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The complete chloroplast genome sequence of the plant Euonymus fortunei (Celastraceae)

机译:植物Euonymus Fortunei(Celastraceae)的完整叶绿体基因组序列

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摘要

Chloroplast (cp) genome sequences become a useful popular tool for population and phylogeny in recent reports. Here, the complete cp genome of the Euonymus fortunei has been reconstructed from the whole-genome Illumina sequencing data. The circular genome is 157,639 bp in size, and comprises a pair of inverted repeat (IR) regions of 26,668 bp each, a large single copy (LSC) region of 85,956 bp and a small single copy (SSC) region of 18,347 bp. The total GC content is 37.2%, while the corresponding values of the LSC, SSC, and IR region are 35.1%, 31.7%, and 42.7%, respectively. The cp genome contains 126 genes, including 89 protein-coding genes, eight ribosomal RNA genes, and 29 transfer RNA genes and one pseudogene. The maximum-likelihood phylogenetic analysis showed a strong sister relationship with Euonymus japonicus in Celastraceae. Our findings provide a foundation for further investigation of cp genome evolution in E. fortunei and other higher plants.
机译:叶绿体(CP)基因组序列成为最近报告中的群体和系统发育的有用流行的工具。这里,从全基因组闪光测序数据重建了euonymus fortunei的完整CP基因组。循环基因组的尺寸为157,639bp,并且包括一对倒反转的重复(IR)区域,每种倒置重复(IR)区域,每种大单拷贝(LSC)区域为85,956bp,小单拷贝(SSC)区域为18,347bp。总GC含量为37.2%,而LSC,SSC和IR区域的相应值分别为35.1%,31.7%和42.7%。 CP基因组含有126个基因,包括89个蛋白质编码基因,8个核糖体RNA基因和29种转移RNA基因和一个假基因。最大似然性系统发育分析表现出与Celastraceae的杂志japonicus的强烈姐妹关系。我们的调查结果为进一步调查了E. Fortunei和其他高等植物的CP基因组演变提供了基础。

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