用于分子动力学计算机模拟的图形神经网络力场计算算法

摘要

提供了用于分子动力学计算机模拟的图形神经网络力场计算算法。一种使用图形神经网络（GNN）来模拟多元素系统内的元素运动的计算方法。该方法包括：将元素的分子动力学快照转换成由节点和边组成的有向图形。该方法进一步包括以下步骤：初始嵌入节点和边以获得初始嵌入的节点和边。该方法还包括：通过使用第一消息函数将第一消息从第一边传递到第一节点并且使用第二消息函数将第二消息从第一节点传递到第一边来更新初始嵌入的节点和边，以获得经更新的嵌入的节点和边，以及基于经更新的嵌入的边和从第一节点指向第二节点或从第二节点指向第一节点的单位矢量，预测针对一个或多个元素的力矢量。