ПРОГРАММА HAPLOMATCH ДЛЯ СРАВНЕНИЯ STR-ГАПЛОТИПОВ Y-ХРОМОСОМЫ И ЕЕ ПРИМЕНЕНИЕ К ВОПРОСУ ПРОИСХОЖДЕНИЯ ДОНСКИХ КАЗАКОВ

摘要

STR-гаплотипы Y-хромосомы широко используются как эффективные генетические маркеры при изучении популяций человека и проведении криминалистических ДНК-экспертиз. При этом часто возникают задачи сравнения отдельных индивидуумов или целых популяций по спектру гаплоти-пов. Подобные задачи являются мало выполнимыми вручную в силу их большой трудоемкости. Нами предложен алгоритм определения сходства STR-гаплотипов, пригодный для анализа массовых выборок, и разработана компьютерная программа Haplomatch, позволяющая находить гаплотипы, отличающиеся от анализируемого гаплотипа на любое число мутационных шагов. Программа может функционировать в двух режимах: сравнение индивидов и сравнение популяций. Гибкость программы (возможность использования не встроенной, а любой внешней базы данных), удобство использования (работа происходит с таблицами MS Excel) и возможность распространения на гаплотипы других хромосом и других биологических видов могут сделать ее новымполезным инструментом в популяционно-генетических, криминалистических и генеалогических исследованиях. Программа Haplomatch размещена в свободном доступе на нашем сайте www.genofond.ru. Возможности программы продемонстрированы на примере исследования генофонда казаков. Проведен экспериментальный анализ разнообразия Y-хромосомы в репрезентативной выборке (N= 131) верхнедонских казаков. По спектру STR-гаплотипов обнаружена генетическая близость казаков с восточнославянскими популяциями (в частности, с южными русскими, русскими Центральных регионов России иукраинцами), что подтверждает гипотезу происхождения казаков преимущественно за счет русских и украинских выходцев. Также обнаружено небольшое генетическое влияние ногайцев, вероятно вызванное их вхождением в Войско Донское в составе "татарской прослойки". Сходства с народами Кавказа у донских казаков не обнаружено. Этот пример показывает эффективность применения программы Haplomatch для популяционно-генетического анализа больших массивов STR-гаплотипов.