估计DNA芯片探针-靶亲和性的方法和制造DNA芯片的方法

摘要

一种估计第一DNA链或“探针”与第二DNA链或“靶”杂交形成长度为L_bp的杂交体的亲和性φ的方法，所述方法包括：在杂交体的一组M个分区的每一分区内，计数一组P个DNA链杂交体的每一杂交体存在于所述分区中的次数，所述杂交体长度为k，小于长度L_bp，或是“k‑杂交体”；对于长度为L_bp的杂交体中一组L个错配组合的每一错配组合，确定所述错配对是否存在于所述杂交体中；和根据以下关系式计算亲和性φ：该表达式中：是当P个k‑杂交体组的第p个k‑杂交体存在于所述分区的第m个区域时，定量此第p个k‑杂交体对亲和性φ的贡献的预定标量，且x_m，p是这第p个k‑杂交体在所述分区的第m个区域中被计数的次数；和α是实数项。