用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的试剂和方法

摘要

本发明公开用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的试剂和方法。本发明基于纳米孔测序技术对临床样本进行融合基因检测，发现了大量新的HPV整合位点及融合基因，进一步研究发现这些位点可以用于临床HPV感染相关疾病的预后及复发或转移风险评估。

说明书

技术领域

本发明涉及疾病诊断，具体地涉及用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的产品和方法。

背景技术

宫颈癌作为妇科中最常见的恶性肿瘤，严重威胁着妇女的健康。人类乳头瘤病毒(HPV)与生殖道上皮恶性肿瘤和癌前病变密切相关，为宫颈癌的主要病因学因素。从感染HPV到发展成为宫颈癌约需15年的时间，这期间病毒DNA插入宿主基因组，被认为是宫颈癌发生发展中的关键事件。宫颈癌前病变的治疗效果远比宫颈癌治疗效果好。因此，通过检查HPV感染与否和HPV基因组整合状态，指导临床治疗，对于宫颈癌防治具有重要意义。特别是对于晚期及治疗后复发、转移的宫颈癌患者中，HPV所发挥的作用缺乏认识，如果能发现HPV在该类患者的基因组中关键位置的整合位点，有可能成为这一类患者治疗关键突破点。

目前已有HPV检测方法：

1、细胞学检查(巴氏涂片、薄层液基细胞)，被HPV感染的宫颈细胞往往会出现特征性的改变，如果发现细胞出现了这些改变，报告就会提示有HPV感染。靠细胞学发现HPV感染，往往不够敏感，因为早期HPV感染的细胞可能不出现典型的形态学改变。且该方法受医师主观影响较大，需要经验丰富医生判定，假阴性高，不易推广。

2、分子检测(DNA)

2.1杂交捕获检测(HC-Ⅱ)

该法同时能检测13种高危型HPV，对宫颈高度病变的检测有很高的敏感度和特异性。缺点是不能测定具体的HPV型别。。

2.2实时荧光定量PCR技术(Cobas 4800)

实时荧光定量PCR技术在常规PCR基础上加入荧光标记探针，不同的荧光染料标记不同探针。PCR扩增在完全封闭的系统中运行，从而避免了扩增产物污染和交叉污染的可能性。该方法灵敏度高、特异性强。

2.3基因芯片法

该方法基于PCR技术和DNA芯片技术，将PCR产物与固定在DNA芯片上的HPV特异性探针进行杂交，通过Cy5-dUTP标记的探针与标签序列的结合对样本中HPV进行分型检测。该方法可同时检测24种HPV亚型，缺点是费用较高，特异性稍差。

发明内容

本发明基于纳米孔测序技术对临床确认为高危型HPV感染患者的样本进行融合基因检测，首次发现了大量新的HPV整合位点及融合基因，进一步研究发现，这些位点可以用于临床宫颈癌预后及复发或转移风险评估。具体地，本发明包括以下内容。

本发明的第一方面，提供一种用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的方法，其包括：

(1)提供从接受治疗后的受试者采集的生物样本；

(2)利用试剂获取所述生物样本中的参考插入位点集的信息，其中，所述参考插入位点集由多个插入位点组成，且各插入位点各自分别为源自HPV的DNA片段插入受试者基因组内的位点，所述各插入位点位于选自由下述基因组成的组的基因的内部或附近：RPN1、NFATC2、RASGRP1、FHIT、TRERF1、SNTB1、EPHA4、BIRC3、ZFHX3、PRKDC、TBX3、LHFP、PCDHGB6、EIF3E、ERBB4、DDX10、MGMT、MAP3K1、MKL1、LRP1B、KLF4、GOLGA5、TFE3、NRG1、CUL2、ARHGAP26、KMT2C、NXF1、TCF3、STAG1、GOLIM4、MTOR、PAX3、BBX、RAD51B、PBX1、RSPO2、ZNF638、GNAQ、PSMD11、NOTCH1、ARHGAP35、RECQL、PTCH1、TFDP2、TGIF1、CDH11、DMD、ACVR1B、MACF1、ERCC4、EPHA2、ATP11B、MDS2、SSX2、FLT4、XRCC2、SMARCA2、TP63、QKI、CHD2、CACNA1A、NTRK2、SOX17、LIG4、WRN、FANCB、NF1、PWWP2A、NTRK3、GPHN、TMPRSS2、MALT1、MAGI2、ACVR2A、LTBP1、NUP107、SBDS、PLCB1、FLI1、ZC3H12B、PTPRT、CASC5、ACO1、FGFR3、MYB、BMPR1A、TACC3、ARHGAP32、AR、FAT4、SPATA6、MAFB、AHNAK、RAD17、LSM14A、FUBP1、NEB、IKZF1、PREX2、PDE4DIP、TPM3、NF2、JMJD1C、FNDC3A、CUL1、TCF4、HUWE1、RAB3GAP1、MN1、SCN8A、SEC24D、EBF1、BRWD3、SMUG1、AMPH、ATIC、ALK、SPEN、ETV1、PRDM1、WNT5A、IREB2、GPSM2、CLTC、EIF4G3、WHSC1、LMAN1、MED23、USP47、LNPEP、CANT1、TERT、DHX36、PABPC3、MLLT3、NFATC4、COPS2、CDKN1B、GALC、CD163、ACVR1、PCSK5、CNBP、ERG、MAP2K4、NR2F2、ROS1、ERBB2IP、NCOA3、PAX7、ITPR1、ROBO2、MECOM、NAP1L1、CACNA1D、TOP1、ATP6AP2、TRIM33、NAV3、ATP2B3、PIK3R3、ERC1、NUP214、ZNF510、NNT、KIF21A、GRIN2A、FAF1、CARD11、EML5、GTF2H5、LPP、CUX1、HERC3、GPC3、PRKAR1A、NBPF10、PMS1、NELL2、VEZT、MDM4、IRF4、DLC1、PTPN11、AFF3、TCF7L2、MAP2K2、STARD13、RUNX1、SND1、STRN、BCL2、PPP2R5C、CCNH、ADCY1、BCORL1、ZNF217、LAMA2、PTPRK、PIK3CB、DEK、TSHR、FXR1、IDH2、TGFBR2、AXIN2、NR4A2、ARID1B、SRGAP1、ADAM10、PCCB、RANBP17、MAF、FAM46C、TAOK1、CREBBP、MSN、KALRN、SMAD2、BCL6、DLG1、SMURF2、BTG1、AMER1、MLLT6、ST5、DYSF、MSI2、DST、TCF12、SS18、SRGAP3、ETV5、TBL1XR1、ZNF521、TJP1、LRIG3、RBFOX2、BNC2、ETV6、RBBP7、PTEN、FAT1、DEPDC5、PHF6、FANCC、KIAA1549、SEP9、DIP2A、MSH3、EGFR、DIS3L2、POLR3B、REL、DHX15、BRIP1、POLI、DTX1、ZBTB16、RNF168、PCDH18、SMC3、SVEP1、INPP4A、JAK2、CDH1、RXRA、MLLT10、ARFGEF2、UBE2V2、BCL11B、CSF3R、GATA3、ARID5B、RSPO3、IRS2、ACKR3、NEDD4L、RUNX1T1、SDHC、PABPC4、CRTC1、RANBP3、BCL7A、SCAI、PDGFRA、UVSSA、WT1、FBXO11、PCSK6、JAZF1、SMAD3、AKT3、SYNE1、MITF、ARNTL、CHD6、ITSN1、RB1、FCRL4、PDE5A、MYCBP2、FRG1、SYNCRIP、CARS、FBN2、ZFP36L1、PDCD1LG2、FGFR4、RAD51C、RASA2、EPAS1、RBBP8、KIT、CDC27、GNG2、COX6C、BPTF、RAD18、BCL11A、ABL2、PHLDA1、NCOA2、AQR、RRM2B、XPA、SETMAR、RPA1、PTPRC、NSD1、KDM5C、MAML2、SYK、PABPC1、ZNF608、CNOT4、TRIO、FAT2、FNBP1、FOXP1、HLA-B、ETNK1、RGS3、ARHGAP29、CLASP2、FGFR2、PRDM16、IRF2、STAU2、NFIB、KIF5B、EPC1、SEP6、HMGN2P46、SMCHD1、IKZF3、SLC34A2、SEMA4F、ERBB2、RMI2、TRAF7、COL1A1、UNG、KIAA1109、UBR5、AKAP9、AHR、MET、CDK6、GAS7、PAK3、HDAC9、RAD23B、DHX34、IFT140、CCDC88A、JUN、SMAD4、PGR、GOT2、KDM6A、CNOT1、FBXW7、ACACA、PLEC、RTF1、APLF、NKX3-1和APC；

(3)当在所述生物样本中检测到的插入位点不在所述参考插入位点集中，将所述受试者预测为宫颈癌预后良好/低风险；当在所述生物样本中检测到的插入位点出现在所述参考插入位点集时，将所述受试者预测为宫颈癌预后差/高风险。

在某些实施方案中，根据本发明所述的用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的方法，其中，所述参考插入位点集选自表1所示的位点。

在某些实施方案中，根据本发明所述的用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的方法进一步包括检测生物样本中是否存在高频插入位点的步骤。

在某些实施方案中，根据本发明所述的用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的方法，其中，所述高频插入位点位于选自FANCC、NRG1、CDH11、DMD、PLCB1、HDAC9、MED23、BBX、BCL11A、BCL11B、RUNX1T1、RAD23B、SMARCA2、DHX34、MAFB、IKZF3、TP63、IFT140、CCDC88A、JUN、LRP1B、NTRK2、SMAD4、NAV3、KLF4、PGR、MAGI2、GOT2、KDM6A、CNOT1、FBXW7、ERBB2、ACVR2A、LAMA2、EPHA4、ACACA、AR、PLEC、RTF1、NBPF10、NELL2、APLF、ZNF521、ZNF638、TBL1XR1、WHSC1、TOP1、NKX3-1、APC、PCDH18、PTCH1和PTPRK组成的组中的至少一种基因的内部或附近。

在某些实施方案中，根据本发明所述的用于宫颈癌预后或预测宫颈癌复发或转移风险的方法，其中，所述HPV为高危型HPV，其包括HPV16，18，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，68，26，53，66，73，82。

本发明的第二方面，提供一种用于宫颈癌预后或用于预测宫颈癌复发或转移风险的引物和/或探针，其中，包含所述引物和/或所述探针能够与参考插入位点集中各插入位点两侧的序列互补结合，或者所述探针能够与包含参考插入位点的序列互补结合。

本发明的第三方面，提供一种基因芯片，其中，基片和规则性固定于所述基片的引物和/或探针，其中，所述引物和/或探针为第二方面所述的引物和/或探针。

本发明的第四方面，一种试剂盒或组合物，其包含根据第二方面所述的引物和/或探针。

附图说明

图1示出了初治组HPV融合基因在染色体不同区域具有不同的特征性分布。

图2示出了复发组HPV融合基因在染色体不同区域具有不同的特征性分布。

具体实施方式

现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。

应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为具体公开了该范围的上限和下限以及它们之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。

除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。除非另有说明，否则“％”为基于重量的百分数。

本发明基于纳米孔测序技术对临床确认为高危型HPV感染患者的样本进行融合基因检测，首次发现了大量新的HPV整合位点及融合基因。基于杂交捕获的HPV检测方法，可以检测已知的高危型HPV，但不能测定具体的HPV型别。应用较多的实时荧光定量PCR检测方法，虽然可以鉴定具体HPV型别，但无法判断HPV是否有与人基因组发生融合。基于NGS和探针捕获的HPV检测方法，虽然可以同时检测HPV型别和融和状态，但检测周期长，而且受NGS读长限制，对于人基因组重复序列区域附近的融合检出率比较低。

纳米孔测序属于第三代测序技术，与上述现有HPV检测方法不同，纳米孔测序不仅可以检测已知的高危型HPV，而且还能检测具体的HPV型别，更重要的是，纳米孔测序读长更长，可达1K-1Mbp，因此可以检测到人基因组重复序列区域附近的融合。正是基于此，通过设计针对高危型HPV全基因组的探针，首次发现了众多的新型整合位点及融合基因，对于HPV感染相关疾病，特别宫颈癌的相关诊断、预后及治疗提供重要方向。

本发明中的生物样本包括源自宫颈的组织、细胞或其处理物。

(2)利用试剂获取或检测所述生物样本中的参考插入位点集的信息，其中，所述参考插入位点集由多个插入位点组成，且各插入位点各自分别为源自人乳头瘤病毒(HPV)的DNA片段插入受试者基因组内的位点；

(3)当在所述生物样本中检测到的插入位点不在所述参考插入位点集中，将所述受试者预测为宫颈癌预后良好/低风险；当在所述生物样本中检测到的插入位点出现在所述参考插入位点集时，将所述受试者预测为宫颈癌预后差/高风险。优选地，当在所述生物样本中检测到的插入位点的个数占所述参考插入位点集的比例小于7％时，将所述受试者预测为宫颈癌预后良好，当在所述生物样本中检测到的插入位点的个数占所述参考插入位点集的比例在7％-20％范围内时，将所述受试者预测为宫颈癌预后低风险，当在所述生物样本中检测到的插入位点的个数占所述参考插入位点集的比例在7％-20％范围内时，将所述受试者预测为宫颈癌预后差，当在所述生物样本中检测到的插入位点的个数占所述参考插入位点集的比例大于20％时，将所述受试者预测为预后不良。

本发明中，参考插入位点集是指由多个参考插入位点组成的集合。其中，参考插入位点是指源自人乳头瘤病毒(HPV)的DNA片段插入受试者基因组内的位点。一般情况下，参考插入位点集包含50个以上，优选100个以上，更优选150个以上，进一步优选200个以上位点。另一方面，本发明的参考插入位点集包含500个以下，优选450个以下，更优选400个以下位点。如果参考插入位点过，则可能使检测结果准确性差。如果参考插入位点过多，则容易使检测成本增加，并且会使检测结果可靠性变差。

本发明中，参考插入位点一般位于受试者基因组的特定基因内部或这些基因的附近，特别是位于这些基因的5’端调节区域，如启动子区等。本发明发现HPV DNA片段插入上述基因内或附近更容易引发宫颈癌的复发或转移。优选与宫颈癌的复发密切相关的基因。

本发明中，受试者一般为人类，优选为疑似宫颈癌患者，或确诊为宫颈患的患者。本发明的生物样本为源自宫颈的组织或细胞或者它们的处理物。处理物包括组织或细胞的破碎或裂解液或提取物，特别是DNA提取物。

本发明的试剂盒包含用于宫颈癌预后或用于预测宫颈癌复发或转移风险的引物和/或探针。这些引物和/或探针能够与参考插入位点集中各插入位点两侧的序列互补结合，或者探针能够与包含参考插入位点的序列互补结合。

除了上述引物组或探针组之外，本发明的试剂盒还可包括以政府机构规定的形式与调控制造、使用或销售诊断试剂盒相关的注意事项。另外，本发明的试剂盒还可提供有使用、储存和故障排除的详细说明书。试剂盒还可任选地设置在适合的优选用于以高通量设置的机器人操作的装置中。

在某些实施方案中，本发明的试剂盒的组分(例如，探针组)可提供为干粉。当试剂和/或组分提供为干粉时，粉末可通过添加适合的溶剂来恢复原状。预期该溶剂还可设置于另一容器中。容器通常会包括至少一种小瓶、试管、烧瓶、瓶、注射器和/或其它容器手段，其中可选等分地放置溶剂。试剂盒还可包括用于包含无菌、药学上可接受的缓冲液和/或其它溶剂的第二容器的手段。

在某些实施方案中，本发明的试剂盒的组分可以溶液形式提供，例如水溶液的形式提供。在以水溶液状态存在的情况下，这些成分的浓度或含量是本领域技术人员能够根据不同需求而方便地确定的。例如，用于储存的目的时，例如探针的浓度可以较高的形式存在，当处于工作状态或使用时，可通过例如稀释上述较高浓度的溶液来将浓度降低至工作浓度。

本发明的试剂盒可进一步包含其他试剂或成分。例如，用于进行PCR所需的DNA聚合酶、各类dNTP和离子如Mg

在试剂盒中存在超过一种组分的情况下，该试剂盒还通常会包含可单独放置另外的组分的第二、第三或其它另外的容器。另外，可在容器中包含各多种组分的组合。

本发明的试剂盒还可包括保持或维持DNA的组分，例如抗核酸降解的试剂。此类组分可为例如或无RNase或具有抗RNase的保护的核酸酶。本文所述的任何组合物或试剂可为试剂盒中的组分。

实施例

1、实验材料

临床确诊感染高危型HPV患者的液基薄层细胞待检样本(TCT)。

2、主要测序平台和试剂

测序平台：多种型号纳米孔测序仪

主要试剂：PCR Barcoding Kit(SQK-PBK004)

3、探针设计合成

依据CFDA发布的“HPV核酸检测及基因分型、试剂技术审查指导原则”明确的18种HPV(HPV16，18，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，68，26，53，66，73，82)基因组设计合成混合探针。

4、实验方法

4.1基因组DNA提取

提取27例临床确认高危型HPV感染患者TCT样本DNA。方法参考天根生物公司的微量样品基因组DNA提取试剂盒。

4.2基因组DNA打断

采用covaris超声破碎仪将基因组DNA打断到主带1-5Kb

4.3文库构建

用带有Barcode的纳米孔建库试剂盒进行文库构建。

4.4HPV基因组DNA捕获

18种高危型探针捕获待检样本中的HPV基因组DNA，流程参考xGen LockdownReagents(IDT)，对杂交温度和时间进行优化获取更长的含有HPV的序列片段以及更高的病毒序列比例。

4.5测序

利用纳米孔平台测序。

5、实验结果

5.1融合基因统计分析

本发明设计的基于探针捕获和三代纳米孔测序的检测方法，在36例样本共检测到在390个基因或其附近存在HPV基因的整合，具体基因如下：RPN1、NFATC2、RASGRP1、FHIT、TRERF1、SNTB1、EPHA4、BIRC3、ZFHX3、PRKDC、TBX3、LHFP、PCDHGB6、EIF3E、ERBB4、DDX10、MGMT、MAP3K1、MKL1、LRP1B、KLF4、GOLGA5、TFE3、NRG1、CUL2、ARHGAP26、KMT2C、NXF1、TCF3、STAG1、GOLIM4、MTOR、PAX3、BBX、RAD51B、PBX1、RSPO2、ZNF638、GNAQ、PSMD11、NOTCH1、ARHGAP35、RECQL、PTCH1、TFDP2、TGIF1、CDH11、DMD、ACVR1B、MACF1、ERCC4、EPHA2、ATP11B、MDS2、SSX2、FLT4、XRCC2、SMARCA2、TP63、QKI、CHD2、CACNA1A、NTRK2、SOX17、LIG4、WRN、FANCB、NF1、PWWP2A、NTRK3、GPHN、TMPRSS2、MALT1、MAGI2、ACVR2A、LTBP1、NUP107、SBDS、PLCB1、FLI1、ZC3H12B、PTPRT、CASC5、ACO1、FGFR3、MYB、BMPR1A、TACC3、ARHGAP32、AR、FAT4、SPATA6、MAFB、AHNAK、RAD17、LSM14A、FUBP1、NEB、IKZF1、PREX2、PDE4DIP、TPM3、NF2、JMJD1C、FNDC3A、CUL1、TCF4、HUWE1、RAB3GAP1、MN1、SCN8A、SEC24D、EBF1、BRWD3、SMUG1、AMPH、ATIC、ALK、SPEN、ETV1、PRDM1、WNT5A、IREB2、GPSM2、CLTC、EIF4G3、WHSC1、LMAN1、MED23、USP47、LNPEP、CANT1、TERT、DHX36、PABPC3、MLLT3、NFATC4、COPS2、CDKN1B、GALC、CD163、ACVR1、PCSK5、CNBP、ERG、MAP2K4、NR2F2、ROS1、ERBB2IP、NCOA3、PAX7、ITPR1、ROBO2、MECOM、NAP1L1、CACNA1D、TOP1、ATP6AP2、TRIM33、NAV3、ATP2B3、PIK3R3、ERC1、NUP214、ZNF510、NNT、KIF21A、GRIN2A、FAF1、CARD11、EML5、GTF2H5、LPP、CUX1、HERC3、GPC3、PRKAR1A、NBPF10、PMS1、NELL2、VEZT、MDM4、IRF4、DLC1、PTPN11、AFF3、TCF7L2、MAP2K2、STARD13、RUNX1、SND1、STRN、BCL2、PPP2R5C、CCNH、ADCY1、BCORL1、ZNF217、LAMA2、PTPRK、PIK3CB、DEK、TSHR、FXR1、IDH2、TGFBR2、AXIN2、NR4A2、ARID1B、SRGAP1、ADAM10、PCCB、RANBP17、MAF、FAM46C、TAOK1、CREBBP、MSN、KALRN、SMAD2、BCL6、DLG1、SMURF2、BTG1、AMER1、MLLT6、ST5、DYSF、MSI2、DST、TCF12、SS18、SRGAP3、ETV5、TBL1XR1、ZNF521、TJP1、LRIG3、RBFOX2、BNC2、ETV6、RBBP7、PTEN、FAT1、DEPDC5、PHF6、FANCC、KIAA1549、SEP9、DIP2A、MSH3、EGFR、DIS3L2、POLR3B、REL、DHX15、BRIP1、POLI、DTX1、ZBTB16、RNF168、PCDH18、SMC3、SVEP1、INPP4A、JAK2、CDH1、RXRA、MLLT10、ARFGEF2、UBE2V2、BCL11B、CSF3R、GATA3、ARID5B、RSPO3、IRS2、ACKR3、NEDD4L、RUNX1T1、SDHC、PABPC4、CRTC1、RANBP3、BCL7A、SCAI、PDGFRA、UVSSA、WT1、FBXO11、PCSK6、JAZF1、SMAD3、AKT3、SYNE1、MITF、ARNTL、CHD6、ITSN1、RB1、FCRL4、PDE5A、MYCBP2、FRG1、SYNCRIP、CARS、FBN2、ZFP36L1、PDCD1LG2、FGFR4、RAD51C、RASA2、EPAS1、RBBP8、KIT、CDC27、GNG2、COX6C、BPTF、RAD18、BCL11A、ABL2、PHLDA1、NCOA2、AQR、RRM2B、XPA、SETMAR、RPA1、PTPRC、NSD1、KDM5C、MAML2、SYK、PABPC1、ZNF608、CNOT4、TRIO、FAT2、FNBP1、FOXP1、HLA-B、ETNK1、RGS3、ARHGAP29、CLASP2、FGFR2、PRDM16、IRF2、STAU2、NFIB、KIF5B、EPC1、SEP6、HMGN2P46、SMCHD1、IKZF3、SLC34A2、SEMA4F、ERBB2、RMI2、TRAF7、COL1A1、UNG、KIAA1109、UBR5、AKAP9、AHR、MET、CDK6、GAS7、PAK3、HDAC9、RAD23B、DHX34、IFT140、CCDC88A、JUN、SMAD4、PGR、GOT2、KDM6A、CNOT1、FBXW7、ACACA、PLEC、RTF1、APLF、NKX3-1和APC。

在上述基因中，有些位点存在于初治病例中，这些位点位于下述基因或其附近：RPN1、NFATC2、RASGRP1、FHIT、TRERF1、SNTB1、EPHA4、BIRC3、ZFHX3、PRKDC、TBX3、LHFP、PCDHGB6、EIF3E、ERBB4、DDX10、MGMT、MAP3K1、MKL1、LRP1B、KLF4、GOLGA5、TFE3、NRG1、CUL2、ARHGAP26、KMT2C、NXF1、TCF3、STAG1、GOLIM4、MTOR、PAX3、BBX、RAD51B、PBX1、RSPO2、ZNF638、GNAQ、PSMD11、NOTCH1、ARHGAP35、RECQL、PTCH1、TFDP2、TGIF1、CDH11、DMD、FHIT、ACVR1B、MACF1、ERCC4、EPHA2、TBX3、ATP11B、MDS2、SSX2、FLT4、XRCC2、SMARCA2、TP63、QKI、CHD2、DDX10、CACNA1A、NTRK2、SOX17、LIG4、WRN、LRP1B、KLF4、FANCB、NF1、PWWP2A、NRG1、NTRK3、GPHN、TMPRSS2、MALT1、MAGI2、ACVR2A、LTBP1、NUP107、SBDS、PLCB1、FLI1、ZC3H12B、PTPRT、CASC5、ACO1、FGFR3、PBX1、MYB、BMPR1A、TACC3、ARHGAP32、AR、FAT4、SPATA6、MAFB、PTPRT、AHNAK、DDX10、RAD17、LSM14A、FUBP1、NEB、IKZF1、PREX2、PDE4DIP、TPM3、NF2、JMJD1C、FNDC3A、CUL1、ARHGAP26、TCF4、HUWE1、ERBB4、RAB3GAP1、MN1、SCN8A、SEC24D、GOLIM4、EBF1、BRWD3、SMUG1、AMPH、ATIC、ALK、TACC3、SPEN、ETV1、PRDM1、WNT5A、IREB2、GPSM2、RPN1、CLTC、EIF4G3、WHSC1、AHNAK、TACC3、PSMD11、EPHA2、LMAN1、MED23、USP47、LNPEP、CANT1、SMARCA2、TERT、FGFR3、DHX36、PABPC3、ARHGAP26、MLLT3、TACC3、FGFR3、NRG1、NFATC4、FHIT、ACVR2A、COPS2、CDKN1B、GALC、ERCC4、CD163、ACVR1、PCSK5、CNBP、ERG、ATP11B、MAP2K4、DMD、SMARCA2、NR2F2、ROS1、ERBB2IP、NCOA3、PAX7、ITPR1、ROBO2、MECOM、NAP1L1、MAP3K1、CACNA1D、LRP1B、TOP1、ATP6AP2、TRIM33、NAV3、ATP2B3、PIK3R3、MAGI2、NF1、ERC1、NUP214、NTRK3、ZNF510、NNT、KIF21A、GRIN2A、TCF4、MAFB、FAF1、CARD11、EML5、GTF2H5、LPP、CUX1、HERC3、GPC3、PRKAR1A、EBF1、NBPF10、ACO1、PMS1、NELL2、VEZT、MDM4、RAD51B、PBX1、ALK、IRF4、DLC1、PTPN11、AFF3、GOLIM4、TCF7L2、MLLT3、MAP2K2、PDE4DIP、STARD13、RUNX1、SND1、STRN、BCL2、PPP2R5C、CCNH、TFDP2、ADCY1、BCORL1、ZNF217、TACC3、AFF3和FGFR3。

进一步密切跟踪这些临床病例，并收集复发病例的样本，发现与宫颈癌复发密切相关的基因如下：LAMA2、TACC3、PTPRK、FGFR3、ERC1、PIK3CB、DEK、TSHR、ALK、FXR1、IDH2、FHIT、TGFBR2、LAMA2、DMD、AXIN2、BMPR1A、NR4A2、ARID1B、SRGAP1、NTRK2、ATP6AP2、ADAM10、PCCB、GOLIM4、RANBP17、MAF、BRWD3、FAM46C、TAOK1、CREBBP、MSN、SSX2、FHIT、KALRN、EPHA2、SMAD2、TBX3、XRCC2、BCL6、DLG1、SMURF2、BTG1、MECOM、AMER1、MLLT6、ST5、LRP1B、ARHGAP26、STAG1、DYSF、MSI2、DST、TCF12、SS18、PAX7、SRGAP3、ETV5、TBL1XR1、ZNF521、TJP1、LRIG3、RBFOX2、BNC2、ETV6、RBBP7、PTEN、FAT1、GRIN2A、DEPDC5、PHF6、PTCH1、FANCC、CDH11、NRG1、DMD、KIAA1549、TRERF1、SEP9、DIP2A、MSH3、EGFR、PCSK5、ADAM10、DIS3L2、PIK3R3、POLR3B、REL、DHX15、BRIP1、SMARCA2、ROS1、POLI、DTX1、ZBTB16、RNF168、PCDH18、SMC3、SVEP1、INPP4A、MLLT3、NAV3、JAK2、CDH1、BRWD3、PBX1、CUL2、PTPRK、ACVR2A、LAMA2、ERBB4、WRN、MN1、FLI1、RXRA、MLLT10、SS18、AR、GTF2H5、ARFGEF2、MGMT、ACO1、UBE2V2、BCL11B、CSF3R、GATA3、ARID5B、RSPO3、ZNF521、LRIG3、ALK、ETV6、ARID1B、ROBO2、IRS2、ACKR3、NEDD4L、GRIN2A、PRDM1、EBF1、RUNX1T1、SDHC、GPHN、ADCY1、TP63、LAMA2、AMER1、PABPC4、CRTC1、RANBP3、CUL1、BCL7A、PBX1、SCAI、PDGFRA、UVSSA、TRERF1、WT1、FBXO11、PCSK6、JAZF1、SMAD3、AKT3、NTRK2、SYNE1、MITF、ARNTL、SMURF2、PREX2、DDX10、CHD6、ITSN1、RB1、ATP6AP2、LRP1B、KLF4、MAGI2、CASC5、FCRL4、PDE5A、MYCBP2、FRG1、NEDD4L、SYNCRIP、CARS、FBN2、ZFP36L1、LPP、NRG1、SND1、PDCD1LG2、FGFR4、RAD51C、RAD51B、RASA2、ETV1、EPAS1、RBBP8、EIF4G3、KIT、CDC27、GRIN2A、GNG2、COX6C、SRGAP1、MAF、ACVR2A、PPP2R5C、ZFP36L1、RAD51B、BPTF、DMD、ERC1、RAD18、BCL11A、ACVR1、MAFB、ABL2、PHLDA1、NCOA2、ZBTB16、AQR、LRP1B、SOX17、FBXO11、ST5、NAV3、KLF4、RRM2B、NRG1、MSH3、ERBB4、XPA、FGFR4、SETMAR、PTPRK、RPA1、NEDD4L、PTPRC、NSD1、PCDH18、CCNH、KDM5C、MAML2、SYK、PABPC1、ZNF608、JAZF1、AR、CNOT4、MSH3、TRIO、NRG1、FAT2、TACC3、FGFR3、CDH11、FNBP1、FOXP1、ACVR1、HLA-B、DLG1、TP63、MECOM、ZNF608、AFF3、LRP1B、KLF4、ETNK1、RGS3、ARHGAP29、EPAS1、CLASP2、RSPO2、PTPRT、FGFR2、PRDM16、IRF2、STAU2、NFIB、KIF5B、EPC1、SEP6、HMGN2P46、MAF、PTCH1、SMCHD1、TGFBR2、PCSK6、BMPR1A、ZC3H12B、ACVR2A、IKZF3、NTRK2、FAF1、SLC34A2、SEMA4F、NRG1、ERBB2、TCF4、RMI2、TRAF7、WRN、BCL11A、COL1A1、AR、PRKAR1A、UNG、KIAA1109、UBR5、RSPO2、AMPH、EIF4G3、AKAP9、AHR、MET、CDK6、DEPDC5、PCDH18、GAS7、PAK3、CDH11、DMD、PLCB1、HDAC9、MED23、BBX、BCL11A、BCL11B、RUNX1T1、RAD23B、SMARCA2、DHX34、MAFB、IKZF3、TP63、IFT140、CCDC88A、JUN、LRP1B、NTRK2、SMAD4、NAV3、KLF4、PGR、MAGI2、GOT2、KDM6A、CNOT1、FBXW7、ERBB2、ACVR2A、LAMA2、EPHA4、ACACA、AR、PLEC、RTF1、NBPF10、NELL2、APLF、ZNF521、ZNF638、TBL1XR1、WHSC1、TOP1、NKX3-1、APC、PCDH18、PTCH1、PTPRK和NAV3。

下表1列出了使用本发明的方法检测得到的基因融合位点的信息。这些位点信息与宫颈癌的复发转移密切相关。

表1复发组插入癌症相关基因位点信息

进一步分析发现，在初治群体中与复发群体有交集的位点有1459个，与宫颈癌密切相关基因70个。与预后不佳相关的基因列表如表2所示。

表2

图1和2示出了初治和复发组HPV融合基因在染色体不同区域具有不同的特征性分布。

尽管本发明已经参考示例性实施方案进行了描述，但应理解本发明不限于公开的示例性实施方案。在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的示例性实施方案做多种调整或变化。权利要求的范围应基于最宽的解释以涵盖所有修改和等同结构与功能。