塩基記号を入力とした遺伝的プログラミングによるエクソン·イントロン境界判別モデルの生成

摘要

我々は遺伝子塩基配列中のエクソン·イントロン境界を判別する有効な手法のつとして遺伝的プログラミング（Genetic Programming：GP）について研究を行ってきた．これまで，A，G，C，Tで表される4種の塩基記号を2または4ビット長で符号化しモデル生成を行っていたが，各ビットを独立して人力とするため生成されたモデルは塩基記号を直接反映していなかった．2または4ビットで符号化すると入力する候補が2倍，4倍になるので学習モデルの生成までに多くの入力候補の組み合わせを試さなくてはならない．そこで本報告では塩基記号を直接人力とするモデルをGPにより生成する手法と生成した境界判別モデルの判別率について報告する．