基于知识能量函数优化的膜蛋白三维结构预测方法

摘要

一种基于知识能量函数优化的膜蛋白三维结构预测方法，分别根据输入序列的多序列比对结果结合统计知识得到对残基距离的约束、根据输入序列的二级结构预测结果结合蛋白质结构数据库PDB中的已知结构，构建结构片段查询库、根据输入序列的残基接触预测结果计算知识基础的能量函数；然后在能量函数和残基距离约束的条件下对初始结构迭代地进行片段替换并得到若干候选结构；最后对候选结构进行筛选得到最终预测膜蛋白三维结构。本发明基于从头预测方法，使用多序列比对(MSA)、二级结构预测、残基接触预测等多项技术，具有操作方便，准确度高等优点。