序列分析,DNA

摘要： 目的 探讨基于假体周围组织的宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在关节置换术后假体周围感染(periprosthetic joint infection,PJI)的诊断效率和价值.方法 回顾性分析2019年6月至2020年6月接受髋或膝关节翻修术33例患者的病历资料.诊断为PJI的病例设为感染组共21例,男9例,女12例;年龄(59.14±14.55)岁(范围:28～84岁);膝关节 17例,髋关节4例;体质指数(body mass index,BMI)为(23.7±2.8)kg/m2(范围:17.7～29.4 kg/m2).诊断为假体无菌性松动的病例设为对照组共12例,男4例,女8例;年龄为(53.08±10.05)岁(范围:39～70岁);膝关节4例,髋关节8例;BMI为(25.2±2.9)kg/m2(范围:18.3～31.2 kg/m2).收集所有病例关节液和组织微生物培养的结果,收集所有病例mNGS检测假体周围组织的结果.比较微生物培养和mNGS检测对膝或髋关节PJI诊断的敏感性和特异性,总结和比较两种技术检出致病菌的种类,比较取样前2周内抗生素的使用对两种技术检出率的影响.结果 感染组21例中mNGS共检出13例阳性,微生物培养共检出6例阳性.对照组12例中mNGS仅检出1例阳性,微生物培养结果均为阴性.在PJI的诊断中,mNGS敏感性(61.9％)与微生物培养(28.6％)的差异有统计学意义(x2=4.71,P=0.03);mNGS特异性(91.7％)与微生物培养(100％)的差异无统计学意义(x2=1.04,P=0.31).在2周内有抗生素暴露的PJI病例中,mNGS阳性率(53.8％)明显高于微生物培养(15.4％),差异有统计学意义(x2=4.25,P=0.04);而在2周内无抗生素暴露的PJI病例中,mNGS阳性率(66.7％)与微生物培养(44.4％)的差异无统计学意义(x2=0.90,P=0.34).在致病菌检出上,mNGS共检出9种细菌(金黄色葡萄球菌、科氏葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、痤疮丙酸杆菌、毗邻颗粒链菌、表皮葡萄球菌、结核分枝杆菌、里昂葡萄球菌、脆弱拟杆菌)和2种真菌(烟曲霉菌、近平滑念珠菌);微生物培养共检出3种细菌(金黄色葡萄球菌、卡他莫拉菌、结核分枝杆菌)和1种真菌(近平滑念珠菌).mNGS和微生物培养均为阳性的患者共5例,3例检出完全一致的致病菌(金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、近平滑念珠菌),1例部分一致(mNGS检出更多致病菌),1例完全不同.另外,mNGS在3例结核性PJI的诊断中表现出100％的特异性和敏感性,优于微生物培养.结论 基于假体周围组织的mNGS检测技术是诊断PJI和确定致病菌的有效手段.取样前抗生素暴露对mNGS技术检出效力的影响小于微生物培养.

摘要： cqvip:患者,女,68岁,2017年5月因右膝骨性关节炎行右全膝关节置换术(total knee arthroplasty,TKA)(图1a,1b)。术后3个月门诊随访时右膝关节功能恢复良好。术后12个月(2018年5月12日),患者出现右膝持续肿胀,并伴有持续疼痛,无发热,自行在当地卫生所输注克林霉素7 d,肿胀消退,疼痛好转。2018年5月28日,再次出现右膝肿胀、疼痛,遂来我院就诊。专科检查:右膝前可见TKA术后瘢痕,愈合良好,右膝关节肿胀(图1c),浮髌试验阳性,右膝关节皮温高,膝关节内外侧间隙及髌骨周围压痛阳性,右膝关节活动度正常,屈伸活动0°~120°,右膝关节内外侧应力试验阴性,前后向稳定性好。X线检查显示:右膝关节软组织肿胀,假体位置良好,无骨折或松动迹象。实验室检查:白细胞6.32×109/L,中性粒细胞62.7%。

摘要： 目的检测1个常染色体隐性遗传性羊毛状发家系的致病基因.方法收集1个中国汉族常染色体隐性遗传性羊毛状发家系2例患者及其他家族成员的临床资料,采集他们的外周血和100例健康人外周血,提取DNA.应用二代皮肤靶向测序包检测患者的基因突变,然后采用Sanger测序验证,对突变基因编码蛋白质进行功能预测.结果2例患者均在LIPH基因存在错义突变c.530T>G(p.Leu177Arg)和c.736T>A(p.Cys246Ser),这2个突变分别来自患者父母,而100例健康对照中均未发现此2种突变.物种间序列比对分析发现,LIPH基因所编码蛋白质第177位亮氨酸和第246位半胱氨酸均属于高度保守的序列,SIFT和Polyphen-2软件预测c.530T>G(p.Leu 177Arg)和c.736T>A(p.Cys246Ser)突变均为有害变异位点.结论 LIPH基因的错义突变c.530T>G(p.Leu177Arg)和c.736T>A(p.Cys246Ser)可能为引起该家系羊毛状发患者临床表型的致病基因.

摘要： 结核病耐药和传播监测能够为公共卫生决策提供重要信息.结核分枝杆菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)分析在耐药检测和传播鉴定上比传统表型药物敏感性试验方法和基因分型方法具有更大优势,在发达国家已经应用.全基因组数据分析平台SAM-TB的建立使得构建基于结核分枝杆菌WGS的全国结核病耐药和传播监测数据库成为可能.笔者建议目前以省为单位,逐步推进这项工作,最终形成覆盖全国的结核病耐药和传播监测网络.

摘要： 目的探讨岩藻多糖对幽门螺杆菌(HP)感染后小鼠肠道菌群紊乱的调节作用。方法将22只8周龄C57BL/6品系小鼠,随机分为空白对照组(A组):小鼠每天灌服双蒸水,持续5周;单纯感染组(B组):小鼠每天灌服HP菌悬液,持续3周,再灌服2周双蒸水;单纯干预组(C组):单纯岩藻多糖干预2周,再灌服双蒸水3周;预防干预组(D组):岩藻多糖预干预2周,再感染HP 3周;治疗干预组(E组):感染HP 3周后,岩藻多糖干预2周。采集实验结束当天小鼠的粪便样品进行基因测序分析,采用Illumina HiSeq测序平台进行OTU(operational taxonomic units)聚类与注释;利用QIIME软件生成不同分类水平上的物种丰度表,再利用R语言工具绘制成样品各分类学水平下的物种分布柱状图;使用QIIME软件,通过NMDS分析对各组肠道菌群的β多样性进行分析;通过LEfSe技术分析组间差异显著性,寻找组间具有统计学差异的物种;最后通过Metastats分析,根据P值筛选出导致两组样品组成差异的肠道菌群。结果α多样性分析结果中的Shannon指数显示,E组生物多样性较B组升高;β多样性的NMDS分析结果显示E组菌群结构近似A组;粪便菌群LEfSe分析显示共有67个菌属在A、B、C、D和E组间差异具有显著意义(P2);进一步的Metastats分析显示岩藻多糖干预减轻了HP感染后有害细菌如脱硫弧菌(Desulfovibrio)以及泽泻属(Alistipe)的相对丰度,增加了肠道有益菌如双歧杆菌(Bifidobacterium)、粪便杆菌(Faecalibacterium)的相对丰度。结论岩藻多糖可提高肠道部分有益菌的相对丰度,降低部分有害细菌的相对丰度,并可增加肠道微生物多样性,对HP感染后小鼠肠道菌群紊乱具有调节作用。

摘要： 目的 对比分析脑脊液病原宏基因组第二代测序技术(mNGS)、传统病原学检测与临床最终诊断中枢神经系统感染的符合程度,探讨脑脊液病原mNGS测序的送检标准.方法 2017年3月至2020年4月首都医科大学附属北京同仁医院对35例需排除中枢神经系统感染的患者送检脑脊液标本,同时行脑脊液病原mNGS测序和传统病原学检测,分别计算两种检测方法的灵敏度、特异度和Youden指数;绘制受试者工作特征(ROC)曲线并计算曲线下面积(AUC),比较两种检测方法的诊断效能.根据送检脑脊液病原mNGS测序的客观标准进行评分(满足1项计为1),计算不同评分下mNGS测序的阳性符合率.结果 35例患者中19例临床最终诊断为中枢神经系统感染.有18例脑脊液病原mNGS测序呈阳性,总阳性率为51.43％(18/35);有17例传统病原学检测呈阳性,总阳性率约48.57％(17/35).临床最终诊断为中枢神经系统感染的患者中17例mNGS测序呈阳性,其诊断灵敏度为17/19、特异度为15/16,Youden指数为0.832;14例传统病原学检测呈阳性,其诊断灵敏度为14/19、特异度为13/16,Youden指数为0.612.ROC曲线显示,脑脊液病原mNGS测序的曲线下面积为0.916(95％CI:0.822～1.000,P=0.000);传统病原学检测的曲线下面积为0.806(95％CI:0.674～0.938,P=0.000);二者诊断效能差异无统计学意义(Z=1.245,P=0.213).根据送检脑脊液病原mNGS测序的客观标准评分,mNGS测序的阳性符合率分别是0为0/4、1为0/2、2为1/8、3为3/4、4为4/6、5为3/4、6为6/7,随着评分的增加,mNGS测序阳性符合率呈升高趋势,其中评分≥3组mNGS测序阳性符合率高于评分＜3组(16/21对1/14;Fisher确切概率法:P=0.000).结论 脑脊液病原mNGS测序可以辅助明确诊断中枢神经系统感染,进一步按照基于临床和常规辅助检查的客观标准送检脑脊液可以提高mNGS测序的阳性符合率.

摘要： 目的 探讨岩藻多糖对幽门螺杆菌(HP)感染后小鼠肠道菌群紊乱的调节作用.方法 将22只8周龄C57BL/6品系小鼠,随机分为空白对照组(A组):小鼠每天灌服双蒸水,持续5周;单纯感染组(B组):小鼠每天灌服HP菌悬液,持续3周,再灌服2周双蒸水;单纯干预组(C组):单纯岩藻多糖干预2周,再灌服双蒸水3周;预防干预组(D组):岩藻多糖预干预2周,再感染HP 3周;治疗干预组(E组):感染HP 3周后,岩藻多糖干预2周.采集实验结束当天小鼠的粪便样品进行基因测序分析,采用Illumina HiSeq测序平台进行OTU(operational taxonomic units)聚类与注释;利用QIIME软件生成不同分类水平上的物种丰度表,再利用R语言工具绘制成样品各分类学水平下的物种分布柱状图;使用QIIME软件,通过NMDS分析对各组肠道菌群的β多样性进行分析;通过LEfSe技术分析组间差异显著性,寻找组间具有统计学差异的物种;最后通过Metastats分析,根据P值筛选出导致两组样品组成差异的肠道菌群.结果 α多样性分析结果中的Shannon指数显示,E组生物多样性较B组升高;β多样性的NMDS分析结果显示E组菌群结构近似A组;粪便菌群LEfSe分析显示共有67个菌属在A、B、C、D和E组间差异具有显著意义(P2);进一步的Metastats分析显示岩藻多糖干预减轻了HP感染后有害细菌如脱硫弧菌(Desulfovibrio)以及泽泻属(Alistipe)的相对丰度,增加了肠道有益菌如双歧杆菌(Bifidobacterium)、粪便杆菌(Faecalibacterium)的相对丰度.结论 岩藻多糖可提高肠道部分有益菌的相对丰度,降低部分有害细菌的相对丰度,并可增加肠道微生物多样性,对HP感染后小鼠肠道菌群紊乱具有调节作用.

摘要： 目的:建立土家族药物白三七的鉴别方法.方法:分别采用分子鉴定,薄层鉴别和液相鉴别方法,对白三七样品进行研究.结果:14批白三七样品在性状上高度相似,通过构建系统发育树分析,DNA条形码鉴定方法能够鉴别真伪,并能够在种水平上将白三七与其他人参属植物进行区分;薄层色谱方法和高效液相色谱法均能有效地鉴别白三七与其混伪品,而且分离较好,具有较强的特异性.结论:建立了系列方法,均可用于白三七的鉴别,分子鉴定方法准确,能同时鉴定混伪品,并为近缘种易混药材的鉴定提供参考;薄层色谱和液相色谱法操作简便,适用性较好,能初步判断主要成分的含量,可根据实际条件进行选择鉴别方法.

摘要： 目的:回顾性分析采用荧光定量聚合酶链反应(QF-PCR)联合全基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术对270例胎儿常见染色体非整倍体进行快速产前诊断并检测>100 kb的全基因组拷贝数变异的检测结果.方法:对270例早中孕期因产前血清学筛查异常或母亲血胎儿游离DNA(无创DNA)行产前筛查结果提示高风险孕妇人群进行产前诊断的羊水样本,通过短串联重复序列(STR)位点比对后行13、18、21、X、Y染色体非整倍体的快速诊断并联合高通量DNA测序法CNV-Seq技术对染色体全基因组拷贝数变异进行检测;同时与染色体核型结果进行比较和分析.结果:QF-PCR结果中胎儿5种常见染色体(13、18、21、X、Y染色体)非整倍体共计19例,阳性率7.03％(19/270),其中21三体12例,18三体3例,XXY综合征2例,XYY综合征2例.染色体核型提示非整倍体结果与此一致.二者染色体非整倍体检出率和准确性一致.染色体核型结果中尚有11例染色体多态性.CNV-Seq异常总数43例,阳性率15.9％(43/270);其中19例为染色体非整倍体,24例微缺失微重复(明确致病CNV-Seq 9例,致病性未知CNV-Seq 5例,良性可能CNV-Seq 10例).QF-PCR联合CNV-Seq技术检测周期平均1～2周左右,而染色体核型检测周期5周左右且有1例培养失败(后重新羊膜腔穿刺采集羊水标本).结论:QF-PCR联合CNV-Seq技术在临床上可快速准确筛查产前高风险孕妇人群,有利于二级预防实施和减少出生缺陷,提高优生优育.

摘要： 肝细胞癌早期诊断率低,缺乏高敏感度和高特异度的肿瘤标志物.近年来,以循环游离DNA(cfDNA)为代表的液体活检技术已成为诊断癌症的辅助手段,由于具备无创、便捷、可重复操作等优点而备受关注.在近年来国内外相关研究的基础上,从生物学特性、检测技术、临床应用方面总结并分析了cfDNA在HCC诊断和治疗领域的研究进展,为临床提供更明确的诊疗依据.

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为配对序列(17b)。

摘要： 公开了用于检测样品中靶核酸的方法。该方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸接触。还公开了用于检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触。本发明还提供了组合物和试剂盒，其包含这些序列转换和信号扩增寡核苷酸。

摘要： 本发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括：目的序列扩增试剂，用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本；消化试剂，用于去除第一样本中的引物得到第二样本，消化试剂包括0.2U/uL～2U/uL的UDG酶、0.2U/uL～5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL～4U/uL的聚合酶及0.2U/uL～2U/uL的T4多聚核苷酸激酶；及连接试剂，用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

摘要： 本发明涉及编码具有漆酶活性的蛋白质且含有DNA序列SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2之一的DNA序列。本发明进而涉及这些DNA序列的表达,这些DNA序列编码的嗜热漆酶,及其在纸浆的去木质化、高分子量聚集物的解聚、废纸的去墨渍、废水尤其是纸浆漂白后含木质素的废水中的芳香化合物的聚合、染料的氧化、或者染料的活化以形成颜料中的应用以及其在有机合成上用于芳香化合物的偶联反应或者芳香侧链的氧化作用中的应用。

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为伴侣序列(17b)。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。

摘要： 本发明公开了一种DNA序列检测方法，通过目标探针获取待定位序列信息；根据所述待定位序列信息得到目标探针；将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。本发明通过使用所述目标探针对所述待测DNA分子进行定向修饰，换句话说，将根据所述待定位序列信息确定的目标探针与所述待测的DNA分子中的目标序列结合，增大目标序列的空间位阻，使目标序列通过纳米孔时的电流变化更剧烈，实现提升信噪比，进而提升DNA过孔信号的分辨率的目的。本发明同时还提供了一种具有上述有益效果的DNA序列检测设备。

摘要： 本申请涉及生物技术领域，提供了一种人线粒体DNA全序列扩增的方法，包括：设计人线粒体DNA全序列扩增的单一对引物，所述单一对引物的序列如下：正向引物：5’‑CTAACCTGAATCGGAGGACAACC‑3’，反向引物：5’‑AATGAGGAGGTCTGCGGCTAG‑3’；以人线粒体DNA为模板，采用单一对引物对人线粒体DNA进行PCR扩增，得到人线粒体DNA全序列。本申请提供的方法，采用一对引物把整个人线粒体扩增区域达到了16569bp，完整扩增整个环形线粒体DNA，可覆盖环形线粒体DNA上所有可能的突变类型。与现有的技术相比，该方法提升了检测的范围，大幅度降低了漏检的可能性。

摘要： 本发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括：目的序列扩增试剂，用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本；消化试剂，用于去除第一样本中的引物得到第二样本，消化试剂包括0.2U/uL～2U/uL的UDG酶、0.2U/uL～5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL～4U/uL的聚合酶及0.2U/uL～2U/uL的T4多聚核苷酸激酶；及连接试剂，用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

摘要： 公开了用于检测样品中靶核酸的方法。该方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸接触。还公开了用于检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触。本发明还提供了组合物和试剂盒，其包含这些序列转换和信号扩增寡核苷酸。