一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法

摘要

本发明公开了一种批量检测植物基因组LTR‑反转座子的方法。本发明所提供的检测植物基因组LTR‑反转座子的方法综合运用了基于结构特征从头寻找的LTR_STRUC程序，基于同源搜索的CROSS_MATCH程序，基于序列相似性的CLUSTALW比对程序，以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明，本发明所提供的批量检测LTR‑反转座子的方法比较系统，检测植物基因组LTR‑反转座子插入位点正向重复的效果好，速度快，易实现流程化。本发明将常用的检测LTR‑反转座子的软件与Perl脚本语言编程相结合，一定程度上弥补了这些常用软件的一些不足。本方法将在基因组注释和批量检测植物基因组LTR‑反转座子中发挥着重要的作用。