一种优化外源基因在大肠杆菌中翻译速度的算法

摘要

本发明公开了一种优化外源基因在大肠杆菌中翻译速度的算法，包括如下步骤：首先，对于SD序列类似结构使基因翻译短暂停顿的效应，将成对的氨基酸的所有密码子组合情况都与大肠杆菌SD序列进行序列比对，使用大肠杆菌SD类似结构效应重新定义的偏好密码子；然后，再结合tRNA循环使用效应，将序列中会表达为同种氨基酸的密码子全部转换为重新定义之后的偏好密码子。本发明结合了密码子偏好性效应、tRNA的循环使用效应及SD序列类似结构使翻译短暂停顿效应等理论知识，针对大肠杆菌设计出综合三种效应的、合理的算法来对外源基因的密码子使用情况进行优化。