моделирование взаимодействий белков фотосинтетической электрон-транспортной цепи фотосинтеза методом броуновской динамики

摘要

Дан обзор метода броуновской динамики в его приложении к изучению динамических короткоживущих белок-белковых комплексов. Приводится обзор теоретических предпосылок метода и обсуждаются конкретные его реализации. Рассматриваются ограничения этого метода и обсуждаются перспективы его развития. Дано описание основных подходов, используемых при анализе результатов вычислительного эксперимента. Во второй части статьи даны примеры использования метода броуновской динамики для исследования работы фотосинтетической электрон-транспортной цепи. Рассматривается взаимодействие мобильных переносчиков электронов - пластоцианина, цитохрома С(, и ферредоксина - с их реакционными партнерами: цитохромным 6-комплексом, фотосистемой I, ферредоксин:Н АДФ-редуктазой и гидрогеназой.