在多处理器系统上进行分子动力学模拟的方法和装置

摘要

本发明提供一种在多处理器系统上进行分子动力学模拟的方法和装置。该多处理器系统包括至少一个核心处理器以及多个加速器。该方法包括：将需要进行分子动力学模拟的物质空间划分为多个小盒子；以每一个小盒子的分子数据连续存储在与该小盒子对应的存储区域中的方式，将上述多个小盒子的分子数据存储在该多处理器系统的主存储器中；以在一次DMA操作中获取至少一个小盒子的分子数据的方式，使上述多个加速器并行地从主存储器中重复获取上述多个小盒子的分子数据，并进行分子动力学模拟计算。本发明通过使每一个小盒子的分子数据连续存储在与该小盒子对应的存储区域中，能够使各加速器在进行模拟时减少与主存储器的数据交换，从而提高模拟性能。