本发明属于作物分子遗传育种学领域，公开了水稻地方品种薄稻穗瘟抗性基因的分子标记引物及其应用。本发明所述的水稻薄稻穗瘟抗性基因Pb‑bd1的分子标记，所述的分子标记BS23的上游引物为BS23‑F：SEQ ID NO.1，下游引物为BS23‑R：SEQ ID NO.2，扩增产物大小为114bp；所述的分子标记RM7654的上游引物为RM7654‑F：SEQ ID NO.3，下游引物为RM7654‑R：SEQ ID NO.4，扩增产物大小为155bp。通过本发明提供的水稻穗瘟抗性基因Pb‑bd1的分子标记可以检测水稻薄稻及其杂交、回交和复交后代是否含有该基因，可预测其对稻瘟病的抗性水平，大大提高水稻抗穗瘟材料的选择效率，加快抗病育种进程。
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