加入无水乙醇混匀后，将全部溶液过柱，用500μl的Buffer AW1洗柱1次，再加入500 μl的Buffer AW2洗柱1次，最后加入50 μl的Buffer AE洗脱DNA。提取的DNA用Qubit. dsDNA BR Assay Kit试剂盒定量，通过PCR方法检测样本中的细菌16S DNA含量进一步验证。结果表明，改良后3例BALF的DNA浓度分别为15.5,25.0和60.8mg/L，明显高于单纯按照试剂盒操作步骤提取的DNA浓度(1,7.6和42.9mg/L，并且所提取的DNA可以很好地进行菌群16S的PCR扩增，改良后的PCR扩增产物明显多于改良前。结论:改良后的DNA提取方法能够更高效地提取BALF中的宏基因组DNA，为进一步测序和菌群分析打下基础。

摘要： 本发明提供一种基于Nanopore测序技术的多组学测序及分析方法，包括：A、将采集的样本同时进行DNA和RNA提取；B、提取的RNA 3′端添加Poly U尾巴；C、将带有Poly U尾巴的RNA反转录成cDNA，并在其5′端添加MID条形码序列；D、将cDNA样品与DNA样品混合建库，进行Nanopore测序；E、将测序数据中所有cDNA表达量水平按照DNA进行均一化处理；F、对测序数据中全基因组甲基化信号进行读取与分析。本发明在实现基因组测序的基础上，同时还能够实现转录组以及表观甲基化组检测，并达到宏转录组、宏基因组以及表观甲基化组的多组学关联分析的目的。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的乳腺癌分子测序诊断试剂盒，包括盒体，所述盒体内部的底部设置有抽屉，所述盒体底部的四角处皆设置有固定吸盘，所述盒体内部两侧的中间位置处设置有支撑板，所述支撑板顶部的中间位置处设置有隔板，所述隔板的顶部设置有限位板，所述隔板两侧与盒体的内部之间共同设置有海绵，所述海绵的内部均匀设置有试剂管槽，所述盒体内部两端的顶部皆对称设置有两组盖板槽A和盖板槽B；本实用新型通过海绵、试剂管槽、隔板、限位板、盖板槽A、盖板槽B、盖板、挡板和弹簧之间的互相配合，使得试剂可以分类分区存放，并且存放区域的盒盖可以独立打开，互不影响，减少了试剂交叉感染的风险。

摘要： 本实用新型公开了一种NGS测序技术的cfDNA分子测序诊断试剂盒，包括盒体A，所述盒体A的内部设置有多个呈垂直状交错固定的隔板，呈同一方向的所述隔板表面均开设有内槽，所述内槽处于与之相交的所述隔板的一侧，所述内槽的内侧插入有放置板，所述放置板的两侧等距离固定有多个限位凸起，连接槽的内侧设置有闭合板；通过设计的放置板和限位凸起，可以有效的将隔板之间的间隙大小进行调节，从而便于避免试剂管在使用中发生晃动的现象，同时设计的闭合板，可以对放置板进行更换以及拆卸，使用起来十分的方便快捷。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的ctDNA分子测序诊断试剂盒，包括试剂盒主体，所述试剂盒主体的上表面一体式成型有防护盖，所述试剂盒主体的两侧均一体式成型有卡板，所述卡板的前表面中间位置处安装有透明片，所述卡板的内部两端均开设有滑槽，所述卡板的内部中间位置处放置有放置板；通过在试剂盒主体的两侧设计卡板和在卡板的内部设计放置板，避免现有的试剂盒在装入试剂时都是对应试剂盒装入对应的试剂，在装入不同的试剂瓶时不便于更换试剂盒外说明书纸牌进行对应放置，可以先在试剂盒主体的内部装入试剂瓶时，在放置板的内部卡合安装在对应的说明书纸牌，使得滑块在滑槽的内部滑动将放置板滑动安装在卡板的内部。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的乳腺癌癌分子测序诊断试剂盒，包括试剂盒本体，所述试剂盒本体内侧壁开设有调节滑槽，所述调节滑槽内侧滑动连接有调节滑块，所述调节滑块端面固定有盖板，所述盖板的一端固定有拉手块，所述调节滑槽内侧上表面等距开设有卡槽，所述调节滑块外表面固定有调节件；通过设置有盖板、调节滑块、调节件、卡槽及调节滑槽，便于边放试剂边推动盖板对试剂进行防护，限制试剂从试剂盒本体内侧脱离，通过设置有安装块、吸盘、调节螺杆及橡胶垫，便于在试剂盒本体放置于较为光滑的平台时，可以很好的避免试剂盒本体在平台面滑动。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的胃癌分子测序诊断试剂盒，包括试剂盒盖、试剂盒主体、试管托盘和试剂瓶，所述试剂盒主体的内部固定设置有隔板，所述隔板的上表面与试剂盒主体的内壁之间形成试剂瓶存储腔，所述试剂瓶存储腔的上端嵌入设置有硬纸板，所述硬纸板的上表面开设有试剂瓶插孔，所述试剂瓶的下端贯穿试剂瓶插孔，且所述隔板的上表面开设有六棱角凹槽，所述试剂瓶的下端固定设置有六棱柱底座，所述六棱柱底座与六棱角凹槽相配合；通过设置隔板和六棱角凹槽，无需将试剂瓶从试剂瓶存储腔内取出即可旋转打开试剂瓶瓶盖，操作简单方便，设置硬纸板，对试剂瓶进行限位固定，使其放置更加稳固。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的结直肠癌分子测序诊断试剂盒，包括盒体，所述盒体顶端设置有顶盖，所述顶盖与盒体的连接处连接有折叠板，所述盒体前端表面固定有安装块，所述安装块表面开设有安装槽，所述安装槽内部设置有固定板，所述固定板一端表面设置有卡板，所述卡板固定在顶盖端部；本实用新型通过设计的固定板，固定板在顶盖处于关闭状态的时候，对其端部的卡板进行阻挡，从而对顶盖进行固定，有效的保证顶盖在晃动中不会出现自行打开现象，通过设计的弹性片，对固定板提供弹力，使其在没有外力作用下，弹出安装槽。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的甲状腺癌分子测序诊断试剂盒，包括盒体，所述盒体为中空长方体结构，所述盒体的顶部通过合页连接有保护盖，所述盒体的内部设置有存放盒，且存放盒的两侧开设有限位槽，所述盒体的两侧内部开设有活动槽，且活动槽的内部通过横杆连接有限位板；通过设计的滑块、滑槽，使竖杆在使用过程中限定滑动位置，通过设计的限位板、竖杆、限位槽、活动槽，使不影响存放盒的正常使用情况下，在盒体的内部对存放盒进行限位，增加使用稳定性；通过设计的多个卡块，在试剂管卡入放置槽内部的过程中，使卡块的底端随着试剂管的卡入与试剂管的表面贴合，增加试剂管与放置槽之间的贴合度。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的肺癌分子测序诊断试剂盒，包括盒体，所述盒体内部嵌入安装有缓冲垫，所述缓冲垫内部开设有多组放置腔，多组所述放置腔内部设置有两组夹紧机构，两组所述夹紧机构包括两组固定杆和滑块，两组所述固定杆外壁套设有压缩弹簧；通过设计的夹紧机构，便于对不同体积大小的试管进行夹紧固定，方便试管的放置，避免在内部出现晃动而发生破裂，设计简单，方便使用；通过设计的卡紧机构，避免在使用中出现松动，在晃动中出现打开或者产生缝隙，导致盒体内的试管污染影响NGS测序结果的发生，结构简单，操作方便。

摘要： 本实用新型公开了一种基于NGS测序技术的肝癌分子测序诊断试剂盒，包括试剂盒主体，所述试剂盒主体的上表面一体式成型有防护盖，所述试剂盒主体的内部放置有放置板，所述试剂盒主体的两侧通过胶液粘合固定有固定板块，所述固定板块的内部转动连接有连接转轴，所述连接转轴的两侧套合有扭簧；通过在试剂盒主体的两侧设计固定板块和在固定板块的端部设计紧压板，避免试剂盒在拿取试剂瓶后不便于将防护盖再次紧压固定，容易导致防护盖打开试剂瓶掉落，通过扭簧在连接转轴的外表面原位不动的发生弹性形变将紧压板恢复至原来的位置，使得紧压板紧压在防护盖的上表面，将防护盖紧密闭合防止试剂瓶掉落，解决了拿取试剂瓶后不便于再次将防护盖紧压固定。