下一代测序中检测拷贝数变异的方法

摘要

本文描述的拷贝数变异(CNV)检测方法可以将CNV检测有效地集成到用于下一代测序仪(NGS)数据处理的工作流中，与SNP和INDEL变体调用并行。如本文所述的CNV检测方法可以通过分析跨合适的基因组区或扩增子的组以及跨来自不同患者的一批样品的覆盖模式来执行。所提出的方法不需要使用专门选择的参考样品作为对工作流的输入，而是从同一批次自动选择参考样品组，用于每个正在测试的样品。CNV检测方法可以在样品组中可靠地检测CNV，而无需事先假设任何这些样品的CNV状态。本文描述的实施方案还可以迭代地应用CNV检测方案以进一步改善检测性能，尤其是在更频繁的CNV发生的情况下。由于关于参考样品中的CNV的认识可以改善它们与正在测试的样品的比较，所提出的方法可以进一步包括将关于在来自任何检测步骤的样品中发现的CNV的信息迭代地反馈回到下一个迭代步骤中的步骤。所提出的方法还可以进一步使用NGS工作流中可获得的关于样品的附加信息，诸如关于SNP分数的信息，作为对NGS CNV检测的输入。