两步基因组比较法设计贵州木霉NJAU 4742定量PCR特异性引物的方法

摘要

本发明公开了一种两步基因组比较法设计贵州木霉NJAU 4742定量PCR特异性引物的方法。本发明首先将NJAU 4742全基因组序列在NCBI和JGI数据库中比对，选出没有匹配的大于500bp的基因组片段，再将筛选得到的片段与同种菌株916的全基因组比对，设计出系列具独特碱基的引物序列。同时，还选用gfp标记菌株gfp‑NJAU 4742中插入的标记片段设计的三对引物作为对基于基因组设计的引物特异性的检验标准。通过同属不同种菌株扩增特异性检验、土壤添加再检测、盆栽土壤实际检测等步骤，筛选出最优的定量PCR引物。本发明的引物设计方法和设计的菌株特异性引物能够为其他菌株的定量PCR特异性引物设计和贵州木霉NJAU 4742的定量提供方法。