用于确定疾病已被治疗的受试者中微小残留病(MRD)存在或缺失的方法

摘要

本发明聚焦在用于确定增殖性疾病已经被治疗的受试者中微小残留病的存在或缺失的方法、试剂盒和系统，其中所述方法、试剂盒和系统包含：(A)扩增并测序包含在来自治疗所述疾病之前从所述受试者获得的生物样品的基因组DNA中的至少一个核苷酸序列，以获得从左到右读取的第一个字符列表；(B)扩增并测序包含在来自治疗所述疾病之后从所述受试者获得的生物样品的基因组DNA中的至少一个核苷酸序列，以获得从左到右读取的第二个字符列表；其中当核苷酸序列突变时，它是所述增值性疾病的遗传标志物；(C)确定步骤(B)中获得的每个第二个字符列表与步骤(A)中获得的每个第一个字符列表的相似性程度DS；(D)为步骤(B)中获得的每个第二个字符列表选择最高值的DS，DSHV；(E)将具有大于阈值T的DSHV的第二个字符列表的数量相加，以获得Lc，(F)将第二个字符列表的总数Lt相加，(G)根据任一下式计算微小残留病MRD的水平：MRD＝(Lcxk)/(LtxD)或MRD＝Lc/Lt或MRD＝gxLcx(D/k)/Lt2；(H)确定(i)所述遗传标志物的最小变体读取频率minVRF；(ii)所述遗传标志物的检测限D‑limit；(iii)平均突变噪音avMut和(iv)平均位置噪音avPos；(I)从minVRF、D‑limit、avMut和avPos的较大者或从minVRF和D‑limit的较大者确定实验灵敏度ES；(J)通过比较微小残留病的水平值与ES的值、minVRF、D‑limit、avMut和avPos的值，或minVRF和D‑limit的值确定所述受试者中微小残留病的存在或缺失；其中当微小残留病的所述水平等于或大于所述ES、minVRF、D‑limit、avMut或avPos值时，所述受试者中存在微小残留病。